ביוכמיה Flashcards
מי החומצה אמינית הכי הדרופובית?
איזולאוצין
איזי=קלל שהיא הכי הידרופובית
מדד ההדרופוי הוא מד חיובי,
כלומר מה הכי חיובי=הכי הדרופובי
MCAD=medium chain acyl Dehydrogenase deficiency
מחלה אוטוזומלית רציסיבית בה אין יצור של מולק אילו.
באדם הנושא מוטציה זו היכולות שלו לחמצן חש בעלות 6-12 פחמנים נפגעת. חש אחרות כן תעבור חמצון.
תסמין המחלה היפוגליקמיה, הצטברות שומן בכבד,עייפות ועוד.
התהליך שנפגש הוא חמצון בטא של חש,
איזה אנזים יכול להשתמש גם ב NAD+ או ב NADP+?
האנזים גלוטאמט דה הידרוגאז.
במנגנון דה אמינציה אוקסידטיבית
אלפא קטו גלוטראט דה הדרוגנאז,
איזה קצה פרוסטטית מכיל?
אנזים זה נמצא במעגל קראבס ומכיל ליפואט (הקשורה קוולנטית לליזין)
קשה זה הכרחי ליצור אצטיל קו A
הוא בעצם יוצא סוקציניל קו A
האנזימים:1. אלפא קטו גלוטראט 2.פירובט דה הדרוגנאז 3. גליצין דה קרבוקסלאז
משתמשים במנגנון שמור של דקרבוקסילציה חמצונית.
הם משתמשים בחמישה קו פקטורים:תיאמין,פירופוספט,קו אנזים A, ליפואט Fad,NAD+
מעכב אל תחרותי=Non competitive
1.הוא סוג של mix
קשר בין חנקן אמיני לפחמן אלפא שלו?
מכוונה קשר פיי.
פיי אני ואתה מתחילים באות אלפא!!
אמיני לאלפא
עיגול עם פס באמצע
באיזה מהשלבים במעגל הפנטוזות יש יצור של ?NADPH
השלב במחמצן:
בשלב הראשון-ע״י האנזים G6PD
בשלב השלישי-ע״י האנזים 6 פוספו גלוקונאט דה הדרוגנאז
*אם שלב ראשון לא מתקיים גם שלב שלישי לא התאפשר.
מי מהאנזימים במעגל הפנטוזות שלב מחמצן משתמשים ביון מגנזיום?
G6PD
לקטונאז
6 פוספו גלוקונט דה הדרוגנאז
מה תפקידו של טראנסקטולאז?
נמצא במעגל הפנטוזות בשלב הלא מחמצן
משתמש בקו אנזים מסוג TPP-נועד ליצב את יון הקרבניון
מזרז מעבר של קבוצה דו פחמנית מקטוז לאלדוז.
Vmax
מושפע מכמות האנזים.
ככל שיש לנו יותר אנזים->יותר מגיבים יהפכו לנו לתוצר.ובכך להגדיל את קצב הריאקציה ולהעלות את המהירות.
מה הגורמים לתעתוק של האנזים גלוקוקינאז? שהוא הקסוקינאז של הכבד
1.צריכה של אוכל=עליה ברמת הגלוקוז.
2.כמות ATP נמוכה.
3.כיווץ מוגבר של שריר כמו אחרי פעילות גופנית.
מדד Km
מדד זה הוא אינטרינזי של האנזים.
ולכן הוא לא תלוי בכמות האנזים שיש בתמיסה.
ולכן כאשר יש מעכב בלתי הפיך->זה יוריד את הVmax אבל לא ישפיע על Km
רזולבאז (בחיידקים נקרא RuvC) מי הוא ומה מעשיו?
אנזים האחראי על הביקוע והשחלוף ברקומבינציה מיוטית.
הדרולזות?
מעבירות קבוצה פוקציונלית למים
לדוגמה-פוספטאזות הן ממשפחת ההידרולזות.
מעגל קורי?
המרת לקטט לגלוקוז בכבד.
חומצת אמינו הכי נפוצה בחלבונים?
לאוצין
במקום השני אלנין
מי החומצה האמינית הכי כבדה?
טריפטופן
חומצה אמינית הכי הדרופילית?
