Perguntas Flashcards
(249 cards)
1
Q
O UTP é:
a. Um ribonucleótido.
b. Um ribonucleósido trifosfato.
c. Um ribonucleósido.
d. Nunhuma das alíneas anteriores.
A
b
2
Q
A ligação glicosídica é uma ligação:
a. Entre a base e o açúcar.
b. Entre o açúcar e o grupo fosfato
c. Entre duas bases azotadas.
d. Nenhuma das alíneas anteriores.
A
a
3
Q
A separação das duas cadeias polinucleotídicas por ação do calor chama- se:
a. Renaturação
b. Desnaturação
c. Replicação
d. Nenhuma das anteriores.
A
b
4
Q
Por convecção as sequências de DNA escrevem-se:
a. Da extremidade 5’ para a extremidade 3’
b. Da extremidade 3’ para a extremidade 5’
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores.
A
a
5
Q
O emparelhamento de bases pode também ocorrer entre sequências não contíguas formando estruturas complexas chamadas:
a. Hairpin.
b. Bulge
c. Pseudonós
d. Nenhuma das anteriores
A
c
6
Q
A replicação do DNA ocorre:
a. Apenas da mitose.
b. Apenas na meiose.
c. Na mitose e na meiose.
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
c
7
Q
O DNA de E.coli:
a. Possui várias origens de replicação.
b. Possui apenas uma origem de replicação.
c. Não possui nenhuma origem de replicação.
d. Nenhuma das alíneas anteriores.
A
b
8
Q
Qual dos modelos de replicação ocorre em vírus e no fator F de bactérias?
a. Modelo linear
b. Modelo loop-D
c. Modelo theta
d. Nenhum das alíneas anteriores
A
d - Modelo de replicação circulo rolante
Nota: a. Modelo linear - eucariotas, cada cromossoma com varias origens de replicação que formam borbulhas. Síntese em ambas as cadeias, fusão dos segmentos de DNA-
9
Q
A girase:
a. Remove super enrolamentos positivos
b. Remove super enrolamentos negativos
c. Adiciona primers de RNAs
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
a
10
Q
Na terminação da replicação de procariotas os dois circuitos são libertados pela ação da enzima:
a. DNA polimerase I
b. Topoisomerase IV
c. RNAse H.
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
b
11
Q
A transcrição:
a. Copia seletivamente certas partes do genoma
b. Copia todo o genoma
c. Copia todo o epigenoma
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
a
12
Q
Qual dos seguintes componentes não é necessário para que haja transcrição:
a. Molde de DNA
b. rNTPs.
c. GTP.
d. Maquinaria de transcrição
A
c
13
Q
O RNA sintetizado a partir de rNTPs que:
a. São adicionados um de cada vez ao grupo 3’-OH da molécula de RNA em crescimento.
b. São adicionados um de cada vez ao grupo 5’-PO4 da molécula de RNA em crescimento.
c. São adicionados um de cada vez ao grupo 5’-OH da molécula de RNA em crescimento.
d. Nenhuma das alíneas anteriores.
A
a
14
Q
Nos eucariotas o promotor:
a. Não está necessariamente numa posição adjacente ao gene.
b. Está sempre localizado numa posição adjacente (ou no interior)ao gene que regula.
c. Possui uma localização variável relativamente ao local de inicição de transcrição.
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
b
15
Q
O complexo proteico TFIID-TDP liga-se:
a. À caixa TATA.
b. Ao mediador
c. À RNA polimerase
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
a
16
Q
O código genético é ordenado porque:
a. Codões degenerados para um dado aminoácido são agrupados conjuntamente
b. Mais do que um tripleto podem especificar um determinado aminoácido.
c. Cada tripleto especifica apenas um aminoácido.
d. Nenhuma das alíneas anteriores.
A
a
17
Q
Cada célula possui:
a. Mais do que 20 aminoacil-tRNA sintases diferentes
b. 20 aminoacil-tRNA sintetases diferentes
c. 20 aminoacil-tRNA sintetase iguais
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
b
18
Q
No processo de carregamento de um Trna são produzidos:
a. AMP pirofosfato e tRNA aminoacetilado
b. ADP, monofosfato e tRNA aminoacetilado.
c. AMP, pirofosfato e tRNA desacetilado
d. Nenhuma das alíneas anteriores
A
a
19
Q
Qual dos componentes não é necessário para a fase de alongamento da tradução?
a. Complexo de iniciação 30S
b. tRNAs carregados com os seus aminoácidos
c. Fatores de alongamento EF-Ts, EF-Tu e EF-G
d. GTP
A
a
20
Q
Os fatores de terminação RF1 ou RF2 ligam-se:
a. Ao local P do ribossoma.
b. Ao local A do ribossoma.
c. Ao local E do ribossoma
d. Nenhuma das anteriores
A
b
21
Q
No fenómeno de RNA de interferência:
a. O mRNA é degradado
b. O mRNA não é degradado mas a tradução não ocorre
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
A
c
22
Q
No autoprocessamento dos intrões do Grupo I:
a. É necessário um ATP externo.
b. É necessário um GTP externo.
c. Não são necessários ATP e GTP externos.
d. Nenhuma das anteriores
A
b
23
Q
As proteínas iniciadoras
a. Permitem a estabilidade das cadeias desenroladas
b. Permitem o reconhecimento do local de origem de replicação
c. permitem a remoção de superemrolamentos negativos
d. nenhuma das alíneas anteriores
A
b
24
Q
A existência de um primer de RNA é necessária para o início da replicação da:
a. cadeia líder
b. cadeia atrasada
c. ambas as anteriores
d. nenhuma das alineas anteriores
A
c
25
Se uma célula mutante der origem apenas a células somáticas é produzida uma população de células mutante sendo a característica mutante transmitida à descendência.
F – células germinais
26
Mutação “missense” ocorre quando uma alteração num par de bases no DNA origina um aminoácido diferente que é inserido na vez de outro especifico pelo codão tipo- selvagem.
V
27
A Adenina tautomérica emparelha com a Guanina.
F - citosina
28
A maquinaria da replicação possui um mecanismo de correção de provas altamente eficaz (componente 3’-5’ exonucleássica do replissoma) que remove nucleótidos incorretamente incorporados.
V
29
A desaminação da 5-metil citosina origina uma transição C para A após uma ronda de replicação.
F – timina
30
Os ROS previnem a danificação das células.
F - antioxidantes
31
Os grupos metilo ou etilo são transferidos para locais reativos na desoxirribose do DNA.
F – na base ou grupos fosfato
32
Se o agente intercalar se intercala entre o par de bases adjacentes da cadeia molde origina-se uma mutação neutra devido à inserção de um par de bases.
F mutação frameshift
33
A aflatoxina B1 une-se à Citosina modificando-a produzindo-se um sede apurínica.
F – une-se à guanina
34
O 5-bromouracilo é um agente alquilante.
F – nitrosaminas OU o 5BU é um análogo de bases sendo um agente mutagénico químico
35
O ATP é:
a. Um nucleótido trifosfato.
b. Um nucleósido trifosfato.
c. Um ribonucleósido
d. Nenhuma das anteriores
b
36
mRNA correspondente ao DNA 3’-AATGCA-5’ é:
a. 3’-TTAACGT-5’
b. 5’-AAUGCA-3’
c. 3’-AAUUGCA-5’
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
37
O modelo que representa os componentes da molécula de DNA e as suas posições relativas na estrutura da hélice é designado por modelo:
a. Esquemático
b. Space-filing
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
b
38
Segundo as regras de Chargaff a razão A+T/G+C é:
a. Igual a 1
b. Diferente de 1
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
b
39
Qual das seguintes alíneas não corresponde a uma característica da molécula de RNA:
a. Intermediário
b. Adaptador
c. Estrutural
d. É muito estável
d
40
No modelo rolling circle a replicação é:
a. Bidirecional
b. Unidirecional
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
41
A enzima que adiciona nucleótidos de DNA ao primer de RNA é:
a. DNA polimerase III
b. DNA polimerase I
c. DNA ligase
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
42
Os cromossomas são protegidos:
a. Pelos telómeros
b. Pela ação da telomerase
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
c
43
O processo pelo qual todo o genoma é copiado chama-se:
a. Transcrição
b. Tradução
c. Replicação
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
44
O fator sigma liberta-se do DNA quando:
a. É formado o complexo fechado
b. Quando é formado o complexo aberto
c. Quando se inicia o alongamento após a ligação dos primeiros rNTPs
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
45
O reconhecimento dos promotores eucarióticos é feito por:
a. Proteínas acessórias
b. Sequências ativadoras
c. Sequências repressoras
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
46
As proteínas ativadoras transcricionais ligam-se diretamente:
a. À RNA polimerase
b. À sequência ativadora
c. À sequência repressora
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
47
Os rRNAs grandes são transcritos pela enzima:
a. RNA polimerase I
b. RNA polimerase II
c. RNA polimerase III
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
48
O código genético é degenerado porque:
a. Codões degenerados para um dado aminoácido sãoa agrupados conjuntamente.
