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Virologie > Retroviridae et VIH > Flashcards

Retroviridae et VIH Flashcards

1
Q

Vrai ou faux : Les Retroviridae sont retrouvés chez tous les vertébrés.

A

Vrai.

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Q

Expliquez le dogme central de la génétique et pourquoi les Retroviridae sont particuliers.

A

Le dogme central de la génétique explique que la transition de l’ADN vers les protéines ne se fait que dans une seule direction (ADN → ARN → protéine).

Les rétrovirus suivent le flux inverse. Ils ont la capacité de transformer l’ARN en ADN (sous une forme intégrée dans le génome de l’hôte).

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3
Q

Quelle enzyme est nécessaire afin de transformer l’ARN en ADN ?

A

Une rétrotranscriptase (ADN polymérase ARN-dépendante).
AKA : transcriptase inverse rétrovirale (RT)

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4
Q

Les rétrovirus ont contribué à plusieurs découvertes importantes dans plusieurs domaines. Donnez quelques exemples.

A
  • RT et l’intégrase sont utilisés dans la manipulation des acides nucléiques.
  • Épidémiologie du VIH
  • Provirus rétroviraux permettent le suivi de spéciation et la migration de populations
  • Formation de tumeurs (oncologie)
  • Thérapie génique (livrer des gènes thérapeutiques dans des cellules)
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5
Q

Taxonomie des rétrovirus

A

Sept genres divisés en 2 grands groupes :
1. Rétrovirus simples
2. Rétrovirus complexes

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6
Q

Expliquez la différence entre les rétrovirus simples et complexes.

A

Les rétrovirus simples produisent 4 gènes : Gag, Pro, Pol et Env tandis que les rétrovirus complexes codent pour ces 4 protéines ainsi qu’un ensemble de protéines régulatrices.

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7
Q

Vrai ou faux : Les rétrovirus sont phylogénétiquement liés à des éléments génétiques capables de transcription inverse.

A

Vrai.

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8
Q

Donnez des exemples des molécules capables de transcription inverse (rétroéléments).

A
  • D’autres familles de virus
  • Rétrotransposons
  • Introns auto-clivés
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9
Q

Quelles sont les caractéristiques générales de la structure des rétrovirus.

A
  • Sphériques
  • Diamètre d’environ 100 nm
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10
Q

Vrai ou faux : Les rétrovirus sont thermorésistants et insensibles aux détergents.

A

Faux. Les rétrovirus sont sensibles à la chaleur, aux détergents et au formaldéhyde.

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11
Q

Quelles sont les protéines présentes dans le virion ?

A
  • Protéase (PR)
  • Intégrase (IN)
  • Transcriptase inverse (RT)
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12
Q

De quel groupe de la classification de Baltimore font partie les rétrovirus ?

A

Le 6e groupe.

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13
Q

Vrai ou faux : Les rétrovirus ont deux copies de leur génome, qui est composé d’ARNsb+.

A

Vrai.

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14
Q

Expliquez pourquoi les rétrovirus sont dits “pseudo-diploïdes.”

A

Malgré le fait qu’ils ont 2 copies de leur matériel génétique, ils n’ont pas d’allèles différentes sur chaque copie.

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15
Q

Expliquez la différence entre la membrane et l’enveloppe.

A

L’enveloppe correspond à la bicouche lipidique tandis que la membrane correspond à tout ce qui n’est pas dans le noyau.

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16
Q

Vrai ou faux : L’ARN génomique est associée à la NC (forme la RNC) et est contenue dans le noyau.

A

Vrai.

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17
Q

Quelles protéines forment le “core” ? Quelles protéines l’entourent ?

A

Le core est formé majoritairement de la protéine CA. Le core est entouré d’une coquille sphérique constituée de la protéine MA.

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18
Q

Quelles protéines sont contenues dans la membrane du virion ?

A
  • TM
  • La protéine SU est associée à la TM (mais est complètement à l’extérieur du virion)
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19
Q

Vrai ou faux : Les deux copies du génome s’apparient ensemble sur toute la longueur.

A

Faux. Seulement quelques sections s’apparient.

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20
Q

Le génome d’ARN est généré par la machinerie de transcription de l’hôte. Quelles structures se retrouvent sur ces ARN ?

A

Une coiffe en 5’ et une queue poly-A

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21
Q

De quel type d’ARN est composé le génome rétroviral et quelle est sa longueur ?

A
  • ARN sb +
  • Chaque monomère possède une longueur de 13,7 kB.
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22
Q

Nommez les blocs importants de la séquence du génome et les protéines pour lesquelles ils codent.

A
  • U5 : site requis pour l’intégration provirale
  • gag : capside, nucléocapside, matrice et protéase
  • pol : transcriptase inverse et intégrase
  • env : protéines de surface et transmembranaires.
  • U3 : expression des gènes viraux et intégration de l’ADN
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23
Q

Nommez les étapes de la réplication virale.