ארגנין
אנומרים טבעתיים של גלוקוז. מי יותר יציב אלפא או בטא?
מבנה בטא יותר יציב.
מחלת עמילואיד:
7 דברים
1.חלבון חוץ תאי
2.בלתי מסיס
3.אינו מסועף
4.הסיבים מסודרים מאוד
5.קוטרם בין 7-10 ננומטר
6.שיעור גבוה של יריעות בטא. קטעי בטא ניצבים לציר הסיב.
7.ברוב המקרים תהיה כמות של חלבונים ארומטיים באיזור הליבה של יריעות בטא או סליל אלפא.
כיצד מטפלים בפרזיט הארוקריוטי טריפטוזומה?
על ידי עיכוב האנזים אורניתין דה קרבוקסילאז.
אורניתין דה קרבוקסילאז דורש ויטמין בי 6=PLP לצורך פעילותו
איפה חמצון אומגה מתרחש?
בER החלק
ליפופרוטאין ליפז-מה תפקידו?
הטריגליצרידים מוזרמים בדם, ובדם הן מפורקות לחומצות שומן על ידי ליפופרוטאין ליפאז.
כחומצת שומן בודדת הן נכנסות בחזרה לתאי השומן ושוב עוברות רה אסטריפיקציה ליצירת טריגלצרידים.
אלכוהול הדרוגנאז בחולייתנים איפה נמצא?
משמש לתהליך של חמצון חומצות שומן-בתהליך חמצון חומצות שומן אומגה
מי עובד איפה? ובאיזה תהליך?
1.fatty acid synthase
2.Fatty acyl co A synthetase
1 וגם 2 עובדים בציטוזול
1-בניית חומצות שומן
2-חימצון חש
אצטיל קו A קרבוקסילאז
המכיל את ביוטין
הוא מצייר מלוניל קו A
מכיל שני דומיין-1.קרבוקסילאז 2.טראס קרבוקסילאז
FOXO1
עובד כאשר יש ריכוז נמוך של גלוקוז.
1.גורם לשפעול של PEP Carboxykinase
Glucose 6 phosphatas
מי מדכא את FOXO1?
אינסולין->PKB-> יעשה זרחון לPOXO1
אורך קשר כפול קוולנטי
0.134 ננומטר
לא מאפשר רוטציה חופשית
Glycome
מושג המתיחס לכלל המולקולות המכילות סוכרים.
איזומרים גאומטרים
לדוגמה ציס וטראס.
אותו נוסחה כימית אך נראות שונה במרחב
סטריואיזומרים
סטריואיזומרים שנבדלים אחד מהשני בקונפיגורציה של קבוצות מסביב למרכז כיראלי הם בעלי תכונות כימיות דומות או זהות אך נבדלים בתכונות ביולוגיות ובתכונות פיזיקליות מסוימות.
כמות הסטריואיזומרים שיש למולקולה נמצאת בקורלציה אקספוננציאלית לכמות המרכזים הכיראלים שיש במולקולה לפי נוסחה שתיים בחזקת n
2^n
קונפורמציה staggered
S-יציב רמת ארנג׳ הכי נמוכה
S=stable
Atractyloside
מעכב את הטרנספורט של ADP/ATP
Inhibits adenine nucleotide translocase.
Atra=עטרה של נדב, הייתה מוציאה ממנו כל זכר לאנרגיה.
Rotenone
רוטנון-כמו רוטן-הילד הראשון תמיד רוטן.
Rotenone- מעכב את קומפלקס 1,מונע מהברזל גופרית להעביר אלקטרונים ליוביקוונון.
Protonated
מצב בו H לא השתחרר. כלומר יהיה מטען + על הקצה הזה.
לשים לב שמטין חיובי בוא פחות מסיס. יהיה פחות קשרים עם המים.
אדרנלין
מקור מטירוזין
גנומיקה
תחום העוסק באיפיון ובהשוואה של המבנה, התפקוד, האבולוציה והמיפוי של הגנומים.
מידע
אנטרופיה שלילית
תגובה אקסותרמית
כאשר כמות הקשרים הכימיים של התוצרים קטנה מכמות הקשרים הכימיים של המגיבים.
