Basgruppsfall 5 - Translationen i lönnmördarens tjänst Flashcards
Vilket är det centrala dogmat inom molekylär biologi?
Det centrala dogmat är att flödet av genetisk information går från DNA till RNA till protein.
Vad blir slutresultatet av transkriptionen?
messenger RNA (mRNA)
Vad är det som transkriberas? Vilket enzym är det som genomför transkriptionen?
Det är generna i genomet som transkriberas till RNA. Det är RNA-polymeras II som genomför transkriptionen.
I vilken riktning rör sig polymeras?
Den rör sig i 5’ till 3’- riktning. En nukleotid kan bara adderas i 3’ änden!
Kräver RNA-polymeras, likt DNA-polymeras, en primer för att starta?
Nej.
Vad finns före varje DNA-sekvens som skall transkriberas?
Före varje DNA-sekvens som skall transkriberas så finns det en en promotor (del av genen som kommer innan första exonet). I promotorn finns en TATA-box som innehåller A- och T-nukleotider. Den finns ungefär 25-30 nukleotider före starten.
Vad krävs för att transkriptionen skall starta?
För att transkriptionen skall starta så krävs det transkriptionsfaktorer. En sådan transkriptionsfaktor innehåller TATA-binding protein (TBP), vilket binder till TATA-boxen. Efter det ansluter ytterligare transkriptionsfaktorer.
Till slut så ansluter RNA-polymeras II, som blir fosforylerat av en transkriptionsfaktor (energi krävs med andra ord). Efter ett antal fosforyleringar så kan polymeraset släppa, och påbörja transkriptionen.
Vad händer med transkriptionsfaktorerna efter att transkriptionen startat?
De flesta lämnar och hjälper till att initiera transkription på andra platser.
Hur sker elongeringen i transkriptionen?
RNA-polymeras II vandrar längs med DNA-kedjan och bildar ett primärt mRNA genom att fästa komplementära kvävebaser efter mallkedjan av DNA. DNA-helixen öppnas och stängs med samma hastighet i replikationsbubblan så att det hela tider är ungefär 17 baser oparade.
I vilket riktning läser RNA-polymeras av DNA-strängen? I vilken riktning byggs det nya transkriptet på?
RNA-polymeras läser av DNA-strängen i 3’ till 5’ på template strand.
RNA-polymeras bygger det nya transkriptet i 5’ till 3’- riktning. NYA NUKLEOTIDER KAN ENDAST FÄSTAS PÅ 3’!!
Hur får RNA-polymeras sin energi för att kunna bygga på nukleotider?
Det får den genom fosforylering av trifosfaten ATP, CTP, GTP samt UTP (man klyver alltså bindningarna härmellan, och använder sedan AMP, CMP, GMP och UMP som byggstenar).
Det finns tre posttranskriptionella modifieringar, vilka tre är det? Beskriv dem ytterst kortfattat.
Polyadenylering = fästande av en poly-A-svans.
Capping = 5’ änden består av en reaktiv fosfatgrupp. Den skyddas därför med en 5’ cap.
Splicing = klipper bort introner.
Beskriv polyadenyleringen.
När transkriptionen närmar sig slutet av en gen så sker polyadenylering. Det finns signaler i genomet som visar var 3’ änden av mRNA finns. Detta får cleavage stimulation factor (CstF) och cleavage and polyadenylation specicity factor (CPSF) till att binda in. De klipper av mRNA-strängen, och lockar poly-A polymerase (PAP) till att addera ungefär 200 adeninnukleotider till den avklippta 3’ änden av strängen.
Efter att adeninnukleotider har fästs av PAP till mRNA, vad sker?
Poly-A-binding proteins hjälper till att bestämma längden på svansen av A-nukleotider, och bidrar även med stabilitet.
Beskriv capping.
Capping sker när transkriptionen har syntetiserat ungefär 25-30 nukleotider av mRNA. Ett enzymkomplex katalyserar adderingen av 5’ capen.
Vad är det som sköter splicingen?
Splicingen sköts av snRNA (small nuclear RNA), som består av proteiner och formar snRNP (snorps!). snRNP känner av platsen där splicingen skall ske genom “splicing sites”, vilket är specifika kvävebaser i gränsen mellan intronerna och exonerna.
