Transkription Flashcards
Vad innebär transkription?
DNA —-> RNA
Vilka två stora skillnader finns det mellan uppbyggnaden av RNA och DNA
RNA har Uracil istället för Tymin
RNA innehåller ribos istället för deoxyribos i nukleotiderna
RNA är enkelsträngat
Vilka skillnader finns det mellan transkription och replikation
- RNA-polymeras kan starta utan en primer och det är samma RNA-Pol för hela transkriptionen
- RNA:t kopierar endast en kort bit av DNA:t (en gen) och blir därför mycket kortare
Vad lindar upp DNA-helixen vid start av transkription?
RNA-polymeras
I vilken riktning växer RNA-kedjan?
DNA:t läses 3´-5
RNA-kedjan växer 5´-3´
Kan syntes av en ny RNA-molekyl starta innan den föregående har avslutats?
Ja
Har transkriptionen någon Proofreading?
Har ett modest proofreadingsystem som gör det möjligt att klippa bort en felaktigt instoppas NK
Inte lika utvecklad proofreading som replikation eftersom ej fungerande protein ofta inte utgör någon fara/skada för cellen utan bryts ner
Vad är en transkription unit?
Ett segment av DNA som översätts till RNA - ofta en gen som kodar för ett protein
Hur vet RNA-polymeras var den ska starta transkriptionen i en bakterie?
Sigma-faktorn sitter associerat med RNA-Pol och kan läsa av DNA:t och sedan förmedla till RNA-pol för transkription ska starta
Hur stabiliseras transkriptionsbubblan i bakterier?
Genom att signa-faktorn binder till de oparade basparen på den ena av de separerade strängarna
Vad innebär ”scrunching-mekanismen” och ”abortiv initiation” i bakterier?
Det innebär att medan komplexet av sigma-faktor + RNA-pol sitter bundet till promotorn kommer DNA-templetet att dras in till promotorn medans RNA-pol transkripterar.
Detta bildar en stress som gör att de flesta korta RNA-sekv som bildas lossnar -och till slut gör stressen/spänningen att RNA-pol lossnar från promotorn och sigma-faktorn dissocieras.
Därefter kan RNA-pol starta transkription
Hur binder RNA-pol till promotorn i bakterier?
Mha av sigma-faktorn
Hur vet RNA-pol var transkription ska sluta, i bakterier?
I bakterier är det en sekvens med mycket (svaga) A-T basparningar som efterföljs av en hairpin (watson-crick basparning) som gör att RNA-pol lossnar
Vad menas med Watson-Crick basparning?
RNA som basparat med sig själv och bildat en hairpin (ögla)
Vilken typ av gener transkriberar RNA-Polymeras I och III i eukaryoter?
Gener som kodar för tRNA och rRNA
Transfer RNA & ribosomalt RNA
Vilket RNA-pol transkriberar de festa gener som kodar för protein i eukaryoter?
RNA-polymeras II
På vilket sätt skiljer sig transkription i eukaryoter från transkription i prokaryoter?
- Eukaryoter behöver ”general transcription factors”
- I eukaryoter är DNA:t packat i nukleosomer
- Eukaryoter processar och modifierar det primära RNA:t
- I eukaryoter skoljer sig translation och transkription i tid och rum
- RNA-pol i eukaryoter hittar inte själv till promotorn
På vilket sätt skiljer sig transkription och translation i tid och rum (eukaryoter)?
Transkription sker i kärnan och translation sker i cytoplasman
Vad är TBP?
TATA-binding protein.
En subenhet på TFIID som känner igen TATA-boxen
Binder till minor groov och lockar dit andra protein
Vad är TATA-boxen?
En nukleotidsekvens som ligger ca 25 nk uppströms från transkriptions-start
Vad är TAFs?
Subenhet i TFIID som hjälper TBP att binda till TATA genom att binda in till närliggande sekv
Har alla gener en TATA-box?
Nej endast 25%
Vad gör TFIID?
Binder till Initiatorn (transkriptionsstartpunkten)
Innehåller TBP (tata-binding protein) och TAFs (TBP)
Vad gör TFIIB?
Preciserar positionen för transkriptionsstart.
Interagerar med DNA på båda sidor om TATA-boxen
Binder till BRE-box
