Nucléotides et acides nucléiques Flashcards
(186 cards)
1
Q
Quelles sont les deux types d’acides nucléiques ?
A
Les acides ribonucléiques (ARN)
l’acide désoxyribonucléique (ADN)
2
Q
Rôle des acides nucléiques ?
A
Ils stockent et transmettent l’information génétique
3
Q
ADN
A
matériel génétique, support de l’hérédité
4
Q
Chromosome
A
principalement ADN et protéines
5
Q
Combien d’acides aminés différents avons-nous ?
A
20 acides aminés différents
6
Q
Combien de nucléotides différents dans l’ADN ?
A
4 nucléotides différents
7
Q
Transformation (expérience de Griffith)
A
transfert de matériel génétique d’une cellule à une autre, modifiant ainsi son génotype et son phénotype
8
Q
CCL de l’expérience de Avery, McLeod et McCarty
A
le matériel responsable de la transformation est vraisemblablement l’ADN d’autant que ce matériel «déprotéiné»
9
Q
Bactériophages T2
A
virus à ADN qui infectent des bactéries
10
Q
Les phages
A
constitués d’ADN entouré d’une capside (protéines)
11
Q
Rôle de l’ADN d’un virus dans l’infection d’une cellule par le bactériophage T2 ?
A
Lors de l’infection virale, seul l’ADN pénètre dans les cellules infectées.
Cet ADN est capable de reprogrammer les cellules à faire de nouvelles particules virales
12
Q
Les acides nucléiques sont des polymères de nucléotides utilisés pour ?
A
stockage des informations génétiques (ADN)
transmission d’informations génétiques (ARNm)
traitement de l’information génétique (ribozymes)
synthèse des protéines (ARNt et ARNr)
régulation de l’expression génique (longs ARNnc-miARN)
13
Q
Les nucléotides sont également utilisés sous forme de monomères pour les fonctions cellulaires.
Lesquelles ?
A
énergie pour le métabolisme (ATP)
synthèse de coenzymes (NAD+)
transduction du signal (AMPc)
14
Q
Constitution d’un nucléotide ?
A
base azotée
pentose/sucre
phosphate
15
Q
Constitution d’un nucléoside ?
A
base
pentose
16
Q
Quelle est la différence entre un désoxyribonucléotide et un ribonucléotide ?
A
In deoxyribonucleotides the —OH group on the 2’ carbon of the ribonucleotide (in red) is replaced with H.
17
Q
Purines
A
Molécules azotées hétérocycliques constituées d’un cyclepyrimidinefusionné à un cycleimidazole.
18
Q
Charge du groupement phosphate à pH neutre ?
A
Chargé négativement à pH neutre
19
Q
Ou est attaché le groupement phosphate sur le pentose ?
A
Généralement attaché en position 5’
20
Q
Comment sont construits les acides nucléiques ?
A
Les acides nucléiques sont construits en utilisant la version 5’-triphosphates du nucléotide.
21
Q
ATP
A
Il s’agit d’une molécule essentielle dans le transfert d’énergie cellulaire.
L’ATP stocke et transporte l’énergie nécessaire aux processus cellulaires, en libérant de l’énergie lorsqu’une liaison chimique spécifique est rompue.
22
Q
GTP; nom complet
A
Guanosine triphosphate
23
Q
TTP; nom complet
A
Le pyrophosphate de thiamine
24
Q
CTP; nom complet
A
La cytidine triphosphate
25
Définition de GTP
C'est une molécule similaire à l'ATP (adénosine triphosphate) et joue un rôle crucial dans les processus cellulaires en tant que source d'énergie, notamment dans les réactions liées à la synthèse des protéines et à la signalisation cellulaire.
26
Définition de TTP
Le pyrophosphate de thiamine est une forme active de la vitamine B1, également connue sous le nom de thiamine.
Il joue un rôle important dans le métabolisme des glucides en tant que cofacteur enzymatique.
27
Définition courte de CTP
Il s'agit d'un nucléotide, composant essentiel des acides nucléiques tels que l'ADN et l'ARN, contenant la base azotée cytosine.