b. Mais do que um tripleto podem especificar um determinado aminoácido
c. Cada tripleto especifica apenas um aminoácido
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
49
A tradução é um processo:
a. Altamente conservado e pouco exigente em energia
b. Pouco conservado e pouco exigente em energia
c. Altamente conservado e muito exigente em energia
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
50
Ala-tRNA^(ALA) corresponde a um:
a. tRNA da alamina
b. tRNA carregado com a alanina
c. Ribossoma
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
51
Qual dos componentes não faz parte do complexo de iniciação 30S?
a. Subunidade menor do ribossoma associado a IF1 e IF3
b. fMet-tRNAtMet associado a IF2 e GTP
c. Subunidade maior do ribossoma
d. Nenhuma das anteriores
c
52
Durante a etapa de alongamento são gastas:
a. 2 moléculas de GTP
b. Várias moléculas de GTP
c. Várias moléculas de ATP
d. Nenhuma das anteriores
b
53
O DNA pode atuar como mensageiro em determinadas condições num processo ??
a. Transcrição
b. Tradução
c. Tradução direta
d. Nenhuma das anteriores
c
54
A remoção de intrões do pré-RNA nuclear é feita por:
a. Autoprocessamento
b. Espliceossoma
c. Enzimas
d. Nenhuma das anteriores
b
55
Transição é uma mutação de um par de bases envolvendo a troca de um par de bases purina-pirimidina por outros par de base pirimidina- purina
F – transversão ou purina-pirimidina
56
Se as inserções ou deleções ocorrerem na zona codificante de um gene estrutural, originam-se mutações “nonsense”
F – alteração de um par de bases de DNA que resulta na troca de um codao que especifica um aminoácido por outro que especifica o final da tradução.
57
A desaminação da citosina origina Adenina, que emparelhará com a Timina
F – citosina origina uracilo, que emparelhará com a adenina
58
A depurinação resulta da hidrolise espontânea de ligações fosfodiéster
F - glicosidicas
59
Grande parte do genoma humano é constituído por repetições baseadas em transposões.
V
60
SINES e LINES são retrotransposões tipo-viral ou LTR
F – retrotransposoes poli-A em humanos
61
As radiações ionizantes originam uma fusão fotoquímica entre moléculas pirimidinas adjacentes na mesma cadeia ou entre pirimidinas localizadas em cadeias opostas da duplas hélice
F – não ionizantes
62
Em doses elevadas as radiações ionizantes causam mutações pontuais.
F – doses baixas
63
O 5BU induz mutação através da sua alteração para a forma rara (ou vice-versa)uma vez incorporado no DNA
V
64
A micotoxina é uma aflatoxina produzida pelos fungos Aspergillus flavus e A. parasiticus
V
65
A citidina é:
a. Um nucleótido
b. Um ribonucleósido
c. Uma base azotada
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
66
O mRNA correspondente ao DNA 5’-AATTGCA-3’ é:
a. 3’-TTAACGT-5’
b. 5’-AAUUGCA-3’
c. 3’-AAUUGCA-5’
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
67
A configuração “base flipping” permite a ação das enzimas:
a. Metilases
b. Reparadoras
c. Metilases e Reparadoras
d. Nenhuma das anteriores
c
68
O tRNA e o rRNA correspondem à fração do RNA total que se designa por:
a. RNA codificante
b. RNA funcional
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
b
69
Qual das seguintes alíneas não corresponde a uma molécula de RNA:
a. Pode ter dupla cadeia
b. Tem estrutura regular
c. Possui Uracilo em vez de Timina
d. É muito instável, degradando-se facilmente.
b
70
Na experiência de Meselson e Stahl (1958), após a 2ª ronda de replicação e depois da centrifugação surgem:
a. Duas bandas correspondentes a N14/N15 e N15/N15
b. Duas bandas correspondentes a N14/N14 e N14/N15
c. Duas bandas correspondentes a N14/N15
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
71
A função da enzima DNA girase é:
a. Originar os primers
b. Desenrolar a dupla hélice
c. Dar estabilidade à dupla hélice
d. Nenhuma das alíneas anteriores
d
72
enzima DNA polimerase I tem:
a. Ação polimerásica e exonucleásica 5’-3’
b. Ação polimerásica 5’-3’e exonucleásica 3’-5’
c. Ação polimerásica 3’-5’e exonucleásica 5’-3’
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
73
A enzima telomerase tem como função:
a. Proteger os cromossomas da degradação
b. Desenrlar o DNA nas suas extremidades
c. Dar estabilidade aos cromossomas
d. Nenhuma das alíneas anteriore
a
74
A replicação do DNA ocorre:
a. Na fase M do ciclo celular
b. Na fase G1 do ciclo celular
c. Na fase S do ciclo celular
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
75
Nos procariotas, os promotores da transcrição são:
a. Caixa TATA e caixa de Pribnow
b. Sequência -10 e sequência -35
c. Sequência -10 e sequência -50
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
76
O RNA transcrito é sintetizado a partir de:
a. dNTPs
b. RNA polimerase
c. rNTPs
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
77
O promotor da RNA polimerase II possui duas regiões:
a. Núcleo e regulador
b. Ativador e repressor
c. Núcleo e ativador
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
78
O fator de transcrição que se liga à caixa TATA chama-se:
a. TFIIA
b. TFIIE
c. TFIID
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
79
Os tRNAs são transcritos pela enzima:
a. RNA polimerase I
b. RNA polimerase III
c. RNA polimerase II
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
80
O código genético não é ambíguo porque:
a. Codões degenerados para um dado aminoácido são agrupados conjuntamente
b. Mais do que um tripleto podem especificar um determinado aminoácido
c. Cada tripleto específica apenas um aminoácido
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
81
A ligação de um tRNA ao seu aminoácido apropriado designa-se por:
a. Ligação peptídica
b. Carregamento do tRNA
c. Libertação do tRNA
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
82
Qual dos componentes abaixo listados não é necessário à iniciação da tradução?
a. ATP
b. mRNA
c. Ribossomas
d. Proteínas IF
e. fMet-tRNA^(fMet)
a
83
O reconhecimento do mRNA pelos ribossomas em eucariotas é efetuado através da:
a. Sequência de Shine-Dalgarno
b. Capa 5’ do mRNA
c. Sequência de Kozak
d. Nenhuma das anteriores
c
84
Os fatores de terminação RF1 ou RF2 ligam-se ao ribossoma no local:
a. P
b. E
c. A
d. Nenhuma
c
85
O processo pelo qual o RNA pode servir como molde para síntese DNA chama-se:
a. Transcrição
b. Tradução
c. Transcrição reversa
d. Nenhuma das anteriores
c
86
Os intrões do tipo II estão localizados em:
a. Genes tRNA
b. Genes que codificam alguns rRNA
c. Genes que codificam proteínas no núcleo
d. Nenhuma das anteriores
d
87
Uma mutação silenciosa origina um final prematuro da síntese proteica resultando polipeptídicos não funcionais.
F. Uma mutação nonsense origina um final prematuro da síntese proteica resultando polipeptídicos não funcionais
OU
Uma mutação silenciosa é uma mutação pontual que causa uma modificação num codão de mRNA, mas devido à redundância do código genético, o codão continua a codificar o mesmo aminoácido sendo sintetizada a mesma proteína
88
A Citosina na sua forma tautomérica emparelha com a Timina
F. emparelha com a adenina
89
8-oxo-hidro-desoxiguanina (8-OxoG) emparelha com a Timina originado transições G-C para T:A
F. emparelha com a Adenina originado transições G-C para T:A
90
Os retrotransposões movem-se para outros locais do genoma deixando uma cópia.
V
91
Se um agente mutagénico intercalar é inserido na cadeia de DNA recém sintetizada em da base normal, pode-se originar uma mutação “frameshift” devido à adição de um par de bases quando o DNA se replicar novamente.
