mboc - week 3 Flashcards
(150 cards)
Waarom DNA en RNA 5 naar 3 gevormd
energiesource is daar want zit al fosfaat op nucleotide. Bij verkeerde kan het ook makkelijk vervangen worden. 3 naar 5 zou reactie stoppen want de trifosfaat zou dan weg zijn
charged amino acids
dragons eat knights riding horses
d - aspartic acid
e - glutamic acid
k - lysine
r - arginine
h - histidine
KHR - positive
DE negative
nonpolar amino acids
vaak in membraan
grandma always visits london in may for westministers palace and cathedral
g - glycine
a - alanine
v - valine
l - leucine
i - isoleucine
m - methionine
f - fenylalanine
w - tryptofaan
p - proline
c - cysteine
essentiele arminozuren
valine, methionine, tryptophan, leucine, phenylalanine, threonine
proline waarom afwijkend
heeft als enige geen vrije aminogroep, maakt secondary structures move, zit aan randen
vorming eiwitten volgorde terminals
van n naar c terminal
vouwen eiwitten soort bonds – hydrofobe interacties, ionische interacties, waterstofbruggen
disulfide bond functie
zorgt dat eiwitten kunnen stretchen en weer relaxen. Enige covalente bond. Breekbaar met reducing environment (reductants, electrons opnemers). Redox
wat bepaalt interacties tussen eiwitten
secundaire vouwing.
hoeveel proteincoderende genen, SNPs en splice variants
20.000 proteincoderende genen maar 75.000 SNPs, 200.000 splice variants, 10 million combinational variants
Enzym werking
veranderen niet energieverbruik, maar versnellen wel. Voorbeeld; hydrogenbond rearrangements , soms cofactor nodig (vit a for rhodopsin, heme voor hemoglobine)
deltaG
usable energy, waar we iets mee kunnen. G reaction = G product – G substrate
Enzymreactie michaelis menten
Snelheid = max snelheid x substrate/(substraat +km)
E + S <->(k-1 en k1) ES <-> (k2) P
Km = k2+k1)/K1, waarbij Km affinity constant is. Lezen als afbraak ES/ opbouw ES geeft affiniteitsconstante
Lower Km -> quicker Vm (te zien aan ronde vorm grafiek begin heel snel)
V = (vmax x S) / (Km +S)
relatie tussen Ki en I
Ki (binding affinity for inhibitor) is neg gecorreleerd met i (inhibiting factor van medicijn), lagere Ki geeft hogere I en dan hogere Km
Ion exchange chromatography
negatief eiwit dan positieve ionen op column
Gel filtration chromatography
grote eiwitten zijn sneller drijvend door column dan klein
Affinity chromatography
iets met hoge affiniteit zoals Ab. Kan je ook inbrengen in vector (epitope tagged protein)
Protein identification
Waar actifity of interest is bepalen, allene focussen op dat deel van grafiek. Pool fractions and apply to next column
SDS
- Saturating proteins with SDS gives equal charge to all proteins, beta mercaptoethanol serves to break down disulfide bridges
- Onderkant dus positief van gel, want eiwitten bovenin geladen en zijn negatief
- Maar een band op SDS en actifity of interest in grafiek dan succes
2d gel
- niet denatureren, noncharged proteins
- te ordenen op charge en size
- stipjes kunnen geanalyseerd met MS
MS
- Trypsine knipt tussen arginine en lysine (R/K)
- Mass to charge ratio
Afwijkende plaats maken eiwitten
Mitochondrium worden ook eiwitten gemaakt die daar thuishoren
Eigenschappen tussen membraan
hydrofoob
Eigenschappen Buitenlaag phospholipidenmembraan
hydrofiel
Eigenschappen binnenkant membraan
negatief geladen