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MCB-1908 (Intro à la microbiologie) > 6- Caractérisation et classification des microorganismes > Flashcards

6- Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards

1
Q

Sur quoi est basée la hiérarchie des taxons?

A

Sur une proportion de caractères communs

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Q

Pourquoi dit-on que la hiérarchie des taxons est non chevauchante?

A

Parce qu’un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie

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3
Q

Quel est le taxon de base?

A

Espèce

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4
Q

Quels sont les 7 taxons (en ordre)?

A
  1. Espèce
  2. Genre
  3. Famille
  4. Ordre
  5. Classe
  6. Phylum
  7. Domaine
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5
Q

Quel est le groupe le plus homogène des taxons?

A

Espèce

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6
Q

Quels sont les 3 éléments composants la taxonomie ?

A

1) Identification
2) Nomenclature
3) Classification

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7
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure?

A

Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques

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8
Q

Qu’est-ce qu’une souche?

A

Tous les descendants (sous-culture/isolat) d’une culture pure

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9
Q

Dans le contexte des cultures pures, à quoi correspond l’espèce?

A

Groupe de souches dont les caractéristiques sont presque identiques

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10
Q

Qu’est-ce qu’une souche type?

A

Souche (fréquemment la 1ère), possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce

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11
Q

Quels sont les 2 centres de références des souches?

A

1) American Type and Culture Collection
2) National Type Culture Collection

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12
Q

Quel pourrait être un exemple d’espèces de souches?

A

Escherichia Coli de différents individus

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13
Q

Vrai ou faux. Dans une espèce de souches, tous les membres du groupes sont identiques.

A

Faux, 75-85% est identique, mais le reste est différent

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14
Q

Quel est le préalable pour procéder à l’identification d’un organisme?

A

Avoir une culture pure

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15
Q

Selon quels 8 caractères de type peut-on faire l’identification d’un organisme?

A
  • Morphologie
  • Composition chimique
  • Physiologie
  • Métabolisme
  • Génétique
  • Interactions avec l’hôte
  • Écologie
  • Moléculaires
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16
Q

Selon quels critères peut-on identifier la morphologie d’un organisme? (3)

A
  • Taille, forme, arrangement
  • Structure cellulaire/endospore
  • Réaction aux colorants
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17
Q

Selon quels 2 critères peut-on identifier la composition chimique d’un organisme?

A
  • Membrane
  • Paroi cellulaire
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18
Q

Qu’est-ce qui peut différer dans la membrane des organismes?

A

Types de lipides et d’alcools (Ex: archae vs eubactérie)

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19
Q

Qu’est-ce qui peut différer dans la paroi cellulaire des organismes?

A
  • Polysaccharides
  • Protéines
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20
Q

De quoi peut être faite la paroi cellulaire des organismes?

A
  • Peptidoglycane (eubactéries)
  • Pseudomuréine (archaea)
  • Cellulose (mycètes/algues)
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21
Q

Selon quels critères peut-on identifier la physiologie d’un organisme?

A
  • Éléments nutritifs
  • Conditions d’incubation
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22
Q

À quoi correspondent les conditions d’incubations?

A
  • Température
  • O2
  • Lumière
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23
Q

Selon quels critères peut-on identifier le métabolisme d’un organisme?

A
  • Produits finaux de fermentation
  • Enzymes extracellulaires
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24
Q

Quelles peuvent être les enzymes extracellulaires d’un organisme?

A
  • Protéines
  • Exotoxines
  • Hémoglobines
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25
Q

Selon quels critères peut-on identifier la génétique d’un organisme?

A
  • Composition en bases G+C
  • Nombre de chromosomes
  • Plasmides
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26
Q

Avec quel instrument peut-on identifier la composition en bases G+C?

A

Un spectrophotomètre UV

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27
Q

À quoi correspond la composition en bases G+C%?

A

Au ratio (G+C)/(A+T)

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28
Q

Quelle est la longueur d’onde d’absorption des acides nucléiques?

A

260 nm

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29
Q

Vrai ou faux. L’absorbance diminue lors de la séparation des brins d’ADN.

A

Faux, elle augmente

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30
Q

Comment est la densité optique selon les 2 formes d’ADN?

