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Génétique > semaine 10 > Flashcards

semaine 10 Flashcards

(64 cards)

Start Studying
1
Q

que sont les études d’association avec un marqueur polymomorphe ?
Les pangénomique ?

A

= association d’une maladie polymorphe avec maladie
ou condition
=Étude d’association pour un seul SNP
On constate maladie polymorphe sera en plus grande quantité chez des patents atteints d’une maladie

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2
Q

que sont les études d’association pangénomique

Comment on l’étudie

A

Eude d’association pour plusieurs SNP

On faits graphique de manathan qui rpz les dif chromosomes. Ceux qui se distinguent sont des SNP qui montre une
association avec la maladie

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3
Q

quelle est la “fail” des études pangénomiques

pourquoi

A

On connait très mal les rôles et les fonctions

car l’augmentation de risque pour le SNP
est de 1,05
environ

Ce n’est pas surprenant : c’est difficile d’étudier
comment un facteur (SNP) agit pour augmenter le
risque d’attraper une maladie de 5 % seulement…

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4
Q

Quelle est la grosse différence entre

A

mutations mendéliennes sont rares à pénétrance
élevée

SNP fréquents à pénétrance très faible identifiés
par GWAS

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5
Q

comment appelle-ton culture les cellules de

mammifères isolées directement d’un animal

A

on parle de cellules en culture primaire

ou de cellules primaires

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6
Q

Est ce que les cellules humaines sont immortelles ? que cela signifie si elles le sont ?

A

Non

qu’une lignée cellulaire humaine est devenue
immortelle en culture
de façon spontanée
il faudra plutôt penser qu’elle est un
contaminant
…comme le cellules HeLa par exemple !
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7
Q

Comment rendre une cellules humaine immortelle

A

Virus

adenovirus, SV40

Par exemple le virus d’Epstein-Barr peut
immortaliser les lymphocytes B en culture

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8
Q

Qu’est ce que la fusion cellulaire ?

A

On peut considérer la fusion cellulaire
comme le transfert du génome entier
d’une cellule à une autre

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9
Q

qu,est ce qui peut provoquer une fusion de noyau ?

A

La fusion peut être provoquée
soit par le virus de Sendai
soit par le polyéthylène glycol
(PEG)

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10
Q

À quoi ça sert d’obtenir des

cellules hybrides ?

A 
À l’époque cela a permis de
placer les gènes humains sur
leurs chromosomes (nous
n’en parlerons pas)
La fusion cellulaire permet
aussi d’effectuer des tests de
complémentation avec
cellules de mammifères
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11
Q

Comment obtenir des anticorps monoclonaux ? que sont ils ?

A 
L’obtention des
anticorps
monoclonaux passe
par la fusion
de cellules de myélome
de souris (immortelles)
et cellules de la rate
(productrices
d’anticorps)
→ hybridomes

disons seulement que
ce sont des anticorps
qui sont beaucoup
utilisés comme outils en
recherche et en clinique
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12
Q

Que signifie transfection

A 
Le terme transfection
est utilisé chez les cellules eucaryotes
pour décrire le processus appelé
transformation
chez les bactéries
C’est-à-dire que l’ADN nu pénètre dans la
cellule cible
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13
Q

Que sont les différentes méthodes pour pour faire pénétrer l’ADN nu à l’intérieur des
cellules de mammifères

A

coprécipitation au phosphate de calcium
• électroporation
• lipofection

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14
Q

A quoi servent les vecteurs d’expression

A 
Les vecteurs d’expression
servent à assurer la transcription et la
traduction
des séquences codantes
dans les cellules de mammifères
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15
Q

quel est le rôle de Ori dans le plasmide

A quoi sert les gènes de résistance

A

Ori ColE1 sert comme origine de replication
du plasmide chez E. coli

permet la sélection du plasmide chez E. coli
C’est dans E. coli qu’on fait répliquer le
plasmide
pour en avoir en grande quantité

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16
Q

comment avoir une expression stable d’un ADNc? pourquoi est elle défini de stable

A

Afin d’obtenir l’expression stable d’un ADNc
on peut cloner l’ADNc et le gène neo
dans un même plasmide
et sélectionner des transfectants stables en
présence de G418

