Prüfungsfragen Flashcards

Question

Problem bei Speziationsgenen?

Answer 1

Man muss wissen, was der Auslöser der Speziation ist.

Answer 2

beides sind Punktmutationen - Transition: Purin-Purin oder Pyrimidin-Pyrimidin (Öfter) - Transversion: Purin-Pyrimidin oder Pyrimidin-Purin Purin (A/G) Pyrimidin (C/T)

Answer 3

Aus Divergenz zwischen 2 homologgen Sequenzen die Zeit errechnen, die seit gemeins. Ursprung (MRCA – Most Recent common Ancestor) vergangen ist.

Answer 4

Raten treffen nicht immer zu. | Genetic drift und Selektion führt zu einer unterschiedlichen Beeinflussung

Answer 5

Sequenz in Form von Basen aufschreiben → Alignment erstellen → gleiche Sequenzen übereinander bringen (besonders bei codierenden Sequenzen gleich)

Answer 6

Durch Mutation oder PCR Fehler

Answer 7

Je komplexer, desto weniger wahrscheinlich stimmt das Ergebnis, wenn neue Werte hinzukommen → bei einfacheren Modellen könnte es gleich bleiben. Komplexere Modelle passen meisten nur für die genauen Werte, die bei der Erstellung verwendet wurden.

Answer 8

Stammbaum so bauen, dass möglichst wenig Mutationen vorkommen. Ich berechne für jede Seite, wieviele Mutationen benötigt sind – je weniger Mutationen, desto besser ist der Baum

Answer 9

Weil die Anzahl der Mutationsschritte extrem davon abhängt.

Answer 10

Schließt Rückkreuzungen aus und Modell kann nur bei sehr nah verwandten Taxa verwendet werden. Kein Einbeziehen von Evolutionsmodellen → unseen changes

Answer 11

Leicht durchschaubare Methode | muss sich nicht auf 1 Evolutionsmodell festlegen gut wenn wenig Taxa + nahe verwandt

Answer 12

Es wird berechnet, wie wahrscheinlich es ist, dass Aufspaltungen oder bestimmte Mutationen auftreten. (z.B. Mutationen zwischen Nukleotiden) Wahrscheinlichster Baum wird erstellt.

Answer 13

Extrem lange Rechenzeit + man muss sich sicher sein, dass es das richtige Modell ist

Answer 14

Um zu berrechnen wie stabil der Baum ist, wenn neue Proben dazu kommen

Answer 15

1. Künstliche Datensätze werden erstellt 2. von den originalen Daten werden sides herausgezogen und in die neuen eingebaut 3. wenn der alte Baum stimmt müsste wieder der gleiche Stammbaum herauskommen 4. beim ursprünglichen Stammbaum trägt man ein, wie oft ein Knoten auch bei den anderen Bäumen vorkommt (ab 75% ernst zu nehmen)

Answer 16

Beruht auf der Wahrscheinlichkeit der Bäume, die man aus Beobachtungen schließt. Es wird mit Hilfe von bedingten Wahrscheinlichkeiten gerechnet. ! Beobachtungen beeinflussen den ursprünglichen Ansatz! Extrem Komplex. (Bsp. Zuckerl im Skript!)

Answer 17

Versucht, dass was innerhlab von Arten passiert ist nachzuvollziehen – mit Hilfe eines geographischen Hintergrundes.

Answer 18

Senger: 4 verschiedene Behälter benötigt, lange gedauert NGS (Next Generation Sequencing): Alles in einem Topf, ganzes Genom in wenigen Stunden

Answer 19

Protein-codierende DNA • evolviert (sich über Evolution entwickeln) meist langsamer → wird repariert! Artefakte leichter erkennbar nicht Protein-codierende DNA, nicht funktionelle DNA • evolviert schneller, Artefakte schwerer erkennbar • Primer Design spezifisch nicht Protein codierende DNA, funktionelle DNA • z.B. RNA-Gene, evolviert langsamer, konservierte und variable Bereiche kein ORF nuclearer Marker • evolvieren meist eher langsam • biparentale Vererbung • Rekombination durch crossing ove r cytoplasmatischer Marker • z.B. mtDNA ◦ evolviert schneller ◦ maternale Vererbung!