V
92
Os radicais livres são originados apenas por radições ionizantes.
F – originados por radiações ionizantes e não ionizantes
93
A desaminação da 5-metil Citosina origina Uracilo.
F – origina timina
94
Os “mismatch” ocorrem durante a transcrição
V
95
As nitrosaminas são agentes análogos de bases.
F – são agente alquilantes
96
A flatoxina B1 origina uma mutação designada por transversão.
F – transição (G:C para A:T)
97
Para a produção de um nucleótico é necessário:
a. Adicionar uma molécula de água
b. Remover uma molécula de água
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
d
98
Qual das seguintes caraterísticas não corresponde ao DNA-B:
a. 10 pares de bases por volta
b. Hélice com diâmetro de 24 Angstron
c. Conformação anti nas ligações glicosídicas
d. Volta dextrogira
b
99
O enorme conteúdo informativo do DNA deve-se a:
a. Irregularidade da ordem das bases ao longo da cadeia polinucleotídica
b. Presença de 4 bases azotadas
c. Cadeia polinucleotídica relativamente pequena em tamanho
d. Nenhuma das anteriores
a
100
Em humanos o DNA é uma cadeia dupla helicoidal:
a. Circular
b. Linear
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
b
101
O miRNA é:
a. Um RNA funcional caraterístico dos procariotas
b. Um RNA funcional característico dos eucariotas
c. Um RNA codificante característico dos eucariotas
d. Nenhuma das anteriores
b
102
A experiência de Cairns (1963) demonstrou que a replicação de E. coli seguia:
a. Modelo linear
b. Modelo loop-D
c. Modelo theta
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
103
Quais dos componentes não é necessário para a replicação ?
a. Uma cadeia molde e um primer
b. dNTPs
c. rNTPs
d. Enzimas que “lêem” o molde e reúnem os substratos numa nova molécula de DNA
c
104
A DNA polimerase III não tem:
a. Ação exonucleásica 5’-3’
b. Ação polimerásica 5’-3’
c. Ação exonucleásica 3’-5’
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
105
A helicase:
a. Sintetiza primers de RNA
b. Desenrola o DNA na forquilha de replicação
c. Remove superenrolamentos no DNA adiante da forquilha de replicação
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
106
As sequências que permitem que qualquer DNA eucariótico ao qual estejam ligadas se repliquem chamam-se:
a. ARS
b. ORC
c. Sequencias ativadoras
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
107
O processo pelo qual ao informação contida no DNA se converte em RNA chama-se:
a. Tradução
b. Transcrição
c. Transcrição reversa
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
108
Qual dos seguintes componentes não corresponde a uma característica da transcrição?
a. Menor precisão que a replicação
b. O RNA formado não se mantem emparelhado com as bases do DNA molde
c. RNA polimerase requer um “primer” para iniciar a polimerização
d. Menos exigente em energia que a tradução
d
109
BRE, caixa TATA, Inr e DPE são sequências presentes:
a. Regulador de promotores da RNA polimerase II
b. Núcleo de promotores de RNA polimerase II
c. Núcleo de promotores da RNA polimerase III
d. Nenhuma das alínea anteriores
b
110
TFIIA, TFIIB,TFIIE e TFIIH são fatores transcricionais presentes:
a. No mediador
b. Na RNA polimerase II
c. Nas proteínas ativadoras transcricionais
d. Nenhuma das alíneas anteriores
d
111
Quais das características não corresponde à etapa de alongamento da transcrição?
a. A RNA polimerase ultrapassa o promotor
b. A RNA polimerase mantém uma borbulha de transcrição
c. O DNA cadeia simples entre no centro ativo da polimerase e fica fortemente ligado à enzima
d. A RNA polimerase move-se “downstream” continuando a sintetizar RNA
c
112
O código genético é linear porque:
a. Codões degenerados para um dado aminoácido são agrupados conjuntamente.
b. Mais do que um tripleto podem especificar um determinado aminoácido
c. Cada tripleto especifica apenas um aminoácido
d. Nenhuma das alíneas anteriores
d
113
AUG, GUG e UUG são codões:
a. De terminação
b. De iniciação
c. Com sentido
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
114
No processo de carregamento de um tRNA são produzidos:
a. AMP, pirofosfato e tRNA aminoacetilado
b. ADP, monofosfato e tRNA aminoacetilado
c. AMP, pirofosfato e tRNA desacetilado
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
115
O reconhecimento do mRNA pelos ribossomas em bactérias é feito pelo reconhecimento da(o):
a. Sequência de KozaK
b. Sequencia de Shine-Dalgarno
c. Codão AUG
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
116
Na terminação da tradução o fator RF3 associado a GTP liga-se ao:
a. Local P do ribossoma
b. Local A do ribossoma
c. Local E do ribossoma
d. Nenhuma das anteriores
d
117
Todos os vírus com RNA que originam tumores produzem:
a. A enzima transcriptase
b. A enzima transcriptase reversa
c. Ambas as anteriores
d. Nenhuma das anteriores
b
118
Nos processamento dos intrões de genes nucleares:
a. É necessário um ATP externo
b. É necessário um GTP externo
c. Não são necessários ATP e GTP externos
d. Nenhuma das anteriores
c
119
As mutações génicas podem resultar de inserção de elementos transponíveis
V
120
Mutação “silenciosa” ocorre quando uma alteração num par de bases no DNA origina um novo aminoácido que é quimicamente equivalente ao aminoácido original.
F. Mutação neutra ocorre quando uma alteração num par de bases no DNA origina um novo aminoácido que é quimicamente equivalente ao aminoácido original
121
Uma mutação pode ser permanentemente incorporada por replicação do DNA.
V
122
A maquinaria da replicação possui um mecanismo de correção de provas altamente eficaz (componente 3’-5’ exonucleásica do replissoma)que remove nucleótidos incorretamente incorporados.
V
123
A desaminação da 5-metil citosina origina uma transição C para A após uma ronda de replicação.
F. A desaminação da 5-metil citosina origina uma transição C para T após uma ronda de replicação
124
Os ROS são potentes agentes anti-oxidantes
F. Os ROS são espécies radioativas de oxigénio – os agentes anti-oxidantes previnem os efeitos dos ROS
125
Os retrotransposões LTR são classificados como retrotransposões poli-A
F – sines e lines OU retrotransposões tipo-viral
126
As radiações ionizantes não originam rearranjos cromossómicos
F. As radiações ionizantes originam rearranjos cromossómicos, ruturas nos cromossomos e mutações pontuais
127
As nitrosaminas são agentes análogos de bases
F – agentes alquilantes
128
A incorporação de 5BU origina transversões AT para GC
F – origina uma transição GC para AT (Assemelha se a timina e emparelha com a adenina)
129
Quais as ferramentas utilizadas para a edição do genoma
| Pergunta sobre porcos e beagles
Usando CRISPR Cas9, os autores inativaram todos os PERVs (retrovírus endógeno suíno) numa linhagem de células primárias de suínos e produziram porcos inativados PERV através de transferência nuclear de células somáticas. O estudo: Destaca o valor da inativação de PERV para prevenir a transmissão viral; Demonstra que a produção bem sucedida de animais
inativados PERV pode diminuir a preocupação de segurança nos xenotransplante clínicos.
Foi usado o sistema CRISPR Cas9 para eliminar o gene da miostatina (inibidor da crescimento dos músculos) em dois cães beagles. Objetivo: produzir animais com o dobro da quantidade de massa muscular.
130
Constituição e organização dos sistemas CRISPR
A imunidade através do sistema CRISPR ocorre em 3 etapas.
1ª etapa: Adaptação (ou Aquisição) Após a introdução de DNA estranho, a maquinaria de
ad aptação seleciona os protoespaçadores e insere os na extremidade leader do locus CRISPR
2ª etapa: Biogénese do crRNA Durante esta etapa, o locus CRISPR é transcrito e as sequências
das repetições processam directamente os pre crRNA em crRNA cada um possuindo um
espaçador único
3ª etapa: Interferência O crRNA associa
se às proteínas Cas formando o complexo efetuador que
reconhece os ácidos nucleicos estranhos na infeção seguinte, degradando-os
131
Constituição e produtos do locus do sistema CRISPR
| Cas 9 tipo II
é o mais simples e mais utilizado, associado à proteína Cas9, de Streptococcus thermophilus. O locus contém: uma array CRISPR, 4 genes que codificam proteínas (cas9, cas1, cas2, e csn2) e o tracrRNA. A array CRISPR contém regiões repetidas separadas por regiões espaçadoras provenientes de fagos e de outros elementos genéticos invasores. O gene cas9 codifica uma nuclease que confere imunidade através do corte do DNA invasor que emparelha com os espaçadores existentes; os genes cas1, cas2 e csn2 codificam proteínas que atuam na aquisição de novos espaçadores provenientes de novos DNAs invasores.
