Clone par clone et Annotation structurale - CC1 Flashcards
La méthode clone par clone du séquencage de génome complet se fait en deux étapes : lesquelles ?
D’abord, on établit une carte physique du génome en ordonnant les clones selon leur taille.
Puis, on fragmente et on séquence ces clones de grande taille.
Quels sont les avantages et inconvénients du clone par clone ?
Avantage: moins d’erreur, plus adaptés à des génomes complexes. Inconvénient : établir la carte physique, et cher.
Est-ce que la qualité des génomes séquencés qu’on peut obtenir est toujours la même ?
Non, pas du tout : la qualité dépend de nombreux facteurs. Une qualité plus haute est trouvée pour la recherche fondamentales que pour la recherche appliquée.
Après avoir obtenu les séquences, on fait quoi ?
Il faut décoder le génome, en faisant des tests fonctionnels dessus (couteux en temps et argent) ou en faisant des aproches in silico (mais prédictions -> erreurs)
Que va-t-on annoter lorsque le génome est étudié ?
On localise les éléments structuraux : gènes pour protéines, non coants, répétées ? On annote les produits du génome. On dresse des voies métaboliques, des familles de prots etc.
Qu’appelle-t-on la synténie ?
conservation de l’ordre des gènes entre les espèces.
Que sont les gènes codants pour les ARNs non traduits ?
Les gènes qui codent pour les ARN ribosomiques et ARNt. Ces séquences sont très conservées et bien connues.
Quel programme permet de détecter les séquences propres au codage de l’ARNt ?
tRNAscan
Que recherche-t-on au niveau des gènes codant, pour les procaryotes lorsque l’on fait de l’annotation structurale ?
On recherche des ORF
des unités de traduction (Shine/Dalgarno en 5’ du codon initiateur).
On recherche des unités de transcriptions, ou opérons.
Que recherche-t-on au niveau des gènes codant, pour les eucaryote lorsque l’on fait de l’annotation structurale ?
La structure en introns/exons.
Les 5’ UTR et 3’UTR.
Les promoteurs et sites de PolyA.
Quels difficultés de faire l’annotation structurale des gènes codant chez proca ? Euca ?
Chez les proca, les gènes sont chevauchants. Et chez les eucariotes, une faible portion du génome est codante et il y a beaucoup d’introns (pb avec l’épissage).
Dans les ARN de transfert, quelle structure est mieux conservée ?
La structure secondaire.
Qu’est-ce que une séquence codante ou CDS ?
Comment par un codon init (ATG ou GTG ou TTG)
Se termine par codon de term (TAA TAG TGA)
A une taille multiple de 3 sans les introns.
Qu’est-ce qu’une ORF ?
C’est une séquence codante qui peut contenir un gène.
Quels problèmes avec annotation structurale des ORF et CDS ?
Le gène peut être sur l’un ou l’autre des brins.
Plusieurs phasesde lectures possibles.
Chez les eukaryotes, les exonsintrons rendent les ORF discontinues.