CTP est utilisé dans la synthèse des acides nucléiques pendant la réplication cellulaire et la transcription.
28
Deux des trois phosphates utilisés pour la construction d'acides nucléiques forment un groupe partant.
Lequel ?
pyrophosphate-PPi
29
Adenosine 29-monophosphate, 39-monophosphate, and 29,39-cyclic monophosphate.
How are they formed ?
formed by enzymatic and alkaline hydrolysis of RNA.
30
Forme des pentoses dans l'ARN
Bêta-D-ribofuranose
31
Forme des pentoses dans l'ADN
Bêta-2’-deoxy-D-ribofuranose
32
Caractéristique principale des bases azotées ?
Dérivées de la pyrimidine ou de la purine
Molécules : hétéro-aromatiques
Structures planes
Absorbent dans l’UV : 250–270 nm
33
Quelles sont les bases azotées qui se trouvent à la fois dans l'ADN et l'ARN ?
La cytosine, l'adénine et la guanine
34
Quelle est la base azotée qui se trouve uniquement dans l'ADN?
La thymine
35
Quelle base azotée se trouve uniquement dans l'ARN ?
Uracile
36
Comment sont les bases azotées dans un pH à 7 ?
Molécules neutres à pH 7
37
Caractéristique acido-basique des bases azotées
Tous sont de bons donneurs et accepteurs de H.
38
Le nom de l'adénine si nucléoside de l'ARN ?
Adénosine
39
Le nom de l'adénine si nucléotide de l'ARN ?
Adénylate
40
Le nom de l'adénine si nucléoside de l'ADN ?
Deoxyadénosine
41
Le nom de l'adénine si nucléotide de l'ADN ?
Deoxyadenylate
42
Nom de la guanine si nucléoside de l'ARN ?
Guanosine
43
Nom de la guanine si nucléotride de l'ARN ?
Guanylate
44
Nom de la guanine si nucleoside de l'ADN ?
Deoxyguanosine
45
Nom de la guanine si nucléotide de l'ADN ?
Deoxyguanylate
46
Nom de la cytosine si nucléoside de l'ARN ?
Cytidine
47
Nom de la cytosine si nucléotide de l'ARN ?
Cytidylate
48
Nom de la cytosine si nucléoside de l'ARN ?
Deoxycytidine
49
Nom de la cytosine si nucléotide de l'ARN?
Deoxycytidylate
50
Nom de la thymine si nucleoside de l'ADN ?
Thymidine ou deoxythymidine
51
Nom de la thymine si nucléotide de l'ADN ?
Thymidylate ou deoxythymidylate
52
Nom de l'uracile si nucléoside dans ARN ?
Uridine
53
Nom de l'uracile si nucléotide de l'ARN ?
Uridylate
54
Dans les nucléotides, comment est attaché le cycle pentose à la base azotée ?
par une liaison b N-glycosidique
55
Avec quelle carbone se forme la liaison bêta ?
La liaison est formée avec le carbone anomérique du sucre en configuration bêta.
56
Avec quel azote se fait la liaison beta N-glycosidique dans les pyrimidines ?
le N1 dans les pyrimidines
57
Avec quel azote se fait la liaison beta N-glycosidique dans les purines ?
N9 dans les purines
58
Caractéristique la liaison b N-glycosidique.
stable vis-à-vis de l'hydrolyse, en particulier dans les pyrimidines
59
Le clivage de la liaison est catalysé par ?
l'acide
60
Quelle type de rotation se fait autour de la liaison N-glycosidique ?
Angle 0° correspond à la syn conformation.
Angle 180° correspond à l’ anti conformation.
61
Quelle type de rotation se fait dans l'ADN ?
Anti-conformation is found in normal DNA.
62
Pour les bases de purine dans les nucléotides, seules deux conformations par rapport aux unités de ribose attachées sont stérilisées.
Lesquelles ?
anti ou syn
63
Quelle conformation pour les pyrimidines ?
l’anti conformation
64
Absorbance dans les UV (250–270 nm) est due à quoi ?
à la transition électronique pi-> pi*
65
Que deviennent les états excités des nucléobases ?
