Parcial 1 - 2 Flashcards
ARN codicante, ARN no codificante, ENCODE, Repetidos comunes, Pseudogenes, Duplicaciones segmentales (251 cards)
1
Q
En que sentido es la transcripción? Donde inicia?Normalmente con que inicia?
A
Es de 3’ –> 5’, creando ARN de 5’ –> 3’. Empieza en +1. 50% inicia con A en trans.
2
Q
Cual es la diferencia principal del ARN con el ADN?
A
ARN tiene uracilos, ribosa y es de hélice simple.
3
Q
Cuales son las formas que puede tomar el ARN?
A
- Primaria: secuencia lineal de nucleótidos.
- Secundaria: doble hélices localizados.
- Terciaria: varias estructuras secundarias.
4
Q
Cuales son dos formas de ARN secundarias?
A
- Hairpin: 5-10 NT unidos.
- Stem-loops: miles de NT.
5
Q
Cual es la función del ARN?
A
Contiene información genética, síntesis de proteínas, regulación de expresión de genes, catalítico, etc.
6
Q
Como se llama la versión no procesada de ARNm? Que contiene?
A
Se llama transcrito primario o hnARN (ARN nuclear heterogéneo) y se conforma por UTRs, cap 5’, intrones, exones y cola de poli A.
7
Q
Upstream es ? como downstream es ?
A
Upstream es regulación como downstream es transcripción.
8
Q
Los reguladores de la transcripción se pueden dividir en dos. Cuales son?
A
Cercanos / cis o potenciadores distantes.
9
Q
Cuales son los reguladores en cis principales de la transcripción?
A
Promotores y sitios de unión para FT
- Caja TATA:
- Caja GC:
- Islas CpC:
- Caja CAAT: -80 pb upstream. Bidirecciona
10
Q
Que es la caja TATA? Donde se ubica? Para que sirve?
A
A-T repetidos en 25-35 upstream. Crucial para la unión de la pol.
11
Q
En la caja TATA, un cambio en 1 pb tiene que efecto?
A
Baja la tasa de transcripción
12
Q
Que es la caja GC? Cuando se presenta? Se le une?
A
Es una secuencia GGGCGG en genes sin caja TATA. Bidireccional. Se le une SP1, SP3 y SP4.
13
Q
Que son las islas CpG? En donde se ubican? Cuales son sus funciones?
A
Son secuencias de 20-50 pb de C-G en 100 pb usptream. Es el inicio de la transcripción –> esta metilada –> desmetilasas –> abre la cadena.
14
Q
Donde se pueden ubicar los potenciadores distantes?
A
-50Kb upstream del promotor, downstream en un intron, dowsntrea, en el último exón,
15
Q
Que son los potenciadores?
A
Reguladores de transcripción específicos a un tipo de celular y se localizan en cis.
16
Q
Cual es el proceso de transcripción de la ARNm?
A
- Inicio: ARN pol II se une al promotor, guiada por FT.
- Elongación: ARN pol II agrega nucleótidos = síntesis.
- Terminación: ARN pol II encuentra una señal de terminación.
17
Q
Los factores transcripcionales (TF) son elementos ? reclutados a elementos ? del DNA como promotores (distal y mínimo/basal o core) y enhancers. ? = ubicación
A
Los factores transcripcionales (TF) son elementos TRANS reclutados a elementos CIS del DNA como promotores (distal y mínimo/basal o core) y enhancers.
18
Q
En el paso de elongación en la transcripción, el primer nucleotido siempre es ? mientras los demás son ? al liberar ? a la unión. Respecto a fosfatos.
A
El 1ro siempre es trifosfatado mientras los demás son monofosfatados ya que liberan 2 pirofosfatos a la unión.
19
Q
Cuales son las principales modificaciones postranscripcionales del ARNm?
A
Adición de 5’ cap (7-metilguanosina), adición de la cola poli A y splicing.
20
Q
Para que sirve la cap 5’?
A
Protege de la degradación, permite el transporte del núcleo al citoplasma y funciona como un sitio de unión para los factores de transcirpción en la traducción.
21
Q
Que es la cola de poli A y para que funciona?
A
Con 100-250 adeninas al final del ARNm. Protege de la degradación y facilita la eficiente traducción en ribosomas.
22
Q
Que es el splicing?
A
Es la eliminación de intrones del transcrito primario y la unión de exones para formar un ARNm maduro.
23
Q
Que son los splice junctions? Quien es la reconoce?
A
Secuencias entre los exones e intrones. Son reocnocidas por el complejo de splicing.
24
Q
Cuales son los principales splice junctions?
A
Sitio donador, sitio ramificado y sitio aceptor
25
Que es el sitio donador? Función principal?
Secuencia en el extremo 5' del intrón donde comienza el corte. Corresponde a GU.
26
Que es el sitio ramificado? Función principal?
Es una adenosina ubicado dentro del intron que forma el lazo.
27
Que es el sitio aceptor?
Secuencia en el extremo 3' del intron donde se une al exon. Corresponde a AG.
28
Cual es el proceso de splicing? Pasos principales
1. Ataque nucleofílico: adenosina del SR actaca el fosfato del SD, cortando el intrón en el SD.
2. Formación del lazo: la SD se une al SR = lazo.
3. Corte y unión: se corta en el sitio aceptor, liberando el lazo.
29
Que es el splicing alternativo? Como funciona?
Es un mecanismo que permite la producción de diversos isoformas de porteínas a partir de un solo gen. Incluye o excluye ciertos exones. Importante para el SNC.
30
Donde ocurrre la traducción? Cuales son sus pasos principales?
Ocurre en ribosomas. Incluye incio, elongación y terminación.
31
Es el ARN más abundante (80%). Su transcripción y procesamiento sucede en el nucleolo.
ARN ribosomal
32
Cuales son los principales tipos o tamaños de ARNr? Quien los sintetiza?
- 5.8S, 18S y 28S: sintesis por polimerasa I.
- 5S: sintesis por polimerasa II.
33
Cuales tipos / tamaños de ARNr componen el ribosoma mayor? Y el menor?