H<0
ואז נרגיש פליטה של חום
כאשר נרצה לקבל תגובה ספונטנית?
אנטלפיה שלילית
או
אנטרופיה חיובית
מצב יציב
אין שינוי בריכוזים, אך ישנה השקעת אנרגיה על מנת לשמור את המצב.
0 לא שווה לדלתא G
מצב של שיויי משקל
אין שינוי בריכוזי התוצרים והמגיבים=אין אנרגיה.
דלתא G =0
מה יותר יציב מאקרומולקולות או המונומרים המרכיבים אותם?
כל המקרומולקולות הן פחות יציבות תרמודינמית מהמונומרים המרכיבים אותם.
אך הן עדיין יציבות קינטית.
לוקח נצח לפרק אותם, ולכן בנושא הקינטיקה הן יציבות.
חצי ריאקציית חמצון
בה החומר המחזר מוסר אלקטרונים
חצי ריאקצית חיזור
בה החומר המחמצן מקבל אליו אלקטרונים
פוטנציאל רידוקס
הנטיה של חומר לעבור ריאקציה חיזור.
כלומר שימסרו לו אלקטרונים.
ככול שקבוע הרידוקס גבוהה יותר הוא יחשב חומר מחמצן חזק יותר=מושך אליו חזק יותר אלקטרונים.
חומר בעל פוטנציאל רידוקס חיובי יותר ->יהיה בעל נטליה יותר גדולה לקבל אלקטרונים.
החומר בעל הנטליה הגדולה ביותר לעבור ריאקצית חיזור
היסוד פלואור
כמה קשרים מולק מים מבצעת?
בין 4 ל-3.4
הריאקציה האנפלואטי החשובה ביותר:
מתרחשת בכבד ובכליות ,
של יונקים,
קרבוקסילציה -הפיכה של פירובט לאוקסלואצטט +ADP+Pi
ריאקציה זו מתבצעת על ידי פירובט קרבוקסילאז
מספר עובדות חשובות על האנזים המאלי:
חמוצות אמינו כלל חשוב
1.חומצות אמינו אשר המטען שלהן ב- pH נטרלי הן חיוביות מכונות בסיסיות ואילו חומצות אמינו אשר המטען שלהן ב-ph ניטרלי הוא שלילי מכונות חומציות.
מה ערך הpkr של טירוזין?
10.07
נוקלאופיל
נוקלאופיל הוא מגיב היוצר קשר כימי עם השותף שלו לתגובה הכימית=אלקטרופיל. באמצעות תרומה של שני אלקטרוני קשר.
אלקטרופיל הוא זה שנמשך לאלקטרונים.
קרביניון הוא סוג של נוקלאופיל שהוא מבצע התקפה.
כנ״ל אתר והידרוקסיד גם .
נוקלאופיל בעל מטען שלילי כי הוא נמשך לגרעין שהוא חיובי.
סביבה בסיסית
סביבה בסיסית שיש בה יוני מימן.
יוני המימן האילו תפוסים בתמיסה. הם לא משוחררים לתמיסה,ולכן בסיבה בסיסית פחות יוני מימין משוחררים.
יון מימן שמשוחרר יכול ליננן מולקולה,
אם כל המימנים תפוסים אין מימשייננן את המולקולה ולכן, אם יש מולקולה שאני לא רוצה שתעבור יינון צריך להכניס אותה לסביבה בסיסית
מי יש הכי הרבה בתא?
שומנים חלבונים dna פוליסכרדים?
חלבונים
Turn over number
מתאר כמה מהר אנזים לוקח סובסטרט והופך לתוצא.
מדד אמין לטיב האנזים.
במיכאל ומנטן מה הוא מצב יציב?
כאשר קיים מצב יציב בו ישנו עודף גדול של סובסטרט כך שכל קומפלקס ES שמתפרק לתוצר מוביל להופעה של אנזים חופשי אשר בתנאים אילו באופן מידי תופס סובסטרט וחוזר להיות קומפלקס ES.
קבוע ספציפיות במודל מכאל ומנטן
פירוק מלטוז
מקבלים
אלפא גלוקוז ובטא גלוקוז
לקטוז
דו סוכר ומתפרק לחד סוכרים גלקטוז וגלוקוז
השלב היחידי ההפיך במעגל האוראה?
