מולקולרית Flashcards
MutH
1.אינו קיים באוקרטים בכלל!
2.חתוך את הדנא בתהליך של MMR
3.נמצא בפרוקריוטחם
4.MMR בשכפול יש את
טלומרים
נבנים רק באאוקריוטים על הגדיל ההורי בלבד.
פרומוטור
מהווה אתר תחילת שעתוק
ולא שכפול !!!!!
מה התפקיד של
Histone fold domaim
Abortive initation
בשעתוק חיידקי ואוקריוטי לפי שהפולימרז עוזב את הפרומוטור, הוא משעתק מקטעי RNA קצרים שנקראים כך.
באיזה שלב ההסטונים עוברים סינתזה?
בשלב S
מתי וריאנטים של הסטונים מיוצרים?
שלב האינרפאזה
למי אין וריאנטים?
להסטון H4
וריאנט H3 אחראי על ?
CENP-A
למנות את כל סוגי הוריאנטים ועל מה הם אחראים?
רצפי אלפא סטיילאז
בדרך כלל מופיעים בצנטרומר אך גם באיזורים שאינם הצנטרומר.
מכך מסיקים שרצפים אילו אינם מספיקים על מנת ליצור צנטרומר.
מה התפקיד של האנזים פוספ-הידרולאז?
הוא מסיר את פוספט גמא מהנוקלאוטיד הראשון
של mRNA
כאשר רוצים להוסיף cap
מה התפקיד של האנזים גואניליל טראנספראז?
הוא מעביר GMP מתוך GTP החופשי לפוספט בטא של ה-mRNA.
בתהליך הcapping של mRNA
בתהליך איניציאציית התרגום באיזה רצף הריבוזום יתחיל תרגול ראשוני?
באואוקריוטים
ברצף קוזאק
ACcAUGG
כיצד עובדת האנטיביוטיקה כלורמפניקול?
כלור זה גלון גדול ולכן אנטיביוטיקה זו פוגעת בתת היחידה הגדולה.
מעכבת את הפפטידיל טרנספראז
משפיע על האלונגציה.
כלור הורגת את החיידקים ומפסיקה להם את האלונגציה
אוליגונדטרוציט מי הוא? ומה תפקידו?
אוליגודנטרוציט מספק את מעטפת המיאלין לאקסונים.
אוליגו=אולירך=עשיר מלא כסף=עשיר במיאלין.
מה הדנטריטים הפרוקסימליים (ליד גוף התא) מכילים?
גופי ניסל- שהם חלקים מrET, ומכילים ריבוזומים ומשמשים לסינתזה של חלבונים. וחלקים ממערכת הגולגי.
גוף תא הדנדריט-מכונה סומא או perikaryon
המרכז הגנטי והמטבולי העיקרי של נוירון. מכיל את הגרעין ואברונים רבים הדרושים לביוסנתזה של מרכיבי ממברנה ואנזימים. בין היתר גם גופי ניסל,גולג׳י,מיטוכונדריה ואלמנטים של שלד התא.
מה התפקיד של snoRNA?
הם מכווינים את המודיפיקציות שמוסיפים על גבי הריבוזום.
snoRNA
מכילים RNA מכווין guideRNA אליו מחוברים האנזימים החלבוניים שאחראים לביצוע מודיפיקציות לרצפים ספציפיים. חלקיקי snoRNA אחרים מתיישבים על גבי RNA הריבוזומאלי ומאפשרים שינויים במבנה שלו וחופשים אתרים יעודיים לחתוך על ידי נוקלאזות.
snoRNA
חלק ממולקות snoRNA הפעילים בגרעינון, מקורם באינטרונים המקודדים על גבי pre-mRNA של חלבונים ריבוזומאלים.
snoRNP
דוגמה למודיפיקציה שהוא מבצע היא הפיכת אורידין לפסאו אורידין על ידי סיבוב הבסיס החנקני. כך שהריבוז קשור לפחמן של הבסיס החנקני במקום לחנקן בבסיס החנקני.
כלומר, הוא משנה את הקשר בין הבסיס החנקני ובין הריבוז.
snoRNP
מבצע מתיליה על הריבוז על פחמן 2 .
עם מי הסטונים עושים אינטרקציה?
התעלה הקטנה רצפי AT
NtrC
משמש כאקטיבטור בעזרת DNA looping בחיידקים.
ביוקריוטים יש גן שימוש בלולאות דנא כאמצעי בקרה.