- Mayor: 5S, 5.8S y 28S.
- Menor: 18S.
34
La transcripción del ARNr requiere de dos cosas. Cuales son estás?
- Un elemento upstream de -155 a -60
- Un sitio de inicio o central de -40 a +5.
35
Cual es el proceso de iniciación de la polimerasa en la transcripción de rARN?
1. Unión de factor de activación multimérico (UAF) al elemento upstream donde también hay subunidades de histonas.
2. Unión de factor trimérico y de TBP al sitio de inicio.
3. Polimerasa I-Rmp3p se ascoia al complejo anterior --> incio de transcripción.
4. Se forma el rARN naciente o pre-rARN = 45S (80S)
36
El rARN se tiene que cortar para formar sus diferentes tipos. Quien lo corta y como es este proceso?
Lo corta snoARN.
1. 45S se corta para formar el 18S.
2. 41S se corta para liberar 5.8S y 28S.
3. 5.8S se une a 28S.
37
De donde viene y adonde llega 5S con los otros rARN?
Este sale del nucleo y se transporta al nucleolo para unrise a 5.8S y 28S.
38
Que son los pre-rRNP y que van a formar?
Los ARNr se unen con proteínas para formar pre-rRNP los cuales van a formar las subunidades ribosomales. En el nucleolo.
39
Que tiene y como funciona el ARNt en la traducción?
Tiene un anticodón que se empareja con el codon correspondiente en el ARNm. Cada uno es específico para un aminoacído.
40
Tanto el ARNt y el ? vienen del mismo gen en el ?
tARN y rARN 5S. En el núcleo.
41
Cual polimerasa transcribe para los rARN? Cuales?
- Pol I: 45S y lo que deja.
- Pol III: 5S.
42
Que elementos contiene la región promotora de tARN?
- Caja A y Caja B: sitios de unión para los FT.
- TFIIC: FT que se une a cajas A y B.
- TFIIB: FT que se une al complejo TFIIC-Cajas A y B
43
Cual polimerasa se usa para la trasncripción de tARN?
Pol III
44
La expresión de los genes es ? y ? específico
Tejido y tiempo específico
45
El mismo gen se transcribe de forma ? dependiendo de la célula en la que este.
De forma diferente
46
Para que funcionan las histonas H3 y H4 en la transcripción del ARNr?
Regulación.
47
Cuales son las subunidades que ensamblan un ribosoma? Donde sucede este ensamblaje?
Menor 40S y mayor 60S = 80S (eucariota).
Sucede en el nucleolo
48
Como sale al citoplasma las subunidades ribosomales?
Son movilizados a través de los NPC (complejo de poro nuclear)
49
Cuales son las modificaciones postranscripcionales del ARNr?
Asociación con proteínas, cortes para formar las unidades, ensamblaje de las subunidades
50
Que contiene la región promotora de 5S rARN?
- TFIIC: FT que se une a la caja C.
- TFIIB: FT que se une a TFIIC-Caja C.
- TFIIA: FT que se une a caja C.
- Caja C: sitio de unión para los FT.
51
La región promotora de los genes que codifican para tARN y rARN 5S se encuentran localizados en la
Región de transcrito
52
La trasncripción de ARNt crea que?
Un pre-ARNt con 75-80 nucleotidos.
53
Cual es el proceso de maduración de pre-ARNt?
1. Eliminación de intrón (14NT) a través de splicing.
2. Eliminación de 5' (16NT) por RNase P (ribonucleasa P)
3. Residuo UU en 3' es remplazado por ACC
4. Distintas bases son modificadas quimicamente.
5. tARN maduro
54
Cuales son los ARN codificantes?
ARNm, ARNt y ARNr
55
Cuales son las características/funciones prinicpales de los ARN nucleares pequeños (snARN)?
- 107-210 nucleotidos.
- En el núcleo
- Madura pre-ARN a través de splicing
56
Que son los U1, U2, U4, U5 y U6? Cuales son sus funciones (de U1 y U2)?
Son snRNPs = snARN asociados con 6-10 proteínas. Forman el spliceosoma.
- U1: se une al sitio donador.
- U2: se une al sitio de ramificación.
57
Cuales son las principales funciones de los snoARN?
- Procesamiento de los rARN a través de splicing
- Regulación epigenética
58
Cuales son las características / funciones prinicpales del ARN de interferencia (iARN)?
- 21-25 nucleótidos
- Bicantenario
- Causan silencamiento génico
- Su descubrimiento fue en los 90s explorando plantas y gusanos.
59
Cuales son las principales características principales del ARN de interferencia pequeños (siARN)?
- Exogeno (virus u otro organismo)
- Ambos extremos 3' presentan protuberancias sin loops.
60
Cual es el proceso de sintesis / función de los siARN?
1. siARN es cortado por Dicer (endonucleasa) en fragmentos.
2. siARN se incorpora al complejo RISC (ARN induced silencing complex)
3. ARgonauta degrada una de las hebras de siARN --> monoacentanario
4. La hebra se une de manera casi completamente complementaria al ARNm diana.
5. Provoca la degradación del mARN --> silencamiento del gen.
61
Cuales son las dos funciones principales de micro ARN (miARN)? En que depende que función se haga?
- Complementariedad parcial: Bloquea la traducción del mARN al formar un loop / burbuja
-Complementariedad casi exacta: la marca para la degradación
62
El estado activo de miARN es ? mientras el estado inactivo es ?
El estado activo de miARN es monocatenario mientras el estado inactivo es bicatenario?
63
Cual es el proceso de sintesis/función del miARN?
1. pri-miARN se sintetiza por pol-II en el núcleo
2. DROSHA/RNASEN elimina la cola poli A y cap 5' del pri-miARN para formar pre-miARN
3. pre-miARN sale del citoplasma donde Dicer corta su loop --> cadena bicatenaria de 21-23 NT
4. Argunauta elimina una hebra --> monocatenario
5. Hebra se une a RISC
6. Se hibrida al ARNm y bloquea la traducción del mARN
64
pri-miARN tiene dos características particulares. Cuales son estas?
