Untit 3: Chapter 12: Part 2: Levende fossielen: DNA neemt de geschiedenis van de aarde op.

Question 1

Noem 3 dingen die Carl Woese in zijn leven heeft onderzocht.

Answer 1

1. Pionier in het gebruik van rRna in Phylogenetische studies.
2. De drie domeinen van het leven opgesteld.
3. Gezorgd voor een fylogenetisch raamwerk voor bacteria.

Question 2

Noem 4 redenen waarom Small Subunit ribosomal RNA wordt gebruikt voor fyliogenetisch onderzoek.

Answer 2

1. Het komt voor in alle domeinen van het leven.
2. Functie is constant.
3. Het veranderd langzaam.
4. Het is lang genoeg.

Question 3

Noem de naam van ssu rRNA in porkaryoten en in eukaryoten.

Answer 3

16S rRNA in prakaryota

18s rRNA in Eukaria

Question 4

Voor wat voor soort onderzoek is ssu rRNA geschikt

Answer 4

Om de genetische relatie tussen alle organisme op aarde te onderzoeken.

Question 5

Wat is het verschil tussen het 16s rRNA van Bacteria en Archrea

Answer 5

De secundaire folding is het zelfde alleen de sequenties verschillen in de primaire structuur.

Question 6

Wat is Phyliogeny

Answer 6

1. Evolutionaire geschiedenis van een groep Organisme

2. Het is een afgeleide van de nucleotide sequentie data.

Question 7

Waar zorgt Horizontal Gene transfer voor.

Answer 7

Uitwisseling van genen tussen de verschillende takken,

Question 8

Hoeveel evolutionaire groepen bevat Bacteria?

Answer 8

minstens 80 fylia

Question 9

Waar komt de meeste kennis bij bacteria vandaan?

Answer 9

Alleen uit omgevings sequenties, er zijn weinig mogelijkheden om deze in het lab te houden.

Question 10

Hoe komt het dat de groepen zo divers zijn?

Answer 10

Omdat de fenotype veel verschillen, ookal lijkt de phylogeny op elkaar.

Question 11

Wat is er zo bijzonder aan deze groep?

Answer 11

Lange tijd voor evolutie al miljarden jaren

Question 12

Uit hoeveel phylia bestaat archrea?

Answer 12

7. (2 hiervan bevatten soorten die niet in een cultuur te houden zijn)

Question 13

Welke twee groepen bevatten veel beschreven soorten?

Answer 13

Crenarchaeota & Euryarchaeota (begin van het alfabet)

Question 14

Waar stammen de eukaryotische organellen van af?

Answer 14

Proteobacteria

Question 15

Waar stammen de eukaryotische chloroplasten van af?

Answer 15

Cyanobacteria

Question 16

Hoe kunnen de drie domeinen van het leven van elkaar worden onderscheiden?

Answer 16

Door fenotipische eigenschappen.

Question 17

Noem de 3 stappen voor DNA Sequensing

Answer 17

1. Amplification (vermeerderen van het gen)
2. Sequencing (op volgorde zetten van het gen)
3. Analisis ( analyseren van de sequentie tegenover andere sequenties)

Question 18

Wat is PCR en waar wordt het voor gebruikt?

Answer 18

Polymerase chain reaction, PCR primers kunnen worden gebuikt om een deel van het RNA te kopieren.

Question 19

Waarom wordt het DNA door de Agarose gel gehaald?

Answer 19

Om te zoeken naar de correcte grote.

Question 20

Wanneer is een gen homoloog?

Answer 20

Als de genen komen van een gezamelijke voorouder.

Question 21

Welke twee verschillende soorten homologen zijn er?

Answer 21

Ortholoog en paraloog

Question 22

Wat is paraloog?

Answer 22

Gerelateerd door genduplicatie

Question 23

Wat is Ortholoog

Answer 23

Komen van 1 voorouder.

Question 24

Wat gebeurt er tijdens de sequentie alignment?

Answer 24

Er worden gaps toegevoegd, om de juiste positie homologie te krijgen.

Question 25

Wat is een phyliogenetische tree?

Answer 25

Een grafische illustratie van de relatie tussen sequnties.

Question 26

Waar uit bestaat een phyliogenetische Tree

Answer 26

Nodes and branches

Question 27

Wat laten de branches zien?

Answer 27

De afstamming en voorouders van de knopen

Question 28

Wat laat de lengte van de branches zien?

Answer 28

Het aantal veranderingen die zijn ontstaan langs die tak

Question 29

Wat laten de uit eindes zien?

Answer 29

Soorten die vandaag de dag leven.

Question 30

Wat is een unrooted tree?

Answer 30

Laat de relatie tussen de soorten zien maar niet de voorouder

Question 31

Wat is een rooted tree?

Answer 31

Laat de positie van de voorouder zien van alle organisme die in dat diagram worden onderzocht.

Question 32

Waarvoor wordt filyogenetisch onderzoek voor gebruikt?

Answer 32

Analyse van data van moleculaire sequenties om de ene correcte tree te krijgen.

Question 33

Wat is de cladistic method

Answer 33

De verschillen tellen om zo een distance matrix te maken. deze gegevens worden gebruikt om een tree te maken.

Question 34

Hoe worden algoritmes gebruikt voor de cladastic method?

Answer 34

Deze gebruikt bepaalde stappen om zo een tree op te stellen

Question 35

Hoe worden optimale critiria gebruikt voor de cladastic method?

Answer 35

Selecteert de beste tree uit verschillende opties.