A

Densité optique monocaténaire est 2x plus élevée que bicaténaire

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31
Q

Qu’est-ce que la température de fusion de l’ADN?

A

Température lorsque la moitié des brins sont séparés

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32
Q

Quel est le lien entre la composition en bases G+C et la température de fusion?

A

Plus la composition en bases G+C est élevée, plus la température de fusion sera élevée

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33
Q

Pourquoi un grand nombre de bases G+C augmente la température de fusion?

A

Car ils sont reliés avec 3 liens hydrogènes, comparés à 2 pour les bases A+T

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34
Q

Vrai ou faux. La composition en bases G+C est exclusive à une espèce.

A

Faux, elle est typique, mais pas exclusive (plusieurs espèces peuvent avoir la même composition)

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35
Q

Comment est la valeur intragenre de la composition en bases G+C?

A

Très similaire

36
Q

Quelle est la composition en bases G+C des plantes et animaux?

A

30-50%

37
Q

Quelle est la composition en bases G+C des microorganismes?

A

25-80%

38
Q

Selon quels critères peut-on identifier les plasmides chez un microorganismes?

A

Tailles, nombre, gènes plasmidiques

39
Q

Selon quels critères peut-on identifier les interactions avec l’hôte chez un microorganisme?

A
  • Pathogénicité
  • Symbiose
40
Q

Qu’est-ce que la pathogénicité?

A

Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes

41
Q

Qu’est-ce que la spécificité d’hôte?

A

Un humain ne peut pas attraper le sida de son chat (l’humain n’est pas un bon hôte pour le virus d’immunodéficience félin)

42
Q

Chez quels types d’organismes retrouve-t-on des cas de symbiose?

A

Plantes et poissons

43
Q

Selon quels critères peut-on identifier l’écologie d’un organisme?

A
  • Habitat d’où provient l’isolat
  • Niche écologique
  • Rôles dans les cycles de la matière
44
Q

Qu’est-ce qu’une niche écologique?

A

Rôle d’un espèce dans le fonctionnement d’un écosystème

45
Q

Selon quels critères peut-on identifier les caractères moléculaires d’un organisme?

A
  • Composition des séquences protéiques et nucléiques
  • Hybridation d’acides nucléiques (ADN-ADN)
46
Q

Comment appelle-t-on une séquence d’ADN présente chez tous les organismes d’un espèce?

A

Séquence signature

47
Q

À quoi sert l’hybridation d’acides nucléiques?

A

À regarder la complémentarité des séquences d’ADN chromosomique

48
Q

Combien de % d’hybridation doit-il y avoir pour qu’on considère que deux organismes font partie de la même espèce?

A

80%

49
Q

Quelles sont les 4 étapes de l’hybridation ADN-ADN?

A
  • 2 séquences
  • Marquage
  • Chauffage
  • Hybridation
50
Q

Dans quels 2 ouvrages peut-on retrouver la compilation des caractères et la comparaison avec espèces connues?

A
  • Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
  • Manuel d’identification pour microorganismes eucaryotes
51
Q

Quel est le processus pour attribuer un nom à une nouvelle espèce identifié

A

Soumettre au comité international de systématique des procaryotes/eucaryotes nos obervations

52
Q

Comment appelle-t-on la nomenclature crée par Carl von Linné?

A

Nomenclature linnéenne

53
Q

Par quoi doivent commencer le genre et l’espèce dans la nomenclature binomiale?

A

Genre avec une majuscule et espèce avec une minuscule

54
Q

Que nous donne comme information le genre bacillus?

A

Forme de la cellule sphérique

55
Q

Que nous donne comme information le genre lactococcus?

A

Environnement (laitier) et forme (ronde)

56
Q

Que nous donne comme information le genre pyrococcus?

A

Pyro = feu, donc croît à température élevée, et coccus = forme ronde

57
Q

Nommer 2 exemples de genre nommés ainsi en raison de leur découvreur.

A
  • Pasteurella (Pasteur)
  • Neisseria (Neisser)
58
Q

Quels sont les types de classification des organismes?

A
  • Naturelle
  • Phénétique
  • Numérique
  • Phylogénétique
  • Polyphasique
59
Q

Qu’est-ce que la classification naturelle?