Les états excités des nucléobases se désintègrent rapidement par des transitions sans rayonnement.
66
Les transitions électroniques moléculaires
Elles se produisent lorsque les électrons de valence sont excités à partir d'un niveau d'énergie vers un niveau plus élevé
67
Que fournit l'écart d'énergie associé à cette transformation?
fournit de l'information sur la structure de la molécule et est à l'origine de nombreuses propriétés moléculaires (comme la couleur).
68
Que nous donne la loi de Planck ?
La relation entre le niveau d'énergie impliqué dans la transition électronique et la fréquence de radiation est donné par la loi de Planck.
69
De même, le passage d'un électron d'une orbitale liante π à une orbitale antiliante π* est noté comment ?
pi->pi*
70
Quand se fait la méthylation ?
La modification se fait après la synthèse de l'ADN.
71
5-méthylcytosine est courante chez quelle type de cellules ?
chez les eucaryotes mais se trouve également chez les bactéries
72
La N6-méthyladénosine est courante chez quelle type de cellules?
les bactéries mais ne se trouve pas chez les eucaryotes
73
Marqueur épigénétique chez procaryotes
moyen de marquer son propre ADN afin que les cellules puissent dégrader l'ADN étranger (procaryotes)
74
Marqueur épigéntique chez eucaryotes ?
moyen de marquer quels gènes doivent être actifs (eucaryotes)
75
Inosine
Se trouve parfois dans la «position oscillante» de l'anticodon dans l'ARNt.
76
Comment est formée l'inosine ?
désaminant l'adénosine
77
Que permet l'inosine au niveau du code génétique ?
fournit un code génétique plus riche
78
La pseudouridine
largement présente dans l'ARNt et l'ARNr.
Synthétisée à partir d'uridine par isomérisation enzymatique après synthèse d'ARN
79
Rôle de la pseudouridine ?
peut stabiliser la structure de l'ARNt
peut aider au repliement de l'ARNr
dans un ARNm-peu inflammatoire
80
Polynucléotides
liaisons covalentes sont formées par des liaisons phosphodiester
81
Charge du squelette des polynucléotides?
squelette chargé négativement
82
Le squelette de l'ADN est stable ou instable ?
Stable
83
Quelles enzymes accélèrent l'hydrolyse des polynucléotides ?
ADNases
84
Les polynucléotides sont linéaires ou ramifiées ?
Polymères linéaires
Pas de ramification ou de liens croisés
85
Directionnalité des polynucléotides
L'extrémité 5 'est différente de l'extrémité 3'.
Nous lisons la séquence de 5 ’à 3’.
86
La plupart des macromolécules sont des polymères synthétisés à partir de ?
monomères
87
Polymère
une molécule constituée d’un grand nombre d’unités structurales identiques, appelées monomères, rattachées par des liaisons covalentes.
88
La réaction de condensation
s’accompagne de l’élimination d’une molécule d’eau.
89
La réaction inverse (dépolymérisation) est assurée par ?
réaction d'hydrolyse
90
Qu'est-ce qui permettra formation d'une nouvelle liaison ?
Perte d'une molécule d'eau
91
L'hydrolyse signifie ?
Ajout d'une molécule d'eau.
Elle brise la liaison entre deux monomères
92
les unités de construction des acides nucléiques (polymères) sont ?
Ribonucléotides et désoxyribonucléotides
93
Quelles bases azotées sont des purines ?
Adénine
Guanine
94
Quelles bases azotées sont des pyrimidines ?
Cytosine, thymine, uracile
95
Quelle est la différence au niveau du C2 entre ADN et ARN ?
OH dans ARN et H dans AFN
96
Les acides nucléiques : des polymères de ?
nucléotides
97
Composition d'un nucléotide ?
1) Sucre à 5 C (pentose)
Ribose : ARN
Désoxyribose : ADN
2) Un groupe phosphate (-PO4)
3) Une base organique azotée
98
Comment est formé l'acide nucléique ?
un groupement phosphate d’un nucléotide réagit avec un groupement hydroxyle d’un autre nucléotide pour former une liaison phosphodiester
99
Dans quel condition l'ARN est instable ?
