Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

b3 > Gen-ekspression og teknikker (F13+F14) > Flashcards

Gen-ekspression og teknikker (F13+F14) Flashcards

1
Q

Hvad er gen-ekspression? hvorfor?

A
  • Alle celler indeholder hele genomet
  • hvilke gener, der udstrykkes, reguleres af transkriptionsfaktorer
  • fra genotype til fænotype
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad er transkriptionsfaktorer?

A

kontrollorer genudtrykket ved at være aktivator eller repressor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad er specielt ved prokayoter?

A
  • ingen cellekerne
  • ingen introns
  • ingen histoner og nukleosomer
  • cirkulært DNA
  • transkription-translation kobling
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvordan udtrykkes gener i mRNA i prokaryoter?

A
  • flere gener er lokaliseret i operons med 1 fælles promoter
  • alle gener udtrykkes i et stort polycistronisk mRNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvordan reguleres gen-ekspression i prokaryoter?

A
  • negativ kontrol = repressor
  • positiv kontrol = aktivator
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvilke mekanismer er der i negativ kontrol?

A

Inducer
- repressor er bundet
- fjerner den = gen aktiv

Co-repressor
- repressor er ikke bundet
- sætter den på = gen inaktiv

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvilke mekanismer er der i positiv kontrol?

A

inducer
- aktivator er ikke bundet
- sætter den på = gen aktivt

inhibitor
- aktivator er bundet
- fjerner den = gen inaktivt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad er en sigmafaktor?

A
  • vejviser, som også binder RNA polymerasen
  • koordinerer flere operons
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

De vigtigeste niveauer af regulering af eukaryoter?

A
  • Selve DNA kromatin-modellering, DNA-methylering og andre typer
  • Transkription faktorer og mediator kontrol
  • Translation kontrol
  • mRNA levetid
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvad er kromatin modellering?

A

modellering i eu- og heterokromatin.

HAT’s –> mere eu
- acetylerer histonhaler
- mindre positiv ladning
- løs pakning til negativ DNA

HDAC –> mere hetero
- deacetylere histonhaler
- mere positiv ladning
- tæt pakning til negativ DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvad er DNA-methylering?

A

DNA methyltransferaser
- methylerer cystesin-rester
- sker ved CG’ør
- inaktivere gener

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvilke andre måder kan DNA reguleres? (hvilke gen regulationer)

A
  • rekombination = sammensætning af gen-regioner
  • Gen-translokation = stykke flyttes mellem 2 kromosomer
  • Gen-amplifikation = udvide gen med et stykke
  • Gen deletion = mangler et stykke
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan reguleres transkriptionen?

A
  • basale regulering (er nødvendig)
  • specifik regulering
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er de basal regulering? hvor?

A

basal transkriptionskompleks
- RNA polymerase II
- generelle transkriptionsfaktorer (TF2)

hvor
- binder til TBP
- –> sidder på TATA-box
- –> sidder i core promotor region

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er specifik regulering? hvor?

A

specifikke transkriptionsfaktorer for genet
- aktivatorer (øger)
- repressorer (hæmmer)

hvor
- sidder opstrømsk i promoter
- enhancer- og silencerregioner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad er mediatoren?

A
  • Sidder mellem basale og specifikke TF’er = loop dannes
  • er Co-aktivator og/eller co-repressor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvordan kan transkriptionsfaktorene reguleres?

A
  • Hormoner og andre væsktfaktorer binder til receptorer
  • fosforylerings respons
  • regulation af TF
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er en transkriptionel kaskade?

A
  • TF er aktivator for et produkt
  • dette produkt fungerer som ny aktivator for et andet gen
  • fortsætter sådan = amplificeret signal, som giver kaskade
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvordan kan pre-mRNA reguleres post-transkription?

A
  • alternativ splicing
  • RNA editing (ændring af base efter transkription)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvordan reguleres translationen?

A
  • Initieringskomplekset kan reguleres med initieringsfaktorer
  • kontrol med miRNA og RNA interferens
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Eksempel på regulering af initieringsfaktor

A

i røde blodlegemer uden kerne:
hæm-reguleret inhibitor-kinase
- hæmmer fosforylering af eIF2
–> mere aktiv
–> mere translation

22
Q

Hvad er kontrol med miRNA? dannelse og funktion

A

dannelse
- miRNA koder ikke (eks. intron)
- kompleks med dicer
- guide strand fra miRNA binder til RISC

funktion
- finder target mRNA vha. RISC
- inducerer nedbrydning
- blokerer translation

23
Q

Hvad er RNA interferens?

A

kan slå et gen ned i kort eller lang periode

  • miRNA fra genom (kan ramme flere)
  • siRNA kommer udefra (er mere speficik)
24
Q

Hvordan reguleres mRNA levetid?

A
  • Poly(A)-hale: kort hale, fordi meget er nedbrudt = gammelt mRNA
  • specifikke proteiner kan binde og beskytte
25
Q

Hvad er restriktionsenzymer? egenskaber

A

endonukleaser, som
- er sekvensspecifikke (palindrome)
- kan skærer forskudt = sticky ends
- kan skærer lige = blunt ends

26
Q

Hvad kan restriktionsenzymer bruges til?