לשים לב שהוא נקשר לרנא פולימרז. ניתן לראות אותו במקרוסקופ אלקטרונים את האינטרקציה.
איזה יכולת הגהה יש לtRNA?
יכולת הגהה הידרוליטית.
יש טעות אחת ל40,000 ריאקציות.
CStF
קומפלקס רב יחי הרוכב על זנב CDT ומזהה רצף עשיר ב - G וב- U
CPSF
קומפלקס הרוכב על זנב ה-CDT ומזהה רצף AAUAAA.
במנגנון פוליאדנילציה קומפלס זה מבצע חיתוך במרחק של 10-30 נוקלאוטידים מרצף AAUAAA ומשאיר את OH קצה 3׳ של נוקלאוטיד A מרצף CA.
לאחר חיתוך זה יגיע אנזים PAP המפלמר פולי A ללא תבנית
אנזים PAP
מפלמר פולי A במנגנון פוליאדנילציה. כאשר את 10-12 נוקלאוטידים ראשונים באופן איטי ועוד 200 באופן מהיר.
PAB
חלבון אחד על כל 10-12 נוקלאוטידים של פולי A.
מי מבין חלבוני ההסטונים הבאים מעורב במעבר ממבנה סיב כרומטין בעובי 11 ננומטר למבנה סיב כרומטין בעובי של 30 ננומטר?
H4 andH1
פקטורי שעתוק
1.אינטרקציה בינהם היא קואופרטיבית
2.פועלים בגרף סיגמואידלי-all or non
3.
Homodomain
נקשרים לסרין וארגנין
יחידה סיגמא
נמצאת בתהליך שעתוק.
מתחברת עם אנזים ליבה-> תפקידה של תת יחידה סיגמה להגביר את האפיניות של הפולימראז לרצפי הבקרה =פרומוטורים.
כאשר כל זה מתחבר לדנא תיהיה פתיחה של הדנא (בועה בת 10 בסיסים) שהיא בועת שעתוק=הקומפלקס הפתוח.
**הבסיסים הלא מזווגים בבועת השכפול מיוצבים על ידי תת יחידה סיגמא **
נקשר בין מינוס 10 למינוס 35
Promoter clearace
כאשר הפולמראז עוזב את תת יחידה סיגמא ומתקדם על גבי התבנית
קונפורמציה B
שמור לDNA בלבד
נמצא בסביבה הידרופילית
מצב טבעי של ה DNA
קונפורמציה A
סביבה שבה הDNA נמצא בצורה הידרופובית
יכול להיות גם מעורבב עם RNA
תמיד תמיד RNA יהיה רק בקונפורמצית A
מתי מתחברים חלבוני SR על גבי האקסונים?
בזמן השעתוק
כמה מולקולות tRNA יש ?
48
קומפלקס Exosome
קומפלקס חלבוני גדול המצוי בגרעין.
קומפלקס זה עשיר ב3 ל-5 אקסונוקלאזות המצויות בחלקו הפנימי ומפרקות את כל השאריות והפסולת של RNA המצוי בגרעין.
מקרומולקולות מעל 60 קילודלתון
לא יכולות לצאת מהגרעין דרך ה NPC .
ולכן מוסיפים להם nuclear export receptor
על קצה 3׳
עוד לפני תהליך הביקוע של פוליאדנילציה.
מולקולת ה- nuclear export receptor מלווה את מולקולות הmRNA החוצה וחוזרת אחר כך שוב לגרעין על ידי מערכת ran על מנת להוציא שוב מולקולות חדשות.
Enhancers
אקטיבטורים של השעתוק נקשרים לרצפי דנא אילו.
מאיפה שרשרת החלבונים שכעת תרגמנו יוצאת?
מאיזור P בריבוזום
להיכן מתחברים חלבוני פקטורי השחרור?
לאתר A בריבוזום.
הם יסגנלו לפפטיד טרנספראז להוסיף מולקולה מים במקום חומצה אמינית. וכך יהיה זירוז של הידרוליזה של הקשר האסטרי האחרון.
Chromosome Banding Pattern
דפוס מתייחס לאזורים כהים ובהירים לאורך הכרומוזום, אשר בדרך כלל נצבע בצביעת גימזה בשלב המוקם של המיטוזה וניתן לזהותם בעזרת מיקרוסקופ אור.
L1
לאיזה קבוצה שייך ?
Nonretroviral retrotransposon
איך זוכרים?