Hur sker själva splicingen?
Splicingen går till genom att snRNPs binder in till “splicing sites”, och bildar en spliceosom. Branch point A har en fri 2’ OH som gör en nukleofil attack på 3’ änden av ena exonen. Detta frigör den exonen, som nu har en fri 3’ OH vilken i sin tur gör en nukleofil attack på 5’ änden. Detta frigör lariatstrukturen, och ligas sammanfogar exonerna.
Vad innebär alternativ splicing?
Alternativ splicing innebär att exonerna i mRNA kan sammanfogas på olika sätt. Med hjälp av regulatoriska proteiner så kan olika varianter komma till uttryck i olika celler/vävnader.
Vad är ett kodon?
Ett kodon är en nukleotidtriplett i mRNA. Ett kodon kodar för en specifik aminosyra.
Vad innebär det att den genetiska koden är redundant?
Det innebär att det finns fler än ett kodon som kodar för en aminosyra. Det finns 64 olika kombinationer av tripletter (4^3 = 64), men endast 20 aminosyror.
Varför visas en bild på EPA i relation till en ribosom?
Det beror på att ribosomen har tre platser, E (exit), P (polypeptid) och A (arrival). De står egentligen för något annat, men det är inte lika intressant.
Vad är ett antikodon?
Ett antikodon är tre nukleotider i tRNA som matchar till kodonet i mRNA.
Hur kopplas aminosyran på tRNA?
Aminoacyl-tRNA-synteaser är enzymer som kopplar en aminosyra till rätt tRNA.
Aminosyra + ATP + tRNA -> Aminoacyl-tRNA + AMP + PPi
Aminoacyl-tRNA-synteas kopplar ihop tRNA med aminosyran i 3’-änden, en process som kräver energi i form av ATP-hydrolys. Detta bildar ett energirikt band mellan tRNA och aminosyran, vars energi används för att länka aminosyran till den växande polypeptidkedjan.
Beskriv initiator tRNA.
Initiator tRNA är laddat med aminosyran Met och elfF2. Initiator tRNA rör sig i 5’ till 3’ riktning längs med mRNA tills det stöter på det första AUG (startkodon). Det får elfF2 till att släppa taget, och initiator tRNA med Met binder in till startkodonet i P-site, genom hydrolys av GTP till GDP.
Beskriv HELA translationen.
Translationen inleds med att den lilla subenheten vandrar längs mRNA, sökandes efter ett startkodon (AUG). När den väl har funnits så släpper elfF2 taget från lilla subenheten och möjliggör för stora subenheten att binda in. Initiator tRNA binder direkt in till P-site genom hydrolys av GTP till GDP.
Elongeringen sker genom att ett nytt aminoacyl-tRNA binder in till A-site (ifall kodonet matchar antikodonet). Detta leder till en peptidbindning mellan aminosyran i P-site och den nya aminosyran. Därefter flyttas polypeptidkedjan i P-site över till A-site. Den stora ribosomenheten flyttar sig sedan, och tRNA i P-site hamnar i E-site och tRNA i A-site hamnar i P-site. Lilla subenheten flyttar sig därefter, och då lämnar tRNA i E-site. A-site blir då ledigt för en ny aminoacyl-tRNA.
Terminering sker genom att release factors ansluter, genom att känna igen specifika stoppkodon i mRNA. De för ej med sig någon ny aminosyra.
Beskriv elongeringen i translationen.
Elongeringen sker genom att ett nytt aminoacyl-tRNA binder in till A-site (ifall kodonet matchar antikodonet). Detta leder till en peptidbindning mellan aminosyran i P-site och den nya aminosyran. Därefter flyttas polypeptidkedjan i P-site över till A-site. Den stora ribosomenheten flyttar sig sedan, och tRNA i P-site hamnar i E-site och tRNA i A-site hamnar i P-site. Lilla subenheten flyttar sig därefter, och då lämnar tRNA i E-site. A-site blir då ledigt för en ny aminoacyl-tRNA.
Beskriv termineringen av translationen.
Terminering sker genom att release factors ansluter, genom att känna igen specifika stoppkodon i mRNA. De för ej med sig någon ny aminosyra.
