Ch 2 séquencage Flashcards
Quelles sont les deux techniques qui ont débutés la technologie de séquencage?
Technique de Sanger
Technique de Maxam-Gilbert
Qu’est ce que la méthode Shotgun pour le séquencage d’ADN?
briser l’ADN en petites portions, puis séquencer chaque petit fragment et réassembler l’ADN initial à partir de ceux-ci
Dans la technique Illumina, les morceaux d’ADN morcelés sont coupelé à des adaptateurs qui ont des bouts ouverts. à quoi servent ces bouts ouverts?
à empêcher que l’adaptateur lie deux fragments et se retrouve au milieu de ces fragments. Aucune séquence d’ADN ne peut se lier aux bouts ouverts des adapatateurs
Comment se fait il qu’on ait pas besoin de physiquement fragmenter l’ADN avec des enzymes de restrictions ou par sonication?
L’ajout de l’adaptateur se fait avec un transposon, qui clive l’ADN et insère l’adapatateur en même temps.
Comment la technique Illumina amplifie-t-elle le signal émis par les fragments d’ADN individuels?
Les fragments d’ADN sont d’abord fixés sur des amorces sur une plaque puis passent par quelques round d’élongation/hybdridation pour répliquer ces brins à quelques reprises.
Comment la technique Illumina permet elle de séquencer de séquencer les deux extrémités des brins d’ADN
Les brins sont attachés sur la plaque par des nucléotides modifiés. On peut donc séquencer les fragments dans un sens, hybrider les brins pour avoir le sens inverse puis utiliser la base modifié pour cliver le fragment déjà séquencé et n’avoir que le fragment inverse
comment fonctionne la méthode de séquencage Ion torrent?
La réaction de séquencage se fait dans des micropuits qui détectent les changements de pH. Puisque la réaction de synthèse d’ADN libère un H+, l’ajout de nucléotides est détecté par le pH sensor.
Quel input est détecté par la méthode illumina pour obtenir une séquence
on ajoute des nucléotides fluorescents type par type et on enregistre l’intensité lumineuse dégagée par l’ajout de ces bases
Combiens de bases sont ajoutées à la fois dans la technique Ion Torrent
Une seule base est ajoutée à la fois.
Comment fonctionne le séquencage par nanopore?
un brin d’ADN est passé au travers d’un pore dans une membrane.
Un courant électrique passe au travers de la membrane au travers du pore et on peut déduire les bases qui traversent le pore par l’interférence causée sur le courant électrique
qu’est ce qui rend la technique par nanopore unique?
elle ne requiert pas de synthèse ni d’amplification