A
  1. Fixation du virus.
  2. Fusion des membranes et libération du “core” viral dans le cytoplasme.
  3. Génome d’ARN viral est transcrit de manière inverse en ADNdb
  4. ADN viral et l’intégrase accèdent le noyau
  5. La recombinase intégrative insert l’ADN dans le génome (n’importe où)
  6. Le provirus est transcrit par l’ARN pol cellulaire
  7. Certaines molécules d’ARN de pleine longueur sont exportées hors du noyau et servent comme ARNm
    8A. Transcrits sont traduits en pré-Gag et Gag-Pol (polyprotéines).
    8B. Transcrits sont encapsidées comme nouveaux génomes viraux.
    8C. Transcrits sont épissés pour former de l’ARNm codant pour les protéines précurseurs de poly-Env.
  8. ARNm d’Env est traduit par ribosomes du RE
  9. Protéines Env sont transportées à travers le Golgi et sont glycosylées.
  10. Protéines Env sont livrée à la membrane.
  11. Les composants du virion se réunissent au site de bourgeonnement.
  12. Le virus s’assemble sur la face interne de la membrane plasmique.
  13. Le virus devient infectieux lorsque la protéase clive les précurseurs Gag et Gag-Pol pour produire des protéines matures.
24
Q

Quel est le signal permettant le déclenchement du début de la synthèse de l’ADN ?

A

L’exposition de la NC virales à des niveaux élevé de dNTP.

25
Q

Que sont les composants essentiels de la réaction de RT ?

A
  • ARN génomique viral
  • Amorce
  • Transcriptase inverse
26
Q

Vrai ou faux : Les deux copies d’ADN viral sont intégrées dans le génome de l’hôte ?

A

Faux. Seulement une copie est nécessaire. Cependant, les deux sont utilisés comme gabarit, ce qui permet d’expliquer le taux élevé de recombinaison génétique.

27
Q

Énumérez les fonctions de la nucléocapside virale.

A
  • Protège le génome
  • Facilite le “template switching”
  • Améliore l’efficacité de l’élongation (processivité)
28
Q

Les virions contiennent également une autre molécule nécessaire pour l’initiation de la RT. Nommez la molécule, d’où elle provient et son site de liaison.

A
  • ARNt cellulaires (de proline ou de lysine)
  • Se lie au site de liaison d’amorce (PBS)
29
Q

Vrai ou faux : La structure des ARNt n’a aucun effet sur le processus de la RT.

A

Faux. Les structures en tige-boucle semblent avoir une importance.

30
Q

Où dans la cellule a lieu la synthèse d’ADN viral ?

A

Dans le cytoplasme dans une structure sous-virale appelée complexe RT.

31
Q

Quelles sont les fonctions de la RT ?

A
  • Polymérisation de l’ARN ou de l’ADN
  • Déroulement de l’ADN
32
Q

La RT possède une sous-unité RNase H. Nommez ses fonctions.

A
  • Dégrader l’ARN génomique après qu’il ait été copié en ADNc.
  • Créer l’amorce pour la synthèse de l’ADN brin + et l’ARN génomique.
  • Supprimer cet amorce et l’amorce d’ARNt des extrémités 5’ de l’ADN viral naissant.
33
Q

Nommez les 4 étapes de la transcription inverse.

A
  1. Production de l’ADN “strong-stop” négatif.
  2. Premier échange de gabarit.
  3. Initiation de la synthèse de l’ADN à brin +.
  4. Deuxième échange de gabarit.
34
Q

Expliquez la première étape de la transcription inverse (production de l’ADN “strong-stop” négatif).

A
  • RT se lie au PBS
  • RT synthétise un produit de 100 nt qui contient l’amorce d’ARNt appelée l’ADN “strong-stop”
  • Au fur et à mesure de cette synthèse d’ADN, l’activité RNase H dégrade l’ARN viral
35
Q

Expliquez la deuxième étape de la transcription inverse (premier échange de gabarit).

A
  • L’extrémité 3’ du génome d’ARN se lie à la la séquence R (ADN) nouvellement synthétisée.
  • Le génome se circularise.
  • La RT copie tout le génome ad l’extrémité 5’
  • La RNase dégrade l’ARN au fur et à mesure que l’ADN est synthétisé.
  • Le site ppt sur l’ARN n’est pas dégradé puisqu’il servira comme amorce lors de la fabrication de l’autre brin d’ADN.
36
Q

Expliquez la troisième étape de la transcription inverse (initiation de la synthèse d’ADN à brin +).

A
  • La RT se lie au ppt (polypurine) et débute la synthèse du deuxième brin d’ADN à la section terminale du gabarit d’ADN brin -
  • Cette première partie se termine après avoir copié les 18 premiers nt de l’amorce ARNt (ADN strong-stop)
  • ARNt est éliminé par RNase H
  • L’ADN “strong-stop” se lie au pbs à l’extrémité 3’ de l’ADN génomique de polarité -.
37
Q

Expliquez la quatrième étape de la transcription inverse (deuxième échange de gabarit).

A
  • La polymérisation continue
  • La synthèse s’arrête lorsque la RT atteint l’extrémité de chaque gabarit.
  • Produit final : ADN db contenant des séquences long terminal repeats (LTR) aux deux extrémités.
38
Q

Que contiennent les LTR ?