132
Distinguir deadCasp 9 com a nicknase
O “Dead Cas9” (dCas9) contém domínios HnH ou RuvC desactivados. O dCas9 pode ser ligado a fatores transcricionais para mediar a repressão ou ativação dos genes alvo. Além disso, pode também ser ligado a proteínas marcadoras (por exemplo, GFP), para obtenção de imagens de ácidos nucleicos
A nickase Cas9 (nCas9) pode clivar uma cadeia simples do dsDNA ao desativar os domínios HNH ou RuvC. O uso de 2 nickases pode reduzir os efeitos off target
133
HDR e NHEJ
Usa o sistema de reparação HDR (Homologous Direct Repair), para completar a edição.
É também necessário um DNA molde que seja similar ao DNA que foi cortado. A célula pode usar
o DNA molde para construir um DNA reparado, resultando na substituição de uma sequência
DNA defeituosa por outra correta.
Resulta na disrupção de um gene defeituoso ou a eliminação de uma mutação
Usa o sistema de reparação NHEJ para completar a edição:
•NHEJ pode ocasionar pequenas inserções e deleções (INDELs)
•NHEJ pode ser usado quer para cortar e reparar o gene alvo ou cortar e remover um segmento de DNA.
134
Porque é que o DNA está enrolado negativamente?
Para facilitar a acção da DNA helicase.
135
Exemplo de estudo de farmogenetica? E quais os benefícios da farmogenetica?
Benefícios da farmogenetica é por exemplo conseguires distinguir fármacos que desencadeiam
uma resposta positiva e uma negativa consoante o paciente e consoante a presença ou não e a
ativação ou não de certos genes no paciente, com isso consegues uma prescrição individual,
logo consegues uma melhor terapêutica; outra vantagem é conseguires calcular melhor a
dosagem, porque para um indivíduo uma dosagem pode ser a ideal e a mesma dosagem noutro
indivíduo com um código genético distinto essa dosagem pode ser tóxica, e portanto teres de
aplicar uma dosagem mais baixa para que obtenhas resultados
136
Clones animais transgénicos
| transplantes
São usados porcos transgénicos nos transplantes (modificados para diminuir o risco de rejeição e de viroses)
137
Comentar o facto dos mecanismos de reparação de DNA não serem 100% eficazes.
Tens que dizer que caso fosse 100% eficaz não haveria mutações. Os mecanismos de reparação são mt eficientes e rápidos e conseguem reparar grande parte das mutações no entanto a sua eficácia não é absoluta e por isso há na mesma mutações.
138
No sistema de reparação de “mismatch” a exonuclease desenrola o DNA, iniciado pelo orifício e movendo-se em direção do “mismatch”.
F. Helicase desenrola DNA
139
A correção das lesões causadas por dímeros de timina é feita apenas por fotorreativação.
F. é também feita pelo mecanismo de reparação por excisão de nucleótidos
140
No mecanismo de reparação por excisão de nucleótidos está envolvida a proteína MutS
F. não está envolvida
141
No mecanismo “homologous recombination” são reparadas quebras simples no DNA.
F. quebras duplas
142
O mecanismo síntese de translesão repara todas as mutações que ainda persistem no genoma
F. translesão ultrapassa todas as mutações
143
O segmento de DNA ou gene a ser clonado designa-se por:
a. Enzima de restrição
b. DNA ligase
c. Inserto
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
144
O método de seleção de plasmídeos pUC19 recombinantes é designado por:
a. Red and white screening
b. Replica-platting
c. Blue and white screening
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
145
Qual dos vetores abaixo listados transportam insertos de DNA maiores:
a. Plasmídeos
b. Cosmídeos
c. YACs
d. Bacteriófagos
b
146
Uma biblioteca genómica é construída a partir de:
a. Um cromossoma
b. Um mRNA
c. Do genoma total
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
147
Quando a localização aproximada de um gene não é conhecida, é possível identificar esse gene usando a técnica:
a. FISH (hibridação in situ fluorescente)
b. Chromosome walking
c. Chromosome jumping
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a
148
Qual das seguintes alíneas não corresponde a uma característica de uma célula estaminal adulta:
a. Podem ser usadas em transplantes de órgãos
b. Não resultam da destruição de um embrião
c. São mais flexíveis que as células estaminais embrionárias
d. São encontradas na medula óssea, cordão umbilical, cérebro e líquido amniótico
c
149
Os gémeos monozigóticos possuem:
a. Genomas diferentes
b. O mesmo genoma e o mesmo epigenoma
c. O mesmo genoma e o epigenoma diferente
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
150
As doenças que resultam de mutações em vários genes e que estão geralmente associadas a fatores ambientais
a. Monogénicas
b. Anomalias cromossómicas
c. Multifatoriais
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
151
Num indivíduo que possui história familiar de uma doença resultante de mutações nos genes devem ser feitos prioritariamente:
a. Testes farmacogenéticos
b. Testes genéticos
c. Terapia génica
d. Todas as alíneas anteriores
e. Nenhuma das alíneas anteriores
b
152
As células iPS assemelham-se a:
a. Células somáticas adultas
b. Células estaminais adultas
c. Células estaminais embrionárias
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
153
A dose de medicamentos para metabolizadores ultra-rápidos deve ser:
a. Baixa
b. Alta
c. Média
d. Nenhuma das alíneas anteriores
b
154
Um teste genético tem como principal objetivo:
a. Tratar uma doença
b. Detetar precocemente a predisposição genética para a doença
c. Diagnosticas uma doença
d. Menos exigente em energia que a tradução
b
155
Na terapia génica os vetores mais usados são:
a. DNA plasmídico
b. DNA nacked (nu)
c. Lipoplexo e poliplexo
d. Todas as alíneas anteriores
e. Nenhuma das alíneas anteriores
e (virus)
156
O teste farmacológico positivo para leucemia mieloide crónica revela que há na paciente:
a. Níveis baixos do gene bcr/abl
b. Níveis altos do gene bcr/abl
c. Uma mutação no gene bcr/abl
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
157
A técnica de transferência nuclear pode originar animais:
a. Clonados
b. Geneticamente modificados
c. Todas as alíneas anteriores
d. Nenhuma das alíneas anteriores
c
158
Os RNAs não codificantes endógenos são os
a. siRNA
b. rasiRNAs
c. miRNAs
d. Nenhuma das alíneas anteriores
a (?)
159
Fire e Mello (1998) obtiveram o silenciamento do gene responsável pela função muscular através de:
a. Injeção de RNA sense
b. Injeção de RNA anti-sense
c. Injeção de RNA de cadeia-dupla
d. Todas as alíneas anteriores
e. Nenhuma das alíneas anteriores
c
160
Os dendrímeros são nanopartículas que são usadas com fins:
a. Terapêuticos
b. Imagiologia
c. Entrega de medicamentos
d. Todas as alíneas anteriores
e. Nenhuma das alíneas anteriores
d
161
Os riscos da nanotecnologia mais apontados para a saúde humana são a:
a. Inalação de nanopartículas
b. Ingestão de nanopartículas
c. Exposição dérmica a nanopartículas
d. Todas as alíneas anteriores
e. Nenhuma das alíneas anteriores
d
162
Diferenças entre nucleótido e nucleósido.
Os nucleósidos não têm grupo fosfato; apenas têm base e açúcar.
Ribonucleósidos: adenosina, guanosina, citidina, timidina e uridina. Desoxirribonucleósidos: não há de uracilo; acrescentar prefixo “desoxi” aos anteriores.
Os nucleótidos têm fosfato, base e açúcar.
Ribonucleótidos: AMP, GMP, CMP, TMP e UMP.
Desoxiribonucleótidos: dAMP, dGMP, dCMP e dTMP.
163
Saber regras de Chargaff.
A+G=T+C
| (A+G)/(T+C)=1
164
Saber sulco “major” e “minor”.
Os sulcos major têm mais informação e um ângulo entre as ligações glicosídicas de 240º. Nos minor o ângulo é de 120º.