Answer 20

Die Variation steigt + Populationen werden zueinander ähnlicher

Answer 21

Positive assortative Paring = Inzucht: -> Arten neigen zur Begattung mit Individuen, die ihnen in gewisser Hinsicht besonders ähnlich sind • innerhalb der Gruppe sinkt Variation • Unterschiede zwischen Gruppen werden größer -> führt zu neuen Arten negativ assortative Paring = nicht verwandte Individuen Paaren sich -> Dabei werden bevorzugt Paarungspartner ausgewählt, die (in bestimmten Aspekten) unähnlich sind. • Variation steigt • Unterschied zwischen den Populationen geringer -> stabilisiert die ursprüngliche Art und lässt weniger neue Typen entstehen

Answer 22

Bei seltenen Allelen, kann es sein dass der genetische Drift zu einer Veringerung der Variation führt, da seltene Allele verloren gehen können. d.h. Variation innerhalb der Population sinkt, aber durch den Verlust können ähnliche Gruppen unterschiedlicher werden.

Answer 23

Bei kleinen Populationen

Answer 24

Das ein Genfluss stattfindet

Answer 25

``` Variation in der Population sinkt. Zwischen Populationen: • gleicher Selektionsdruck: ◦ Variation zwischen Populationen geringer • unterschiedlicher Selektionsdruck ◦ Variation zwischen Populationen steigt ```

Answer 26

Eine Sonderform der „disruptiven Selektion“. Auch wenn Selektion dazu führen sollte, dass ein Allel verschwindet kommt es vor. z.B. HbS/ HbA

Answer 27

• Wird angewendet bei sexuellen Organismen – stimmt ◦ jeder Vater gibt gleichwahrscheinlich seine Spermien weiter. Analog Mütter → zw. Generationen bleiben Allel-Freq & Genotyp-Frequ. konstant • Allelfequenz sagt etwas über Genotypfrequenz der nächsten Generation aus – stimmt ◦ HWE sagt voraus, wie in “idealer Welt” bei gegebener allele-frequency das Verhältnis v. Homo- zu Heterozygoten in Nachfolge-Generation sein wird • Allelfrequenz verschiebt sich nicht über Generationen - stimmt ◦ ideale Welt – keine 6 Kräfte, die zu einer Verschiebung führen könnten (?) ◦ jeder Vater gibt gleichwahrscheinlich seine Spermien weiter. Analog Mütter → zw. Generationen bleiben Allel-Freq & Genotyp-Frequ. konstant • Hardy Weinberg Gleichgewicht ist Ausgangswert für FST FIS FIT • es gibt an, wieviele Allele man untersuchen muss, um eine repräsentative Aussage zu erhalten – falsch

Answer 28

HWE sagt voraus, wie in “idealer Welt” bei gegebener allele-frequency das Verhältnis v. Homo- zu Heterozygoten in Nachfolge-Generation sein wird

Answer 29

1. Keine 6 evolutiven Kräfte 2. sex. Organismen 3. Generationen überlappen nicht

Answer 30

FST: vergleicht Subpopulationen mit Totalpopulationen FIS: Vergleicht Individuen inneralb einer Subpopualtion (bezieht ein wie homozygot Individuen sind – Inzucht)

Answer 31

=0 → Genlfuss | =1 → kein Genfluss – Genflussbarriere

Answer 32

=0 → keine Inzucht | =1 → Inzucht

Answer 33

Nimmt gesamte Variation in den Daten – Versucht Variation auf verschiedenen, vom Bnutzer festgelegte Ebenen einzuteilen – unterteilt gen. Variation in hierarch. Komponenten – setzt Variation auf verschiedenen Ebenen miteinander in Beziehung – partitioniert gesamte Variation in Kovarianz- Komponenten aufgr. von Unterschieden in den vorher definierten hierarch. Ebenen;

Answer 34

