Lecture 1 - 3 Flashcards
(100 cards)
1
Q
איזה בסיסים חנקניים יכולי להיות בנוקלאוטידים?
A
פורינים: 2 טבעות חנקן
GA
פירימידינים: טבעת אחת
TUC
2
Q
שם של תהליך מעבר מדנ’‘א לרנ’‘א
A
שיעתוק Transcription
3
Q
שם של תהליך מעבר מרנ’‘א לחלבון
A
תרגום Translation
4
Q
מעבר מדנ’‘א לדנ’‘א
A
Replication שכפול
5
Q
ממה מסונתזת מולקולת דנ’‘א החדשה?
A
מנוקלאוטידים חופשיים הנמצאים בתא
6
Q
Griffith experiment
Important points and conclusion
A
- נלקחו חיידיקים עם קפסולה והוזרקו לעכברים. עכברים מתו
- עכברים נדבקו באותו חיידקים אבל ללא קפסולה - עכברים לא מתו
- קפסולה היא גורמת לעכברים למות
- אחרי הרתיחה של חיידקים עם קפסולה - עכברים חיים
- אבל קפסולה אחרי הרתיחה + חיידקים ללא קפסולה - עכברים מתו
מסקנה: קיים גורם כלשהו שעבר בין הזנים
7
Q
Avery-MacLeod-McCarty experiment
Important points+conclusion
A
- חיידקים פורקו לחלקיקים של התא
- כל אחד מהחלקים הוכנס לחיידק לא וירולנטי
- חיידקים עם חלקיקים הוכנסו לעכברים
- עכברים מתו
מסקנה: דנ’‘א הוא זה שמעביר את החומר הגנטי
8
Q
Hershey and Chase
Important points+conclusion
A
הם רצו לבדוק את הניסוי של מאק לאוד 1. השתמשו בבקטריופאג מסוג T2 2. בדקו מה החומר שפאג' מכניס לחיידק 3. סימנו את הדנ''א עם חומר רדיואקטיבי 4. סימנו חלבונים עם גופרית רדיואקטיבית 5. ערבבו פאגים + חיידקים והמתינו 20 דק 6. לאחר הסרכוז הם ראו שרוב החומר המסומן עם פוספט רדיואקטיבי נמצא, וקצת חומר שמסומן עם גופרית. מסקנה: החומר התורשתי הוא מה שמסומן בפוספט - דנ''א הוא חומר התורשתי
9
Q
ממה בנוי הנוקלאוטיד?
A
- בסיס חנקני
- טבעת סוכר
- קבוצת פוספט
10
Q
מה מאפיין את טבעת סוכר בנוקלאוטיד?
A
- אלדוז
2. 5 פחמנים
11
Q
הבדל בין ריבוז לדא-אוקסיריבוז
A
ריבוז - אל פחמן 2 בטבעת סוכר מחובר OH
דא-אוקסיריבוז - אל פחמן 2 בטבעת סוכר מחובר רק
H
12
Q
מה מאפיין את טבעת בסיס חנקני?
A
- מבנה שטוח בגלל הקשרים כפולים
- מסיסות נמוכה במים ב-PH 7
3.
13
Q
Does DNA is soluble in water or no? If yes. why?
A
מתמוסס
בזכות קשרי מימן שנמצאים על גבי טבעת הסוכר וקבוצת פוספט
14
Q
מה טוב בזה שלטבעת חנקתית יש בליעת אור UV
ב-260nm?
A
מעניק להם יתרון במעקב אחרי חומצות גרעין רנ’‘א או דנ’‘א
15
Q
סוכר +בסיס חנקתי עם קבוצת פוספט זה
A
nucleoTIDE
16
Q
סוכר + בסיס חנקתי
A
nucleoSIDE
17
Q
ברוב המקרים נוקלאוטיד שנמצא בתוך פולימר, כמו מולקולה של חומצת גרעין, מכיל כמה קבוצות פוספט
?
ואם הוא מחוץ לפולימר?
