Phylogénétique

Question 1

But des analyses de phylogénétique ?

Answer 1

Analyser les relations évolutives

Question 2

Quelles sont les données primaires afin de faire une analyse de phylogénétique ?

Answer 2

Séquence d’ADN et de protéines

Question 3

Est-il possible de vérifier expérimentalement l’exactitude d’une phylogénie ?

Answer 3

Non

Question 4

Nommez les 3 domaines de la vie :

Answer 4

Eubactéries, archéabactéries et eucaryotes

Question 5

Qu’est-ce qu’un noeud terminal dans un arbre de phylogénétique ?

Answer 5

Unités taxonomiques opérationnels

Question 6

Qu’est-ce qu’un noeud internes ?

Answer 6

Unités taxonomiques hypothétiques

Question 7

Les branches relient deux noeuds __________.

Answer 7

adjacents

Question 8

Que veut dire le terme polytomie ?

Answer 8

Ca veut dire que l’ordre exact de divergence de certains taxons demeure incertain

Question 9

Qu’est-ce qu’un clade ?

Answer 9

Il s’agit d’un groupe de taxons provenant du même ancêtre commun

Question 10

Qu’est-ce qu’un taxon frère ?

Answer 10

Lorsqu’‘un clade est seulement composé de 2 taxons

Question 11

Un groupe taxonomique qui partage le même ancêtre qu’un autre groupe taxonomique s’appelle un groupe _________.

Answer 11

paraphylétique

Question 12

Un goupe de taxons provenant tous d’un même ancêtre commun est appelé un groupe ________.

Answer 12

Monophylétique

Question 13

Décrivez les cladogrammes :

Answer 13

Ils ne font pas grand chose

Question 14

Décrivez les arbres additifs :

Answer 14

Ils comportent le nombre de changements génétiques.

Plus une branche est longues, alors plus y a de changements génétiques

Question 15

Décrivez les arbres ultramétriques :

Answer 15

Exprime le temps évolutif exprimé en nombre d’années

Question 16

Les arbres phylogénétiques ont pour but de reconstruire l’histoire évolutives d’une espèce ou d’une molécule, mais une contrainte apparait, laquelle ?

Answer 16

Le nombre de topologie croit de manière exponentielle !

Question 17

Afin de contourner le problème du nombre exponentiel de topologies, quelle méthode d’analyse est utilisée ?

Answer 17

Méthode d’analyse heuristique

Question 18

Lors d’une analyse phylogénétiques, il faut préparer les données par combien d’étapes principales ?

Answer 18

2

Question 19

Nommez la première étape de préparation des données :

Answer 19

Les séquences homologues sont alignées avec un logiciel comme CLUSTALW, T-COFFE ou MUSCLE.

Question 20

Nommez la deuxième étape de préparation des données :

Answer 20

Les régions alignées de manière ambigue (contenant de s indels) sont éliminées avec GBLOCKS

Question 21

Les logiciels d’alignement alignent les séquences en utilisant un arbre généré par méthode de distance

Answer 21

vrai

Question 22

Qu’est-ce qu’un indel ?

Answer 22

Nombreuses insertions et délétions de résidus

Question 23

Pour reconstruire un arbre phylogénétique, il faut faire des hypothèses sur quoi?

Answer 23

Sur le processus substitution des nucléotides et des acides aminés!

Question 24

Est-ce vrai de dire que tous les substitutions se font à la même vitesse ?

Answer 24

Non

Question 25

Les transitions sont moins fréquents que les transversions

Answer 25

Faux, plus fréquents

Question 26

Les substitutions de nucléotides de même groupe sont appelées comment ?

Answer 26

Transition

Question 27

Les substitutions de nucléotides de différent groupe sont appelées comment ?

Answer 27

Transversion

Question 28

Nommez les deux éléments du modèle de substitution :

Answer 28

1. La matrice donnant la probabilité de toutes les substitutions de nucléotides ou d'acides aminés possibles. 2. La vitesse relative des substitutions entre les différents sites du jeu de données.

Question 29

Nommez le modèle le plus simple, mais le moins réaliste en ce qui a trait la substitution d'acides aminés :

Answer 29

Le modèle de Jukes-Cantor

Question 30

Quelles sont les modèles les plus utilisés ?

Answer 30

Kimura, HKY et GTR. Ces modèles assument que les substitutions peuvent se faire à de vitesses différentes. (General-Time non-Reversible)

Question 31

Quel modèle de substitution faut-il utiliser ?

Answer 31

Il faut avoir recours à un programme !

Question 32

Nommez 2 programmes qui aident à découvrir le modèle de substitution optimal :

Answer 32

JMODELTEST (pour les données de nucléotides) | PROTTEST (pour les données d'acides aminés)

Question 33

Quel est le critère souvent utilisé dans les programmes utilisés afin d'obtenir le modèle optimal ?