Tiene cola poli A y cap 5'
65
Cual es la función de RISC?
Complejo que busca por un mARN complementario con el xARN que se ha unido con
66
Cuales son las características / funciones principales del ARN piwi interaction (piARN)?
ARN asociado a proteínas PIWI. Están involucrados en la regulación génica en células germinales.
67
Que hace el TSIX?
Silencia un cromosoma X de las mujeres.
68
Que hace H19?
Imrpinting --> silencamiento o activación de genes.
69
Que son los ARN largos no codificantes (IncARN) y para que funcionan?
Más de 200 NT. Sirven de armazón, regulan la actividad genética y la heterocromatización del cromosma X.
70
Para que sirven los ARN pequeños de Cajal (scaARN)?
Modifican los snARN y los snoARN
71
Que es el proyecto ENCODE? Cual es su objetivo o función?
Encyclopedia of DNA elements. 2003. Es un católago de los elementos funcionales del genoma humano que sirvió para identificar y comprender la regulación de la expresión génica y sus implicaciones en la salud.
72
Que son los repetidos comunes?
Son regiones del ADN repetidos a lo largo del genoma y dispersos por diferentes áreas.
73
Cuales son los objetivos principales del proyecto ENCODE?
- Identificar genes codificantes para proteínas
- Identificar genes no codificantes.
- Estudiar elementos reguladores de transcripción.
- Investigar secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
74
En cuantas fases se dividieron el proyecto encode? A que años corresponden? Cuales son las principales cosas que se llevaron a cabo en cada una?
- Fase 1: 2003-2004. Desarrollo tecnológico.
- Fase 2: 2008-2012. Desarrollo tecnológico, ModENCODE (fly and worm) y mouse ENCODE.
- Fase 3: 2013-2016. Análisis computacional.
- Fase 4: 2017-2021. Análisis computacional y caracterización funcional.
75
La fase 1 del proyecto ENCODE permitió / que descubrio?
Permitió la identfiicación y caracterización de regiones en el genoma previamente identificadas y de nuevas regiones.
76
La fase 1 del proyecto ENCODE estudio ? regiones que transcriben a ARN lo cual corresponde a ?Mb o ?% del genoma.
Estudio 44 regiones. 30Mb. 1% del genoma.
77
Cuales son los reguladores a larga distancia?
Potenciadores, silenciadores, represores y aisladores.
78
Cuales fueron los elementos funcionales estudiados en la fase 1?
- Regiones transcriptas a ARN
- Reguladores a larga distancia
- Reguladores cis
- Sitios de repliación de ADN
- Modificaciones epigenéticas
79
Cuales fueron los métodos de identificación principales usados en las fase 1 del proyecto ENCODE? Para que se usaban?
- Digestión con DNasa: regiones hipersensibles.
- Ensayos reporteros: regiones regulatorias.
-ChIp-chip: sitios de unión a proteínas --> modificaciones epigenéticas y cis-regulatorias.
- Hibridación en microarreglos: sitios de replicación de ADN y genes.
- Predicciones computacionales y RT-PCR: genes.
80
Que es ChIP-chip?
Es una técnica de identificación que combina inmunoprecipitación de cromatina con microarrgelos de ADN (chips).
81
Cuales son los pasos de ChIP-chip?
1. Formaldehído fija proteínas en su sitio de unión en el ADN
2. Enzima o sonición lisan el ADN en fragemntos pequeños
3. Se agregan anticuerpos específicos que se unen a las proteínas fijadas --> aislameinto.
4. Se añaden anticuerpos secundarios y una resina/perla para precipitar los complejos --> fragmentos marcados son recuperados y los otros son desechados.
5. Proteinasas degradan proteínas para dejar fragementos de ADN limpios
6. Fragmentos se marcan con fluoróforos y se hibridan en un chip que contiene secunias concoidas del genoma.
7. ADN se hibrida --> fluorófor se emite --> detección de secuencias unidas a proteínas de interés.
82
El desarrollo tecnolgoico de la fase 1 del proyecto encode produció nuevos
Nuevos métodos de identificación y estudios comparativos
83
Cuales fueron los estudios comparativos en la fase 1 del proyecto encode? Que permitio identificar y para que funcionaron?
Fueron estudios comparativos con otros 10 organismos vertebrados elegidos por su posición filogenética. Se usaron para identificar elementos funcionales conservados a lo largo de la evolución (regiones ortólogas). Esto permitió desarrollar técnicas computacionales para inferir funciones biológicas.
84
Donde se publico, cuando y de que consta el proyecto ENCODE 2?
Se publico en la revista Nature en 2019. Consta de 13 artículos sobre información genómica.
85
Cual es el primer artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
1. Motivos de factores de transcripción.
-Se mapearon 119 regiones del genoma que tenían proteínas unidas al ADN (8.1%), 87 siendo unidos a FT.
-Usaron ChIP-Seq en 72 células humanas para mapear sitios donde se une ARN pol.
86
Cual es el segundo artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
2. Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción
Ayudan a explorar propiedades de la cromatina.
87
Cual es el tercer artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
3. Carcterización de regiones intergénicas y definción de un gen.
Puede haber FT u otros elemtnos en regiones intergénicas que provoquen transcripciones de otros genes.
88
Cual es el cuarto artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
4. RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras.
Las mdoifcaciones de histonas influyen en los promotores --> cambia la expresión de un gen.
89
Cual es el quinto artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
5. Regulación epigenética del procesamiento del ARN.
Estudiaron promotores --> encontraron las islas CpG y caja TATA. Analizaron si estas estaban cerca de zonas metiladas en las cadenas o histonas.
90
Cual es el sexto artículo del proyecto ENCODE? En que consistio?
6. Caracterización de ARNs no codificantes.
Utilizaron CAGE-Seq para identificar las Cap 5' --> identificación de sitios de incio de unión de los factores de transcripción.
Esto nos ayuda a detectar ARNm y también los no codificantes.
91
Cual es el septimo artículo del proyecto ENCODE?
Metilación del ADN
92
Cuales son los artículos 8-13 del proyecto ENCODE?
