Secuenciación

Question 1

tipos de secuenciacion

Answer 1

• método de SANGER
• Maxam-Gilbert
• Secuenciación de segunda generación

Question 2

característics principales del método de SANGER

Answer 2

• se basa en la adición de ddNTPs
• 1977

Question 3

fundamento del metodo SANGER

Answer 3

• es basado en la replicacion de la molecula de ADN con ayuda de un ADN polimerasa
• terminadores

Question 4

metodología del metodo de SANGER

Answer 4

1. aislar
2. clonar
3. desnaturalizar
4. iniciador marado
5. marcaje de ddNTPs
6. mezcla se divide en 4 partes
7. ddATPs en exceso

Question 5

cantidad de nucleotidos en los fragmentos que se pueden leer utilizando el metodo de sanger?

Answer 5

fragmentos de 50 a 300 nucleotidos

Question 6

pre-tRNA cantidad de nucleotidos

Answer 6

75-80

Question 7

pasos de la maduracion de pre-tRNA

Answer 7

1. eliminacion del intron por medio de splicing
2. secuencia 5’ elimina ribonucleasa P
3. Resiudo UU (3’) es remplazado por ACC
4. distintas bases son modificadas en el proceso de maduración

Question 8

cantidad de nucleotidos en un intron

Answer 8

14

Question 9

es requerido durante la sintesis de proreinas

Answer 9

ACC

Question 10

secuenciación automatizada

Answer 10

1. PCR con fluoresencia, cadena terminadora de nnNTPs
2. separación por capilaridad en un gel de electroforesis
3. excitacion por laser y detección por maquinaria de secuencia

Question 11

PCR con fluoresencia

Answer 11

1. amplifica y desnaturaliza la secuencia original del ADN por medio de PCR
2. mezcla de dNTPs y fluoresencia ddNTPs
3. da oligonucleotidos fluorescentes

Question 12

next generation sequencing

Answer 12

• permite secuenciación de múltiples sitios a escala masiva
• millones-billones de fragmentos de DNA secuenciados en una sola reacción
• cobertura y profundidad

Question 13

cobertura en el Next Generation Sequencing

Answer 13

promedio de numero de lecturas que se alinean a una secuencia de referencia

Question 14

profundidad en el Next Generation Sequencing

Answer 14

número de veces que ha sido secuenciado una base del genoma

Question 15

preparación de muestras para la secuenciación

Answer 15

1. fragmentacion
2. librerias
3. secuenciacion
4. analisis bioinformatico

Question 16

fragmentacion en secuenciación

Answer 16

se cortan segmentos pequeños (100-300bp) por medio de métodos mecánicos (sonicacion) o métodos enzimáticos

Question 17

son ligados con un adaptador especializado

Answer 17

fragmentos que se obtienen en la fragmentacion par la secuenciacion

Question 18

qué son las librerías?

Answer 18

segmentos de DNA modificados se adicionan insertos para cada muestra pueda ser identificada

Question 19

permite la secuencia de multiples muestras

Answer 19

códigos de barra de los segmentos de DNA en librerías

Question 20

tipos de secuenciadores

Answer 20

• ILUMINA
• ION TORRENT

Question 21

ILUMINA

Answer 21

flow cells y PCR en puente

Question 22

ION TORRENT

Answer 22

chips y PCR de emulsión

Question 23

PCR en emulsión

Answer 23

• en un solo tubo
• perlas de emulsión
• el ciclo de PCR conduce a la amplificación en cada gota
• adaptadores ligados a los fragmentos de DNA de las librerías

Question 24

PCR en puente

Answer 24

• fragmentos se unen a oligos complementarios
• adaptadores fijos
• la hebra reversa se genera via PCR
• la hebra reversa se curva y se une al oligo complementario para iniciar PCR
• hebra dextrogira se completa y ambas cadenas se desnaturalizan
• se repite el proceso

Question 25

es la preparacion d emuestras para la secuenciacion

Answer 25

analisis bioinformatico

Question 26

tipos de analisis

Answer 26

- DNA genoma completo - RNA-RNA seq - Exoma completo - secuencia de panel de genes

Question 27

base calling en el analisis bioinformatico

Answer 27

identificacion de nucleotidos

Question 28

read allingment en el analisis bioinformatico

Answer 28

lectura del alineamiento

Question 29

La secuencia obtenida es alineada con una secuencia de referencia para...

Answer 29

identificar variantes o mutaciones

Question 30

pasos del analissis bioinformatico

Answer 30

1. base calling 2. read allingment 3. variant identification 4. variant anotation 5. identificacion de variantes o mutaciones

Question 31

DNA genoma completo

Answer 31

- deteccion de variantes nuevas - dificultad en el analisis y resultados - mayor costo

Question 32

RNA-RNA seq

Answer 32

- transcriptoma - mRNA, rRNA, tRNA, microRNA, noncodingRNA

Question 33

secuencia de panel de genes

Answer 33

- numero especifico de genes relacionados con la enfermedad o grupo de enfermedades - se recomienda cuando hay un fenotipo caracteristico - menor costo

Question 34

qué se evalua en el proceso de validación de corrida?

Answer 34

- sensibilidad analitica - limite de deteccion - especificidad analitica - acurracy - precision - cobertura y profundidad