Aula 4 e 5 Flashcards
Quais os componentes de um modelo?
Variáveis = representam as entidades biológicas de interesse. Um sistema biologico normalmente contém muitas variáveis e é chamado de multivariável. Podem representar apenas 1 entidade ou um conjunto delas. Processos = envolvem e conectam as variáveis. Parâmetros = características numéricas do sistema (ex: pH, temp), constante durante um experimento, mas pode mudar com outro experimento.
Qual a diferença entre variável dependente e independente?
Dependente: afetada pela dinâmica do sistema. É esperado que mude sua concentração com o tempo. Independente: não é afetada pela dinâmica do sistema, mas pelo meio ou pelo experimentador.
Passos para montar a estrutura do seu modelo:
- Identificar os principais componentes do sistema (ex: genes, fatores de transcrição, metabólitos). 2. Identificar se esses componentes são dependentes ou independentes. 3. Entender as relações do sistema e quais variáveis tem influência em outras. Além disso, identificar os sinais que entram ou saem do sistema. 4. Identificar os parâmetros do sistema. 5. Traduzir as informações em equações que reflitam a estrutura escolhida para o modelo.
O que é a diagnose de modelos?
A diagnose verifica se o modelo pode ser útil. Para isso os alvos dessa análise estão tanto na parte matemática quanto biológica. São avaliadas a consistência e a robustez. A consistência tem como requisito que o fluxo de material está correto, se o equilíbrio bioquímico está correto e se todos materiais são contabilizados no modelo. A robustez é quando o modelo tolera mudanças pequenas a moderadas na sua estrutura e do ambiente. É possível avaliar robustez por exploração computacional. Na diagnose é importante avaliar se os resultados da simulação fazem sentido ou estão obviamente errados, além disso entender se as variáveis e suas relações fazem sentido biologicamente.
Na exploração computacional fazemos o que?
Questões a se perguntar: 1. O modelo atinge um steady-state? Ele deve atingir o steady-state depois de um certo período de tempo suficiente para tal. 2. Se alguns dos parâmetros mudar um pouco, qual é o efeito? Isso para poder avaliar a sensibilidade do modelo.
Como exploramols características dinâmicas dos modelos?
Como modelos são aproximações da realidade, com o tempo ele pode levar a discrepâncias no que realmente é observado. Dessa forma, na exploração testamos hipóteses relacionadas a cenários que ainda não foram usados para o modelo.