A

Classification selon la nature biologique des organismes (anatomiques)

60
Q

Quelle a été la première classification avant la technologie?

A

La classification naturelle

61
Q

Qu’est-ce que la classification phénétique?

A

Selon la similarité des caractères phénotypiques (morphologiques, métaboliques, génétiques)

62
Q

Qu’est-ce que la classification numérique?

A

Comparaison de plusieurs organismes en les comparant 2 par 2 et avec un minimum de 50 caractères

63
Q

Qu’est-ce que le coefficient d’appariement?

A

Valeur entre 2 organismes qui détermine leur proximité au niveau des caractères

64
Q

Qu’est-ce que le pourcentage de similarité?

A

Nombres de caractères similaires/nombre total de caractères

65
Q

Sous quelles formes sont représentées les % de similarité?

A

Sous forme de dendogrammes

66
Q

À quoi correspondent les embranchements dans un dendogramme?

A

Ils relient les branches aux pourcentages de similarité

67
Q

Quelle est la principale limite de la classification numérique?

A

Pondération des caractères

68
Q

Pourquoi dit-on qu’il n’y a pas de pondération différentielle dans la classification numérique?

A

Parce que tous les caractères ont le même “poids”

69
Q

Qu’est-ce que la classification phylogénétique?

A

Basée sur les ancêtres communs et les relations évolutives probables

70
Q

Pourquoi la classification phylogénétique pose problème pour les procaryotes?

A

Car il existe très peu de fossiles utiles

71
Q

Pourquoi dit-on que la classification phylogénétique agit comme chronomètre moléculaire?

A

Parce qu’elle donne des informations sur l’évolution des séquences de gènes/protéines/mutations conservées avec le temps

72
Q

Quelle information peuvent nous donner les différences dans les régions variables de l’ARN ribosomique?

A

Plus il y a de différences, plus il y a du temps depuis la divergence avec un ancêtre commun

73
Q

Qu’arrive-t-il s’il y a une mutation dans une région conservée ou variable de l’ARN ribosomique?

A

Conservée: gros problème (arrête de se multiplier)

Variable: n’altère pas la fonction

74
Q

À quoi correspondent les noeuds sur l’arbre phylogénétique?

A

Aux événements de divergence

75
Q

Compléter la phrase. La longueur des branches dans l’arbre phylogénétique augmente avec…

A

L’augmentation des changements moléculaires

76
Q

Qu’est-ce que la classification polyphasique?

A

Donne des informations phénétiques et phylogénétiques

77
Q

Vrai ou faux. La classification polyphasique est conservée et stable

A

Faux, il y a des remaniements continus

78
Q

Comment classait les microorganismes Linnaeus en 1753?

A

Selon l’anatomie, il y avait 2 règnes: animaux et plantes

79
Q

Comment classait les microorganismes Haeckel en 1865?

A

Ajout d’un 3e règne: les protistes (tout ce qui n’est pas animaux et plantes)

80
Q

Comment classait les microorganismes Whittaker en 1969?

A

Selon la nutrition et l’organisation cellulaire, il y a 5 règnes:

  • Monera
  • Protista
  • Animalia
  • Fungi
  • Plantae
81
Q

Comment classait les microorganismes Woese en 1977?

A

Selon l’approche phylogénétique, il y a 3 domaines:

  • Eucarya
  • Bacteria
  • Achaea
82
Q

Que signifie LUCA?

A

Last Universal Common Ancestor

83
Q

Comment est le chromosome des mitochondries et des chloroplastes?

A

Unique et circulaire

84
Q

Qu’est-ce que la théorie de l’endosymbiose?

A

Symbiose à l’intérieur de la cellule (une cellule a ingéré une mitochondrie/chloroplaste)

85
Q

Quel type d’organisme est l’ancêtre des mitochondries?

A

Bactérie (Rickettsia)

86
Q

Quel type d’organisme est l’ancêtre des chloroplastes?

A

Cyanobactéries (Prochloron)

87
Q

Quel est un exemple d’endosymbiose récente et multiple?

A

Cyanophora paradoxa (peptidoglycane)

MCB-1908 (Intro à la microbiologie) (10 decks)

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