VL 7: Transkription Flashcards
(10 cards)
Nennen Sie zwei Beispiele, warum Transkriptionsrate und Transkriptakkumulation nicht
korrelieren müssen
Transkriptionsabbau und Exportrate aus dem Kern bestimmen auch Transkriptakkumulation
Nennen Sie drei Beispiele für Vorgänge, die ko-transkriptional passieren?
Spleißen (S5P bremst Pol II und erlaubt Ausführung von Spleißing) , mRNA Capping und Polyadenylierung
Warum werden für einen run-on erst Kerne aus Zellen isoliert?
Einfacher die RNA zu markieren –> markierte Nukleotide, Metaboliten können leichter durch Kernpore
Was ist der wesentliche Unterschied zwischen Gro-Seq und Net-Seq?
Bei Net wird die Polymerase per IP gefiltert, man kann die narzierende RNA untersuchen.(Ebenfalls RNA, die kurzlebiger ist wie CUTs)
Bei Gro wird dem RNA Br-UTPs hinzugegeben, sodass die RNA per IP gefällt wird. Hier wird die RNA Pol-Klasse bzw die Transkriptionsrate der RNA-Pol Untersuchung.
Warum stirbt man nach einer Vergiftung mit Knollenblätterpilzen erst nach 1-3 Tagen, mit
den ersten Symptomen meist erst nach 24 Stunden?
Gift hemmt RNA Pol. 2 in der Leber –> bereits akkumulierte RNA kann noch genutzt werden –> Tod tritt erst ein wenn diese aufgebraucht ist
Inwiefern stellt Pro-Seq eine technische Verbesserung gegenüber Gro-Seq dar?
höhere Auflösung: Anstatt mehrere markierte Nukleotide wird das Nukleotid bestimmt auf dem die Polymerase gestoppt hat
Nennen Sie einen technischen Nachteil von Gro-Seq gegenüber Net-Seq.
Gro-Seq hat eine schlechtere Auflösung und liefert schlechtes Gesamtbild, weil nur Zellkern-RNA-Analyse
- Net Seq auch aus Lysaten möglich
Sie wollen die Transkription in Mitochondrien von HeLa Zellen mittels Gro-Seq messen.
Welches Problem müssen Sie lösen?
Mitochondrienmembran ist schwerer zu passieren als die Kernpore
Welche Rolle kann die Phosphorylierung der RNA Polymerase II an ihrer C-terminalen
Domäne spielen?
verändert die Eigenschaften der Pol und ihre Interaktion mit versch. Faktoren –> mittels Antikörper kann man Pol die an S2 bzw S5 phosphoryliert wurden unterscheiden von nicht modifizierten
Hat einen Einfluss auf Splicing –> Geschwindigkeit verändert sich
Nach einer strangspezifischen Gro-Seq Analyse einer menschlichen Zelllinie erhalten Sie
nicht nur erwartete Signale stromab von Promotoren, sondern bei den meisten Promotoren
auch reads auf dem Gegenstrang stromauf, bis etwa zur Position -100. Wie interpretieren Sie
dieses Ergebnis?
RNA Pol. hat in die falsche Richtung gefeuert –> Antisense Strang wurde transkribiert –> RNAs werden nicht aus Zellkern exportiert sondern direkt wieder abgebaut
