Polymorphisme Flashcards
1
Q
On dit de quelqu’un qui a le génotype: AA, qu’il est…?
A
Homozygote pour l’allèle majeur
2
Q
On dit de quelqu’un qui a le génotype: Aa, qu’il est…?
A
Hétérozygote
3
Q
On dit de quelqu’un qui a le génotype: aa, qu’il est…?
A
Homozygote pour l’allèle mineur
4
Q
Que veut dire le “mineur” dans “l’allèle mineur”?
A
Cela signifie que cet allèle est moins fréquent dans la population
5
Q
QU’est ce qui explique brièvement pourquoi un individu est unique? (2 sources)
A
- Méiose : (mosaïque des parents)/brassage des chromosomes
2. Variations + recombinaisons au sein du génome
6
Q
QUAND ON PARLE DE VARIABILITÉ GÉNÉTIQUE ON FAIT RÉFÉRENCE À…? (mb pour les maj)
A
Mutations
7
Q
Est-ce qu’une mutation implique qu’elle est néfaste&
A
Non! Elle peut être
- néfaste
- bénéfique
- neutre
8
Q
Un humain a combien de miliards de pb
A
3 (mais faire X2 en raison du fait que nous sommes diploïdes)
9
Q
Quelle est la portion de notre génome qui est identique entre chaque individus
A
99.8%
10
Q
Le 0.2% de différent entre les individus équivaut à combien de différences?
A
6 million!!
11
Q
On a 1 pb différente pour chaque (1) pb entre 2 individus
A
1: 1000
12
Q
Les variations génétiques peuvent être de 2 grands types, lesquels?
A
- Petites mutations
- Grandes mutations ou mutations à haut niveaux
13
Q
Quels sont les types de petites mutations
A
- Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
2. Petites indels (insertion/délétion)
14
Q
Quels sont les types de grandes mutations ou mutations à haut niveaux
A
- Répétition simple de type Microsatellite (STR)
- Minisatellites
- Gènes répétés
- Grandes inversions, délétions
15
Q
Qu’est ce qu’un single nucleotide polymorphisms (SNPs)
A
- variation d’un seul nucléotide à chaque 100pb
16
Q
Est-ce que les single nucleotide polymorphisms (SNPs) sont fréquents?
A
oui
17
Q
Est-ce que les single nucleotide polymorphisms (SNPs) sont facile à génotyper/analyser/automatiser?
A
oui
18
Q
Qu’est ce que les petites indels ?
A
Une insertion ou délétion d’un à 3 nucléotide tous les 1kb
19
Q
Est-ce que les petites indels sont facile à détecter?
A
Oui avec outils
20
Q
Qu’est ce que les répétitions simples de type Microsatellite (STR)
A
- répétitions en tandem (petites séquences répétées un certain nombre de fois)
- variables/polymormiques
- moins fréquent que SNP
21
Q
Quelle est la fréquence des répétitions simples de type Microsatellite (STR)
A
1 à chaque kb
22
Q
Les minisatellites et les gènes répétés (surout sont des gènes qui codent pour…
A
pour histones et ARNr (variables entre individus)
23
Q
Quelle est la fréquence des minisatellites?
A
1 à chaque kb
24
Q
Les gènes répétés ont eu une utilité dans l’histoire des maladies génétiques, quelle est-elle?
A
polymorphismes : a beaucoup été utilisé pour cartographier des maladies génétiques
25
Que sont les grandes inversions, délétions
- Des variations structurales avec de grandes régions de plusieurs bases dupliquées/délétées
- C'est ce qu'on appelle les CNVs = Copy number variants
26
Comment mesurons les mutations microsatellites
mesuré à l'aide d'un PCR (pas automatisable)
27
Quelles sont les synonymes (et acronymes) de CNV
1. CNP: CopyNumberPolymorphisms
2. CNV: CopyNumberVariations
3. CNA: Copy Number Aberrations
4. CNA: CopyNumberAlterations
28
Les SNPs sont généralement une variable...?
une variable binaire
29
Dans les SNPs, la probabilité d’une mutation récurrente affectant le même locus est très _(1)_.
1: faible
30
Dans les SNPs, les cas “allèle triple” sont...?
généralement considérés des erreurs de génotypage
31
Le nucléotide d’un SNP est appelé comment si fréquence allélique > 50%
Allèle majeur
32
Le nucléotide d’un SNP est appelé comment si fréquence allélique < 50%
Allèle mineur
33
Vrai ou faux, il y a une corrélation entre la longueur du chromosome et le nombre de variations
vrai
34
Qu'est ce qu'un haplotype (3 choses à mentionner)?