165
Diferenças e semelhanças entre os modelos de replicação do DNA
ver tabela diferenças
166
Saber diferencial de ligação.
- delta
Lk=Lk-Lk^0, se for diferente de zero significa que o DNA está superenrolado.
Se Lk menor que zero - DNA superenrolado negativamente
Se Lk maior que zero - DNA superenrolado positivamente
167
Saber características do código genético.
* Não é ambíguo: cada tripleto (3 rNTPs) especifica um e apenas 1 aminoácido.
* Degenerado: um aa pode ser especificado por diferentes tripletos.
* Ordenado: codões degenerados para um aa são agrupados em conjunto, diferindo geralmente só na terceira base.
* Não tem pontuação interna
* Não é sobreposto
* É quase universal
Codão de iniciação= AUG – codifica a metionina
168
Saber sequências de Shine-Dalgarno e de Kozak.
Ambas são sequências consenso (sequências curtas de nucleótidos repetidas várias vezes no genoma, possivelmente com a mesma função em diferentes locais).
Shine-Dalgarno: Região anterior ao codão de iniciação (AUG). Em PROCARIOTAS.
Kozak: Identifica o codão de iniciação em EUCARIOTAS.
169
Saber o ciclo infeccioso.
- Quando o RNA do vírus entra numa célula transporta consigo a sua transcriptase reversa. Sintetiza uma hélice dupla de DNA-RNA.
- A molécula híbrida RNA-DNA é convertida enzimaticamente numa dupla hélice DNA- DNA (cDNA) que se pode integrar no cromossoma do hospedeiro.
- Depois da integração o DNA é transcrito em cópias de RNA vírico que são traduzidas e armazenadas em novas partículas víricas que são libertadas fora da célula.
- Posteriormente há repetição do ciclo infeccioso.
170
Saber diferenças entre transcrição e replicação.
Na transcrição:
• rNTPs em vez de dNTPs
• copiam-se selectivamente partes do genoma (na replicação todo o genoma é copiado)
• a escolha das regiões a transcrever não é feita ao acaso, é regulada
• a RNA polimerase não requer primer para iniciar a síntese
• processo menos preciso (+ erros)
• o RNA formado não se mantém emparelhado com as bases do DNA molde
171
Saber construir moléculas de RNA quer pela cadeia molde ou codificante.
A liga a U e C liga a G.
172
Saber “a unidade de transcrição: definição”.
Cadeia codificante: tem a mesma sequência do RNA transcrito e é escrita a partir da molde.
173
Saber upstream e downstream
Upstream: direcção no sentido oposto do início da transcrição (nucleótidos negativos)
Downstream: direcção no sentido do terminador (nucleótidos positivos)
174
O que são sequências consenso.
Sequências curtas de nucleótidos repetidas várias vezes no genoma, possivelmente com a mesma função em diferentes locais
175
Saber etapa de alongamento na transcrição de DNA em eucariotas.
* Inicia-se após a adição de vários nucleótidos.
* A RNApolimerase mantém uma borbulha de transcrição na qual estão emparelhadas cerca de 8 nucleótidos de RNA com a cadeia de DNA.
* As 2 cadeias de DNA são desenroladas e os rNTPs complementares à cadeia molde são adicionados à extremidade 3’ da cadeia de RNA crescente.
176
Transversão
Troca de purina-pirimidina por pirimidina-purina.
177
Mutação “missense”
produz-se um aa diferente. O genótipo é alterado.
178
Mutação “nonsense”
origina um final prematuro da síntese proteica obtendo-se fragmentos polipeptídicos não funcionais.
179
Mutação “neutra”
tipo “missense”. A substituição do aa não produz alteração detectável na função da proteína traduzida porque o novo aa é quimicamente equivalente ao original.
180
Mutação silenciosa
tipo “missense”. Um aa é substituído pelo mesmo aa. Mesma função.
181
Mutação “frameshit”
inserção ou delecção de um ou mais p.b. Formam-se proteínas mais curtas ou mais longas do tipo selvagem.
182
Retrotransposões tipo-viral.
LTRs=Repetições Terminais Longas, nas extremidades do segmento de DNA
Repetições invertidas – com 17bp nas extremidades de cada LTR
183
Retrotransposões poli-A em Humanos.
SINES (sequências interdispersas curtas) e LINES (sequências interdispersas longas)
184
Xerodermia pigmentosa
Indivíduos altamente sensíveis à luz solar, com lesões na pele, incluindo cancro da pele
Pode ser provocada por mutações dos 7 genes XP que correspondem a proteínas que participam na reparação de lesões do DNA.
185
Que marcador utilizaria para estudar uma espécie autóctone?
SSRs= “single sequence repeats”= microssatélites (são marcadores obtidos por PCR)
186
Componentes de uma experiencia de clonagem de genes.
```
DNA dador (inserto).
Enzima de restrição.
Vector.
DNA ligase.
Células hospedeira
```
187
Métodos de selecção pBR322
Contém 2 genes que conferem resistência à ampicilina e à tetraciclina. Se o DNA a clonar for inserido no gene para resistência à tetraciclina ele é inativado.
- As céls hospedeiras com plasmídeos recombinantes crescem num meio com ampicilina (Placa-mãe)
- Apenas as céls. com o plasmídeo formam colónias porque elas são sensíveis à ampicilina e o plasmídeo transporta o gene de resistência a esse antibiótico
- As colónias são transferidas para uma placa com tetraciclina por “Replica-Plating”
- As colónias com plasmídeos não-recombinantes não irão crescer porque o inserto inactivou o gene da tetraciclina
- Identifica-se a colónia correspondente à Placa-mãe e transfere-se para um meio para seu desenvolvimento e uso em análises posteriores
188
Teste colorimétrico
* Céls bacterianas c/ pUC18 formam colónias azuis quando crescem num meio com X-gal.
* Se o DNA é inserido no “polylinker o gene lacZ é inactivado e formam-se colónias brancas (resistentes à ampicilina; com plasmídeos com insertos de DNA)
189
Como é feita a clonagem usando Lambda?
O vector Lambda é um dos bacteriófagos mais usados. Podem transportar insertos de DNA com cerca de 15kb.
190
Bibliotecas de cDNA
Representam os genes que estão a ser transcritos numa célula eucariótica num certo momento. Constroem-se a partir do mRNA isolado dessa célula.
OBTENÇÃO DO cDNA:
I. Extracção do mRNA
II. Adição de primers poli-dT e da transcriptase reversa
III. Remoção do RNA
IV. Adição das enzimas DNA polimerase I e nuclease C1
V. Formação de uma cadeia dupla de cDNA que pode ser inserido num vector
CLONAGEM: O cDNA a clonar liga-se a pequenos segmentos de DNA de cadeia dupla (“linkers”)
191
O que é o gene targeting e em que animais foi usado.
I. Obtêm-se células estaminais embrionárias a partir do blastocisto.
II. Introduz-se um vector por electroporação que permite identificar as células portadoras do transgene.
III. Selecção positivo-negativa para aumentar o nº de células estaminais c/ genes modificados.
IV. Céls. estaminais são injectadas em blastocistos que são transferidos para barrigas de aluguer
V. Obtêm-se ratos quiméricos capazes de transmitir o gene mutante à descendência.
192
Quais as metodologias? (Animais GM)
Injecção pró-nuclear, Gene targeting, Transferência nuclear, Uso de retrovírus
193
Comentário geral sobre a terapia génica.
Importante no tratamento de doenças como cancro, Parkinson, SIDA, SCID, fibrose quística...
Usada para substituir 1 gene mutado causador de doença por 1 cópia não mutada do gene, inactivar 1 gene mutado que funciona mal e introduzir 1 gene novo no corpo para ajudar a combater a doença.
194
Terapia génica in vivo e ex vivo (saber diferenças e explicar)
IN VIVO:
Insere-se um gene que exprima a cura no paciente doente.
O promotor é específico para o tecido e o gene curativo codifica a proteína que corrige o defeito do paciente.
EX VIVO(ex.: tratamento da SCID):
I. Isolam-se as células com o defeito genético e põem-se a crescer em cultura
II. As células isoladas com o gene curativo são transfectadas
III. As células transfectadas são seleccionadas, crescem e são testadas.
IV. As células são transferidas para o paciente por transplante ou transfusão.
195
Porque temos de usar vectores? Virais ou não virais?