8. Descubrimiento y caracterización de enhancers
9. Conexiones 3D a lo largo del genoma
10. Caracterización de la red topológica
11. Machine learning in genomics
12. Entendiendo la variación con base en el impacto de la información funcional
13. Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
93
Que es el FACTORBOOK?
Es un católago que documento todos los sitios de ADN unidos a FT.
94
En el segundo articulo del proyecto ENCODE estudiaron el gen H3K27me3. Este que es, a que se asocia y que permitio ver?
Es la trimetilación de lisina 27 de la histona 3. Est asociada con la represión de expresión génica. Permitio observar como la metilación afecto los FT.
95
De que esta compuesto un gen?
De regiones reguladoras, intrones y exones.
96
Que son los transposones ? Como se les dice también?
45% del genoma. Son secuencias que se pueden replicar e insertar en diefrentes lugares. Se les dicen genes saltarines.
97
Cuales son las clases de transposones? Cuales son sus características principales?
- Clase I: retotransposones. Se duplican y se desplazan por el genoma a través de la transcripción a ARN --> transcriptasa reversa --> cADN --> ADN.
- Clase II: ADN transposones. Se mueven directamente dentro del genoma. Se cree que provienen de de virus o evolución de otros genes.
98
Cuales son los principales tipos de transposones clase I?
1. Repeticiones terminales largas (LTRs)
2. Repeticiones terminales no largas (no LTR)
99
Secuencias de 100pb-5Kb localizadas en el extremo de los cromsomas.
Repeticiones terminales largas (LTR)
100
Los no LTRs se dividen en dos categorías. Cuales son estas?
- Elementos intercalados largos (LINEs)
- Elementos intercalados cortos (SINEs)
101
Cuales son las principales características de los LINEs?
- 20% del genoma
- Localizados en regiones eucromáticas en bandas G.
- Autnonomos al tener genes que codifican proteínas para su transposición.
102
Los LINEs se dividen en tres familias. Cuales son?
- LINE 1: 6Kb o 17%.
- LINE 2
- LINE 3
103
Los LINE 1 tienen varias regiones importantes. Cuales son estas? Que función tienen?
ORF = open reading frame. UTR = región no codificante.
- ORF1: produce p40 = proteína chaperona de ácidos nucleicos.
- ORF2: produce endonucleasa y transcriptasa reversa.
- 5' UTR: bidireccional --> transcripción a ambos lados. Perjudicial o beneficioso?
- 3' UTR: tiene cola de poli A. Muy raro.
104
Cuales son las principales características de los SINEs?
- 13% del genoma.
- Secuencias de 100-400pb.
- No son autónomos --> dependen de la maquinaria de LINEs para su retrotransposición.
105
Que es Alu? Donde se ubica? Función?
Es el SINE más común. De 280pb. Es muy conservadora. Se ubica en bandas R / interbandas. Contribuye a la regulación celular.
106
Alu tiene dos monómeros. Por que estructura se separan los monomeros y que contiene cada uno?
Se separan por una cola de poli A (120pb)
- Izquierdo: contiene regiones A y B.
- Derecho: contiene la región de 32pb que ha cambiado muy poco a través de la evolución --> función importante ?
107
Que son los pseudogenes? De que se derivan?
1977 por Jacq. Son secuencias de ADN que tienen una estructura similar a un gen funcional pero son incapaces de producir una proteína. Son derivados de la duplicación en tándem con acumulación de mutaciones o retroposición de genes funcionales <-- selección natural.
108
Que es GENCODE?
Es un subproyecto del ENCODE que anotó e identificó 12,000 pseudogenes.
109
Los pseudogenes se deben a mutaciones. Cuales son estas mutaciones?
- Codones de paro prematuros --> mutaciones sin sentido
- Mutaciones que alteran el marco de lectura --> inserciones y deleciones de pb.
110
El entrecruzamiento puede transmitir pseudogenes. Esto puede resultar en un gen que (características)
Un gen que tiene hasta 90% de concordancia con su gen funcional homólogo. No siempe es equitativo.
111
Cual el #% de concordancia de los exones #-# y la región 5' del gen ferroquelatasa?
Sus exones 2-11 tienen 82-93% de concordancia con el gen original y la región 5’ 63%.
112
La región 5' del lactato deshidrogenasa tiene el ? diferencias con respecto a las regiones codificantes y la 3'.
El doble de diferencias.
113
Cuales son los tipos de pseudogenes que hay?
- Nonprocessed
- Porcessed
- Unitarios
114
Cuales son los nonprocessed pseudogenes? A que se deben? De que se componen?
Son remanentes de genes duplicados en tándem. Ocurren por flexibilidad mutacional. Contiene intrones, exones y elementos reguladores.
115
Que es la flexibilidad mutacional?
Es el hecho que no hay un control estricto para una hebra en la transcripción debido a que ya hay una hebra que funciona.
116
Cuales son los processed pseudogenes? A que se deben? De que se componen?
Sucede cuando se inserta cADN (retrogen) a una región con un promotor cercano --> se transcribe. Teiene exones y puede tener cola de poli A. Carece de intrones y elementos reguladores.
117
Que son los pseudogenes unitarios?
Son pseugenes que no tienen una copia funcional en el genoma. No tienen un gen parental.
118
Cuales son las funciones de los pseudogenes?
- Reguladores postranscripcionales al codificar miARN y siARN.
- Pueden transcribirse --> proteína no funcional --> enfermedad.
- La conversión genética genera una diversidad de anticuerpos y antígenos = repsuesta inmune.
- Recombinación con genes funcionales --> gen mutado.
119
Cual es la función específico de un pseudogen de la bacteria Borrelia?
Un arreglo en tándem de pseudogenes en un sitio de expresión telomérica en un plásmido lineal se recombinan generando varibailidad genética.
120
Que son las duplicacion segmentales (SDs)? Que producen?
13.7% del genoma. Es una mutación pequeña a nivel genético o cromosmico donde se produce 1 o más copias de un segmento de ADN. Es un mecanismo de evolución.