- lié à méiose, entité physique transmise (chromosomes) avec le gène d'une autre conditions
- Ensemble de toute la variation transmise avec une certaine entité physique
- Lien physique entre toutes les variations transmises à la méiose (co-transmission/liaison génétique)
35
Quand on regarde un haplotype en termes de SNPs qu'est ce qu'un haplotype représente?
Ça représente un groupe de SNPs liés sur le même segment chromosomique.
36
Qu'est ce qu'un SNP codant?
Un SNP qui tombe dans un codon qui code pour une protéine fonctionnelle
37
Quels sont les risques associés aux SNPs codants?
- ça tombe dans un codon (génome codant pour prots) = donc plus de chances que la mutations ait un impact sur le phénotype
- ça peut changer ou non la fonction de la protéine
38
Comment se nomme un SNP trouvé dans une région promotrice?
rSNP - SNP régulateur
39
Quel est l'impact possible d'un rSNP - SNP régulateur?
peut avoir impact sur expression d'un gène
40
Comment se nomme un SNP trouvé dans une intron?
iSNP - SNP intronique
41
Quel est l'impact possible d'un iSNP - SNP intronique?
impact sur épissage
42
Comment se nomme un SNP trouvé dans un exon?
cSNP - SNP codant
43
Quel est l'impact possible d'un cSNP - SNP codant?
peut causer un changement d'acide aminé
44
Comment se nomme un SNP trouvé dans une région intergénique?
gSNP - SNP génomique
45
Quel est l'impact possible d'un gSNP - SNP génomique?
variations au sens plus large
46
Quelles sont les 3 moyens qu'un SNP non-codant peut influencer l’expression génique
1. région 5'/séquence de variation : variation peut être nombre ou éliminer un site de reconnaissance de facteurs de transcription ou en créer un
2. séquence intronique/ receveur ou donneur d'épissage : mène à l'épissage alternatif (impact fonctionnel ou pas)
3. région 3' : affecte la stabilité d'un transcrit
47
On dit DONC d'une mutation dans une région codante que c'est un changement...?
qualitatif
48
On dit DONC d'une mutation dans une région non-codante que c'est un changement...?
quantitatif (pas le même niv d'expression)
49
est ce que les variations qui affectent l'épissage sont de l'ordre qualitatives ou quantitatives
les deux
50
Qu'est ce que l'état polymorphe ou monomorphe?
C'est une caractéristique d'un gène (ou portion non codante d'ADN) et d'une population.
51
Une même population peut-elle être polymorphe pour un caractère donné et monomorphe pour un autre caractère?
Oui
52
De la même façon, un caractère monomorphe dans
une population peut-il être polymorphe dans une autre
population?
Oui, et cela a peut-être un lien avec l'Évolution
53
Qu'est ce que le cycle de vie d’un SNP, soit le long chemin de la mutation vers le SNP? (4 étapes)
1. Apparition d’un nouveau variant par mutation dans un gamète
2. Survie d’un allèle rare à cause d’un effet “bottleneck” (effet faisant en sorte que la fréquence de l'allèle est augmentée)
3. Élévation de la fréquence allélique suite à l’expansion de la population
4. Le nouvel allèle est fixé dans Ia population comme un nouveau SNP (si suffisamment d'individus portent la mutation)
54
Qu'est ce qu'un effet “bottleneck”
effet faisant en sorte que la fréquence de l'allèle est augmentée
55
Qu'est ce que le VIH
Infection virale nécessite des récepteurs cellulaires soit CXCR4 et CCR5
56
Que sont CXCR4 et CCR5
des récepteurs cellulaires (venant du gène CCR5) qui sont reconnus pas le virus
57
Combien y a t'il de variants de CCR5
Plus de 20
58
Que provoque le fait d'être hétérozygotes del32 (CCR5)/CCR5 pour le VIH et quelle est la proportion des Européens qui l'étaient?
- Cela fait en sorte que tu possède une protection
naturelle contre la maladie (ralentit son évolution)
- 10% des Européens ont cette protection
59
Que provoque le fait d'être homoxygite pour l'allèle muté de la del32 (CCR5) pour le VIH et quelle est la proportion des caucasiens qui l'étaient?