A
קבוצה אחת בתוך הפולימר, ויכולות להיות כמה קבוצות עם הוא לבד
18
Q
כאשר נוקלאוטידים מתחברים ביניהם כדי לבנות את הגדיל של חומצת גרעין, מה הוא סוג הקשר ביניהם?
A
Phosphodiester linkage
קשר פוספודיאסטרי
19
Q
בין איזה פחמנים קיים קשר פוספו-די-אסטרי?
A
פחמן 3 בנוקלאוטיד הראשון (עליון), לפחמן 5 בשני
20
Q
נא לענות על השאלות לגבי רנ’‘א:
- סוג סוכר
- הרכב בסיסים
- מספר גדילים
- יציבות
A
- ריבוז
- AGCU
- לרוב חד גדילי
- פחות יציב
21
Q
נא לענות על השאלות לגבי דנ’‘א:
- סוג סוכר
- הרכב בסיסים
- מספר גדילים
- יציבות
A
- דאוקסיריבוז
- AGCT
- לרוב דו-גדילי, אנטי-פרללים, משלימים
- ימיב
22
Q
שתי סיבות למה רנ’‘א פחות יציב מדנ’‘א
A
- סיבה כימית - בגלל הפחמן מס’ 2.
2. סיבה ביוכימית - אנזימים של רנ’‘אזות ודנ’‘אזות
23
Q
מה הם 4 חוקים של צ’ארגף?
A
- הרכב בסיסי הדנ״א לרוב שונה ממין אחד לשני
- דגימות דנ״א מרקמות שונות של אותו מין בעלות הרכב בסיסים דומה
- הרכב הבסיסים במין מסוים לא משתנה עם הגיל, התזונה, או שינויים סביבתיים
- G=C, A=T, G+A=C+T
24
Q
כמה הוא מרחק בין כל 2 בסיסים?
A
0.34nm
25
סיבוב המלא של אותו הליקס כפול הוא
3.6 nm
or
36 A
26
מה זה קשרי ווטסון-קריק?
קשרי מימן בין ציטוזין, גואנין, אדנין וטימין
27
A-T
G-C
כמה קשרי ווטסון קריק ביניהם?
A-T - 2
| G-C - 3
28
מה מחזיק את ההליקס כפול במקומו?
1. base pairing (hydr. bonds)
| 2. Base stacking (קשרי ואן דר ואלס)
29
איפה ניתן למצוא את
| G-quadruplex DNA (G4)?
טלומרים
פרומוטרים
מקור השכפול
30
למה עוד צריך נוקלאוטידים חוץ מבניית חומצות גרעין?
1. נשיאת מולקולות אנרגיה
2. העברת מידע
3. מעורבות בקביעת צבע עור
31
איך זיקית משנה צבע עור שלה? (ע''י איזה נוקלאוטיד)
תאי עור שלו מכילים ננו-קריסטלי גואנין. שינוי ארגון המרחבי של גואנין גורם למולקולות להיות יותר צפופות - כך בליעה שונה של קרני אור וצבע משתנה
32
איך מכמתים את דנטורציה או רנטורציה של דנ''א?
באמצעות בליעת אור
| UV 260 nm
33
מה זה אפקט היפרכרומי?
ירידת בבליעת האור
| מתרחש במהלך דנטורציה
34
מה זה אפקט היפרכרומי?
עליה בבליעת האור
| מתרחש במהלך רנטורציה
35
בעזרת איזה שיטה ניתן לזהות רצף של דנ''א מתוך תערובת של רצפים?
תספוג הדנ''א
| eng.name is SOUTHERN BLOT
36
מה זה מודיפיקציה של בסיסים של מולקולת דנ''א?
כאשר הבסיסים מוסיפים לעצמם קבוצות כימיות נוספות
37
סוג המתילציה בבע''ח ובצמחים הוא...
| לאן מצטרף מתיל ומה יתרון של זה
מולקולה מטיל-ציטוזין הופכת למולקולה מטיל-ציטידין
| עוזרת בבקרת השיעתוק
38
סוג המתילציה בחיידקים הוא...
| לאן מצטרף מתיל ומה יתרון של זה
מולקולה אדנוזין הופכת למולקולה מטיל-אדנוזין
| בפרוקריוטים - עוזרת בבקרה על הכפלת דנ''א, מעכרת הגנה מפני הוירוסים
39
Nucleoid
| מה זה?