Ces cellules vont synthétiser la protéine codée
par le gène ou ADNc d’intérêt dans le vecteur
d’expression
Et dans ce cas l’expression sera maintenue
dans le temps
Pour cette raison elle est dite stable

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17
Q

Quelles sont les différence entre l’expression stable et transtitoire

A

Expression stable
sélection obligatoire
- délai de 2 à 3 semaines
- l’ADN s’intègre

Expression transitoire
-aucune sélection nécessaire
délai de 24 ou 48 heures
- l’ADN demeure extrachromosomique

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18
Q

Quand l’ADN s’intège, le fait il de manière aléatoire ou précise

A

L’intégration de l’ADN étranger au
génome de la cellule transfectée se
fait de façon aléatoire

n’importe quel séquence d’ADN qui se
trouve à l’intérieur du noyau
va s’intégrer au génome de façon aléatoire
(message à retenir !!)

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19
Q

Que sont les raison de fairre des transfections

A

régulatrices de la transcription
• pour vérifier l’activité biologique de la protéine
codée par un ADNc cloné
• pour étudier à l’intérieur de cellules le
mécanisme d’action d’une protéine quelconque

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20
Q

donnez un exemple de transfection pour • pour vérifier l’activité biologique de la protéine
codée par un ADNc cloné

A

LDL
Des clones positifs avec les deux sondes
ont été retenus

obtenir l’ADNc humain

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21
Q

Comment peut-on confirmer que
l’ADNc cloné code vraiment pour le
récepteur des LDL ?

A

Transfection pour vérifier l’activité
biologique de la protéine codée par
un ADNc cloné

cellules sans LDL dans lesquelles il ya eu transfection de vecteurs

recepteurs sont survenues
Cette expérience confirme que l’ADNc cloné
confère
lorsque exprimé
l’activité biologique des récepteurs des LDL
C’est-à-dire :
il code pour le récepteur des LDL

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22
Q

Pourquoi on pense que que le mécanisme de la
régulation du cycle cellulaire est conservé entre
S. pombe et l’humain

A

Un homologue humain du gène cdc2 de a été cloné
par l’expression d’une banque d’ADNc humain chez
S. pombe en sélectionnant pour des clones pouvant
restaurer le phénotype sauvage à un mutant cdc2
La séquence peptidique de la protéine humaine est
très similaire à celle de S. pombe

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23
Q

Quelle est l’autre méthod epour arriver à
incorporer l’ADN dans le génome de
cellules cibles

A

On se sert de lentivirus transducteurs

dérivés du rétrovirus HIV

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24
Q

Pourquoi les lentivirus

transducteurs infectent toutes sortes de cellules

A

La glycoprotéine de surface des lentivirus
transducteurs est remplacé par celle du
virus de la stomatite vésiculaire (VSV)
ce qui confère sur les lentivirus transducteurs la
spécificité d’infection de VSV
Or, VSV se fixe sur le bien connu (de vous !!)
récepteur des LDL – un récepteur ubiquitaire –

