16 - transpozicija Flashcards
kaj je transpozicija
je uravnavan prenos definiranih delov/fragmentov DNA - transpozonov znotraj ene ali med različnimi molekulami DNA. pri tem sodelujejo transpozaze, ki so zapisane na transpozicijskem elementu. če poteče znotraj ene DNA - intratranspozicija; če poteče med različnimi DNA - intertranspozicija
najprej so opisani pri koruzi
ali so transpozicijski elementi prisotni pri vseh organizmih
da
v našem telesu jih je večina neaktivnih
kako je s spolnimi celicami
v spolnih celicah imamo RNA ki prpereči transpozicijo ker je škodljiva
pomen transpozicijskih elementov
raznos rezistence
pri prokariontih: rezistence proti protimikrobnim učinkovinam
zakaj je danes rezistenc toliko več kot včasih
Zaradi antibiotikov, ker jih je veliko več odkritih. Način detekcije je bil včasih bolj kompliciran kot danes, danes se pošlje sekvencirat in dobiš takoj informacije o celotnem genomu. Ko imamo enkrat sestavljeno sekvenco genoma takoj dobiš rezistenčne gene, transpozicijske elemente.
značilnosti Tn
a. direktni ponovitvi, dolgi od 3 do 12 bp, tarčnega zaporedja, ki ju najdemo na obeh straneh Tn-elementa in se ne prenašajo skupaj z njim;
b. na konceh večine elementov sta končni obrnjeni ponovitvi (IR) (obrnjeni komplementarni zaporedji), dolgi od 9 do 40 bp;
c. IR so spoznavna zaporedja za encime, ki omogočajo transpozicijo.
zakaj imajo obrnjena zaporedja
Ker to omogoča določene strukturne značilnosti, ki jih prepozna transpozaza.
Pri B obrnjene ponovitve, pri E pa v isto smer obrnjene ponovitve
delitev transpozicijskih elementov
DNA transpozoni
Retrotranspozoni
DNA transpozoni
- razred ll
- prokarionti
- ZGRADBA: kratke obrnjene ponovitve, kratka ponovitev tarčnega zaporedja
- geni za transpozazo
- transpozicija poteka preko DNA (replikativna ali nereplikativna)
retrotranspozoni
razred l
- ZGRADBA: dolge direktne ponovitve, kratke ponovitve tarčnega zaporedja
- geni za reverzno transkriptazo
- transpozicija poteka preko RNA intermediata
- evkarionti
kako delimo bakterijske transpozicijske elemente
na transpozone (Tn) in insercijske sekvence (IS).
transpozoni
transpozoni so lahko sestavljeni ali nesestavljeni.
primeri sestavljenih: Tn5, Tn9 in Tn10 …. imajo dve IS in karbo gen
primeri nesestavljenih: Tn3, Tn7 in Tn21…. imajo gen za transpozazo, resolvazo in cis mesto res
sestavljeni nastanejo tako, da dve insercijski sekvenci omejita nek gen z desne in leve strani.
prestavljajo se z repikativno transpozicijo (nesestavljeni in pri tem nastane konjugativni transpozon) oz z nereplikativno trasnpozicijo (sestavljeni)
ali so integroni in genomski otoki sami po sebi mobilni
ne
mobilni postanejo ko se vključijo v transpozicijski element, ki mora biti konjugativen. vključiti se mora v plazmid ali fagni genom.
bakteriofag MU
mutatorski fag (MU) je transpozon, ki se je sposoben integrirat v kapsido in prenesti v drugo celico kot fag
vstavitev je naključna (kar je neobičajno). uporabljamo ga za pripravo naključnih insercijskih mutacij - replikativna transpozicija
podvojuje se kot transpozicijski element, shranjen kot fag
uporaba transpozicijskih elementov
insercijska mutageneza
priprava genskih fuzij
za ugotavljanje frekvenc prenosa rezistenc
proučevanje avtoinduktorjev