A
  • U3
  • R
  • U5
39
Q

Expliquez pourquoi la transcription inverse virale est appelée une “réplication destructrice”

A

Il n’y a pas de gain net de génomes. Il y a plutôt une substitution de 2 molécules d’ARNsb+ pour une seule molécule d’ADNdb

40
Q

Expliquez pourquoi la transcription inverse favorise la recombinaison.

A
  • La RT s’arrête périodiquement lors de la synthèse d’ADN a/n des ruptures dans le gabarit
  • Si interruption : le 2e génome d’ARN peut être utilisé pour continuer la réplication
  • Échanges de gabarits internes se produisent même si pas de pause
41
Q

Nommez et expliquez les deux modèles de recombinaison pendant la transcription inverse.

A
  1. Copy choice (synthèse du brin - d’ADN) : la synthèse du brin - commence sur un génome d’ARN et se déplace sur l’autre à un point de rupture. La copie du brin - résulte en un homoduplex db (les deux brins d’ADN sont identiques).
  2. Strand displacement (synthèse du brin + d’ADN) : Les fragments d’ADN sont déplacés par la RT pendant la nouvelle synthèse et ensuite assimilés sur l’ADN du deuxième génome. Produit un hétéroduplex (les deux brins d’ADN ne sont pas identiques).
42
Q

Expliquez l’intégration de l’ADN viral dans celui de l’hôte.

A
  • Intégrase rétrovirale insert le produit d’ADN dans l’ADN de la cellule hôte à des sites spécifiques (pas toujours le même).
  • À lieu seulement si la réplication est terminée
  • Lors de l’intégration 2 pb (AA et TT) sont perdues des deux extrémités du provirus
  • L’ordre des gènes est identique dans l’ADN proviral et à l’ADN non intégré.
  • L’ordre des gènes est colinéaire à celui dans le génome d’ARN viral
43
Q

Qu’est-ce qu’un rétroélément ?

A

Séquences dérivées de rétrovirus qui sont retrouvées dans des génomes cellulaires.

44
Q

Vrai ou faux : Un provirus peut être transmis aux futures générations (provirus endogènes).

A

Vrai (seulement si l’ADN rétroviral est intégré dans les cellules germinales de l’hôte).

45
Q

Vrai ou faux : La plupart des provirus viraux sont capables de réplication.

A

Faux. La majorité sont incapables. On ne sait pas pourquoi.

46
Q

Vrai ou faux : environ 50 % du génome humain comprend des éléments génétiques mobiles (ex. des provirus et d’autres rétroéléments).

A

Vrai. Par exemple, les protéines responsables pour le tissu de placenta entre la mère et le foetus sont encodés par des gènes dérivés de rétroéléments.

47
Q

Vrai ou faux : Le SIDA et le VIH sont la même chose.

A

Faux. Le SIDA est le nom donné au stade final de la maladie provoquée par une infection par le VIH.

48
Q

Combien de personnes sont mortes des conséquences du VIH ?

A

Environ 40 millions

49
Q

Vrai ou faux : La transmission du VIH se fait plus rapidement qu’auparavant.

A

Faux. La transmission a beaucoup ralentie au cours des 20 dernières années grâce aux programmes de prévention.

50
Q

Quelle est la population la plus ciblée par le VIH (âge)? D’autre populations ?

A
  • Les personnes âgées de 15 à 49 ans (1 personne sur 100)
  • Les enfants sont beaucoup touchés maintenant
51
Q

En quelle année le VIH a-t-il été isolé pour la première fois ?

A

1983 à l’Institut Pasteur à Paris

52
Q

Taxonomie du VIH

A
  • Famille des Retroviridae
  • Lentivirus
  • Rétrovirus complexe
53
Q

Nommez les deux espèces de VIH et leurs groupes/sous-groupes. Donnez également la distribution de chaque espèce.

A

VIH-1 : M, N, O et P. Distribué globalement.
VIH-2 : Majoritairement en Afrique de l’Ouest.

** Dans chaque groupe il y a plusieurs clades. Chaque clade est répandu géographiquement.

54
Q

Vrai ou faux : Nous soupçonnons que le groupe M du VIH-1 a surgir dans la population africaine via la zoonose d’un chimpanzé.

A

Vrai (au début des années 1900). Le sérum de référence a été obtenu en 1959 de la ville de Kinshasa (DRC).

55
Q

Vrai ou faux : L’évolution du virus était plus lente après la deuxième guerre mondiale.

A

Faux. Elle était plus rapide et a donné lieu à au moins 10 sous-types.

56
Q

Quel groupe + sous-type est responsable de l’épidémie en Amérique du Nord ?

A

Groupe M sous-type B.

57
Q

Gaetan Dugas était-il le patient 0 en Amérique du Nord ?

A

Non. On pense que c’était quelqu’un d’autre en Haïti en 1969.

  • Le patient 0 est techniquement un primate non-humain

** Gaetan Dugas was still a dick

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