Os vectores mediam a inserção de 1 gene na cél. do ser vivo. Podem ser virais ou não virais.
196
Vectores virais, metodologia.
1. Remoção dos genes virais causadores de doenças em humanos.
2. Substituição desses genes por genes desejáveis.
3. Manter intactos os genes responsáveis pela inserção do genoma viral no hospedeiro.
197
Doenças para os quais se usam testes génicos.
Doenças cardíacas, Distrofia muscular de Duschenne, Fibrose Quística, Anemia Falciforme. Cancros, Doença de Huntingotn...
198
RNA sense e RNA antisense o que são?
RNA sense e RNA antisense do gene par-1 diminuem a expressão desse gene em C. elegans.
Ambos são RNA de cadeia simples
RNA antisense – inibe a tradução do mRNA complementar, ligando-se a ele por complementaridade de pb e obstruindo fisicamente a maquinaria de tradução.
199
miRNA
Os pri-mRNA são processados pelo complxo Drosha-Pacha-DGCR8 originando pré-miRNA.
Os pré-miRNAs são transportados para o citoplasma pela Exp-5 e Ran-GTP.
Os pre-miRNAs são processados pela Dicer formando dímeros de miRNA que são incorporados num complexo efectuador (miRISC ou miRNP)
A cadeia a incorporar é determinada por factores termodinâmicos.
O complexo miRNP pode interagir com mRNAs que apresentem complementaridade com o miRNA guia
200
Nanodispositivos mais estudados na medicina, saber dar exemplos.
As nanopartículas podem ser orgânicas (nanotubos de carbono, lipossomas, dendrímeros) ou inorgânicas (nanopartículas magnéticas, de outro e “Quantum Dots”)
201
Melhorar o tratamento do cancro.
No tratamento do cancro tradicional usam-se drogas e toxinas e há células não cancerosas que morrem. Recorrendo a nanodipositivos (capazes de penetrar com elevada especificidade na massa tumoral por terem reduzido tamanho) é possível manter as células não cancerosas intactas.
202
Relacionar nanotecnologia e RNAi
As nanopartículas podem perseguir, tratar e eliminar céls. cancerígenas. Permitem diagnóstico, tratamento e monitorização.
Têm 4 componentes-chave:
• Núcleo – nanopartícula de óxido de ferro magnético
• Na superfície – péptido que se liga à integrina permitindo a ligação firme à cél. Alvo
• siRNA para atacar genes específicos dentro das células
• molécula corante orgânico – permite visualização sob espectometria de flourescência
203
Um ensaio de terapia génica nem sempre tem êxito total. Explique porquê.
Um ensaio de terapia génica pode ser in vivo, em que o gene de interesse é introduzido nas células do indivíduo doente, ou ex vivo, em que as células do indivíduo são crescidas em meio de cultura, onde o gene de interesse é incorporado, e as células que expressam o gene são transferidas de volta para o doente. Na terapia génica in vivo é essencial a presença de um promotor no gene a ser transferido, garantindo que o gene só seja expresso em determinados tecidos, o ensaio pode não ter êxito quando há alguma falha no promotor, permitindo a expressão do gene em tecidos que não interessam. Para além disto, tanto na terapia génica in vivo quanto ex vivo são precisos vetores para transferir o gene para o genoma das células do doente. Este processo de transfeção pode falhar, visto que não é 100% eficaz, principalmente quando são utilizados vetores não virais. Os vetores virais correm o risco de promover uma resposta imunológica indesejável no indivíduo. Para além disto, mesmo com o êxito na transfecção, o gene pode não se expressar, por isso na terapia ex vivo são selecionadas as células que expressam o gene para serem transferidas para o doente.
204
Se pretender fazer um knockin de um gene como deve proceder?
Para fazermos um knockin de um gene devemos primeiro introduzir uma quebra dupla no gene que queremos substituir utilizando ferramentas de edição de genoma, como o CRISPR-Cas9, e adicionamos um DNA molde com o gene que irá substituir aquele com a quebra dupla, por complementaridade, através do mecanismo de HDR (homology directed repair).
205
Explique a importância das descobertas do cientista Yamanaka.
O cientista Yamanaka descobriu que a adição de 4 genes importantes nas células estaminais em células somáticas é capaz de reverter a sua diferenciação, e induzir a formação de células pluripontes (células iPS). A descoberta dessas células foi muito importante porque tem as mesmas vantagens que as células estaminais embrionárias provenientes da transferência nuclear (pode originar qualquer tipo de célula e é biocompatível com o indivíduo), e para além disto a sua obtenção é mais barata e ética que as células estaminais embrionárias.
206
Explique de que forma o RNA de interferência pode estar associado à nanotecnologia.
RNA de interferência é o silenciamento da expressão génica por dsRNA por destruição do mRNA ou bloqueio da transcrição ou tradução. O siRNA é um dsRNA sintético que ao ser introduzido numa célula destroi sequências de mRNA específicos. O siRNA é associado à nanotecnologia no seu transporte para as células onde atua. O transporte pode ser feito no interior de lipossomas (nanomateriais orgânicos), por aptâmeros, ou por anticorpo-protamina (em que a protamina tem carga positiva, que permite o transporte do siRNA por atrações de cargas opostas, e o anticorpo permite o reconhecimento dos recetores das células de interesse). Esta conjugação de RNA de interferência e nanotecnologia é particularmente importante no tratamento do cancro, em que as nanopartículas permitem a deteção, iluminação e tratamento das células tumorais e transporte do siRNA e o siRNA permite a degradação dos transcritos dos oncogenes para tratar a doença. As nanopartículas têm 4 componentes chave: óxido de ferro, péptido que se liga a integrina (expressa em grandes quantidades pelas células tumorais), siRNA e molécula de corante orgânico.
207
Dos nanodispositivos que estudou qual é o mais promissor no tratamento de doenças como o cancro. Justifique a resposta.
O nanodispositivo mais promissor no tratamento do cancro é o dendrímero, molécula complexa e ramificada (grande área superficial) cujas ramificações podem ter cada uma uma função diferente, o que lhe confere uma elevada versatilidade e uma grande variedade de utilizações, podendo ser realizadas ao mesmo tempo. No tratamento do cancro, os dendrímeros podem ao mesmo tempo detetar o tumor maligno (diagnóstico), monitorizar o tumor em tempo real, e transportar medicamentos para as células neoplásicas (drug delivery) para serem utilizadas na terapêutica.
208
Se pretender fazer um knockout de um gene como deve proceder?
Para fazermos o knockout de um gene primeiramente introduzimos uma quebra dupla no gene utilizando ferramentas de edição de genoma como o CRISPR-Cas9. A quebra dupla é então reparada pelo mecanismo de NHEJ (non-homologous end joining), que introduz inserções ou deleções, com uma elevada taxa de mutação por frameshift, mas qualquer um dos casos silencia o gene (knockout).
209
Explique em que se distinguem as células estaminais embrionárias e as células iPS.
As células estaminais embrionárias têm origem na massa celular interna da blástula, são células pluripotentes que podem se diferenciar em qualquer tipo de célula do indivíduo adulto. Se forem obtidas por transferência nuclear, é biocompatível com o indivíduo de onde proveio o núcleo. A adição de 4 genes importantes na função de células embrionárias em células somáticas (completamente diferenciadas) dá origem a células iPS, que, assim como células estaminais embrionárias são pluripotentes e biocompatíveis com o dador do núcleo, mas difere na sua origem e por serem obtidas por menos custos e serem mais eticamente aceitáveis.
210
Diga quais as semelhanças e as diferenças entre testes genéticos e testes farmacogenéticos.
Ambos os testes genéticos analisam o DNA (direta ou indiretamente) de modo a detetar variações no genoma, mas têm diferentes objetivos. Os testes genéticos visam melhorar o diagnóstico de doenças através da deteção de mutações, detetar precocemente a predisposição para determinadas doenças, e também prever a evolução de doenças. Já os testes farmacogenéticos visam relacionar variações no genoma com a resposta a determinados medicamentos, e tem como objetivos formar subgrupos de doentes, diminuir as reações adversas a medicamentos e produzir medicamentos personalizados.
211
Xerodermia pigmentosa: explicar o mecanismo que não está a funcionar e dizer onde são as mutações para isso estar a acontecer.