121
Hay diferentes formas que se pueden formar duplicaciones segmentales. Cuales son estos mecanismos?
- Duplicación de gen en tándem
- Transposición duplicativa
- Duplicación por fusión celular
- Duplicacion subegómicas a gran escala
122
A que se deben las duplicacion de gen en tándem?
Se deben al entrecruzamiento de cromátidas, entre homólgos o intercromosmico, alineadas de manera incorrecta.
123
Que son los short tandem repeats? Para que sirven?
Microduplicaciones. Son bloques de 2 o más pb, en ADN no codificante, que se repiten en secuencia. Sirven como marcadores para rastrear herencia o hallara la huella genética en estudios forenses.
124
Que es la transposición duplicativa?
Un segmento de ADN se duplica y se integra a otra localización cromosomal mediante transposición.
125
Cual es el mecnaismo de divergencia de duplicación segmental?
Consite en que un segmento con dos genes se duplica y se traslada a una 2da región. Esta se somete a fuerzas aleatorias de sustitución de NT para producir variación alélica y divergencia de secuencias entre especies. Esto puede resultar en mutaciones y posiblemente borramiento de genes --> pseudogen no procesado.
126
Como es la duplicación por fusión celular ancestral?
La endosimbiosis dejo tandems de ADN bacteriano en el genoma humano.
127
Como se dan las duplicaciones subgenomicas a gran escala? Donde se dan?
Surgen de translocaciones cromosómicas o por recombinación. Se dan en regiones pericentroméricas o subteloméricas (eucromáticas).
128
Que tienen en comun las siguientes regiones: pericentromérica, intersticial y subtelomérica.
Son inestables ya que son propensas a la recombinación.
129
Las duplicaciones subgenómicas a gran escala puede ser entre cromátidas hermanas o intracromosomico.
130
La mayoría de los repetidos comunes se encuentran donde?
En transposones.
131
A que se refiere la recombinación de alelos no homólogos (NAHR)
Es decir que no tienen a su cromátida hermana empatada con ellos pero el alelo no está empatado donde es. Causan desordenes genomicos.
132
Los sutratos de NAHR son
Los SDs y LCR
133
Que son los low copy repeats (LCR)?
6.6% del genoma. Son fragemtnos de ADN de 10-300pb que se duplican en regiones inestables en el mismo cromosoma (intracromosomicas) o entre cromatidas hermanas.
134
Cuales cromosomas tienen mayor cantidad de LCR?
Cromosoma 22 y Y
135
Cuales son los tipos de LCR de acuerdo a su región?
Pericentroméricos, interticiales y subteloméricos.
136
Que sucede en los LCR pericentroméricos?
Secunias LCR se translocan a una región pericentromérica. Este bloque formado se duplica en otros loci pericentroméricos.
137
Que sucede en los LCR intertsiciales?
Secuencias LCR se duplican y translocan en serie. Crea LCRs más grandes. Relacionados con retrotranspospones.
138
Que sucede en los LCR subteloméricos?
Hay una translocación en serie (reordenamiento consecutivo) por la rotura y reparación de la doble hebra. Son regiones de reparación.
139
Los LCR, cuando se recombinan, pueden causar varias cosas. Cuales son estas?
Duplicaciones, delecciones, inervsiones y translocaciones.
140
A que se deben las dupicaciones y deleciones?
Por recombinación homóloga (ambos; más comun) o intracromosmica (solo delecciones) --> forma 1 a 2 hebras cortas.
141
Las inversiones cambian el sentidos los LCR. Cuales son los dos efectos que pueden etner?
- Neurtos: no genera cambios (palindromicos). Heterocromatina consitutiva.
-Afecta regiones génicas --> interrumpe el orden del gen y su expresión.
142
La inversión en 8p23.1 y el factor de coagulación VIII en el cromsoma X pueden causar dos enfermedades. Cuales son estas?
- Una inversión provoca la interrupción del factor de coagulación VIII en el cromosoma X → hemofilia severa tipo A.
- Inversión en 8p23.1 (45Mb) → lupus eritematoso.
143
Que es una translocación? Por cuales mecanismos se da?
Es cuando un pedazo de cromsoma se rompe y se une a otro. Se da por transposones o recombinación.
144
De que trata el artículo 11 del proyecto ENCODE? Qué es?
Machine learning in genomics. Machine learning focuses on using data and algorithms to enable AI to imitate the way humans learn. In genomics machine learning can be used, for example, to “learn” how to recognize the locations of transcription start sites (TSSs) in a genome sequence
145
El ADN en todas las especies tiene la misma estructura química pero difere en
En la secuencia/orden de nucleotidos
146
Que es un gen?
Sección de ADN con una secuencia determinada para la creación / síntesis de una proteína específica.
147
Un gen se presenta de manera ?. Por qué?
Un gen se rpesenta de manera doble ya que contiene un alelo del padre y uno de la madre.
148
Que es loci o locus?
Es la posición física de un gen. Locus es singular y loci es plural.
149
Un arbol genealogico se organiza por columnas y filas. Que representan las columnas y las filas?
- Filas-Generaciones: F1, F2 y F3.
- Columnas-Individuos: 1, 2, 3 y 4....
150
Que es la variabilidad genética?
Son las diferencias en el ADN entre especies, individuos y poblaciones.
151
Una misma especie comparte #%? y difiere en #%?
Una misma especie comparte 99.9% y difiere en 0.1%
152
En los humanos, que tan variable son las secuencias codificantes? Y las secuencias no codificantes?
- Secuencias codificantes: poco variable.
- Secuencias no codificantes: más propenso a variabilidad entre especies.
153
Que son los polimorfismos?
Es cuando un alelo en un locus en el ADN está en +1% de la población.
154
Los polimorfismos nos dejan saber que un alelo mantiene su frecuencia por algo más que
Una mutación. No es al azar.
155
Como se le llama cuando los polimorfismos se vuelven comunes entre especies?
Divergencia genética
156
Cuales son los principales mecanismos por lo cual se manifestan polimorfismos?
Recombinación homóloga, segregación, mutaciones, duplicaciones, transposiciones.