איזור בתא פרוקריוטי, במקום גרעין
40
מה מכיל וא לא מכיל נוקלאואיד? nucleoid
כרומוזום ומידע תורשתי שלו
| מוקף בריבוזומים
41
מה יקרה אם מוציאים את הפלסמיד מהחיידק? האם חיידק ישרוד?
כן, לא יקרה שום דבר קיצוני
42
מה היא תרומת הפלסמיד לאורגניזם? 5 נקודות חשובות
1. עמידות
2. רבייה - העברת דנ''א מפרט אחד לפרט אחר בתוך האוכלוסייה
3. הרג - סינטזה של טוקסינים ורעלים למיקרואורגניזמים אחרים
4. דגרדטיביות - אנזימים מטבוליים המפרקות מולקולות לא נפוצות
5. וירולנטיות - הפרשה של חלבונים גורמים לפתולוגיות באורגניזמים אחרים (בן אדם או חיות או צמחים וכו')
43
מה זה כרומיד ומה הוא מכיל?
דנ''א חוץ כרומוזומלי המכיל גנים נחוצים לקיום החיידק
44
מה זה pseudogene
איפה יש הרבה ואיפה מעט?
חיידקים\בני אדם
רצף שהיה פעם גן ועבר מוטציה - כבר לא משמש כגן. מעט בחיידקים, הרבה בבני אדם
45
מה זה אופרונים?
מספר גנים שקרובים מאוד אחד לשני ומשועתקים כיחידה אחת של
| mRNA
46
בחיידקים לרוב המקרים הגנים מעורבים בפעילות ביוכימית משותפת. מה יתרון בזה?
קל יותר לחיידק לבטא את הגנים ביחד מאשר לבטא כל אחד בנפרד ולסנכרן ביניהם
47
מה זה polycistronic mRNA
סוג מסנג'ר רנ''א בפרוקריוטים שזה רנ''א שליח עם כמה גנים
48
מה זה monocistronic mRNA
סוג מסנג'ר רנ''א אצל אאוקריוטים - רנ''א שליח עם גן אחד. כי באאוקריוטים כמעט ואין אופרוניפ.
49
באיזה מצב נמצא הדנ''א בחיידק?
Supercoil
50
האם זה נכון? סופר-קויל שלילי הוא שכיח יותר
כן
51
האם בג'ל מולקולות דנ''א ירוצו לאט?
כן, בגלל משקל מולקולרי גבוה
52
למה משתמשים באתידיום ברומיד?
כדי לראות את מולקולות דנ''א
| זה חומר צבע פלורוסנטי
53
מה הוא אנזים topoisomerase?
אנזים שמשנה את מספר הליפופים בהליקס הכפול של דנ''א
54
מה עושה טופואיזומרז מסוג ראשון?
בחיידקים משנה את הדנ''א מסופר-קוייל לרלאקסד
- מסיר את סופר-קוייל שלילי ללא השקעת
ATP
55
מה עושה טופואיזומרז מסוג שני?
ATP
| יצירת סופר קוייל שלילי
56
מה שם של טופואיזומראז מסוג שני בחיידקים?
DNA gyrase
57
מה תפקידו העיקרי של
| Protein coil?