ארגנינוסוקצינאט-> פומראט ולארגנין.
על ידי ארגנינוסוקינאז
מאיפה גסטרין מופרש?
מוקוזה בקיבה
גזולין ממביותא
עובד כאשר יש ריכוז סידן גבוה
מה הן ארבע ח״א שמשמשות אותנו במטבוליזם של חנקן ואמוניה?
גלוטאמין-אלפא קטו גלוטראט
גלוטמאט-ממור לאלפא קטו גלוטראט
אלנין-ממומרת לפירובט שתלך לגלוקונאוגנזה (יקרה בשריר והמשך בכבד)
אספרטט-ממומרת לאוקסלואצטט
6 חומצות אמינו לא פולריות והידרופוביות
חומות אמינו ארומטיות
שלוש במספר
חומצות אמינו באנזים כימונטרפסין
הסטדין
אספרטט
סרין
PFK1
איך מבוקר?
הוא מבוקר אלוסטרית בלבד!!
מעכבים- ציטראט
ATP
מגברים:
AMP
ADP
F 2 6 BP
דיאזוטרופים
חיידקים שיכולים לקבע חנקן אטמוספרי
סקרטין
גורם ללבלב להפריש ביקרבונט
CCK
כולה ציסטוקינין
הורמון פפטידי שגורם ללבלב להפריש זימונים
תפקידים של HIF1:
5 דברים ישוב רוצי💪🏼
1.חיוני ליצירת רספירזום-מגביר אפקטיביות של שרשרת מעבר אלקטרונים.
2.היף 1 נוצר בזמן היפוקסיה וגורם לבקרה על הקומפלקס PDH הוא מפעיל את PDHK שמזרחן את יחידה E1 וכך מונע ממנו לעבוד. ומונע את העברת הסובסטרטים אל מעגל החומצה הציטרית.
3.החלפת תת יחידה בקומפלקס 4.
החלפה של COX4-1 לתת יחידה COX4-2.
יחידת COX4-2 עובדת באופן אופטימאלי בריכוזי חמצון נמוכים.
4.הגדלת כמות אנזימים גליקוליטים
5.עליה בביטוי הטרנספור לגלוקוז וכך כניסת יותר גלוקוז לתאים.
טירוזין
חומצה אמינית הנגזרת מהידרוקסילציה של פניאל אלאנין
מלאטונין
מיוצר מהפרהקורסור של טריפטופאן
אלדולאז
משתמש במנגון ציף ביס
חישוב PI
של חומצות אמינו חיוביות
וחומצות אמינו שליליות
חיובי:
Pk2+pkr
:
2
שליליות:
Pk1+pkr
:
2
חומצות אמינו חיוביות בעלותpi בסיסי
חומצות אמינו שליליות בעלות pi חומצי
קריאטין
חומר המוצא ליצירה מהירה של ATP
האנזים CK שהוא קריאטין קינטז- אחראי על לקחת פוספט מ-ATP ולהכיס אל תוך הקריאטין.
הקריאטין מיוצר בזמן שובע ומוכן לשימוש בזמן מאמץ.
איפה מתקיים יצור גופי קטו?
בכבד
ביוסנתזה של גופי קטו
שוט💪🏼
קדימה בקול רם אם את לא זוכרת
3 קו פקטורים חשובים התורמים פחמן
1.ביוטין
2.Ado-met=אדנוזין מתיונין
3.טטרה הידרו פולאט
בשם נוסף חומצה פולית.
ביוטין-מעביר פחמנים מחומצנים.
S adenosymetthionine
שהוא אדו- מת מעביר קבוצת מתיל.
ביוטין
קבוצה פרוסטטית הקשורה בקשר קוולנטי לליזן
איזה תת יחידה מסתובבת בקומפלקס Atpas?
תת יחידה גמא מסתובבת כתלות במפל הפרוטונים ומסובבת את מרכיב F1
אלפא קטו גלוטראט מה משמש?
אלפא קטו גלוטרט לשמש כפקטור להסטדין דה מתילזות בסיוע יון ברזל.