- Cela fait en sorte que tu possède une résistance à l’infection au VIH
- 1% des caucasiens ont la protection
60
L’allèle mutant CCR5 del32 a commencé à s’étendre dans le Nord de l’Europe il y a 700 ans lorsque la population était _(1)_.
1: ravagée par la peste et la variole
61
À cette époque, les porteurs de del(CCR5) étaient _(1)_ à l’infection
1: résistant
62
Qu'est ce que le génome
- Ensemble du matériel
génétique d’un individu
- l’ensemble de l’ADN présent dans le noyau de chacune des cellules d’un organisme
63
Quel est le but du projet « Génome Humain »
séquencer et annoter le génome humain
64
Le projet « Génome Humain » est fait par qui ?
- Secteur public (Universités, etc)
| - Secteur privé (Celera)
65
Le projet « Génome Humain » est-il cher?
OMG OUI
66
En ordre chronologique quelles sont les grandes étapes (8) du projet du genome humain
1. Méthode de séquençage de l’ADN
2. Naissance du Projet
3. Création d’ HUGO. Début du séquençage.
4. Carte génétique
5. Carte physique
6. Chromosome 22 terminé (le plus petit)
physique pouvoir
7. Brouillon du génome (~90%) 8. >99% achevé.
67
Qu'est ce qu'une carte génétique
- Des marqueurs de polymorphismes pour identifier des chromosomes et suivre la transmission de génome en génome (des traits en fonction du phénotype donné)
- Méthode de mettre des étiquettes (marqueurs génétiques sur marqueurs physiques)
68
Qu'est ce qu'une carte physique
- carte physique pour séquencer
69
Qu'est ce que le contenant du projet « Génome Humain »
matériel génétique = séquence des chromosomes
70
Qu'est ce que le contenu du projet « Génome Humain »
informations = Gènes et régions fonctionnelles (ex: où commence et se termine un intron/exon)
71
Quelle proportion de la structure génomique code pour des protéines
seulement 3%
72
Que contient un BROWSER et quelle est l'utilité?
- toute l'information du génome incluant la diversité génétique
- afin de facilité la cartographie de maladies génétiques
73
Qu'est ce qu'une maladie complexe
une maladie non 100% génétique et dont il y a la combinaison de plusieurs gènes ou facteurs externes comme les effets de l'environnement
74
À propos de la maladie mendélienne que peut on dire sur le gène
Gène mène directement à la maladie (gène causal)
75
À propos de la maladie mendélienne quels sont les modes de transitions identifiables
Xr, Xd, Ar, Ad
76
À propos de la maladie mendélienne on a souvent un gène. ou une mutation par...
famille (un gène/famille)
77
À propos de la maladie mendélienne les maladies associées sont _(1)_ et il y en a _(2)_ et _(3)_ d’entre elles représentes _(4)_ des malades
1: rares
2: beaucoup (6 000+ maladies)
3: 50
4: 80%
78
À propos de la maladie complexe que peut on dire sur le gène?
Gène modifiant le risque, mais ne mène pas directement à la
| maladie (gène de susceptibilité)
79
À propos de la maladie complexe quels sont les modes de transmissions associés?
Pas de mode de transmission clairement identifiable
80
À propos de la maladie complexe on a souvent un gène qui est comment?
Implique plusieurs gènes et souvent l’environnement (mais une agrégation familiale est souvent observable)
81
À propos de la maladie complexe les maladies associées sont _(1)_ et _(2) selon la population étudiée
1: communes dans la population
2: diffèrent
82
Quels serait des exemples de maladies mendeliennes
myopathie, thalassémie...
83
Quels serait des exemples de maladies complexes
cancer, troubles cardiovasculaires...
84
Gène et fréquence de la dystrophie Musculaire de Duchenne
- DMD
| - 1 garçon/3500 naissances mâles
85
Gène et fréquence de la FK
- CFTR
| - 1 enfant/2000 naissances
86
Gène et fréquence du cancer du sein héréditaire
- BRCA
| - 1 femme/9 développera un cancer du sein (~5% de cas héréditaires)
87
Exemples (5) de maladies complexes (Plusieurs gènes + Environnement = Maladie)
* Cardiovasculaires
* Diabète
* Asthme
* Déficiences mentales
* Cancer
88
Quelle sont les 3 choses que nous pouvons faire afin d'essayer d'associer un gène/SNP à une maladie/phénotype?