Alcalines
100
L'hydrolyse est catalysées par quels enzymes ?
RNases
101
RNase P
un ribozyme (enzyme à base d'ARN) qui participe à la formation des précurseurs d'ARNt.
102
Dicer
une enzyme qui clive l'ARN double brin en oligonucléotides doubles brins.
103
Rôle de Dicer
Protection contre les génomes viraux
Approche d'interférence ARN
104
Hydrolysis of RNA under alkaline conditions.
The 29 hydroxyl acts as a nucleophile in an intramolecular displacement. The 29,39-cyclic monophosphate derivative is further hydrolyzed to a mixture of 29- and 39-monophosphates. DNA, which lacks 29 hydroxyls, is stable under similar conditions.
105
Phosphodiester linkages in the covalent backbone of DNA and RNA.
The phosphodiester bondslink successive nucleotide units.
The backbone of alternating pentose and phosphate groups in both types of nucleic acid is highly polar.
The 59 and 39 ends of the macromolecule may be free or may have an attached phosphoryl group.
106
Que renferme la double hélice d'ADN ?
Code génétique
107
Composition de la molécule d'ADN ?
La molécule d’ADN est composée de deux chaînes de nucléotides enroulées en double hélice
108
Qui a découvert la structure de la molécule d'ADN ?
structure découverte par Watson et Crick en 1953.
109
Comment s'enroule les deux chaines d'ADN ?
Les deux chaînes s’enroulent dans des directions opposées -> anti-parallèles.
110
Les bases dans l'ADN ?
Dans la double hélice, les bases se font face et s’apparient 2 à 2 par des liaisons hydrogène (toujours A avec T et C avec G : bases complémentaires).
111
Comment sont les séquences sur les deux brins ?
Comme les deux chaînes sont anti-parallèles, les séquences sur les deux brins sont complémentaires.
112
Que permet la complémentarité des séquences ?
La complémentarité permet la réplication exacte de la séquence de l’ADN.
113
Extérieur de l'ADN
les squelettes phosphate-désoxyribose sont à l’extérieur
114
Intérieur de l'ADN
les bases pointent vers l’intérieur et s’apparient 2 à 2 en respectant la complémentarité A-T et G-C.
115
Comment se lient deux bases ?
Deux bases peuvent se lier à l'hydrogène pour former une paire de bases.
116
Quelles sont les paires de bases qui prédominent dans l'ADN ?
Les paires de bases Watson-Crick prédominent dans l'ADN double brin
117
Les paires de bases Watson-Crick
A s’apparie à T.
C s'apparie à G
La purine s'associe à la pyrimidine.
118
Différence entre les monomères et polynucléotides ?
Pour les monomères, un grand nombre de paires de bases est possible.
Dans le polynucléotide, seules quelques possibilités existent.
119
Combien de liaison H entre AT et entre GC ?
Entre AT: 2
Entre GC: 3
120
Qu'a fait Miescher ?
Friedrich Miescher isole la «nucléine» des noyaux cellulaires
121
Que nous apporte l'hydrolyse de la nucléine ?
phosphate
pentose
une base azotée
122
Analyse chimique de la nucléine ?
liaisons phosphodiester
le pentose est le ribofuranoside
123
Nucléobases
Une nucléobase est une molécule organique qui constitue la partie fondamentale d'un nucléotide, l'unité de base des acides nucléiques tels que l'ADN et l'ARN.
Ces nucléobases forment la séquence d'information génétique le long des brins d'ADN et d'ARN.
124
Nucléine
Le terme "nucléine" est un ancien terme utilisé pour décrire les acides nucléiques, qui sont des macromolécules biologiques essentielles
125
Que signifie la croix de l'image cristallographique de Rosalind ?
«Croix» signifie hélice
126
Que signifie les "diamants" sur l'image cristallographique de Rosalind?
«Diamants» signifie
que le phosphate épine dorsale et que le sucre est en dehors
127
Quand est-ce que Watson, Crick et Wilkins ont obtenu le prix Nobel ?
