Strukturbestemmelse Flashcards
(38 cards)
Hvad er kemisk skift?
Et mål for hvor meget atomer skærmes af omgivelserne. Det bruges i NMR og måles i ppm
Hvad er Nuclear Overhauser effect (NOE)?
Det anvendes efter man har lavet NMR og skal lave et NMR fingerprint. Det bruges til at finde ud af hvilke atomer, som er tæt på hinanden. Man måler intensiteten på hydrogen-atomer. Intensiteten er proportional med afstanden. Man kan max måle ting omkring 5 Å fra hinanden
Hvad er Afstandsbegrænsninger (distance restriants)?
Afstandsbegrænsingerne er afledt af NOE. Dette bruges til at sige noget om den overordnede geometri (sekundær, tertiære og kvaternær struktur) De kan det ikke fortælle noget om vinklerne.
Man måler hvor tæt atomer er placeret på placeret på hinanden
Hvad er forskellen på accuracy og precission?
Accurracy er hvor korrekt et resultat er, mens precission er hvorvidt forsøget kan gentages med samme resultater.
Hvad er rmsd?
Hvis man laver den samme struktur mange gange i træk, hvor meget ligner de så hinanden. Den bruges ifm. NMR og den er bedst, hvis den er lille.
Den har noget med precision at gøre
Hvad er ensembles?
Ifm. NMR spektroskopi er det de strukturer, som man har fået af forskellige NMR spektroskopi undersøgelser. Dvs. det er de forskellige proteinstrukturer, som man har identificeret med NMR
Hvad er viltrifisering?
Det betyder hurtig nedfrysning og det anvendes til cryoEM. Man ønsker uordende vand krystaller, hvilket opnås ved en hurtig frysning.
Hvad er diffraktion?
Ordet betyder afbøjning af elektromagentiske bølger, dvs. bøjning af bølger. Man sætter det ifm krystallografi, hvor man afbøjer røntgenbølger over en krystal (krystalliseret form af prøve stof)
Hvad er elektrontæthedskort (Røntgenkrystallografi)?
Et elektrontæthedskort bruges til at se hvor tæt elektroner er placeret på hinanden. Jo bedre en undersøge er, jo mere ville man kunne se et molekyles form ud fra et elektrontæthedskort
Hvad menes med faser og hvad er faseproblemet (røntgenkrystallografi)
Fase releterer sig til hvor på en bølge man befinder sig. Med et diffraktionsmønster, kan man ikke se, hvor på bølgen (fasen) man er, hvilket besværliggør beregningen af elektrontæthedskorte
Hvad er forfining (refinement) for røntgenkrystallografi?
Det er de sidste matematiske beregninger af en struktur bestemt med krystallografi. Det er her man får strukturen til at passe ift steriske hindringer og tilladte vinkler.
Hvad er R-faktor og B-faktor for x-ray diffraktion?
R-faktor er et mål for hvor godt modellen passer med elektrontætheden. Den må max være 0,2 for en god struktur.
B-faktoren siger noget om sandsynligheden for at et atom er placeret korrekt. Dette svarer til præcison. Her ønskes der en lav værdi
Beskriv CD og tegn spektrum for alfa-helix, beta sheet og random coil
Enhver form for strukturel asymmetri (chiralitet) i et molekyle, giver ophav til forskellige i absorption af venstre vs. højrehåndet polariseret lys. Proteiner er chirale og kan derfor også undersøges med CD.
Man måler ellipcticiteten, som er givet ved forskellen mellem absorptionen for højre- og venstredrejet lys.
Hvad er et elektrontæthedskort og hvilken metode bruges til at frembringe det?
Et elektrontæthedskort laves med røntgenspektroskopi. Man får et diffraktionsmønster, hvor hver prik repræsentere elektrontætheden et pågældende sted.
Hvad siger NMR spektroskopi noget om?
Proteiners dynamik, konformationelle ændringer, foldning, ioniseringsstadiet og interaktion med andre molekyler
Forklar metoden/princippet bag NMR
NMR måler det kemiske skift. Man bestråler proteinet med en højenergi radiobølger i et magnetisk felt.
Det får kernen til at skifte energitilstand, og man måler emissionen.
Man får nogle forskellige peaks ud, der er forskellige for alle kerne, og intensiteten af peaket vil stige, jo flere ens kerner der er.
Beskriv hvad der menes med tilordningsprocessen i NMR spektroskopi
Tilordningsprocessen betyder at man finder ud af hvilke peaks, der passer til hvilke atomer.
Den strukturelle information kan bruges til at finde ud af hvilke atomkerner, der er placeret tæt på hinanden.
Beskriv hvad der opnås ved en NOESY efter en NMR
Man laver et fingerprint på baggrund af dipol-dipol interaktioner mellem atomer, der er placeret tæt på hinanden.
Man undersøger typisk med forskellige afstandsbegrænsninger
Hvilke oplysninger skal en computer bruge for at kunne generere en 3D-struktur af et protein?
Afstandsbegrænsninger, chiralitet, van der Waals-radier for atomerne, længder for bånd og deres vinkler.
Forklar hvad der sker når noget absorbere lys
En elektron i det absorberende molekyle, dvs. kromoforen, bliver exciteret - løftet til et højere energi niveau.
Det er kun Phi-elektroner, der kan flyttes (dobbeltbindinger).
Forklar hvad der sker når noget fluorescere
Når et molekyle er i exciteret tilstand vil det spontant afgive en foton, for at komme tilbage til sin grundtilstand.
Fotoner sendes ud i alle retninger, og dens energi er lavere end den, der blev absorberet
Hvilken betydning har solventet for et fluorescens spektrum, og hvorfor?
Hydrofobt solvent = blåskifte til kortere bølgelænger (højere energi)
Hydrofilt solvent = rødskifte til længere bølgelængder (lavere energi)
Det skyldes at der vil ske dipol interaktioner med solventet, som vil bruge noget af energien.
Forklar begrebet quenching i relation til fluorescens
At noget quencer betyder at der sker et fald i fluorescens intensiteten.
Det kan fx. være binding af en ligand, udfoldning af proteinet eller interaktioner med solventet
Hvad er quantum yield?
Det er forholdet mellem antallet af fotoner, der bliver absorberet ift. antallet af fotoner, der udsendes ved fluorescens.
Det omhandler fluorescensintensiteten.