L=leshaker-לשקר
שם נוסף שיש להם LINE הם אחראים למחלות אנושיות כמו המופיליה.
RNAseP
אחראי לבקע ולעבד את קצה 5׳ של tRNA באופן מדוייק לחלוטין.
הוא סוג של ריבוזים.
דרך איפה החומצה האמינית מחוברת לAMP?
החומצה האמינית מחוברת דרך הקצה הקרבוקסלי שלה.
הפירופוספט המשתחרר יעבור הידרוליזה בזירוז האנזים פירופוספטאז.
איזה סוג קשר יש בין הtRNA לבין החומצה האמינית המתחברת אליה?
קשר אסטרי היות והוא עתיר אנרגיה כך שהוא ישמש בהמשך ליצירת הקשר הפפטידי בחלבון שיסונתז.
אסתר הייתה המלכה היא זו שהחליטה מי ומה יהיה. היה לה הרבה כוח- קשר אסתרי.
הוצאת האינטרונים בגנים, האם יש לו סדר קבוע?
לא,
זה לא חייב להיות בסדר קבוע…
לא חייב להיות מקצה 5׳ ל-3׳.
כלומר הוצאת האינטרונים משתנה מגן לגן.
quantum dots or fluorescent nanoparticles
ננו חלקיקים אינאורגנים.
המוליכים למחצה,
עוברים אקסיטציה על ידי אור כחול.
האמיסיה שלהם תלויה בגודל המדוייק של הננוקריסטל.
וזמן מחצית החיים שלהם ארוך יותר.
ולכן מצמידים אותם לתרכובות ביולוגיות בעזרת סטרפטואבידין הנקשר לביוטין או על עדי קשרתם לנוגדנים.
משתמשים בנם בין היתר בתאים חיים.
אצל מי רמה הכולסטרול הכי נמוכה?
חיידק אי קולי
וגם צמח
אין בהם כולסטרול.
אצל מי רמה הגבוהה ביותר של כולסטרול?
כדורית דם אדומה
אצל מי רמה הגבוהה ביותר של גליקוליפיד
מיאלין
אצל מי הרמה הגבוהה ביותר של ספינגומילין?
תאי כבד ובממברנה של הפלזמה
כמות הגבוהה ביותר של פוספוטידילכולין
מיטוכנדיון
Barr body
כאשר כרומוזום איקס דחוס ואינאקטיבי, הוא נראה כגופיף דחוס ולא מסיס בגרעין של התאים ולכן הוא מכונה barr body
PDI בer?
PDI-
חלבון שתפקידו לחמצן שירי תיול SH של ציסטאינים ליצירת קשרים די סולפידים בתוך חלל ה-ER.
אנא אמירי את התהליך של אוטופג׳יה
ולא מעניין אותי שאין לך כוח קדימה, עצלנות לא פה, שומעת🫵🏽
מערכת סטוכסטית
מערכת תאים חיים. ולכן אם נספקת לה תנאי התחלה זהים היא תתנהג עדיין באופן שונה בגל פעם.
דרך לזכור- היא אומנם סט של תאים אז מנהגת לא כסט
מערכת רובסטית
מערכת הפועלת באופן דומה גם בריכוזים גבוהים ונמוכים מאוד, מה שמבקר אותה זהו משוב שלילי.
CBC- cap binding complex
הכובע של המתיל והגואנין יקשר אל חלבון זה. CBC יסייע לmRNA לעבור החוצה מהגרעין.
מיקרוסקופית רב פוטונית
מאפשרת לנו לחדור לריקמה עמוק ממש .
ולקבל רזולוציה סבירה.
יעילה עד 250 מיקרון.
בהתפתחות של החולייתנים מה הסדר של הישמרות אבולוציונית?
הכי נשמר:
1.בקרת שעתוק
2.תגובה לסיגנלים חוץ תאים
3.מודיפיקציות לאחר תרגום
הכי פחות נשמר
Ku
5 דברים קדימה💪🏼
- הטרודימרי
2.נקשר לקצוות של הכרומוזומים ומחזיק את שתי הקצוות בזמן שהם עוברים עיבוד.
3.יש לו תפקיד חשוב ברקומבינציה של נוגדנים
4.לוקח חלק בתיקון של NHEJ - לכל גדיל יש ku משלו.
