Laboratorio ADN

Question 1

Cual es la diferencia entre ARN y ADN?

Answer 1

ARN en lugar de timina tiene uracilo

Question 2

Quienes tienen más pares de bases de ADN?

Answer 2

Humanos que bacterias

Question 3

Como se define la técnica de extracción del ADN?

Answer 3

Función del organismo, célula y objetivo que se obtiene de la extracción

Question 4

Cual puede ser El Paso previo a muchas técnicas?

Answer 4

PCR: Amplificar ADN
Electroforesis
Southern blot: Indentificar secuencias

Question 5

Cual puede ser la matriz para extraer los ácidos nucleicos?

Answer 5

Sangre, LCR, secreciones, biopsias, médula ósea, tejidos, virus en muestras respiratorias, suelo y agua

Question 6

Cual AN se degrada más fácil?

Answer 6

ARN

Question 7

Que interferencias deben ser removidas?

Answer 7

Soluciones purulentas y mucoides

Question 8

Que aspecto del tipo de microorganismo se debe considerar?

Answer 8

Si es Gram positiva o gram negativa, si tiene una pared rica en ácidos micólicos, hongos, virus

Question 9

Por qué hay que considerar cantidad de microorganismos?

Answer 9

En un cultivo con muchas bacterias, en una meningitis purulenta donde se espera alta carga y una sepsis temprana en la que el volumen sanguíneo puede disminuir la carga

Question 10

Cuales son las fases de infección y cuál es la carga de AN?

Answer 10

Agua: mucho agente infeccioso, mucho ADN
Crónica: no hay multiplicación activa de agente infeccioso
Post tratamiento o post Morten: baja carga microbiana, material genético puede estar fragmentado

Question 11

Cual es el resultado esperado de la extracción?

Answer 11

Rendimiento, pureza y hay que ver el tiempo que requiere la extracción para seleccionar la técnica

Question 12

Qué hay que tomar en cuenta con las plantas para la extracción?

Answer 12

Que entre más maduras tienen más interferencias y después se congelan con nitrógeno

Question 13

Por qué las muestras de plantas y animales se congelan con nitrógeno?

Answer 13

Porque a temperaturas altas se degradan y el nitrógeno no forma cristales que rompan las células, se recomienda partir la muestra en pedazos para no estar congelando y descongelando, y mantenerla en buffer para evitar la degradación

Question 14

Cuales son los pasos de la extracción de ADN?

Answer 14

Ruptura mecánica de tejidos y lisis celular
Separacion de ácidos nucleicos de restos celulares
Eliminación de restos celulares
Precipitación de ADN
Conservación de ADN

Question 15

Como se hace la ruptura mecanica?

Answer 15

Depende de la muestra si es necesaria, con nitrógeno líquido, con homogeneizadores en frío y artesanalmente en mortero o licuadora

Question 16

Cual es la ruptura que si o si hay que hacer requiera o no mecánica?

Answer 16

Química

Question 17

Como se hace la ruptura química?

Answer 17

Homogeneización con agentes químicos la muestra se mantiene a temperaturas elevadas con detergentes, proteasas y agentes caotrópicos, para romper unión entre células y romper membrana celular, en tejidos fibrosos es recomendable cortarlo antes

Question 18

Que es la lisis celular?

Answer 18

Romper estructuras que confinan el citoplasma y así liberar su contenido

Question 19

Como se puede hacer la lisis celular?

Answer 19

Altas temperaturas
Empleo pH alcalino
Sonicadores: por ondas sonoras
Bead-beater: gira y rompe células
Lisis hipotonica: célula explote

Question 20

Cuales pueden ser reactivos para la lisis celular?

Answer 20

Buffers y proteinasa K
Agentes caotrópicos como sales
Detergentes

Question 21

Que es la proteínasa K y cuales son sus características?

Answer 21

Enzima proteílica que es la serina proteasa
Temperatura de 20-60
Amplio espectro
Corta enlaces peptidicos a la par del grupo carboxilo de aminoácidos alifáticos y aromáticos
Ph óptimo entre 4-12
Estable con ion calcio
No dejar menos de 5 min

Question 22

Quien complementa la acción de proteinasa K y como?

Answer 22

El fenol-cloroformo y lo hace con la desnaturalización y precipitación de proteínas

Question 23

Cómo se da la precipitación con etanol frío?

Answer 23

Muestras de pequeño volumen
ADN concentrado
Se almacena muestras más tiempo

Question 24

Como se da la precipitación con Isopropanol?

Answer 24

Más volumen de muestra
Más rápido
No coprecipitan sales

Question 25

Que hace el buffer en la extracción?

Answer 25

El EDTA inhibe el calcio, altera el magnesio que es cofactor de nucleadas y estas degradan el ADN

Question 26

En qué se re suspende el ADN y como se cuantifica?

Answer 26

En buffer y se cuantifica en electroforesis

Question 27

Como se re suspende y se conserva el ADN con agua y buffer?

Answer 27

Por 6 meses a 4 Celsius

Question 28

Como se resuspende y se conserva el ADN con etanol + acetato de sodio?

Answer 28

Por 5 años a 70 celsius

Question 29

Cómo es la relación en la absorbancia 260/280 con la pureza de la muestra?

Answer 29

Entre más pura es la muestra de ADN mayor relación, una que se acerque a dos es muy buena, debajo de 1,6 no, muy para arriba de dos tampoco porque es contaminación con ARN

Question 30

Cual relación indica que la muestra de ARN es altamente pura?

Answer 30

1,8

Question 31

Que contaminantes se absorben a 230?

Answer 31

Sales caotrópicas, fenoles o carbohidratos

Question 32

Cómo calculo la Cn de una muestra?

Answer 32

Con ley de beer
A=ECL
Se toma en cuenta FD

Question 33

Como calculo pureza de extracción?

Answer 33

Absorbancia a 260/ Absorbancia a 280

Question 34

Que ventajas tiene el kit comercial sobre el método tradicional?

Answer 34

Menos tiempo
Menos errores
Menos contacto con sustancias tóxicas

Question 35

Que desventajas tiene el kit comercial sobre el método tradicional?

Answer 35

Mejor rendimiento y más caro

Question 36

Cuales son cuidados a la hora de realizar extracción?

Answer 36

Rápido
Baja temperatura: no se degrade ADN
Guantes
Mascarilla para evitar contaminación con mi ADN

Question 37

Que es la electroforesis?

Answer 37

Permite separación de moléculas según su movilidad en un campo eléctrico

Question 38

Que determina la velocidad de migración en el campo?

Answer 38

Carga neta de la molécula
Tamaño de la molécula

Question 39

En extracción de ADN donde se hace la electroforesis?

Answer 39

En un gel de agarosa que es un carbohidrato

Question 40

Como se separan los fragmentos de ADN en esta electroforesis?

Answer 40

Por tamaño y se requiere un marcador que marque no solo el tamaño sino también la intensidad que es la concentración

Question 41

Porque la degradación en electroforesis es mala?

Answer 41

Indica contaminación con ARN