1- Regarder l'empleur de l'impact de la mutation ainsi que la fréquence dans la population (si possible)
2- Faire des liaisons génétiques dans la famille afin de trouver des liens (ex: pedigree)
3- Faire des études d'association dans les populations
89
Les études d'association dans les populations permettent de...
- Vérifier la fréquence de la maladie dans la population due à une combinaison de gènes dans la population et donc voir l'impact des polymorphisme
90
Qu'est ce que l'analyse de liaison (Linkage)?
C'est l'utilisation de familles pour suivre la co-ségrégation de la maladie et des variantes génétiques particulières (avec des marqueurs de polymorphismes ou de séquençage)
91
L'analyse de liaison (Linkage) fonctionne mieux dans quels contextes?
- Grandes familles
| - maladies « Mendéliennes »
92
Qu'est ce qu'une étude d'association?
Elle est utilisée pour la détection d’une association entre des variantes génétiques et la maladies à travers des familles
93
Quelles sont les 3 types d'études d'association que l'on peut faire?
1. Design Cas-Contrôles
2. Design de Cohorte
3. Design familial: trio parental (père-mère-enfant atteint)(TDT)
94
Les études d'associations de type « Design Cas-Contrôles » se font comment?
En contrôlant la distribution de la variabilité dans un groupes de cas-contrôle, on fait donc le groupe de cas (celui avec la variabilité génétique s'il y a lieu) vs le groupe contrôle
95
Les études d'associations de type « Design familial » se font comment?
- Au lieu de comparer le groupe cas vs le groupe contrôle, on regarde ce qui a été transmis à la personne malade (donc ce qui l'a rendu malade) et on regarde ce qui ne l'a pas rendu malade (soit ce qu'il n'a pas été transmis)
- On recherche donc des distorsions dans la transmission (ecq certains allèles de gènes ont été transmis + souvent qu'attendu)
96
Une étude d'association Pangénomique (GWAS) est elle basée sur une hypothèse?
Non, libre d’hypothèse (mode découverte)
97
Une étude d'association Gène candidat est elle basée sur une hypothèse?
Oui, il existe donc assez d'info sur le trait dans la littérature
98
Une étude d'association Pangénomique (GWAS) est elle coûteuse?
oui, côut élevé, car grand besoin en génotypage
99
Une étude d'association Gène candidat est elle coûteuse?
non, faible côut, car petit besoin en génotypage
100
Pangénomique (Genome-wide), moins d’impact de la correction statistique ou correction pour analyses multiples?
correction pour analyses multiples (Plusieurs faux positifs, peu de cibles manquées)
101
Gène candidat, moins d’impact de la correction statistique ou correction pour analyses multiples?
Moins d’impact de la correction statistique (Plus de cibles manquées, moins de faux positifs)
102
Quelle est la stratégie (les 3 étapes) pour étude pangénomique (GWAS)?
1. On prend un échantillon de cas-contrôles
2. Génotypage avec des “chips” commerciales (Affymetrix ou lllumina)
3. Analyse statistique pour chaque SNP et Calcul de la valeur p pour chaque SNP
103
Que devons nous faire après avoir un résultat grâce à un GWAS?
revalider les résultats car bcp de chances de faux positifs
104
Quel est le but de la pharmacogénétique? (3 +1)
Identifier les variantes génétiques avant
de prescrire. Pour:
1. Détecter les individus qui auront des effets non-désirés (adverse drug effect, ADR)
2. Déterminer la dose appropriée
3. Détecter les individus dont le médicament n’aidera pas.
105
Dans un groupe de personnes tous atteints de la même maladie, certains peuvent être des _(1)_ ou des _(2)_ alors que l'on aurait pensé qu'ils seraient comme la majorité des _(3)_ chez qui le traitement conventionnel fonctionne.
1: non-répondeurs
2: toxicité/répondeurs
3: répondeurs 3 aucune toxicité
* traitement alternatif pour 1,2+
106
Vrai ou faux, la réponse aux meds peut être différente selon population?
Vrai
107
Quel est le potentiel de la génétique/génomique dans les soins de la santé du futur?
- Maintenant: Médecine personnalisée basée sur des tests génétiques
- Bientôt: Traitement « plus éclairé » selon la classification génétique de la maladie
- Plus tard: Prédispositions génétiques aux maladies complexes
