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Genómica > Analisis proteómicos > Flashcards

Analisis proteómicos Flashcards

1
Q

¿Cuál es la primera conclusión sobre las comparaciones de secuencias de proteínas?

A

Las secuencias de proteínas se pueden agrupar en grupos o familias según la similitud de secuencia.

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2
Q

¿Cuál es la segunda conclusión sobre las comparaciones de secuencias de proteínas?

A

esta similitud puede limitarrse a tramos cortos de secuencia.

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3
Q

(verdadero/falso)
Estas regiones de secuencia conservadas no son generalmente regiones de importancia
funcional.

A

FALSO, si son de importancia

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4
Q

¿Cuál es el objetivo de las técnicas de clusterings?

A

identificar grupos de secuencias que son mayormente similares entre ellas y menormente
similares a las secuencias en otras agrupaciones

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5
Q

(verdadero/falso)
Todos los miembros de una superfamilia, familia o subfamilia, están relacionados evolutivamente.

A

verdadero

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6
Q

(verdadero/falso)
Los miembros de una superfamilia generalmente
tienen una estructura similar, aunque puede que no sea posible detectar la similitud de secuencia.

A

verdadero

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7
Q

(verdadero/falso)
Los miembros de una subfamilia tienen una clara
similitud de secuencia y pero no la misma función.

A

FALSO, si tienen la misma función

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8
Q

cuando hacemos análisis de clusters lo podemos analizar por patrones y perfiles. ¿De qué trata este análisis?

A

Construido a partir de múltiples alineaciones de secuencias evolutivamente relacionadas.
Incluyen secuencias de consenso, perfiles de expression regulares (PSSM) y modelos
ocultos de Markov (HMM).

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9
Q

(verdadero/falso) Cuando hacemos análisis de clusters lo podemos analizar por subsecuencias conservadas.

A

verdadero

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10
Q

¿Cuáles son las 2 formas de hacer análisis por patrones y perfiles?

A
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11
Q

Tipo de Análisis de clusters en dónde se analizan dominios:

A

análisis de subsecuencias conservadas

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12
Q

¿Qué son los dominios?

A

son tramos de secuencia que aparecen como módulos dentro de las proteínas.

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13
Q

(verdadero/falso)
Los motivos representan zonas conservadas entre las secuencias que suelen asociarse a
características funcionales del grupo de secuencias.

A

verdadero

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14
Q

Una vez que se ha construido un motivo o patrón de un grupo de secuencias puede utilizarse para:

A

1) Para asociar una nueva secuencia con la familia de secuencias que lo ha generado (si presenta el motivo es de la familia y puede que comparta sus funciones)

2) Para buscar secuencias que pertenezcan a una familia.

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15
Q

(verdadero/falso) la expresión de proteínas es un proceso dinámico.

A

verdadero

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16
Q

(verdadero/falso)
Las proteínas que se utilizan para funciones
específicas siempre pueden expresarse o
activarse.

A

Falso, no siempre pueden expresarse o activarse.

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17
Q

¿Cómo se expresan muchas proteínas?

A

de una manera dependiente del tipo de célula.

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18
Q

(verdadero/falso) La secuencia y estructura de las proteínas se utilizan para descubrir motivos que predicen la función de las proteínas.

A

verdadero

19
Q

¿Para qué sirve el historial evolutivo y secuencias conservadas de proteínas?

A

para identificar residuos reguladores clave

20
Q

¿Para qué sirve el perfil de expresión de las proteínas?

A

para revelar la especificidad del tipo de célula y cómo se regula la expresión

21
Q

¿Para qué sirven las modificaciones postraduccionales?

A

: la fosforilación,
acilación, glicosilación y ubiquitinación sugieren
localización, activación y / o función

22
Q

¿Para qué sirven las interraciones con otras proteínas?

A

la función se puede extrapolar al conocer la función de los socios de union.

23
Q

¿Para qué sirve la localización intracelular?

A

puede aludir a la función de la proteína.

24
Q

Las interacciones de proteínas se caracterizan
fundamentalmente como:

A

estables o transitorias

25
Q

(verdadero/falso) las interacciones proteína-proteína pueden ser fuertes o débiles.

A

verdadero

26
Q

¿A qué se asocial las interacciones proteína-proteína estables?

A

son aquellas asociadas con
proteínas que se purifican como complejos de
múltiples subunidades, y las subunidades de estos
complejos pueden ser idénticas o diferentes.

27
Q

Ejemplos de interacciones de múltiples subunidades que forman complejos estables (interacciones fuertes):

A
  • hemoglobina
    -ARN polimerasa
28
Q

¿Cómo se unen las proteínas entre sí en las interacciónes débiles?

A

mediante una combinación de
enlaces hidrófobos, fuerzas de van
der Waals y puentes salinos en
dominios de unión específicos en
cada proteína.

29
Q

¿En dónde generalmente se dan las interraciones débiles?

A

en la superficie de las proteínas

30
Q

Cuando hay interacciones proteina-proteína se generan reacciones biológicas como:

A
  • alteración de las propiedades cinéticas de las enzimas
  • canalización de sustratos
  • se crean nuevos sitios de unión
  • se inactivan o destruyen proteínas
  • cambia la especificidad de una proteína (alosterismo)
31
Q

La co-inmunoprecipitación tiene una interacción:

A

estable o fuerte

32
Q

¿Qué es la co-inmunoprecipitación (co-IP?

A

es una técnica popular para determinar interacciones entre proteínas

33
Q

se lleva a cabo de la misma manera que una inmunoprecipitación (IP) de una proteína
única, excepto que la proteína diana precipitada por el anticuerpo, también llamado “cebo
(bait)”, se usa para co-precipitar un complejo asociado de unión / proteína , o “presa
(prey)”, de un lisado celular. ¿Cuál es?

A

Co-IP

34
Q

¿Qué tipo de interacción tienen los pull.down essay?

A

estable o fuerte

35
Q

¿Cúal es la similitud entre los pull down essay y los Co-IP?

A

debido al uso de una matriz
de soporte para purificar proteínas que interactúan.

36
Q

son ideales para estudiar interacciones fuertes o estables o para las que no hay anticuerpos
disponibles para la co-inmunoprecipitación:

A

pull-down essays

37
Q

¿Qué tipo de interraciónven las crosslinking protein interactión analysis? (entrecuzamiento de proteínas)

A

débiles

38
Q

(verdadero/falso) los ensayos pull-down utilizan una proteína “cebo” para purificar cualquier proteína en un lisado que se une al cebo.

A

verdadero

39
Q

(verdadero/falso) El entrecruzamiento de proteínas que interactúan es un método para estabilizar o unir permanentemente los componentes de los complejos de interacción.

A

verdadero

40
Q

¿Qué tipo de interración ven las crosslinking protein interactión analysis?

A
40
Q

¿Qué tipo de interración ven las far-westen blot?

A

débiles

41
Q

(verdadero/falso) el analisis far westen blot en la detección de interacciones proteína-proteína mediante el uso
de proteínas marcadas en lugar de anticuerpos.

A

verdadero

42
Q

¿Cuál es la diferencia entre un western blot y un far westen blot?

A

el análisis far-western blot
difiere del análisis western blot, ya que las interacciones proteína-proteína se detectan mediante incubación por
electroforesis proteínas con una proteína de cebo etiquetada y purificada en lugar de un anticuerpo específico de la
proteína blanco, respectivamente.

Genómica (12 decks)

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