4% bedeutet: genetische Variation zwischen den 2 Populationen gering 90% bedeutet: gentische Variation zwischen den 2 Populationen groß. Lösung: 90% von mtDNA: wird nur von Weibchen übertragen. Da genetische Variation gering ist bleiben sie z.B. im Nest → offensichtlich breiten sich die Männchen aus → daher auch bei Mikrosatteliten geringe genetische Variation. = „sex biased dispersal“

Answer 35

Jedes Individuum wird mit seinen Daten eingeschleust → Programm erstellt dann sichtbare Cluster → Cluster durchmischt spricht für Genfluss, je einfärbiger, desto isolierter.

Answer 36

Ob Individuen verwandt sind. | → ! viele polymorphe Marker werden benötigt!

Answer 37

Tochter oder Sohn

Answer 38

Halbgeschwister

Answer 39

• Um die Artenzugehörigkeit zu kennen → für die meisten ökologischen Fragen wichtig

Answer 40

* Morphologie unzuverlässig * unbekannte Lebensstadien * nur Fragmente vorhanen

Answer 41

In der Umwelt findet man DNA Spuren, welche Arten zugeordnet werden können → z.B. Wasserprobe → Otter DNA vorhanden?

Answer 42

Kontaminationsanfällig

Answer 43

Pilze: ITS (internals transcriped spacer) Bakterien: 16S rDNA Insekten: mtDNA-Gens COI

Answer 44

Wenn z.B. nur Gewebeproben vorliegt, wenn kein Geschlechtsdimporphismus vorhanden ist

Answer 45

PCR mit Hilfe von Sex-spezifischen Primern oder Gene, die eine geschlechtsspezifische Länge haben

Answer 46

z.B. bei Verhaltensforschung, oder bei Forensik & Kriminalistik

Answer 47

Mit Hilfe von molekularen Markern mit einer größeren Auflösung (z.B. Set von hoch variablen Mikrosatelliten)

Answer 48

* Schwierige negativ Nachweiß zu interpretieren * Unterscheidung zwischen Primär- Sekundär Predation * nicht erkennbar, ob Beute lebend oder tot war

Answer 49

Erforschung der Genomfunktion, -struktur, - evolution

Answer 50

Forschung an Art nach Sequnezen ihres Genoms

Answer 51

Vergleich multipler Genomsätze innerhalb einer Art

Answer 52

Evolutive Rekonstruktion mit Genomdaten

Answer 53

Untersuchung der genomischen Mechanismen, die für Adaptation von Organismen an ihre Umwelt verantwortlich sind

Answer 54

arbeitete nicht mit spezifischen Primern, sondern mit allgemeinen Primern → gesamtes Genom wird beobachtet. Mischung von vielen Organismen werden amplifiziert. Man bekommt nicht eine genaue Art, sondern allgemein, wieviele Arten in der Probe stecken.

Answer 55

Es gibt zwei Kopien pro Individuum, nukleare DNA-Rekombination, man spricht von Allelen, homozygous und heterozygot

Answer 56

Es gibt eine Kopie pro Individuum, z.B. mtDNA und cpDNA, meistens maternal vererbt, keine Rekombination, man spricht nicht von Allel sondern von haploidem Genotyp, Organellen und Plastiden

Answer 57

C, T und U

Answer 58

- genetische Drift - assortative mating - Migration - Selektion - > diese Kräfte bewirken Verschiebung v. Allel-Frequenzen - > Allele werden häufiger/seltener = evolutiven Kräfte

Answer 59

1. Strangtrennung: 15 Sek. auf 93°C 2. Hybridisierung der Primer: Lösung schnell auf 54°C abkühlen damit Primer mit jeweils einem Stand hybridisieren können 3. DNA-Synthese: Lösung auf 72°C erhitzen -> optimale Temperatur für die Tat-DNA-Polymerase - > Verlängert beide Primer inRichtung Zielsequenz (5´-> 3´) - > geht über Zielsequenz hinaus

Answer 60

kaum Populationsdifferenzierung

Answer 61

deutet auf Inzucht hin

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