157
Las ? son el motor de la evolución
Transposiciones
158
Que son los polimorfismos génicos? Que afectan?
Son polimorfismos en regiones codificantes que afectan el genotipo y maybe el fenotipo de un ser. No son dañinas, solo dan diversidad.
159
Que son los polimorfismos bioquímicos?
Son variaciones en porteínas o grupos sanguíneos.
160
Que son los polimorfismos genéticos?
Son polimorfismos en regiones no codificantes lo que puede dar una alteración funcional.
161
En el analisis de polimorfismos, que principal tipo de polimorfismo se usa o se busca? Por que?
Se utilizan microsatélities por su distribución y que son menos comunes.
162
La utilidad de análisis de los polimorfismos es establecer una huella digital. Para que te pueda ayudar esta huella? (3/4)
- Ciencias forenses: comparar sospechosos, usar muestras biológicas para resolver casos e identificar restos humanos.
- Pruebas de paternidad
- Evolución de especies o genética poblacional y las migraciones humanas a lo largo del tiempo.
163
Que son los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs)? Que causa?
Es la variación de un solo nucleotido que puede llevar a diferencias en el aminoácido producido.
164
Cual es la nomenclatura para SNPs?
rs (reference polymorphism) + # de serie.
165
En las secuencias codificantes, se encuentra 1 SNP en cada cuantas pares de bases? Y en secuencias no codificantes?
- Secuencias codificantes: 1 SNP en cada 1000-3000pb.
- Secuencias no codificantes: 1 SNP en cada 500-1000pb. Más común.
166
Cuales son las ventajas de los SNPs?
- Biomarcadores debido a su amplia distribución en todo el genoma.
- Frecuencia → estudios poblacionales
- Estabilidad
167
Que son los GWAS? Que utilizan? Para que se usan?
GWAS = estudios de genoma completo. Utilizan SNPs para buscar variaciones comunes que podrían representar enfermedades o características. Se pueden evaluar en toda la población.
168
Cuales son los principales metodos o mecanismos para formar SNPs?
- Sustitución; ambio de una C por una T (rs212570)
- Inserción o deleción (rs36126541)
- RFLP
169
Que son los RFLP? Como se usan o que detectan?
Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP). Detetcan si hay un SNPs en el sitio de corte. Enzimas de restricción van a intentar cortar --> modifcación de longitus de los fragmentos de restricción o no hay corte = SNP positive.
170
Como se detetcan los fragemtnos de restricción?
Se hibirdan con sondas específicas que conocemos.
171
Que son las enzimas de restricción?
Son proteínas aisladas de bacterias que realizan cortes al ADN de manera muy especifíca.
172
Cuando las enzimas de restricción no cortan / cortan, se pueden producir 3 tipos de fragmetnos. Cuales son estos y como se caracterizan?
- Homocigoto silvestre: el sitio de restricción fue reconocido en ambos alelos = no polimorfismos. AA
- Homocigoto sin corte o variante: no hay corte debido a un polimorfismo en el sitio de restricción. CC
- Heterocigoto: un alelo tiene el sitio de restricción normal --> corte mientras el otro tiene un sitio de restricción con polimorfismo --> no corte. CA o AC
173
Que son los InDels/DIPS? Que crean?
Polimorfismos producidos por delecciones o inserciones. Crean polimorfismos que varían en le temaño de la secuencia.
174
Como se dividen o categorizan los polimorfismos en el ADN?
- Polimorfismo cambio en un solo nucléotido
- Polimorfismo cambio en el tamaño de la secuencia
- Polimorfismo cambio por el numero de secuencias repetidas.
175
Que son los polimorfismos cambio por el numero de secuencias repetidas?
Son regiones de ADN repetidas en bloque o en tándem sujetas a procesos que las hacen variables.
176
Que significa la sigueinte simbiología en un arbol genealogico?
- Cuadro
- Circulo
- Rombo
- Figura vacía
- Punto en centro de figura
- Figura llena
- Slash
- Linea entre dos figuras
- 2 lineas entre dos figuras
- 2 lineas conectoras cuadradas por arriba entre dos figuras
- 2 lineas conectoras en triangulo por arriba entre dos figuras
- Cuadro hombre
- Circulo mujer
- Rombo sexo desconocido
- Figura vacía sin enfermedad
- Punto en centro de figura portador
- Figura llena con enfermedad
- Slash muerto
- Linea entre dos figuras pareja
- 2 lineas entre dos figuras pareja consanguíneos
- 2 lineas conectoras cuadradas por arriba entre dos figuras hermanos
- 2 lineas conectoras en triangulo por arriba entre dos figuras gemelos
177
Los polimorfismos se secuencias repetidas funcionan como
Una huella dactilar y marcadores genéticos.
178
Como se diferenican los polimorfismos de secuencias repetidas?
Se diferencian por el tamaño y unidad de repetición.
179
Que significa (3,4) respecto a polimorfismos de secuencias repetidas?
Que en el alelo 1 hay 3 bloques de reptición y que en el segundo hay 4.
180
La recombinación meiótica es una forma para crear polimorfismos de secuencias repetidas. Que debe de suceder para que se creen estos polimorfismos? Entre que puede suceder y en que resulta?
Se debe a entrecruzameinto disparejo.
- Cromosomas homólogos: genera UEC = unequal crossover.
- Cromátidas hermanas: genera UESCE = unequal sister chromatid exchange.
181
Este metodo provoca la adición o deleción de unidades repetidas en tándem, lo que forma polimorfismos de secuencias repetidas. Cual es este mecanismo?
Tartamudo de la polimerasa.
182
En el tartamudo de la polimerasa, un deslizameinto de la polimerasa hacia atrás causaría
Inserción. Que se despegara de la secuencia, retrocediendo y pegandose otra vez --> repitiendo lo que ya había hecho.
183
En el tartamudo de la polimerasa, un deslizameinto de la polimerasa hacia adelante causaría
Deleción. La hebra molde tiene un lopps --> polimerasa no se mete --> se pierden lso nucleotidos dnetro de ese loop.
184
Que son los satélites? En donde se ubican?
