!! Génomique (traits complexes) COMPLET

Question 1

Un trait complexe est-il polygénique ou monogénique?

Answer 1

Polygénique

Question 2

V ou F
Il y a un spectre des maladies (et leur causes)

Answer 2

Vrai

Question 3

Dans le spectres de la maldie, les traits compkxes se situent à mi chemin entre quoi et quoi?

Answer 3

Entre les traits 100% mendéliens et les traits 100% environementaux

Question 4

Dans quel cas est-ce que les gène mène directement à la maladie?

Answer 4

Une maladie mendélienne ou dit “gène casual”

Question 5

Dans quel cas le mode de transmission d’une maladie est il identifiable?

Answer 5

Une maladie mendélienne ou dit “gène casual”

Question 6

Es-ce que les maladie mendélienne ou dit “gène causal” sont rares ou communs?

Answer 6

Rares (6 000+ maladies dont 50 d’entre elles causent 80% des maladies courantes)

Question 7

Qu’est ce qui est défini comme “gène modifiant le risque, sans mener directement à la maladie” ?

Answer 7

Maladie complexe ou gène de susceptibilité

Question 8

Quel est “l’origine” des maladies communes dans la population (ex cancer, troubles cardiovasculaires etc)?

Answer 8

Maladie complexe ou gène de susceptibilité

Question 9

Quel ratio de garçons nés développant la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD)?

Answer 9

1 malade / 3 500 mâles nés

Question 10

Quel ratio de nés développant la fibrose kystique (CFTR)?

Answer 10

1 malade / 2 000 naissances

Question 11

Quel ratio de filles nés développant le cancer du sein héréditaire (BRCA1)?

Answer 11

1 femme / 9

Question 12

________ gènes + ___________ = maladie

Answer 12

Plusieurs gènes + enviroennement = maladie

Question 13

5 exemples de maladies complexes

Answer 13

• Cardiovasculaire
• Diabète
• Asthme
• Déficiences mentales
• Cencer

Question 14

Les familles permettent de faire des _____ ______.
Ceci à un ______ impact et représente une _____ fréquence des cas.

Answer 14

Les familles permettent de faire des LIAISONS GÉNÉTIQUES.
Ceci à un GRAND impact et représente une BASSE fréquence des cas.

Question 15

Les populations permettent de faire des _____ ______.
Ceci à un ______ impact et représente une _____ fréquence des cas.

Answer 15

Les populations permettent de faire des ÉTUDES D’ASSOCIATIONS.
Ceci à un BAS impact et représente une GRANDE fréquence des cas.

Question 16

Quelle taille de famille est meilleur pour faire un suivi sur une maladie de type mendélienne?

Answer 16

Grandes familles

Question 17

_________________ = L’utilisation des familles pour suivre la coségrégation de la maladie et des variantes génétiques particulières.

Answer 17

Analyse de liaison (linkage)

Question 18

_______________ = Détection d’une association entre variantes génétiques et la maladie à travers des familles.

Answer 18

Étude d’association

Question 19

L’étude d’association est plus approprié pour une étude de quoi?

Answer 19

Maladies complexes

Question 20

Les études d’associations on 3 designs. Que sont-ils?

Answer 20

• Cas contrôle
• Cohorte
• Familial (trio parental : père-mère-enfant atteint : TDT)

Question 21

Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Libre d’hypothèse (mode découverte)

Answer 21

PANGÉNOMIQUE

Question 22

Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Basée sur une hypothèse

Answer 22

GÈNE CANDIDAT

Question 23

Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Coute cher : grand besoin en génotypage

Answer 23

PANGÉNOMIQUE

Question 24

Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Plusieurs faux positifs, peu de cibles sont manqués

Answer 24

PANGÉNOMIQUE

Question 25

Étude d'association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT? -> Coute moins cher, petit besoin en génotypage

Answer 25

GÈNE CANDIDAT

Question 26

Étude d'association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT? -> Moins de faux positifs, certaines cibles manqués

Answer 26

GÈNE CANDIDAT

Question 27

V ou F Les maladies commune portent aussi des variantes communes

Answer 27

Vrai C'est le "Common disease common variants theory" (CDCV)

Question 28

Maladie commune est attribuable à des variantes alléliques présentes à + de ____% de la population

Answer 28

5%

Question 29

Si la modification d'un gène apporte une modification quantitative (dans la région régulatrice), on parle alors quoi?

Answer 29

Un polymorphisme fonctionnel

Question 30

Si la modification d'un gène apporte une modification qualitative (dans la région codante), on parle alors quoi?

Answer 30

Un polymorphisme fonctionnel

Question 31

Si la modification d'un gène apporte une modification en désiquilibre de liaison avec le polymorphisme fonctionnel non identifié on parle alors quoi?

Answer 31

Un polymorphisme non fonctionnel (marqueur)

Question 32

Qu'est ce qu'une étude d'association?

Answer 32

Étude des maladies complexes en comparant cas et contrôles

Question 33

Qu'est ce que le principe d'une analyse pan-génomique (type GWAS)?

Answer 33

- Besoin de 30 000 à 1M SNPs pour couvrir génome - Association entre un (ou des) SNP et allèle causant la maladie= niveau de déséquilibre de liaison

Question 34

Étapes de stratégie pour étude pangénomique (GWAS)?

Answer 34

Échantillons (cas contrôles) Génotypage avec chips commerciaux Analyse statistique pour chaque SNP et valeur p Trouver les gènes avec forte association

Question 35

Erreurs fréquentes dans les études d'association

Answer 35

- Taille petit échantillons - Analyses multiples - Mauvais groupe "contrôle" - Pas réplication - Surinterprétation des résultats - Biais positif de publication

Question 36

Comment caractérisé la contribution des variants rares... (3)

Answer 36

- Séquencage ciblé du génome - Génotypage des variants communs et rares identifiés précédemments - Études du génom entier

Question 37

State of the art outils aujourd'hui...

Answer 37

Séqunceage de nouvelle génération Étude pangénomque (GWAS)