A xerodermia pigmentosa resulta de uma falha no mecanismo de reparação por excisão de bases. Neste processo, nas bactérias, participam as enzimas UvrA, UvrB, UvrC, UvrD, DNA Polimerase I e DNA ligase. A UvrB associada a duas UvrA examinam o DNA de modo a detetar protusões formadas por dímeros de timina ou bases empilhadas. Quando detetam algum “bulge” as UvrA dissociam e a UvrB separa as cadeias de DNA incluíndo a lesão, e recruta a UvrC. Esta enzima quebra a cadeia de DNA que inclui a lesão cerca de 8 nucleótidos upstream e 4-5 nucleótidos downstream da mutação, e a UvrD desenrola as duas cadeias de DNA, auxiliando na separação do fragmento de 12-13bp que inclui a mutação. A DNA polimerase adiciona nucleótidos no local vazio, a partir da extremidade 3’OH da cadeia que tinha a mutação, e a DNA ligase adiciona o último nucleótido, fechando o orifício final. Mutações que levam a esta doença ocorrem nos genes XP, que codificam enzimas responsáveis pela reparação por excisão de bases em humanos.
212
De que forma se pode fazer terapia génica utilizando as ferramentas mais recentes?
A terapia génica pode ser associada com ferramentas de edição de genomas, como CRISPR-Cas9. Na terapia génica in vivo a enzima Cas9 e o RNA guia são transportados para as células do indivíduo doente através de um vetor (como o retrovírus), garantindo que a enzima só atue nos tecidos alvo. CRISPR-Cas9 pode ser utilizada na terapia génica tanto através do knockout (silenciamento) de um gene causador de doença, pelo mecanismo de NHEJ, como pelo knockin de um gene novo pelo mecanismo de HDR, ou seja, substituição do gene mutante (causador de doença) por um gene normal. Na terapia génica ex vivo, as células são retiradas do indivíduo e crescidas em cultura. A enzima Cas-9 e o RNA guia são incorporados nas células em cultura, e as células que expressem o gene novo (no caso de knockin) ou deixem de expressar o gene (no caso de knockout) são selecionadas e transplantadas de volta para o doente.
213
CRISPR-Cas9 é somente utilizado na edição de genomas? Justifique.
CRISPR-Cas9 não é utilizado somente na edição de genomas. Pode ser utilizado para detetar mutações (imagiologia), aumentar ou diminuir a expressão de um gene, substituir bases, editar o epigenoma e tem importantes funções em RNA targeting e tipologia da cromatina. A enzima dead Cas9 é idêntica à Cas9 mas sem domínios catalíticos ativos. Não é utilizada para quebrar as cadeias de DNA, mas é conjugada a moléculas acessórias como ativadores ou repressores para controlar a expressão génica, a fluorocromos para imagiologia ou a desaminase para substituições pontuais
214
Quais são as semelhanças e diferenças entre CRISPR-Cas9 e CRISPR-Cpf1?
Ambos são ferramentas de edição de genoma que utilizam uma enzima e um RNA guia para originar quebras duplas no DNA, entretanto diferem no tipo de enzima e mecanismo de ação. O CRISPR-Cas9 utiliza a enzima Cas9, que deteta uma sequência de DNA complementar ao RNA guia upstream à sequência PAM e tem 2 domínios catalíticos, o HNH que quebra a cadeia complementar ao RNA guia, e o RuvC que quebra a outra cadeia de DNA. As cadeias de DNA quebradas têm extremidades cegas, porque o corte é simétrico. O CRISPR-Cpf1 utiliza a enzima Cpf1, que deteta uma sequência de DNA complementar ao RNA guia downstream à sequência PAM e tem 2 domínios catalíticos, o Nuc que quebra a cadeia complementar ao RNA guia e o RuvC assim como a Cas9, que quebra a outra cadeia. A quebra dupla não é simétrica, por isso as cadeias de DNA têm extremidades coesivas. De referir que o CRISPR-Cpf1 é um mecanismo mais recente que o CRISPR-Cas9.
215
Quais são as semelhanças e diferenças entre ZFN e TALENs?
Ambos são ferramentas de edição de genoma que introduzem quebras duplas no DNA e utilizam a enzima FokI, que quebra o DNA quando se encontra na forma de dímero. ZFN utiliza proteínas associadas à enzima FokI, essas proteínas formam uma cadeia, em que cada uma reconhece uma sequência de 3 nucleótidos do DNA. Se a sequência for reconhecida nas duas cadeias, as duas enzimas FokI (nas cadeias diferentes) se associam e introduzem uma quebra dupla no DNA. TALEN é uma ferramente mais recente e mais específica que o ZFN, tem os mesmos princípios mas cada proteína em cadeia reconhece um único nucleótido ao invés de 3
216
Que tipo de mecanismos existem para corrigir dímeros de timina? E na falha deste mecanismo o que pode ocorrer?
Dímeros de timina são formados por ligações fotoquímicas entre duas bases de timina. Podem ser corrigidos pelo mecanismo de reparação por fotorreativação, ou por excisão de nucleótidos. Na fotorreativação, a enzima DNA fotoliase liga-se à cadeia com dímero de timina no escuro, e atua na luz, quebrando a ligação fotoquímica. Na reparação por excisão de nucleótidos, a enzima UvrB associada a duas UvrA detetam protuberâncias na cadeia de DNA formada por dímeros de pirimidinas (ou empilhamento de bases) e forma um complexo com o DNA. As UvrA dissociam e a UvrB separa as cadeias de DNA e recruta a UvrC, que quebra a cadeia de DNA com a mutação 8bp upstream e 4-5bp downstream da lesão. A UvrD desenrola as cadeias e permite a separação do fragmento de DNA com a mutação. As enzimas DNA Polimerase I e DNA ligase preenchem o espaço vazio onde se encontrava o fragmento, por complementaridade, reparando a lesão. Uma falha neste mecanismo pode originar doenças como a xerodermia pigmentosa, característica de mutações nos genes XP.
217
As mutações são somente deletérias? Justifique.
Não, as mutações não são somente deletérias. Existem mutações em genes que não alteram a função da proteína codificada, como as mutações silenciosas ou as mutações neutras, não tendo um efeito deletério. Além do mais, algumas mutações génicas que alteram a função da proteína podem ser benéficas, sendo a mutação um importante motor da evolução. Para a biodiversidade temos que ter um balanço eficaz entre as mutações e os sistemas de reparação de mutações. Mas é verdade que muitas mutações são deletérias, seja por alteração da função da proteína, que origina uma doença ou por alteração na expressão de um determinado gene.
218
Qual é o resultado da formação de loops durante a replicação?
Se for formado um loop na cadeia molde, a DNA polimerase não reconhece os nucleótidos incluídos no loop e o DNA replicado apresenta deleções, que alteram a pauta de leitura e originam mutações espontâneas por frameshift. Se for formado um loop na cadeia nova, a DNA polimerase deixa de reconhecer os nucleótidos incluídos no loop e replica os nucleótidos complementares a eles mais uma vez, formando uma cadeia de DNA nova com inserções, que também originam mutações espontâneas por frameshift.
219
Qual é o efeito das radiações ionizantes no DNA?
As radiações ionizantes podem atacar o DNA diretamente, através da formação de quebras duplas, ou indiretamente através da formação de ROS (espécies reativas de oxigénios). Os ROS podem também causar quebras duplas no DNA ou oxidar as bases azotadas, promovendo mutações, como a oxidação de G em 8oxoG, que pode emparelhar com adenina, originando mutações por transversão.
220
Descreva o mecanismo de Mismatch repair
Este mecanismo tem como função a correção de bases incorretamente emparelhadas, mutações que ocorrem durante a replicação. Primeiramente a enzima MutS corre o DNA a procura de mismatches e quando encontra um, através da deteção de protuberâncias, forma um nó no DNA e recruta a enzima MutL, que por sua vez recruta a enzima MutH. Esta enzima quebra uma das cadeias de DNA, originando um orifício, e a enzima Helicase UvrD juntamente com a exonuclease desenrola a cadeia de DNA e remove nucleótidos para além do local de mismatch, respetivamente. As enzimas DNA Polimerase III e DNA ligase adicionam nucleótidos no local vazio, corrigindo o mismatch.
221
Descreva o mecanismo de reparação por excisão de bases
O mecanismo de reparação por excisão de bases é importante na reparação de bases danificadas. Primeiramente a enzima DNA glicosilase quebra a ligação glicosídica entre a base danificada e a desoxirribose, deixando um espaço apúrico. A AP endonuclease quebra a cadeia com o espaço apúrico upstream a este, e a enzima DNA Pol I remove os nucleótidos incluíndo o espaço apúrico e os substitui por nucleótidos normais, corrigindo a lesão. A DNA ligase é fundamental na adição do último nucleótido.