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25
Quelle est la fonction des lentivirus ? comment ça fonctionne ?
``` les lentivirus transducteurs fournissent une autre méthode (que la transformation) pour faire pénétrer l’ADN étranger dans des cellules en culture Cette pénétration se fait par endocytose par l’intermédiaire récepteur des LDL (« receptor-mediated endocytosis ») ```
26
qu'est ce qu'un transgène ? | un animal transgénique ?
``` Quand on AJOUTE un gène (ou un ADNc) au bagage génétique d’un animal ou d’une plante on appelle le gène un transgène et l’animal ou la plante transgénique ```
27
comment on appel le fait qu'on inactive un gène dans le génome d'un animal
quand on inactive spécifiquement un gène dans le génome de la souris (ou autre espèce) on parle d’inactivation ciblée (barbarisme à bannir : « knock out »)
28
comment coté t'on la présence de transgène dans unanimal
``` La présence du transgène dans la descendance est révélée par PCR à l’aide d’oligos spécifiques au transgène On obtient du sang en coupant la queue ```
29
Comment on obtient des C.elegans trasngeniques
Microinjection d’ADN dans le gonade d’un hermaphrodite Cela mène à la transformation des cellules germinales
30
Comment on obtient des souris trasngeniques
``` La microinjection de l’ADN d’intérêt se fait dans le pronucléus mâle d’un oeuf fécondé ``` On féconde les gamètes mâles et femelles on y insère le gène d'intéret on l'injècte dans le pronucleus On implante les oeufs dans une femelle pseudogestante ``` La présence du transgène dans la descendance est révélée par PCR à l’aide d’oligos spécifiques au transgène On obtient du sang en coupant la queue ```
31
Pour les droso et plante, en GROS commen tse passe la transgeni?
qu’il s’agit toujours de l’ajout d’un | (trans)gène au bagage génétique de l’espèce
32
Quel est le but d'inactiver un gène
afin de vérifier les effets phénotypiques dus à l’absence de sa protéine ``` Donc le but de l’inactivation ciblée est d’obtenir des homozygotes récessifs pour un gène X c’est-à-dire du génotype xx Il s’agit de mutations de perte de fonction créées à volonté ```
33
citez un exemple de mutation de perte de fonction dominante
Mutant Notch. Maladie de darier Neurofibromatose
34
Comment expliquer qu'un mutant soit une perte de fonction ET dominant
les homozygotes n’existent pas à cause de l’effet récessif létal Si les homozygotes existaient on aurait dit qu’il y a absence de dominance
35
quelle est la conclusion que nous a procuré dollY?
``` il faut conclure qu’il n’y a pas de changements de séquence d’ADN au cours du développement au moins pour les cellules dont les noyaux ont servi pour le clonage !! ```
36
citez deux maladie à expansion de triplets
``` Le syndrome de l’X fragile et la maladie de Huntington représentent deux grandes catégories de maladies à expansion de triplets et les principes qui s’appliquent à elles s’appliquent à la plupart des autres maladies du même genre ```
37
Qu'est ce qu'une maladieà expension de triplet | Est elle un gain ou perte de fonction
Un type de mutation souvent rencontrée est l’expansion de trinucléotides répétés.Le nombre de répétitions des triplets de départ est donc variable dans la population normale Ils sont polymporphes dans la population normale Elle est perte de fonction ou de gain de fonction toxique
38
Quel est le but de l'inactivation ciblée de gènes chez la souris
``` est d’obtenir des homozygotes récessifs pour un gène X c’est-à-dire du génotype xx Il s’agit de mutations de perte de fonction créées à volonté ```
39
Dans les expansion de triplets, est ce que dans les population normales elles sont polymorphes ?
Oui et cela n'a pas de conséquences phénotypiques
40
Citez deux maladies due à des expansions de triplets ? | où sont ils
Syndrome de l'X fragile et maladie de Huntigton X fragile : 5"UTR Gène maladie de Huntington: codante
41
A quoi sont dues les maladies à expansion de triplets
Les maladies sont dues à une expansion du nombre de triplets au delà d’un seuil Le seuil est différent pour chaques maladie
42
Quel est le gène pour la maladie de l'X sauvage ? protéine ? Dans quel cas le phénotype est normal ? anormal ?
FMR1 FMRP Normal : expansion de 5 à 55. Prémutation : 55 à 200 Mutation ful : Plus de 200
43
Dans le gène FRM1, en quoi est il polymoprhe
Pour un phénotype normal il y a une suite de 5 à 55 triplets de CGG. Le nombre de répétitions des triplets de départ est donc variable dans la population normale Il y a un polymorphisme concernant le nombre de triplet de la population
44
Dans la plupart des cas où le triplet de départ est dans une région codante, quel est le codon répété? Dans quelle maladie ça s'applioque