Son secuencias de 100-200pb repetidas en bloque/tándem 100-1000 veces a lo largo del genoma. En centromeros, cerca de telomeros o intracromosómico.
185
Que son los minisatellites o VNTR? Donde se ubican?
10-50pb repetidas en bloque/tandem. En la región telomérica.
186
Que son los microsatélites? En donde se encuentran?
2-4pb repetidas en menos de 10pb. En todo el genoma.
187
Cual es la nomenclatura de los microsatélities? Pj, D12S391
D, # de cromosoma, S single copy y numero en serie.
188
Como se identifican los microsatélities?
Se identifican con PCR: los primers flanquean (ubican) el sitio de secuenciación y ya se duplica.
189
Que son los STR? Donde se ubican? Para que se usan?
Short tandem repeats. No están en todo el genoma. Se ppueden usar para pruebas de paternidad y forense.
190
Los STR son un tipo de ? pero se diferencian en ?
Son un tipo de microsatelities pero se diferencian en motivos repetidos.
191
Los STR se dividen en 4 categorías. Cuales son estas y como se caracterizan?
- Perfectos: sin interrupción ni combinación. Es ordenada. Pj, TATATATATATA.
- Interrumpida: no ordenada. Pj, TATATAGCTATAT
- Combinados: perfecto + interrumpido. Pj, TATATATATATATATATAGCTATAT
- Complejo: combinados + interrumpidos.
192
Los polimorfismos que efecto tienen en general?
Dan ventajas evolutivas para determinada población de acuerdo a la geografía de donde habiten.
193
Cuales son las tres principlaes categorías de polimorfismos por el efecto?
Neutros, no sinónimos y sinónimos
194
Cuales son las tres principlaes categorías de polimorfismos de secuencias repetidas?
Satelites, minisatelites o VNTR y microsatelites.
195
Que son los polimorfismos neutros? Que efecto tienen?
Son secuencias variantes en regiones no codificantes del ADN = silentes (a reserva). Su presencia o ausencia no da ventaja ni desventaja.
196
Que son los polimorfismos no sinónimos?
Son secuenicas con variaciones en la lectura del código genético. Dan otro aminoácido que el original.
197
Que son los polimorfismos sinónimos?
Son variaciones en la secuencia sin cambio en el producto.
198
Que son los polimorfismos del cromosoma Y? A que se deben?
El cromosoma Y tiene 1% de recombinación con el cromosma X lo que puede darle microsatélites (tipo A) pero con un bajo indice de mutación --> no impliaciones negativas.
199
Que función tienen los polimorfismos del cromosoma Y?
Funcionan para identificar parentesco y para estudios evolutivos por línea paterna.
200
Que son y para que sirven los polimorfismos de mitocondrias?
Varaciones en mtADN. Permite identificar parentescos de línea materna.
201
Que hizo Gregor Mendel en 1866?
Realizo estudios genéticos en el chicaro lo que le permitio establecer fundamnetos de la genética moderna.
202
Que es la ley de uniformidad de Mendel?
Establece que cuando se cruzan dos líneas puras que difieren en un carácter (AA y aa), todos los individuos de la primera generación filial serán iguales entre sí (Aa):
- Serán iguales fenotípicamente (físicamente)
- Serán iguales genotípicamente
- Serán iguales fenotípicamente a uno de los progenitores, el que tenga el genotipo dominante
203
Que es genotipo? Como se transmite?
Todos los genes de un individuo. Se transmite mediante alelos. 2 alelos = 1 gen.
204
Que es el genotipo homocigoto?
Unión de gametos con alélos identicos. Pj, AA o aa.
205
Que es una línea pura dentro de la herencia mendelania? A que se debe? Que produce?
Son individuos con antecendentes genéticos similares. Se debe a a autofertilización o apareamiento endogámico. Produce homocigotos para todos los loci.
206
Que es el genotipo heterocigoto?
Es la unión de gametos con alelos diefrentes. Aa.
207
Que es el fenotipo?
Son las características medibles o rasgos distintivos visibles al ojo. Resultado de productos genéticos.
208
Que es el principio de segregación?
Un progenitor transmite solo un alelo.
209
Cuales son los 3 principales principios de Mendel?
- Principio de uniformidad
- Principio de la sagregación
- Principio de distribución independiente
210
Que es el principio de distribución independiente? A que se debe?
La segregación de un par de factores ocurre de manera independiente de otro par y al azar. Se debe por ser en cromosomas no homólogos = en cromosomas diferentes.
211
Cuales son las relaciones alélicas principales?
- Dominante
- Recesivo
- Codonminancia
212
que significa que un alelo sea dominante?
Alelo se expresa fenotipicamente de forma homocigota AA y heterocigota Aa. Simbología en mayusculas.
213
que significa que un alelo sea recesivo?
Alelo se expresa fenotipicamente en forma homocigota . Simbología en minúsculas. aa.
214
que significa que un alelo sea condominante?
Alelos caracen de dominancia o recesividad. AB
215
Los tipos de sangre nos muestran todas la sposibles relaciones alélicas. Cuales son estas?
- A-AA o Ao-dominante
- B-BB o Bo-dominante
- AB-codominante
- O-oo-recesivo
216
Las enfermedad genéticas se pueden deber a 3 tipos de anomalías. Cuales son estas?
- Anomalías cromosomícas
- Anomalías monogénicas
- Anomalías poligénicas
217
Que son las anomalías cromosómicas? Cuales son sus caracterísiticas?
Son alteraciones estructurales o numéricas de los cromosomas autosomas y sexuales. Son poco frecuentes pero tienen alta penetrancia de enfermedad.
218
Cuales son las dos anomalías de cromosomas númericos? Como se diferencian?
- Euploidia: cualquier múltiplo de 23.
- Aneuploidía: no múltiplo de 23.
219
A que se deben las anomalías cromosomales aneuploidía?
Fallo en la meiosis o mitosis por falta de separación o retraso en la anfase que deja un cromosoma o cromátida fuera del núcleo
220
Cuales son las tres anomalías de cromosomas estructurales? Como se diferencian?
