Genomik und moderne Methoden Flashcards Preview

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Flashcards in Genomik und moderne Methoden Deck (12)
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1
Q

Welche Arten von Sequenzen enthalten Chromosome? Wie oft kommen diese in Chromosomen vor? Wofür codiern sie?

A
  • unikale Sequenzen
    • einmal auf dem Chromosom
    • codieren für Strukturgene
  • mittelrepetetive Sequenzen
    • dutzende bis hunderte Male auf Chromosom
    • codieren rRNAs und Transposons
  • hochrepetetive Sequenzen
    • tausende male auf Chromosom
    • Staeltiten-DNA
2
Q

Was bedeutet FISH? Was versteht man im Allgemeinem unter dieser Methode?

A
  • Flurezenz in situ Hybridisierung
  • Hybridisierung von Chromosomen mit flurezenz markierten DNA-Sonden
3
Q

Wozu verwendet man FISH? Worüber lassen sich mit diesen Erkentnissen Aussagen treffen?

A

Wozu:

  • physikalische Kartierung von DNA
  • Nachweis von spezifischer DNA

Anwendung:

  • integration gentischer und physikalischer Karten
  • vergleichende Chromosomevolution
  • Genomstruktur und Genomvergleich
4
Q

Was sind die Schritte der FISH?

A
  1. Markierung der einzelsträngigen DNA-Sonde mit einem Flurezenfarbstoff
  2. Nachweis durch Hybridisierung mit fixierten Chromosomen (Wichtig: Chromosomen müssen denaturiert seien, die Chromosmstruktur muss jedoch erkennbar bleiben)
5
Q

Was sind die zwei Möglichen Ergebnisse der der FISH? Was für einen Schluss geben sie über Art der Gensequenz?

A
  • Flurezenz nur an einer Stelle im Chromosom → unikale Sequenz
  • Flurezenz über Chromosom verteilt → repetetive Sequenz
6
Q

Wie muss die FISH abgeändert werden um die physikalische Lage zweier Gene zueinander zu untersuchen?

A

Es müssen zwei verschiedene DNA-Sonden für die Hybridisierung verwendet werden.

7
Q

Was lässt sich mit Microarrays untersuchen?

A

Änderungen im Transkriptom von Zellen

8
Q

Was versteht man unter einem Gen-Chip (auch genannt DNA-Chip, Oligonucleotide Array)? Wie werden die die Chpis hergestellt?

A

Gen-Chip

  • Glasplate die mit mehren zehntausenden DNA-Oligonukleotiden bekannter Sequenz bestückt ist
  • Jedes DNA-Oligonukleotid repräsentiert ein Gen eines Organismus

Herstellung:

  • isolierung der mRNA
  • reverse Transkription in cDNA und markeirung mit flurezenz Farbstoff
  • Synthese der Oligonukleotide der cDNA auf Chip (https://youtu.be/MRmpeBTwwWw)
9
Q

Was ermöglicht die Cluter-analyse von Mkroarrays?

A

Aussagen über einen korrelativen zusammenhang bei der Expression von Genen

10
Q

Was ist die Funktion der beiden Bestandteile des CRISPR/Cas-Systems?

A
  • Cas → Restriktionsenzym
  • CRISPR → Dient als Vorlage für die Erkennungsequenz für Cas
11
Q

Wie ist die CRISPR-Region aufgebaut? Wozu dienen die einzelnen Bestandteile?

A
  • Besteht aus Spacer- und Repeat-Regionen die sich abwechseln

Repeat-Regionen:

  • jede mit einer identischen palindromischen Sequenz

Spacer-Regionen:

  • Jede mit einer variablen Sequenz
  • Teil der CRISPR-Region, der als Erkennungssequenz für Cas dient
12
Q

Wie funktioniert das CRISPR/Cas9-System?

A
  1. Transkription der gesamten CRISPR-Region in pre-CRISPR-RNA (pre-crRNA)
  2. Reifung der pre-CRISPR-RNA in mehrere crRNAs (CRISPR-RNAs)
  3. Bindung der tracrRNA an crDNA → Guide RNA
  4. “beladen” von Cas9 mit guide RNA
  5. Cas9 schneidet Zielgen

https://youtu.be/ouXrsr7U8WI