מוטציה באנזים איזוציטראט דה הדרוגנאז הוא פועל על איזוציטרט והופך אותו לאלפא קטו גלוטראט .
ולכן פאק באנזים זה יגרום לסרטן.
כי לא יהיה דה מתילציה של הסטונים.
מעגל הפנטוזות
הוא ספונטי היות והוא בלתי הפיך
מאיזה חומצות אמינו ניתן לסנתז קריאטין😵💫
גליצין-G
מתיונין-M
ארגנין-R
נגמר הכוח
בקרה על שלב קובע מהירות של חימצון חמצות שומן?
נעשה על ידי מלוניל קו A שהוא תוצר קובע מהירות של סינתזת חומצת שומן.
מלוניל קו A מעכב את CAT1.
וכך מפחית את הסיכוי שיצור חומצות שומן יהיה עם פירוק חומצות שומן.
חמצון אלפא
כאשר חומצת השומן מכילה על פחמן בטא קבוצת מתילית. זה מגדיר אותה כחומצת שומן מסועפת.
ולכן חימצון בטא לא אפשרי.
יהיה חמצון אלפא בפרוקסיזום
יש צורך בשימוש בויטמין c
בעיה באחד האנזימים פה גורם למחלת Refsum disease -הצטברות של חומצה פיטנואית בדם, פגמים נוירולוגים.
האנזים אלכוהול דה הדרוגנאז
משתתף בחמצון אומגה
מה ניתן לצייר מDAG
DAG
יכול להמשיך ולעבור ביקוע ולשחרר חומצה ארכידונית שיכולה להפוך לפרוסטגלנדינים (ציקלי) או לליקוטרונים (לינארי)
**חומצה ארכידונית ניתן לצייר מולקולות סיגנל ליפידיות קטנות.
אוקסיסטרול
הוא סוג של סטרואיד
המשמש בעיקר לבקרה גורם לפרוטאוליזה של HMG coA ובנוסף מערכב אנדוצעטוזה של LDL
גליקודליפיד, איזה סוג קבוצה הוא?
פוספוליפיד או מורכבים משלד ספינגוזין
הם לא!!! פוספוליפיד כי אין להם את קבוצת הפוספט!!
יש להם שלד כמו ספינגוזין בלי קבוצה פוספט.
Coiled coil
מבנה רבעוני!!!!!
המורכב ממספר שרשראות פוליפפטידיות בעלות מבנה שניוני כל אחת.
והן מסתלסלות אחת על השניה.
בעיקר אודות לאינטרקציות הידרופוביות.
מבנה שניוני מסוג אלפא הליקסים
גלוטטיון
וגלוטטיון רדוקטאז
נמצא גם בציטוזול-נמצא במעגל הפנטוזות
וגם
במיטוכונדריה-שרשרת מעבר אלקטרוני
מכיל ציסטאין
חמצון אלפא
יש שימוש בויטמין C
מה התפקיד של APOE4?
נמצא בכילומקרון
VLDL
HDL
הוא אוסף את השאריות של VLDL
ושל כילומיקרון
מי אחראי על שלב קובע מהירות של סנתזת חומצות שומן?
האנזים אצטיל קו A קרבוקסילאז הוא מזרז את שלב קובע מהירות של סינתזת חומצות שומן.
כלומר, מייצר מלוניל קו A
אנזים זה משתמש בביוטין B7
נקרא ACC
ביוסנתזה של חומצות שומן נמצא בציטוזול
בקרה על סינתזת חומצות שומן
בקרה אלוסטרית:
1.פלמוטיאיל קו A -התוצר של ביוסנתזה של ח״ש מעכב את ACc
2.ציטראט מגביר את הפעילות של ACC
בקרה הורמונלית
1.אפינפרין או גלוקגון מובילים לכיבויי של ACC (על ידי הפעלה של PKA שהוא מזרחן את ACC (
2.אינסולין מעודד פעילות של ACC
בקרה על רמת ביטוי גנים
1.שיש מספיק חומצות שומן כמו לאחר אכילה, חומצות שומן ישפעלו את הרצפטור PPAR בכבד וידכאו את הביטוי של הגנים המקודדים לאנזימים ליפוגנים שהם אחראים על סינתזת חומצות שומן.