מונע יצירת
nicks
ויוצר לולאות
58
NAPs - ....
| and 2 types
Nucleoid associated proteins
1. HU
2. H-NS
59
מה תפקידו של חלבוני
| HU (histone-like protein)
- נקשר בזיקה גבוהה לדנ''א המכופף או מעוקל
- יכול לעזור באריזת הכרומוזום החיידקי
- יכול לשמור אצ הכיפוף מולקולת דנ''א
- שומר על מודל ארגון הכרומוזום
60
מה תפקידו של חלבוני
| H-Ns (histone-like nucleoid structural protein)
- נקשר בזיקה גבוהה לדנ''א עשיר באדנין ותימין
- יוצר דימרים בריכוז נמוך
- יותר אוליגומרים בריכוז גבוה
- מסייע בהחזקה של מולקולות דנ''א בצורה כזאת שתאפשר לדחוס אותן למודל ארגון
61
```
SMC proteins (Structural Maintenance of Chromosome)
נמצאים בפרוקריוטים. האם זה נכון?
```
נכון
62
ביצורים אאוקריוטים הכרומוזומים מעגלים או לא מעגלים?
לא מעגלים
63
לגבי אאוקריוטים: חוץ מהגרעין איפה עוד ניתן למצוא את הדנ''א ובאיזה כמות?
בכמויות קטנות: במיטוכונדריה (גם בבעלי חיים וגם בצמחים) ,ובכלורופלסטים של הצמחים
64
למה ליצורים יותר מפותחים יש לו יותר גנים? הסבר קצר
כדי ליצור יותר פונקציות, צריך יותר חלבונים = יותר גבנים צריך שיהיה ביצור
65
צפיפות הגנים יורדת ככל ש..... בסולם האבולוציוני
ככל שעולים = ככל שיצור מתקדם יותר, צפיפות הגנים יורדת
66
מספר האינטרונים .... ככל שעולים בסולם אבולוציוני
מספר האינטרונים גדל בעליה בסולם אבולוציוני
67
אחוז מספר הרצפים חוזרניים מתוך סך גנום עולה כאשר ... בסולם אבולוציוני
ככל שיצור מתקדם יותר - אחוז מספר הרצפים חזרניים עולה
68
האם אינטרון מופיע ברנ''א הבוגר?
לא מופיע אינטרון ברנ''א הבוגר
69
מה היתרון של כמות גדולה של אינטרונים?
יותר אינטרונים => יותר אקסונים => שחבור החלופי => ייצור יוצר חלבונים מאותו מספר גנים
70
מה זה
| Junk DNA?
רנ''א לא מקודד
71
טרנספוזון...?
אלמנט של דנ''א שיכול לקפוץ מנקודה אחת לנקודה אחרת בגנום.
יכול להעתיק את עצמו לנקודה נוספת
מעתיק את עצמו בשלמותו או לא
72
שני סוגים של קפיצה של טרנספוזון?
| הסבר את כל אחד מהם
1. מעבר רפליקטיבי - העתקה לנקודה נוספת ובעצמו נשאר בנקודה המקורית
2. מעבר קונסרבטיבי - עושה עותק, שולח אותו לנקודה כלשהיו ובעצמו נשאר במקום המקורי שלו
73
מה זה שעתוק לאחור
| Reverse transcription?
בוירוסים:
כאשר צריך לעבור ממקום אחד למקום אחר בגנום - צריך לייצר עוד עותק של דנ''א חדש.
נעשה בעזרת אנזים ששמו דומה לשם של התהליך
74
מה זה
| Tandem repeats?
רצפים חוזרניים שלא מפוזרים בכל הגנום, אבל נמצאים בצברים - בהם מספר יחידות חוזרות צמודות אחת לשנייה.
75
מה הם 3 סוגים של
| Tandem repeats?
1. Satellite DNA (α satellite DNA)
ממקום בצנטרומר - חשיבות למיטוזה, חיבור סיבי המיקרוטובולים - אתר הקישור לחלבון מיוחד לצנטרומר
2. Minisatellites
מפוזר בעיר בקצוות של כרומוזומים. לכאן שייך רצף שבונה את הטלומרים
3. Microsatellites or SSR - simple sequence repeats
76
מה זה
| Giemsa stain?
צובע את מולקולות דנ''א בצורה לא אחידה
| איזורים שמכילים הרבה אדנין ותימין - נצבעים חזק
77
Centromere - ....
איזור צר בכרומוזום
78
Ori - ....
