Transkription Flashcards
Vad är en Promotor? Hur ser den ut för Prokaryoter?
- Promotors: -35-regionen och Pribnow box (TATAAT)
- En DNA-sekvens uppströms från Transkription Start Site (TSS)
- Sekvensen återfinns: -35 nukleotider uppströms
- Binder till Sigma-Faktor
- minus-tio-sekvensen, Pribnow Box, Hjälper RNA-polymeras att smälta upp DNA och starta transkription
Vad utmärker -10-sekvensen?
- ÄR EN DEL AV PROMOTOR-KOMPLEXET
- A-T-rik, lättare att smälta upp
- TATAAT
- Bestämmer riktning
Vad medför en stark promotor?
- Medför att området oftare transkriberas
- Svag promotor ger färre Transkriberingar
Vilken roll har Sigma-Faktor i Prokaryoter?
- Leder RNA-Polymeras till rätt sekvens för Transkription
- Binder till Promotor-komplex
- Bildas Transkriptions-bubbla
- Lossnar efter att ca 10 nukleotider syntetiserats
- Letar upp nytt RNA-Polymeras
Vad händer utan Sigma-Faktor
- RNA-Polymeraset sätter sig sporadiskt
Beskriv några olika Sigma-Faktorer som finns i Prokaryoter.
- Sigma-70, vanligast vid normalt tillstånd
- Sigma-32 reagerar på temperaturväxlingar och rätar ut kedjan så att Sigma-70 kan binda in
- Sigma-38 reagerar på stress-signal som näringsbrist etc
Vad är Rho-Oberoende Transkriptions-terminering?
- RNA möter terminationssekvens som viker/vrider sig som en hårnålsstruktur
- Detta pausar RNA-Polymeraset –> Vätebindningar bryts
- Dissocierar (Släpper)
Vad är Rho-Beroende Transkriptions-terminering?
- Vissa gener har RUT-site
- Känns igen av Rho-Helikas
- Vätebindningar bryts
- Rho-Helikas jagar RNA-Polymeraset –> Når fram
- Smälter på RNA-Polymeras
- Endast vissa gener har RUT-site
I Eukaryota celler, vad behövs för att initiera Transkriptionen?
- Generella Transkriptionsfaktorer (GTF)
- Promotorsekvens, då inga Sigma-Faktorer finns i Eukaryota celler
- Promotorsekvensen kallas TATA-box
- TATA-binding protein
- Består vanligtvis av sekvensen TATAAA
Hur går det till när RNA-Polymeraset binder till Promotor i Eukaryota celler?
- Starten, TSS (Transcription Start Site) = 25-30 nukleotider uppströms
- TSS = TATA-boxen
- TFIIH har smält upp sekvensen och har Helikasaktivitet
- TFIIB (Generell transkriptionsfaktor) hjälper till att positionera RNA-Polymeras II till TSS
(- Finns även Enhancer/Silencer än mer uppströms från TATA-box som kan förstärka/försvaga transkriptionen –> Då kan den transkriberas oftare/mer sällan)
Hur fungerar TATA-boxen i samverkan med RNA-Polymeras?
- TATA-binding protein (TBP) binder RNA-Polymeraset till TATA-box
- TFIIH fäster in —> smälter upp kedjan = har Helikas-aktivitet
- TFIIB positionerar RNA-Polymeras II exakt vid startpunkt för transkription
- För att initiering skall gå till elongering: TFIIH fosforylerar RNA-polymeras II ctd-svans = först efter denna börjar transkription
- Då TATA-box AT-rik, bindningar bryts lättare
- TFIIH böjer/vrider sekvensen så bindningar bryts
- Transkriptionsbubbla öppnas
Vad händer efter att Transkriptionsbubblan öppnats i det Eukaryota DNA?
- GTF’s hjälper till att positionera RNA-polymeras rätt och smälta upp transkriptionsområdet
- GTF –> TFIIH har Helikas-aktivitet–> Öppnar upp kedjan mer
- RNA-Polymeras II transkriberar
- (TFIIH har också Kinas-aktivitet (kan fosforylera andra proteiner) –> Fosforylerar RNA-Polymeras på CTD-Svansen)
Vad är CTD-svansen? Vilken funktion har CTD-svansen?
- Lång flexibel Tyrosin-rik svans på RNA-Polymeras II
- Betyder C-Terminal-Domain
- Fosforyleras av TFIIH –> möjliggör RNA-Polymeras övergång från initiering till elongering
- Inverkar vid Capping av pre mRNA
Vad är likheten/skillnaden på TATA-binding protein (TBP) och Sigma Factor?
- TBP behöver andra transkriptionsfaktorer, kan ej rekrytera RNA-Polymeras II
- Sigma Factor agerar ensam och rekryterar RNA-Polymeras
- Likheter = båda två hjälper till att binda till en promotor
