Proteini

Question 1

definicija proteoma

Answer 1

nabor vseh proteinov posameznega organizma

Question 2

sestavni gradniki proteinov

Answer 2

20 standardnih AK, od katerih so lahko nekatere modificirane

Question 3

primer posttranslacijsko spremenjenih AK v proteinih

Answer 3

hidroksiprolin in hidroksilizin v kolagenu
selenocisein (stop kodon UGA)
prisotne tudi v miozinu in pro-trombinu

Question 4

V katerih proteinih najdemo ornitin in citrulin?

Answer 4

nobenih

Question 5

vezi med AK v proteinih

Answer 5

peptidne vezi

Question 6

mesto nastanka peptidnih vezi in molekule, ki pri tem sodelujejo

Answer 6

ribosomi

mRNA, rRNA, tRNA

Question 7

mehanizem nastanka peptidne vezi

Answer 7

povežeta se -COOH in -NH2 skupina, odcepi se voda in nastane amidna oziroma peptidna vez

Question 8

Kaj daje rigidnost peptidni vezi?

Answer 8

prost elektronski par na dušiku, ki se razporedi so celi vezi - peptidna vez je na pol dvojna vez

Question 9

konfiguracija večine peptidnih vezi

Answer 9

trans-konfiguracija

Question 10

število AK v peptidu

Answer 10

2-10

Question 11

število AK v polipeptidu

Answer 11

10-100

Question 12

število AK v proteinu

Answer 12

> 100

Question 13

definicija enote Dalton

Answer 13

1 DA = 1/12 mase atoma C12

Question 14

povprečna molekulska masa AK in proteina

Answer 14

M(AK) = 128 g/mol 
M(P) = n*110 g/mol

Question 15

vloga proteinov

Answer 15

opora, transport, skladiščenje, uravnavanje izražanja genov, obramba, kataliza, signalizacija, gibanje…

Question 16

primarna struktura proteinov

Answer 16

zaporedje AK poezanih s kovalentnimi vezmi

Question 17

vezi med AK v proteinih

Answer 17

peptidne in disulfidni mostički

Question 18

bolezenska stanja pri zamenjavi AK v zaporedju za protein

Answer 18

1) anemija srpastih celic (GLU — VAL)
2) hemolitična anemija
3) cistična fibroza

Question 19

metode za določanje zaporedja AK

Answer 19

1) Sangerjeva metoda (fluorodinitrobenzen)
2) Edmanova metoda (fenilizotiocianat)
3) masna spektrometrija

Question 20

pomen zaporedja AK

Answer 20

• nosi informacijo o sekundarni in terciarni zgradbi (prostorska struktura)
• določa vlogo in lokacijo proteina
• evolucijska vloga (primerjava med sorodnimi organizmi)

Question 21

bolezenska stanja povezana z napakami v sekundarni strukturi

Answer 21

1) prionske bolezni
2) Alzheimer
3) Parkinson

Question 22

sekundarna struktura proteina

Answer 22

stabilni strukturni elementi

Question 23

pogosti sekundarni strukturi proteina

Answer 23

alfa vijačnica in beta struktura

Question 24

stabilizacija alfa vijačnice proteinov

Answer 24

vodikove vezi znotraj vijačnice med C=O n-te aminokisline in NH n+4-te aminokisline v vijačnici

Question 25

AK ostanki, ki destabilizirajo vijačnico

Answer 25

prolin, glicin, valin, tirozin, izolevcin in zaporedja nabitih AK

Question 26

pozicija nasprotno nabitih stranskih verig v alfa vijačnici

Answer 26

1. na n mestu, nasprotno nabita na n+3/4 mestu

Question 27

Kaj se zgodi na koncu zaporedja AK v vijačnicah?

Answer 27

ustvari se delni naboj, ki se stabilizira s C- (negativen) ali N-terminalnim (pozitiven) koncem

Question 28

stabilizacija beta strukture

Answer 28

vodikove vezi med C=O in NH druge AK, a so te vezi lahko vzpostavljene znotraj istega zaporedja ali med različnimi polipeptidnimi verigami

Question 29

položaj stranskih verig v beta strukturi

Answer 29

izmenično pod in nad strukturo

Question 30

primer v beta strukturo povezanih AK

Answer 30

glicin in alanin v keratinih - vsebujeta tudi beta zavoje

Question 31

Kaj tvori cca 1/3 AK ostankov?

Answer 31

zavoje ali zanke

Question 32

definicija beta zavoja

Answer 32

pogost zavoj, ki povezuje antiparalelne beta strukture in vključuje 4 AK, vodikova vez pa nastane med C=O in NH tretje

Question 33

možne rotacije okoli vezi v peptidih

Answer 33

peptidna vez je rigidna in ni sposobna rotacije | mogoča je rotacija okrog N-C(alfa) in C-C(alfa) vezi, ki jo opišeta dihedralna kota psi (CC) in fi (NC)

Question 34

Kaj določata/omogočata kota fi in psi?

Answer 34

sekundarno strukturo proteina in cis-konformacijo

Question 35

terciarna struktura proteina

Answer 35

njegova prostorska struktura, v kateri protein zavzame določeno konformacijo, ki predstavlja razporeditev atomov v prostoru

Question 36

nativna konformacija proteina

Answer 36

konformacija proteina, v kateri ima najnižjo energijo/najnižjo prosto entalpijo

Question 37

stabilizacija tercialrne strukture

Answer 37

šibke interakcije (hidrofobne, vodikove vezi, ionske interakcije) pri nekaterih proteinih (inzulin) tudi disulfidni mostički

Question 38

metode določanja terciarne strukture

Answer 38

``` rentgenska kristalografija NMR spektroskopija (manjši P) ```

Question 39

nastanek proteinskega motiva

Answer 39

posamezni elementi sekundarnih struktur se povezujejo v stabilne, geometrijsko urejene strukture, ki jim pravimo motivi

Question 40

proteinske domene

Answer 40

več združenih motivov

Question 41

kvartarna struktura proteina

Answer 41

nastane s povezovanjem različnih podenot v prostoru

Question 42

vezi med podenotami kvartarne strukture

Answer 42

hidrofobne in ionske interakcije (identične podenote)

Question 43

vloge kvartarne strukture in primeri

Answer 43

1) regulatorna vloga (konformacijske spremembe) | 2) strukturna vloga (povezovanje fibrilarnih proteinov)