Phages à ARNdb

Question 1

Comment est le génome de ces phages à ARNdb ?

Answer 1

Non directement infectieux, et incorporent dans les particules virales une ARNpolARNdep d’origine virale. Segmenté en 3 parties, ARN double brin linéaire.

Question 2

Décrire la structure de phi6.

Answer 2

Particules virales enveloppées de 85nm de diamètre, couverts de spicules p3. Capside Icosaédrique de T=13.

Question 3

Quelles sont les protéines responsables du compactage, réplication et de la transcription du génome ?

Answer 3

Il s’agit de P1, 2 4 et 7.

Question 4

Rappeler pour quoi code le segment L, M et S.

Answer 4

L code pour tout ce qui est protéines de traduction et transcription.
M pour tout ce qui est protéine membranaire
S pour ce qui est gènes de nucléocapside.

Question 5

Quels sont les trois obstacles que doit surmonter le virion quand il fait son adsorption ?

Answer 5

Le pili pour se rapprocher de la membrane, puis passer la membrane par fusion, puis passer la barrière de peptidoglycane.

Question 6

Quelle est la particularité des protéines 1,2,4,7 ?

Answer 6

Ce sont des protéines précoces, capables de s’assembler en complexes de réplication vides (PC + polymerase).

Question 7

Est-ce que les ARNdb se trouvent dans le cytoplasme ?

Answer 7

Non, ils ne sont jamais exposés. Seuls les ARNm correspondants sont relâchés dans le cytoplasme.

Question 8

Qu’est-ce qui diffère avec la synthèse du transcrit L ?

Answer 8

Il nécessite la protéine YajQ fixée sur P1 car il transfère par un 5’GU au lieu du 5’GG des M et S.

Question 9

Au niveau de la transcription, que remarque-t-on entre la phase précoce et tardive ?

Answer 9

A la phase tardive, seuls les transcrits m et s sont transcrits.

Question 10

Quels rôles endossent la protéines YajQ ?

Answer 10

Essentielle pour réplication, activation de la transcription de L-

Question 11

Comment a ton mis en évidence le role primordial de YajQ dans la réplication du phi6 ?

Answer 11

Si on la KO, les mutants sont incapables de produire des particules virales infectieuses.

Question 12

Quelle particularité a la quantité de YajQ présente ?

Answer 12

Elle est limitée, ce qui suggère que en fin de cycle seuls m et s sont transcrits.

Question 13

D’ou provient la nucléocapside précoce formée quand le virus exprime ses ARNm ?

Answer 13

Il s’agit des protéines des gènes précoces, qui ont été produite grâce aux ribosomes.

Question 14

Les différents ARN transcrits entrent dans la capside précoce, mais par quel bout ? Et pourquoi est-ce que PC arrive à reconnaître ces ARN ?

Answer 14

Par l’extrémité 5’. PC arrive à reconnaître et fixer ces ARN grâce à la protéine P1.

Question 15

Quels sont les seuls ARN pouvant entrer dans cette PC ?

Answer 15

Les ARN possédant un signal d’encapsidation, détecté par P4 et P7 qui la font rentrer.

Question 16

A quoi sont dédiés les sommets de la capside virale ?

Answer 16

1 seul est responsable de l’encapsidation tandis que les 11 autres servent de voie d’export des ARNm.

Question 17

Sous quelle forme est-ce que p1 s’assemble ?

Answer 17

Sous forme de pentamères.

Question 18

Résumer la formation de CP.

Answer 18

Monomère de p1 intéragit avec hexamère de p4 et forme un intermédière, stabilisé par P7. Puis, P2 est incorporée tardivement.

Question 19

Qu’estce qui flanque les régions non codantes de part et d’autre des segments ?

Answer 19

Il s’agit de séquences spécifiques qui constituent en des signaux d’encapsidations ou des structures protectrices tRNA like pouvant correspondre au promoteur 3’.

Question 20

A quoi ressemble la structure de la RdRp OU se situe le site cataltique ?

Answer 20

Structure en main droite compacte. Le site catalytique se situe dans la paume.

Question 21

Sur la RdRp ou se trouve le site d’initiation, et quelle est sa particularité ?

Answer 21

Il se trouve dans le domaine C terminal et a la particularité d’être flexible pour permettre la sortie de l’ARNdb naissant.

Question 22

Quel intérêt des ions Mn2+

Answer 22

C’est ces ions qui sont utilisés par la pol pour faire le transfert des NTP et moduler la flexibilité des la pol.

Question 23

Qu’est ce que l’heparin ?

Answer 23

Un médicament qui entre en compétition abec la matrice dans les premiers évènements de néosynthèse.

Question 24

Comment se fait l’acquisition de membrane avec le phage phi6

Answer 24

P9 arrive à faire une acquisition d’enveloppe par la nucléocapside. P12 est nécessaire à la morphogénèse de l’enveloppe.

Question 25

Quelles protéines participent à la lyse cellulaire ?

Answer 25

Protéine P5 et p10.