אלפא אנמטין
מעכב את הפולימראז 2
CASP
תוכנת מיחשוב שחוזה קיפולים של חלובונים
מחקרי GWAS
מחקרי GWAS הם מחקרים המנסים למצוא אסוציאציה בין לוקוסים/SNP שונים למחלות/תכונות מסוימות רזולוציה של כל הגנום
כולו בטח לא של חלבונים ספציפים
GWAS- מה היה =was בין סניפים למחלות שונים
מאיפה אנזימי ה-5 cap מגיעים?
הם נמצאים על גבי הזנב של CDT של הפולימרז.
איפה מעשה שעתוק של rRNA 5s
בגרעין
צרמיד וספינגוזין איפה מיוצרים?
ER
בטא מקרפטואתנול
פירוק מבנה השלישוני והרבעוני של חלבונים
Fluorescence anisotropy
1.שיטה הבודקת אינטרקציות עם חלבון
2.נמדד השינוי באור מקוטב העובר אמיסיה ממולקולה מסומנת פלורוסנטית באתר הקישור בין שני חלבונים.
Tandem MS
שיטה של ספקטרוסקופיית מסה בה אפשר להריץ פפטיד פעם אחר פעם ולקבל מידע על המסה ועל רצף חומצות האמינו.
ניתן לזהות גם אצטילציות ופוספורילציות
מי אחראי ליציר סיב הסטון פלוס DNA באורך 30 ננומטר?
היסטוני H4 and H1
חלבוני Tethering
חלבונים הנמצאים בגרעין ולוקחים חלק בלדוג חלבונים ספציפיים לתוך האזור הממודר בגרעין.
RPA
SSB באאוקריוטים
כל RPA מכסה 8 נוקלאוטידים
חלבונים SSB היוקריוטים מכילים 3 יחידות.
חלבוני SSB הפרוקריוטים הם מונומרים.
מערכת רוביסטית
עובדת
תמיד תמיד באופן זהה גם בזמן מצבי קיצון.
ומבוקרת על ידי משוב שלילי.
רקומבינציה הומולוגית כמה בסיסים על מנת להגביר יציבות עם גדיל האחות בעת תיקון?
יש צורך בזיווג של 15 בסיסים שיגביר את היציבות ומאפשר שיחלוף גדילים.
rad52 בגוף שלנו
הוא זה שמטעין את rad51 על גבי הגדיל
rad52 - הוא בנוי מ11 תת יחי דמוי טבעת.
כאשר מבצעים מודיפקציה על הסטונים.
על איזה חומצה אמינית מבצעים פוספורילציה?
על איזה חומצה אמינית מבצעים אצטילצעה?
אצטילציה על שיירי ליזן
פוספורילציה על שיירי סרין
בלבד!!!
אצטילציה על ליזין?
מנטלת את המטען החיובי של ליזין ומאפשר התרופפת של הדנא וההיסטון.
DNA-A
חלבון פרוקריוטי איניציאטורי של פעולת השכפול.
היא גורמת להפרדת גדילים במוצא השכפול.
פעולה שדורשת ATP
כי שוברים קישרי מימין.
DNA-G
משמש כפרימז פרוקריוטי
DNA-B
משמש כהליקז פרוקריוטי
גם משתמש בATP
פרימאז
DNA dependent RNA polymerase
כלומר הוא מסנתז RNA
שזה החלק השני של המשפט.
והוא סוג של DNA פולימארז.
כלומר הוא מסנתז RNA על גבי תבנית של DNA בתחילת השכפול של מקטעים מסוימים.
לזכור בעלפה
לזכור
DNAse footprinting
🦶
מנגנון ריבוסווצ נמצא?
גם בשעתוק וגם במנגנון התרגום
פקטורי אינישאציה בתרגום
elF2
הקשור ל-GTP
ונקשר לtRNA imat
כלומר מתיונין התחלתי.
פקטורי אלונגציה בתרגום
EF-G and Eftu
הם נמצאים בחיידקים. הם סוג של חלבוני G המבצעים הידרוליזה של GTP toGDP
ההידרוליזה משמשת להאצת התהליך האלונגציה,
Eftu-
מוביל את ה tRNA
הקשור לח״א לאתר A
בזכות הידרוליזה לוקח מהר יותר, ומאפשר דייוק.
U אתה יוגר לדיוק טוב יותר
EF-G
המחובר גם ל-GTP
ההדרוליזה שלו מזרזרת את תנועת הריבוזום בדיוק 3 נוקלאוטידים במורד הזרם.