1962
128
Loi de Chargaff
A=T et G=C
donc toujours autant de Purines (A et G) que de Pyrimidines (C et T)
129
Diffraction par RX de Franklins
Obtention de la forme hélicoïdale permettant de calculer les dimensions de la molécule
130
Caractéristiques principales des deux chaines d'ADN ?
Deux chaînes diffèrent dans l'ordre (la séquence est lue de 5 ’à 3’).
Deux chaînes sont complémentaires.
Deux chaînes fonctionnent de manière antiparallèle.
131
Quels sont les trois modèles envisagés dans la réplication de l'ADN ?
- Modèle conservateur
- Modèle semi-conservateur
- Modèle dispersif
132
Modèle conservateur
La double hélice parentale reste inchangée: une deuxième copie entièrement nouvelle est créée
133
Modèle semi-conservateur
Les deux brins de la molécule parentale se séparent et chacun d'eux se séparent sert de matrice pour la synthèse d'un brin matrice
134
Modèle dispersif
Chacun des brins des deux molécules filles est un mélange de segments anciens et de segments nouvellement synthétisés.
135
Comment débute la réplication de l'ADN?
La séparation des brins se produit en premier
136
Que font les deux brins ?
Chaque brin sert de modèle pour la synthèse d'un nouveau brin
137
Quelles enzymes catalysent cette synthèse?
ADN polymérases.
138
Résultat de la réplication de l'ADN ?
Une molécule d'ADN nouvellement fabriquée a un brin fille et un brin parent.
139
De quoi a-t-on besoin pour la réplication de l'ADN ?
La réplication de l’ADN requiert un modèle, des nucléotides et une ADN polymérase
140
Comment est synthétisé l'ARNm ?
Est synthétisé à l'aide d'un modèle d'ADN et se présente généralement sous la forme d'un seul brin : monocaténaire
141
Que contient l'ARNm à la place du désoxyribose et de la thymine ?
Contient du ribose au lieu du désoxyribose
Contient de l'uracile au lieu de la thymine
142
Un ARNm code pour ?
Un ARNm peut coder pour plus d'une protéine
143
Que transfère l'ARNm ?
Avec l'ARN de transfert (ARNt), l’ARNm transfère les informations génétiques de l'ADN aux protéines
144
Gène monocistronique
Les gènes monocistroniques sont des gènes qui ne codent qu'une seule protéine ou un seul produit fonctionnel.
produire une seule protéine ou un seul ARN fonctionnel
145
Gène polycistronique
peuvent coder plusieurs produits fonctionnels à partir d'une seule unité de transcription
146
Palindromes
mots ou phrases identiques lorsqu'ils sont lus dans les deux sens.
147
Palindromes sequences
Palindromes are sequences of double-stranded nucleic acids with twofold symmetry
148
How to superimpose one repeat of a palindrome sequence ?
it must be rotated 180˚ about the horizontal axis then 180˚ about the vertical axis
149
Mirror repeat
has a symmetric sequence within each strand
150
How to superimpose one repeat on the other in a mirror repeat ?
requires only a single 180˚ rotation about the vertical axis
151
Hairpin
Palindromic DNA (or RNA) sequences can form alternative structures with intrastrand base pairing.
When only a single DNA (or RNA) strand is involved, the structure is called a hairpin.
152
G=U base pairs are allowed only when ?
only when presynthesized strands of RNA fold up or anneal with each othe.
There are no RNA polymerases that insert a U opposite a template G, or vice versa, during RNA synthesis.
153
RNA polymerases
the enzymes that synthesize RNAs on a DNA template
154
Quelles liaisons sont atteintes lors de la dénaturation de l'ADN ?
Les liaisons hydrogène sont rompues.
155
Que se passe-t-il quand les hydrogènes sont rompues ?
Deux brins se séparent.
L'empilement de bases est perdu
L'absorbance UV augmente.
156
Cause de la dénaturation ?
une température élevée ou un changement de pH
157
Qu'arrive-t-il à l'ADN lorsqu'il dans des températures normales ?
L'ADN existe sous forme de “double hélice” à des températures normales
157
Qu'arrive-t-il à l'ADN lorsqu'il est dans des températures élevées?
Deux brins d'ADN se dissocient à des températures élevées.