- Translocación: transferencia de segmentos cromosomicos.
- Inversión: inversión o intercambio de posición de dos segmentos.
- Delecciones: perída de una parte de un cromosoma.
221
Las inversiones anomalas cromosomicas son compatibles con
Compatibles con el desarrollo normal.
222
Cuales son los dos tipos de translocaciones anomalas cromosomicas? Como se caracterizan?
- T equilibrada recíprocra: intercambio de material genético.
- T robertsoniana: rupture cerca del centrómero de un cromsoma acrocéntricos y le pasa ese segmento a otro cromosma arcocéntrico. Crea un cromosoma muy grande y otro muy pequeño.
223
Cuales son los dos tipos de delección anomalas cromosomicas?
- Intersticiales: 2 roturas para separar un fragmento --> perdida del material cromosómico (fargmento) y fusión de los extremos rotos.
- Terminales: 1 rotura en el extremo del cromosma --> se pierde el extremo.
224
Que efectos tienen las translocaciones anomalas cromosomicas?
Fenotipo normal pero mayor riesgo de producir gametos anormales / riesgo de descendencia anormal.
225
Cuales son los dos tipos de inversiones anomalas cromosomicas?
- Paracéntrica: afecta un brazo del cromosoma.
- Pericéntrica: extremos opuestos del centromero.
226
Si se llega a perder el centrómero por deleciones anomalas cromosomicas, que sucede?
Se pierde en la siguiente divisón celular
227
Que son las anomalías monogénicas? Que causa?
Son producidas por mutaciones en un solo gen --> presenta enfermedad o predisposición a sufrirla.
228
Que son las mutaciones? Cuales son sus características?
Son variaciones espontáneas o inducidas del genoma. Es un cambio permanente y heredable.
229
Cuales son las consecuencias de las mutaciones?
Cambios en secuencias nucleotídicos --> genes --> productos génicos = proteínas.
230
Cuales son los dos tipos de mutaciones de origen? Como se diferencian?
- Mutación germinal: en el óvulo o espermatozoide.
- Mutación somática: en cualquier somática menos las germinales. No se transmite a la descendencia.
231
Cuales son las características de mutaciones germinales? (3)
- No causa daño al no estar en secuencia que produce proteínas <-- no detecada.
- Puede transmitir a sus descendientes
- Son detectados hasta el cigoto cuando se puede producir una enfermedad.
232
Las mutaciones somáticas pueden causar dos tipos de efectos dependiendo de las células en las que suceden. Cuales son los dos efectos?
- En células que no se van a dividir --> ningun efecto significativo.
- En células que están en constante divisón (pj la piel) --> clon de células mutantes --> alteraciones en tejido como displasia.
233
Cuales son los tipos de mutaciones por efectos? Que producen?
- Mutaciones puntuales en regiones codificantes o sustitución
- Deleción de 1 o más Nt
- Inserción de 1 o más Nt
- Nonsense
234
Cuales son los otros nombres para las mutaciones puntuales en regiones codificantes?
- Sustitución
- No sinónima
235
Que son las mutaciones sin sentido o nonsense?
Cambio que resulta en un codón de paro --> terminación de traducción.
236
Cuales son los patrones de transmisión de las mutaciones?
- Herencia autosómica dominante
- Herencia autosómica recesiva
- Herencia ligada al cromosoma X
- Herencia ligada al cromosoma Y
237
Como se transmite la herencia ligada al cromosoma Y?
Solo se transmiten a través de los hombres.
238
Porque la herencia ligada al cromosoma Y es rara y generalmente no transmitida?
Porque muchos hombres con mutaciones graves en el Y son infértiles --> no dejan descendencia.
239
Que es la herencia autosómica dominante? Como funciona?
Mutaciones de novo en gametos. Solo se necesita 1 copia (A) mutada del gen para tener 50% de prob de enfermedad. Otro 50% saludable → pueden haber hermanos no afectados.
240
De que dependen los efectos de la herencia autosómica dominante?
Los efectos dependen de la naturaleza de la mutación y de la proteína afectada.
241
Cual es al diferencia principal entre la herencia autosómica dominante y la recesiva?
En la dominante no hay portadores y en la recesiva si hay.
242
La herencia autosómica dominante tiene dos principales efectos. Cuales son estos?
- Disminuir la función: proteína se vuelve disfuncional o inactiva (pj, leptina o LDL).
- Ganar función: nueva actividad anómala. Pj enfermedad de Huntington.
243
Verdadero o falso: la ganancia de función es más frecuente que la disminución de la función.
falso, es menos frecuente.
244
Que es la herencia autosómica recesiva? Como funciona?
Ambos padres son portadores y heredan 2 copias mutadas del gen (aa) para dar enfermedad a descendiente = 25%.
245
Cual es el grupo más amplio de trastornos mendelianos?
Herencia autosómica recesiva
246
Herencia Autosómica recesiva tiene mayor frecuencia de penetrencia completa. Que significa esto?
Significa que es más probable que las personas con dos copias del alelo recesivo manifiesten la enfermedad
247
Como se caracterizan las enfermedades de Herencia Autosómica recesiva?
Se presentan desde una temprana edad?
248
La Herencia Autosómica recesiva es más común en familias ...
Con antescendentes consaguíneos
249
Quien y como descrubrio la herencia ligada al cromosoma X?
Morgan descubrió en 1910 que algunos rasgos no siguen proporciones mendelianas al estar ligadas al cromosoma X. Esto lo vio en los Drosophilas. Observó que los machos son más susceptibles de manifestar el fenotipo "White" si heredan el gen mutado mientras las hembras necesitan heredar dos copias del gen mutado para manifestar el rasgo "White" = menos frecuente.
250
Como se presenta en los géneros la herencia ligada al cromosoma X recesiva?
Hombres (hemicigóticos) se ven afectados fácilmente mientras que las mujeres (heterocigotas) son solo portadoras.
251
Como se presenta en los géneros la herencia ligada al cromosoma X dominante?
Tanto hombres como mujeres pueden verse afectados con solo 1 X mutado.