רצף בדנ''א ובכרומוזום
ממנו מתחילה הכפלת הכרומוזום
Origin of replication
79
Chromatin - ....
דנ''א שנמצא במגע וארוז ע''י החלבונים
80
Nucleosome - ....
חלבון\היסטון העטוף ע''י דנ''א
81
רק .... מכילים את הנוקלאוזומים
אאוקריוטים
82
Linker DNA - ....
דנ''א שלא מלופף על ההיסטונים
| מחבר בין שני חלקיקי הליבה של נוקלואזום\היסטון
83
Histone H2AX general function.....
וריאנט של היסטון (H3) שקיים כמעט בכל אאוקריוטים
| תפקיד: סטביליות של גנום, מעביר סיגנלים על נזקים שיש בדנ''א פועל כבסיס להרכבה של תבניות לרפרציה \תיקון של דנ''א
84
Histone CENP-A general function.....
קשור לתפקוד הצנטרומרים
| מהווה את הבסיס אליו נקשרים חלבונים שיתחברו את סיבי המיקרוטובולים בזמן המיטוזה.
85
מה מיוחד בדנ''א מיטוכונדריאלי ושל כלורופלסטים?
1. חיתוכות קטנות של גנום
2. ללא היסטונים
3. התנהגות כמו דנ''א פרוקריוטי
4. כרומוזומים מעגלים
5. אברונים האלה מכילים מספר קטן של גנים
86
מאפיינים של הטרוכרומטין
1. מאוד דחוס
2. מכיל פחות גנים
3. עשיר במתילציה של דנ''א
4. פחות עובר שעתוק
87
מאפיינים של אאורוכרומטין
1. לא כל כך דחוס
2. לא עשיר במתילציה של דנ'''א
3. עובר שעתוק הרבה
88
לפי המודל ווטסון-קריק תהליך השכפול הוא רפליקציה....? תגיד שם
סמי-קונסרבטיבית
89
תיאור קצר של רפליקציה סמי-קונסרבטיבית
1. דו גדיל נפתח
2. כל אחד עכשיו משמש כתבנית לגדיל חדש
3. מתקבלות שתי כרומטידות זהות
90
תפקידם של טופואיזומרזות
to open a coil
| to close a coil
91
שלושה שלבים העיקריים של רפליקציה?
1. איניציאציה - התחלה
2. אלונגציה - התארכות
3. טרמינציה - סיום
92
תפקידו של
| DnaA
פתיחת הליקס
יוצר לחץ על הדנ''א
Open bond A=T - double bond - easy to open
93
תפקידו של
| DnaB (Helicase)
המסה של סליל כפול של דנ''א או רנ''א
| 5' ---> 3'
94
תפקידו של
| DnaC
נקשר לדנ''א ב' ופותח את הטבעת שלו
| גם סוגר את הטבעת בחזרה
95
SSB = Single strand binding proteins
מונע סגירת הגדיל
| שומר על כך שישאר דנ''א פתוח
96
שני מנגנוני בקרה בפרוקריוטים לפני השלב של אלונגציה
1. בקרה של מתילציה דנ''א
2. Importance of ATP
רק לאחר שמולקולה ADP
הופכת שוב למולקולה
ATP
מתחיל סיבוב חדש. לפני זה אי-אפשר. זה קורה רק אחרי 20-40 דק' שזה זמן דור של החיידק
97
תפקידו של
| DNA gyrase
פותר בעיה של סופרקוייל עם לחץ גדול
| נמצא על בועית הרפליקציה
98
DNA gyrase
| דוגמה של אנזים... תגידי שם
Topoisomerase II
99
מקור האנרגיה ליצירת הקשר והתארכות השרשרת במהלך רפליקציה בפרוקריוטים
בנוקלאוטיד חדש שמצטרף לשרשרת- הוא עם שלוש קבוצות פוספאט
| שתי קבוצות נופלות בסוף
100
כיווניות של סינטזה=פילמור בשלב האלונגציה בפרוקריוטים
5'----> 3'