il est un codon de la glutamine CAG Donc cela correspond à une suite de résidus de la glutamine dans la protéine ``` Dans la région codante de l’ARNm du gène de la maladie de Huntington de personnes normales le gène HD il y a une suite de 11 à 34 triplets CAG Ceci signifie que dans la protéine correspondante il y a une suite de 11 à 34 résidus de la glutamine ```
45
A quoi sont dues le syndrome de l'X fragile et d'Huntington
Les maladies sont dues à une expansion du | nombre de triplets au delà d’un seuil
46
Que sont les types de répétitions dnas un région codante | Non codante ?
CAG dans une région codante CGG dans une région non codante (5’ UTR) • GAA dans une région non codante (intron) • CTG dans un région non codante (3’ UTR)
47
Pourquoi le nom X fragile | Comment le mettre en évidence
Il s’avère que le site sur le chromosome X où se trouve l’expansion est « fragile » C’est-à-dire que le chromosome a tendance à « casser » Par coloration
48
Quelle est la maladie la plus férquente de retard mental
Le syndrome de l'X fragil
49
Quel est la conséquence pour une femme d'avoir une prémutationdu gène FRM1 homme ?
Augmente le risque d'avoir un enfant avec le syndrome de l'X fragile Les hommes ne passent la prémutations qu'à leurs filles, par à leur fils car donne un Y. Donc moins de risque
50
Que sont les caractéristiques de maladies à expansion de triplets où le triplet de départ se trouve dans une séquence non codante
qu’il y a des symptômes physiques ainsi que mentaux visage caractéristique, macroorchidisme (grandes testicules)
51
Pour une femelles hétérozygore, si dans une cellule femelle donnée le chromosome X ayant l’allèle sauvage de FRAXA est inactivé quel est l'impact Pourquoi
ça va aller mal pour la cellule ! La protéine FRAXA (FMRP) fait son travail à l’intérieur de la cellule Elle n’est pas sécrétée comme les facteurs de coagulation sanguine VIII et IX par exemple
52
Pourquoi les femmes Hétéroxygotes avec le syndrome de X sont particulierement affectées
La protéine FRAXA (FMRP) fait son travail à | l’intérieur de la cellule
53
La mutation du syndrome de l'X fragile est elle dominante ou recessive
les termes « dominant » et « récessif » ne s’appliquent pas dans ce cas La protéine FRAXA (FMRP) fait son travail à l’intérieur de la cellule C’est sans doute pour cela que les femmes hétérozygotes sont affectées mais moins que les garçons (et les hommes) d’où la difficulté à décider si la mutation est dominante ou récessive
54
expliquez un cas où le mécanisme de compensation de dose des mammifères fait que les femmes hétérozygotes pour une mutation de perte de fonction
Le syndrome de l'X fragile
55
Que sont les caractéristiques de des maladies à expasnion de triplets où le triplet de départ se trouve dans la séquence codante
les effets sont restreints au cerveau ``` Les symptômes qui sont uniquement mentales ou « neuronales » sont dus à la dégénérescence de cellules neuronales particulières ```
56
La maladie de Huntington est elle dominante ou recessive
``` mutation autosomale dominante • c’est un cas de dominance « pure » – c’est-à-dire l’hétérozygote et l’homozygote muté semblent avoir le même phénotype • il s’agit d’une mutation de « gain de fonction » ```
57
Présentez un cas de mutation de gain de fonction
Maladie de Huntington
58
Quel est le nombre de triplet pour un phenotype normal dans la maladie de Huntington ? Si c'est au délà
8 à 35 Celles avec 36 à 39 triplets CAG peuvent en être atteintes (→ pénétrance partielle donc) Celles avec ≥ 40 triplets CAG seront atteintes
59
les prémutations existent elles dans la maladie de Huntington? que peuvent elles crééer
les prémutations (27 à 35 triplets) Les pré-mutations sont sujets à l’expansion pour créer des mutations (>40 triplets) chez l’homme
60
vrai ou faux: Les pré-mutations sont sujets à l’expansion pour créer des mutations
vrai pour les hommes pour la maladie de Huntington | Faux pour l'X fragile
61
quel est la gène de la maladie de Huntignton . | Comment voir si sa perte serait létale
Hdh | On inactive le gene Hdh Chez une souris
62
Pourquoi chez l'humain les homozygotes HDm/HDm vivent jusqu'à 40 ans et chez les souris les homozygotes Hdh− /Hdh− meurent au jour embryonnaire 7,5
L’expansion du triplet CAG qui provoque la maladie de Huntington serait une mutation de « gain de fonction » La huntingtine ayant une suite de ≥ 40 résidus de Gln conserverait son activité biologique normale Mais elle acquerrait une nouvelle « fonction » toxique pour certaines cellules neuronales
63
Citez une maladie qui illustre l’utilité de pouvoir identifier des individus portant une mutation dominante responsable d’une maladie génétique
maladie de Huntington
64
LEs triplet d'alanine sont ils une perte ou un gaind e fon ction
les deux

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