Annotation fonctionnelle, similarité - CC1 Flashcards
Donner les raisons principales de prédire la fonction d’une protéine.
Comprendre le fonctionnement du génome
Difficultés à le faire expérimentalement.
Donner les 6 fonctions qu’on peut prédire de manière automatique.
Fonction prot Domaine fonct. Modif post-traducton Structures Localisation Interactions
Qu’appelle-t-on gènes ubiquitaires ?
Ce sont les gènes codant pour des protéines retrouvées dans une très grande partie de l’organisme.
Quelle démarche permet-elle de déterminer la fonction de gènes spécifiques de l’organisme ?
On cherche d’abord la fonction des gènes ubiquitaires, ce qui est assez facile. Ensuite, on est capables de trouver celle de gènes spécifiques.
En quoi est-il plus pratique d’analyser au niveau protéique que nucléique ?
Il y a seulement 4 possibilités pour nucléique : ATGC. Or, si on veut obtenir un signal précis, sans bruit, plus il y a de possibilités de codage mieux c’est (20aa). En plus, facilité par la redondance des codons qui codent pour un même AA:
Comment fait-on l’annotation fonctionnelle ?
On essaye de comparer aux séquences des banques pour trouver des similarités.
Qu’indique une similarité entre les séquences des banques/celle de notre protéine ?
Une fonction biologique proche
Une structure 3D proche
Une origine commune, évolutivement parlant.
Quelle est la différence entre une notion de similarité et une notion d’homologie ?
Similarité : peut se quantifié, car + ou - similaires. L’homologie ne se quantifie pas, car les séquences le sont ou pas. Indique une origine commune.
Qu’est-ce que l’homologie ?
Ce sont des gènes issus d’une séquence ancestrale commune. Peut y avoir eu un évenement de spéciation, faisant qu’il y a la même fonction, ou de duplication + divergence.
Une similarité importante peut signifier…
… que une homologie est possible.
Quelles limites pour les prédictions ?
Il faut que ces séquences aient déjà été identifiées ailleurs pour pouvoir les prédire.
Si imprécision dans la prédiction par similarité, propagation sur la séquence d’interêt.
Est-ce que similarité = même fonction ?
NOPE
En résumé, quels problèmes avec les programmes prédictifs ?
Tendance à faire des erreurs.
Quels interêt à séquencer des génomes ?
Interêt pour comprendre l’evolution, intérêts médicaux, + modèles.
Définir métagénome.
Ensemble des génomes des populations bactériennes d’un milieu donné.