222
Células expostas à luz visível, após exposição à luz ultravioleta, têm uma maior taxa de sobrevivência do que células mantidas no escuro após exposição à luz UV.
A afirmação é verdadeira. A luz UV é um agente mutagénico físico que promove a formação de ligações fotoquímicas entre pirimidinas, formando dímeros de pirimidinas. O mecanismo de reparação de dímeros de pirimidina, designado de fotorreativação, envolve a quebra de ligações fotoquímicas dos dímeros de pirimidina pela enzima DNA fotoliase, que só tem atividade em luz visível, por isso células expostas à luz visível têm uma maior taxa de sobrevivência do que células mantidas no escuro após exposição à luz UV, visto que nestas os dímeros de pirimidina nunca foram reparados, e esses dímeros dificultam a replicação do DNA, podendo levar à morte celular.
223
Qual é a importância da recombinação homóloga?
A recombinação homóloga é um mecanismo de reparação de quebras duplas, com origem seja por agentes mutagénicos como raios X, seja por ferramentas de edição de genoma como CRISPR-Cas9, mas também tem outra função importante, visto que permite a recombinação entre cromatídeos não irmãos de cromossomas homólogos
224
O que acontece na replicação de uma cadeia de DNA com um dímero de timina?
Os dímeros de timina bloqueiam a ação da DNA Polimerase, impedindo a replicação, por isso, de modo a evitar que a replicação seja incompleta e a célula morra, há um mecanismo de segurança: a síntese de translesão. Neste mecanismo é recrutada uma DNA Polimerase de translesão, que ultrapassa o dímero de timina como se não estivesse lá, adicionando nucleótidos ao acaso, por isso a taxa de mutação da cadeia nova de DNA é elevada, mas esta enzima permite que a replicação termine.
225
Quais são as vantagens e desvantagens dos RFLPs em relação aos AFLPs?
RFLP tem desvantagens em relação ao AFLP porque exige uma maior quantidade de DNA e deteta um menor número de polimorfismos, entretanto a maior vantagem do RFLP em relação ao AFLP é o facto de ser um marcador molecular codominante, enquando o AFLP é dominante, e os custos normalmente são mais reduzidos.
226
Quais são as vantagens e desvantagens dos SSRs em relação aos RAPDs?
RAPDs são marcadores moleculares muito simples e baratos, que não requer conhecimento prévio do DNA, sendo estas as principais vantagens deste método em relação ao SSR, que exige uma técnica mais trabalhosa e cara e conhecimento prévio da sequência do DNA. Entretanto os SSRs são marcadores codominantes e altamente polimórficos, que é uma vantagem em relação aos RAPDs que são dominantes e menos polimórficos, e para além disto a técnica dos SSRs é reprodutível enquanto dos RAPDs não é.
227
Quais as semelhanças e diferenças entre CRISPR-Cas9 e CRISPR-Cpf1?
Semelhanças:
• ambos o utilizam um RNA guia de cadeia simples que emparelha com a sequência alvo
• Ambos são utilizados para fazer edição de genomas
• utilizam ambos o domínio catalítico RuvC para cortar a cadeia não complementar
• originam ambos quebras duplas
Diferenças:
• CRISPR-Cas9:
* utiliza a enzima Cas9
* utiliza RNA guia sgRNA
* emparelha com a sequência alvo upstream de uma sequência PAM 5’NGG3’
* utiliza o domínio HNH para cortar a cadeia complementar
* produz quebras duplas com extremidades cegas
• CRISPR-Cpf1:
* utiliza a enzima Cpf1
* utiliza RNA guia crRNA
* emparelha com a sequência alvo downstream de uma sequência PAM 5’TNN3’
* utiliza o domínio Nuc da endonuclease Cpf1 para cortar a cadeia complementar
* produz quebras duplas com extremidades coesivas
228
Quais as etapas da organização evolução dos sistemas CRISPR? Enumere-as apenas
adaptação
biosíntese de crRNA
interferência
229
Em termos de edição de genomas quais as consequências do uso dos sistemas de reparação NHEJ e HDR?
Non-homology end joining (NHEJ): sistema de reparação utilizado em knockouts, ou seja, destruição de genes, este processo tem elevada taxa de mutação, visto que é feito por inserções e deleções de nucleótidos aleatórios, levando a mutações por frameshift e consequentemente silenciamento do gene.
Homology-directed repair (HDR): sistema de reparação utilizado em knockins, ou seja, adição de genes novos. Este processo é mais preciso (é feito por homologia) e permite a incorporação de genes totalmente novos, ou reparação de genes mutantes através da adição do alelo selvagem do gene.
230
Qual a Constituição do locus CRISPR-Cas9 classe 2 tipo II de S. thermophilus
é o mais simples e mais utilizado, associado à proteína Cas9, de Streptococcus thermophilus.
O locus contém:
• uma array CRISPR,
• 4 genes que codificam proteínas (cas9, cas1, cas2, e csn2)
• tracrRNA
A array CRISPR contém regiões repetidas separadas por regiões espaçadoras provenientes de fagos e de outros elementos genéticos invasores.
O gene cas9 codifica uma nuclease que confere imunidade através do corte do DNA invasor que emparelha com os espaçadores existentes;
os genes cas1, cas2 e csn2 codificam proteínas que atuam na aquisição de novos espaçadores provenientes de novos DNAs invasores.
231
Se o material genético fosse perpetuado como perfeita fidelidade não ocorrendo mutações não existiria _____________
variação genética
232
Uma mutação “nonsense” origina um _____________
codão de terminação (parando a tradução mais precocemente e resultando numa proteína menor)
233
A citosina na sua forma tautomérica emparelha com a _____________
adenina
234
A desaminação da 5-metil-citosina origina, após uma ronda de replicação, uma ____________________
timina que emparelha preferencialmente com a adenina ao invés de guanina originando mutações por transição CG para TA
235
Se um agente intercalante se intercala entre um par de bases adjacentes na cadeia molde origina-se uma mutação ____________ devido à ____________ de um par de bases
frameshift
| inserção
236
No sistema de reparação de “mismatch” após a ação da exonuclease permanece um espaço que é preenchido pela enzima ________________
DNA polimerase III
237
No mecanismo de reparação fotorreativação os dímeros de timina são reparados através da ______________ visível num comprimento de onda entre 320 e 370 nm.
DNA fotoliase
238
No mecanismo de reparação por excisão de bases a DNA polimerase I inicia a reparação usando a sua atividade _______________ para remover alguns nucleotídeos adiante da base em falta e a sua atividade _______________ para preencher o espaço vazio.
exonucleasica 5’-3’
| polimerasica 5’-3'
239
O mecanismo “homologous recombination” tem 2 funções: ____________ e ___________
edição de genomas
| reparação de quebras de cadeias duplas
240
Embora o mecanismo de síntese de translesão possa causar ___________ ele também garante que não haja _____________
mutações
| morte celular
241
Os marcadores ISSRs utilizam primers que amplificam regiões de _____________
localização entre SSRs
242
Caso pretenda estudar a variabilidade genética contida numa dada população animal e não tiver restrições financeiras para o fazer deve optar pelos marcadores ________________
SSRs ou AFLPs
243
O conjunto específico de SNPs e outros variantes genéticos observados num cromossoma ou parte do cromossoma designa se por ____________
haplótipo
244
Os marcadores moleculares AFLPs resultam da _______________
digestão enzimática do DNA genómico
245
Os marcadores moleculares baseados em retrotransposões são marcadores de __________ enquanto os SSR são marcadores _____________
tipo-viral
| obtidos por PCR
246
Uma das limitações ao uso de marcadores morfológicos é ___________
número limitado,
OU
dependentes do estado de desenvolvimento (alguns só são visíveis no estado adulto),
OU
estão sujeitos ao ambiente
OU
genes de interesse muitas vezes não estão associados ao fenótipo.
247
Um dos aspetos importantes para se estudar os SNPs em humanos é _____________
para melhorar o planeamento do cancro
248
Os __________ são um exemplo de marcadores moleculares baseados em retrotransposões
LTRs
249
A ocorrência de polimorfismos tipo RFLP deve-se a ____________ e a _____________
mutações pontuais
| alterações estruturais
