MS - Proteomics

Question 1

Hvad er TDP (Top-Down Proteomics)?

Answer 1

TDP analyserer hele, intakte proteiner direkte i MS. Giver information om isoformer, PTMs og proteoformer. Kræver høj opløsning og ofte ECD/ETD-fragmentering.

Question 2

Hvad er BUP (Bottom-Up Proteomics)?

Answer 2

BUP analyserer små peptidfragmenter efter enzymatisk nedbrydning (fx med trypsin). Mest almindelige metode. Mister dog info om fuld længde og sammensatte PTMs.

Question 3

Hvad er DDA (Data-Dependent Acquisition)?

Answer 3

DDA vælger automatisk de mest intense ioner i et MS1-scan til fragmentering i MS2. God til at identificere ukendte peptider, men kan overse lavintense ioner.

Question 4

Hvad er DIA (Data-Independent Acquisition)?

Answer 4

DIA fragmenterer alle ioner inden for bestemte m/z-vinduer uden at vælge specifikke ioner. Giver omfattende data, men kræver avanceret dataanalyse.