A

at lave rekombinant DNA fra 2 forskellige organismer
- samme enzym skærer stykker (sticky ends) fra hvert DNA
- DNA ligase sætter dem sammen

27
Q

Hvad betyder det at lave amplifikation af DNA sekvensen?

A

klone/ lave identiske kopier af DNA sekvensen

28
Q

Hvilke teknikker anvendes til aplifikation af DNA sekvens?

A
  • DNA kloning
  • PCR
29
Q

Hvad er DNA kloning?

A
  • restriktionsenzym danner rekombinant plasmid med gen vi vil have med.
  • sendes ind i bakteriecelle = mange kopier
  • men bliver resistent for noget antibiotika (så det fjernes)
30
Q

Hvad er PCR

A

Polymerase chain reaction
- denatunering
- annealing
- elongering

31
Q

Hvad er denatunering i PCR?

A

adskille DNA strengene ved opvarmning til 90-95 grader

32
Q

Hvad er annealing af PCR?

A
  • sænke temperatur til 50-60 grader
  • overflod af primere sætter sig på DNA som den nye strengs 5’-ende
33
Q

Hvad ellongering af PCR?

A
  • hæve temperatur igen til 65-72 grader
  • taq-polymerase (DNA) som er varmestabil begynder syntesen mod genets 3’ ende
34
Q

Kan man lave PCR analyse af RNA?

A

ja, men det skal først laves om til DNA ved reverse transkriptase = cDNA

35
Q

Hvordan kan man identificere DNA-sekvenser?

A

med prober
- lille stykke DNA
- mærket eller farvet
- hybridisere og binder specifikt til det vi vil se.

36
Q

Hvad er DNA micro-arrays?

A

glasplade hvor der kan identificeres DNAs tilstedeværelse i celler
- probe viser specifikt DNA i bestemt farve
- man kan sammeligne f.eks. normale celler og kræft celler ved at give flere DNA sekvenser forskellige farve prober

37
Q

Hvad er in situ hybridisering?

A

kan lokalisere specifikt DNA og RNA i biologiske strukturer (direkte hvor de er)

38
Q

Hvad er gel elektroferase?

A

seperation af DNA i stykker
- tilsætter DNA i brønd
- strøm til så det vil vandre mod positiv pol
- gelen er et net = små stykker når længst
- probe mærker DNA = bånd kommer frem

39
Q

Hvad er gelen lavet af? funktion?

A
  • Agarose gel = adskille store stykker DNA, eks. PCR fragmenter
  • Polyacrylamid = adskille enkelte nukleotider
40
Q

Hvad er DNA sekventering? teknik til at gøre det?

A
  • kortglægge rækkefølgen af baser

teknikker
- sanger-sekventering
- next generation sequencing

41
Q

Hvad skal bruges til Sanger sekventering?

A
  • RNA polymerase + NTP = primer
  • DNA polymerase + dNTP = syntetisere sekvens
  • andre enzymer til DNA syntese (ligase og RNAase H)
  • ddNTP for at stoppe syntesen
42
Q

Hvad er ddNTP? funktion?

A
  • nukleotid, hvor både C2 og C3 kun er bundet til et H
  • terminere syntese
43
Q

Hvordan kan ddNTP bruges til at sekventere?

A
  • Hver ddNTP er jo en af baserne = syntesen stopper ved netop den base
  • ved at bruge gelelektroferase
  • 1 type ddNTP puttes i hver brønd = giver bånd ud fra hvor netop den type base er i længden.
  • længst fra brønd = kortest = tættest på primer (5’-ende)
44
Q

Hvorfor er det smart at bruge PCR?

A
  • hurtig og sensitiv
  • kan analysere mange prøve ad gangen
  • kræver meget lille startmateriale
45
Q

Hvad er polymorfismer?

A

hyppige DNA-sekvens-variationer i en population
(ofte ikke sygdom)

46
Q

Hvad er genterapi?

A

gen editing med CRIPSR/CAS9
- primitiv immunsystem
- CAS9 protein og sgRNA (single guide) genkender sekvenser
- klipper hele DNA over og laver reperation

47
Q

Hvilke typer gen editing er der? (reperation)

A
  • homolog: gen korrigeres med donor nukleotid
  • non-homolog: gen knock-out uden nukleotid (aflæsning fuckes up)
48
Q

Hvordan kan man undersøge proteiner?

A
  • proteomics / 2D gelelektroforase = seperation efter størrelse med flourescent
  • mass spectrometry
49
Q

Hvad er mass spectrometry?

A

protein fra gel eller biopsi
- adskilles i peptider
- peptidsekvens og masse undersøges i mass spectrometer = bestemme protein

50
Q

Hvad er NGS?

A

Next generation sequencing
- DNA fragmenter får adaptor så de binder til flowchart
- DNA bøjer + primere aplificere DNA fragment + dissociation = stor cluster.
- aplifikation sker med dNTP’er, hvor hver base er flourescent til at vise forskellige farver
- sekventering. Rækkefølge synliggøres med flourescenterne 1 ad gangen.

b3 (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions