Molekylärbiologiska metoder inom bakteriologin Flashcards
Vad innebär molekylärbiologi?
Den del av biologin som handlar om strukturer, egenskaper och funktion av biomolekyler delvis de grundläggande molekylerna i en enskild cell
Vad undersöker man med molekylärbiologiska metoder ?
- > man undersöker bland annat DNA, RNA och proteiner.
- > Inom bakteriologin är det främst nukeinsyrabaserade/genotypiska metoder som används
Under vilka förhållande används genotypiska metoder inom bakteriologin ?
- Artidentifiering (ex. svårtodlade)
- Typning (detektion eller analys av resistens- virulensgener)
Vanliga metoder inom bakteriologin ?
- PCR
- sangersekvensering
- spa-typning
När används PCR/qPCR?
- används för att kopiera och amplifiera specifika gener men även för storleksanalys/detektion av specifik amplifierad PCR-produkt
- Mycket svårodlad eller långsamväxande görs med PCR istället
Hur fungerar Konventionell PCR?
- > Gelelektrofores + infärgning
- > Storlek jämförs med stege eller positiv kontroll
Hur fungerar realtids-PCR ?
- > ospecifik inmärkning med eg SYBR green. Specifik denatuering
- > specifik fluorescens- inmärkt probe
Nämn Atypiska luftvägsbakterier ?
- > Mycoplasma pneumoniae: långsamt sjukdomsförlopp
- > Chlamydophila pneumoniae: långsamt
- > Chlamydophila psittaci: papegojsjuka
- > Legionella pneumophila: smittar via vattenånga
Vilken metod bör utföras vid könssjukdomar ?
Eftersom könssjukdomar är mycket svårodlade krävs PCR metoden
Vad är Neoerlichia mikurensis ?
- Sjukdom som sprids via fästingar
- ## feber, proppar, sjukdomskänsla
Vilka gener kan upptäckas inom resistens med PCR?
- MRSA kan upptäckas genom generna mecA=NGS
- VRE kan upptäckas via två toxingener vanA och vanB
Hur fungerar sanger sekvensering ?
- > vid sangers används endast en primer vilket inte görs på vanlig PCR.
1. först används sekvenserings PCR. En blandning av dNTP och fluorescerande ddNTP. - reaktionen avstannar då en ddNTP binder in
2. andra steget, kapillärelektrofores.
Vad gör RipSeq ?
- hanterar blandade DNA-sekvenser
vad finns det för skillnad i artidentifiering av PCR och sangerska ?
-> PCR =
“ finns den här specifika bakteriearten i provet”
“En stängd fråga”
-> Sanger sekvensering
“finns det någon bakterie i prove”
“vad är det för art”
“En öppen fråga”
Finns det framtida sekvenserings metoder ?
- > Next Generation Sequencing (NGS)
- > Third generation equencing