158
Lorsqu'une température élevée s'abaisse, qu'arrive-t-il aux brins d'ADN dissociés ?
Deux brins se réapparient lorsque la température est abaissée.
159
Quelle est la base de la réaction en chaine par polymérise (PCR) ?
La dénaturation thermique réversible et le réappariement forment la base de la réaction en chaîne par la polymérase (PCR).
160
Définition de spectrophotométrie
technique d'analyse permettant de mesurer l'absorption ou la transmission de la lumière par une substance en fonction de sa longueur d'onde.
161
Rôle de la spectrophotométrie dans l'ADN ?
Elle est largement utilisée en chimie et en biochimie pour quantifier la concentration de composés chimiques dans une solution.
162
PCR
Méthode de biologie moléculaire d'amplification génique in vitro, qui permet de dupliquer en grand nombre
163
the melting point
The temperature at the midpoint of the transition (tm)
164
De quoi dépend la tm ?
du pH, de la force ionique, de la taille du fragment d’ADN et de la composition en bases de l'ADN.
165
Facteurs Affectant la Dénaturation de l’ADN
Le point médian de fusion (Tm) dépend de la composition de la base.
Tm dépend du pH et de la force ionique.
Tm dépend de la longueur de l'ADN.
166
Qui se dissocie à faible température, les régions riches en AT ou ceux en GC ?
Les régions riches en AT se dissocient à une temperature plus basse que les regions riches en GC.
167
Caractéristique de la désamination
réactions très lentes
grand nombre de résidus
effet net significatif
168
Désamination
processus chimique ou enzymatique au cours duquel un groupe amine est retiré d'une molécule, généralement d'un acide aminé ou d'un composé contenant un groupe amine.
169
Combien de cytosines sont converties en uracile lors de la désamination ?
100 C sont converties en U événements / jour dans une cellule de mammifère.
170
Dépurination.
processus chimique dans lequel une base azotée est retirée d'une molécule d'acide nucléique, telle que l'ADN ou l'ARN. Cela résulte de l'hydrolyse de la liaison N-glycosidique entre la base azotée et le reste de la molécule, conduisant à une modification de la séquence nucléotidique.
171
Combien de purines sont perdues/ jour dans une cellule mammifère ?
10000 purines perdues / jour dans une cellule de mammifère
172
exemple de dommage oxydatif
hydroxylation de la guanine
173
Qui est plus sensible aux dommages oxydatifs dans la cellule ?
l'ADN mitochondrial est le plus sensible
174
exemple d'alkylation chimique
méthylation de la guanine
175
Agents alkylants
Les alkylants sont des anticancéreux très utilisés en chimiothérapie.
Ils agissent par la formation de liaisons covalentes avec l'ADN, entravant ainsi les processus de réplication et de transcription, et entraînant la mort cellulaire
176
Que fait la lumière UV sur les pyrimidines ?
La lumière UV induit une dimérisation des pyrimidines; cela peut être le principal mécanisme des cancers cutanés.
177
Que font les rayonnements ionisants sur l'ADN ?
provoquent l'ouverture des cycles et la rupture des brins.
178
L'accumulation de mutations est liée à quoi ?
vieillissement et à la carcinogenèse
179
Carcinogenèse
processus de développement et de formation de cellules cancéreuses à partir de cellules normales.
180
Qu'induit la formation de la formation d'un dimère de cyclobutane ?
une courbure ou un pli dans l'ADN
181
Fonction des nucléotides
-coenzymes (NMN/NAD)
-signalisation et régulation (AMPc / GMPc)
-molécule énergétique (ATP / GTP)
- source énergétique
182
La coenzyme A (CoA) impliquée et nécessaire dans ?
dans les réactions de transfert de groupes « acyle »
183
Comment est-ce que le groupe acyle est attaché au CoA ?
Le groupe acyle (tel que le groupe acétyle ou acéto-acétyle) est attaché au CoA par une liaison thioester au fragment ß-mercaptoéthylamine
184
Rôle de NAD+ ?
participe aux transferts d'hydrures
185
FAD
forme active de la vitamine B2 (riboflavine), dans les transferts d'électrons.