למה גופי קטו מתפרקים?
הם מומרים לאצטיל קו A
🦀
אצטיל קו A משמש לביוסנתזה של חומצות שומן.
יצור גופי קטו בכבד, מאפשרים לכבד להמשיך בחמצון חמצות שומן מבלי לשלוח את התוצרים למעגל קראבס כך שתוצרי הביניים של מעגל קראבס יכולים ללכת למסלולים אחרים כיו למשל גלוקונאוגנזה.
האצטיל קו A כן יכול ללכת למעגל קראבס.
חומצות אמינו שגם קטוגניות וגם גלוקרוניות
אפ טטט
איזור לאוצין
פנילאלנין
טירוזין
טריאונין
טריפטופאן
חיידקי אנאמוקס
הופכים אמוניה וניטריטים לחנקן אטמוספרי
בדרך אנאירובי.
דיאזוטרופים
חיידקים וסוגים של ארכאות המסוגלים לקבע חנקן אטמוספרי.
ניטרוגנאז
מבצעת קיבוע חנקן בתהליך זה יש צורך ב-16 ATP
תפקיד האנרגיה היא להוריד את האנרגיה אקטיבציה על ידי שינוי קונפירמציה של החלבון
אדנילאט קינאז
2ADP——>AMP +ATP
המטרה שלו להעלות את הכמות של AMP וכל לרגום לו להפעיל תהליכים רגולטורים בתא.
תהליכים שמופעלים שיש חוסר באנרגיה.
HDLמי האפוליפופרוטאינים המרכיבים את
apoA-1- אחראי לשפעל את LCAT
apoC-1
apoC-2 משפעל את ליפופרוטאים ליפאז
התפקיד שלו לזרז הידרוליזה של טריאצילגליצרולים לחומצות שומן ולגליצרול.
HMG-coA synthase
איפה נמצא? ובאיזה מסלולים?
1.נמצא במיטוכנדיה ובציטוזול.
במיטוכונדיה:
לוקח חלק בשלב השני של ייצור גופי קטו
בציטוזול:
יצירת כולסטרול
אספרין
מעכב גם את cox1 and cox2
לכתוב את מעגל האוראה
קדימה!!
Acyl coA dehydrogenase
האנזים הראשון בחמצון בטא של ח״ש.
מצוי בו חלבון פלאביני
תפקיד האנזים-לזרז קשר כפול בין פחמן אלפא לבטא ויצירת FADH שימסור את האלקקלשרשרת מעבר אלקטרונים.
איפה מצוי? על גבי הממברנה הפנימית לשל המיטוכונדריה.
חמצון חומצות שומן אי זוגיות ולא רוויות
מתיל מלוניל קו A מוטז נעזר בבי 12.
מי נעזר בביוטין? בחימצון חומצות שומן אי זוגיות ולא רוויות
- האנזים פרופוניל קו A קרבוקסילאז נעזר בביוטין
מי מחומצן בפרוקסיזום?
חומצות שומן מסועפות מעל 26 פחמנים
חומצות שומן מסועפות
חמצון אלפא
מעגל הפנטוזות איפה מתרכש?
בציטוזול
לזכור בעלפה
Moonlighting
אנזים שיש לו מס תפקידים
כמו אקוניטאז.
אקוניטאז יש לו איזואנזים שמשתתף במעגל קראבס.
איזואנזים נוסף הנמצא בציטוזול ואחראי להפוך את ציטראט לאיזוציטראט.
איזוציטראט כעת יעבור לאיזוציטראט דה הדרוגנאז ציטוזולי שמייצר NADPH בשביל יצור חומצות שומן.
ולוקח חלק במשק הברזל.
טריפסין איפה חותך ? ואצל מי?
חותך בקצה הקרבוקסילי של ליזין וארגנין
טריפסין- מזכיר טריפ- טיול וזה חיובי יש בשם המון דברים לארגן (ארגנין) ואזה פשוט זי*^% -ליזין
צינוגן ברומיד
Cyanogen bromid
איפה חותך?
מתיונין בקצה קרבוקסילי
מזכיר ציאניד- מתים מזה=צינוגן
chymotrypsin
כימוטריפסין
פנילאלנין
טריפטופאן
טירוזין