Answer 33

Le maximum de vraissemblance

Question 34

Tous les programmes d'analyse utilise la troisième position d'un codon

Answer 34

Faux !

Question 35

Décrivez le modèle de vitesse I

Answer 35

Invariant : Estime la proportion des sites qui ne sont pas libres de varier, les autres sites varient de manière égale.

Question 36

Décrivez le modèle de vitesse G ou T

Answer 36

Variation de vitesse suit un modèle gamma

Question 37

Pour la plupart des gènes le paramètre alpha est supérieur à 1

Answer 37

Faux

Question 38

Il y a 3 méthodes pour construire un arbre phylogénétique nommez-les :

Answer 38

1. Méthode de distance 2. Méthode de maximum de parcimonie 3. Méthode de maximum de ressemblance 4. Méthode bayésienne

Question 39

Les méthodes de distance sont basé sur :

Answer 39

des mesures de dissimilitude

Question 40

Les méthodes MP et ML utilisent simultanément :

Answer 40

tous les caractères

Question 41

En ce qui concerne la méthode par distance, est-ce vrai de dire que les distances évolutives sont calculées pour toutes les paires de séquences possibles, puis un arbre de phylogénétique est reconstruit par un algorithme utilisant la matrice de distance ?

Answer 41

Oui

Question 42

Les méthodes ML sont plus rapide que les méthodes de distance.

Answer 42

Faux

Question 43

Nommez les algorithmes disponibles pour reconstruire un arbre à partir d'une matrice de distance:

Answer 43

Neighbor-Joining Fitch-Margoliash Minimum Evolution

Question 44

Quel algorithme est le meilleur pour reconstruire un arbre à partir de matrice de distances ?

Answer 44

NJ

Question 45

Est-ce vrai de dire que la probablitié de substituion multiple grandit avec le temps ?

Answer 45

Oui

Question 46

Décrivez la méthode MP :

Answer 46

Arbre avec le moins de changements évolutifs

Question 47

Décrivez la méthode ML :

Answer 47

Arbre le plus susceptible de conduire aux données étant donné le modèle choisi

Question 48

Dans la méthode MP, l'algorithme cherche l'arbre avec le moins de ..

Answer 48

substitutions

Question 49

Le méthode ML tente de trouver, parmi tous les arbres possibles, celui qui a la valeur L(likelihood) la _____ élevé.

Answer 49

Plus

Question 50

Est-ce que chaque site évoluent indépendamment ?

Answer 50

Oui

Question 51

Le likelihood est évalué comment ?

Answer 51

Par une transformation logarithmique

Question 52

L'arbre avec la plus grande valeur Inl est-il celui qu'il faut privilégier ?

Answer 52

Oui, il s'agira du meilleur arbre ML

Question 53

À partir de combien de taxons que la recherche exhaustive commence à être impossible à pratiquer ?

Answer 53

À partir de 15 taxons.

Question 54

Décrivez comment se produit le processus de recherche heuristique.

Answer 54

Tout d'abord, seulement une partie des arbres est examinée. Ensuite, on construit un arbre de départ en utilisant par exemple la méthode NJ. On recherche ensuite l'arbre le plus court en examinant les arbres qui ont des topologies similaires à l'arbre de départ. Si un arbre plus court est trouvé, alors ce sera sur celui-ci que la prochaine ronde se basera afin de recommencer les recherches. Cette recherche itérative prend fin lorsque plus aucun arbre n'est trouvé.

Question 55

Nommez les algorithmes de réarrangement des branches :

Answer 55

NNI : Nearest Neighbor interchange | SPR : Subtree Pruning and regrafting

Question 56

Pourquoi les recherches heuristiques ne trouvent pas toujours le meilleur arbre ?

Answer 56

Parce que l'arbre de départ utilisé influence les résultats

Question 57

Nommez un outil de ré-échantillonage !

Answer 57

BOOTSTRAP

Question 58

Quels tests permettent d'évaluer des arbres ML ?

Answer 58

Kishino-Hasegawa ou de Shimaidora-Hasegawa

Question 59

Nommez la première étape de l'analyse BOOTSTRAP :

Answer 59

1. Une série de n échantillon (100-1000) est généré par r-échantillonage (avec remise) des sites d'un jeu de données et à partir de chaque pseudo-échantillon, un arbre bootstrap est généré en utilisant la même méthode que celle utilisée pour inférer l'arbre original

Question 60

Nommez la deuxième étape BOOTSTRAP

Answer 60

Un arbre concensus de type 'majority Rule' est calculé à partir de tous les arbres bootstraps. La valeur de support bootstrap donne le pourcentage des arbres appuyant la monophylie d'un clade donné.