Aula 6 e 7/ NAR Flashcards
Como representar a ligação proteína-ligante?
Expressão de equilíbrio, P+L-><- PL. A associação P+ L é definida pela constante de associação (Ka) e a separação do complexo PL é definida pela constante de dissociação (Kd).
O que é Ka e Kd?
Ka e Kd indicam a afinidade do ligante pela proteína. Quanto maior Ka maior afinidade, e quanto maior Kd menor a afinidade. Kd = concentração molar do ligante na qual metade dos sítios de interação estão ocupados.
Como é a cooperatividade no caso da hemoglobina?
Interações entre as subunidades da hemoglobina causam mudanças conformacionais que alteram a afinidade da proteína pelo oxigênio. A modulação da ligação do oxigênio permite que a proteína de transporte de O2 responda a alterações na demanda de oxigênio pelos tecidos. A ligação do O2 às subunidades individuais da hemoglobina pode alterar a afinidade nas subunidades adjacentes. A hemoglobina resolve o problema passando por uma transição de um estado de baixa afinidade (o estado T) para um de alta afinidade (o estado R) à medida que mais moléculas de O2 vão sendo ligadas. P/hemoglobina seu nH é aproximadamente igual a 3. Número alto, mas não alcança o máximo que pode (4), comportamento normal para proteinas alostericas.
O que são proteínas alostéricas e moduladores?
Proteínas alostéricas são as que têm “outras formas”, ou conformações, induzidas pela interação com ligantes deno-minados moduladores. A mudança conformacional induzi-da pelo(s) modulador(es) converte formas mais ativas em menos ativas da proteína e vice-versa. Os moduladores das proteínas alostéricas podem ser inibidores ou ativadores.
O que é cooperativadade e qual sua importância?
A cooperatividade é a combinação de diferentes fatores de transcrição em um promotor. Os monômeros presentes no meio se ligam ao DNA de formas diferentes, como dímeros. Ajuda os reguladores a acessarem o sitio de interação. Uma curva sigmoide é sinal de ligação cooperativa. Ela permite uma resposta muito mais sensível à concentração do ligante, sendo importante para a função de muitas proteínas multiméricas. As mudanças conformacionais que acontecem em decorrência da interação com o ligante transformam a proteína de um estado de baixa afinidade para um de alta afinidade, uma forma de encaixe induzido.
Como medimos a cooperatividade?
Pela função de Hill que descreve a relação proteína-ligante. O nH, ou coeficiente de Hill, é a medida do grau de cooperatividade -> indica o grau de interação entre os sítios de ligação (é o coeficiente angular da reta da curva de Hill). nH=1 -> interação com ligante n é cooperativa (pode surgir em multiméricas se as subunidades não se comunicam). nH>1 -> cooperatividade positiva. nH<1 indica cooperatividade negativa, interação de um ligante impede a interação de outros ligantes.
Por que FT’s são uma boa representação do ambiente externo? Por que eles são importantes como parâmetro para célula?
A atividade dos FT’s é afetada por sinais externos, então quanto maior ou menor um sinal as quantidades de FT’s serão modificadas. Para a transcrição e produção proteica a RNA pol depende dos Ft’s, que coordenam esse processo. Eles podem atuar tanto quanto ativadores quanto repressores. Condições e estímulos modificam a atuação do fator de transcrição. OBS dos FT’S: são básicos para poderem se ligar ao DNA que é ácido.
O que são network motifs? Como ele é estudado no artigo proposto em aula?
Padrões de interconexões que ocorrem em diferentes partes de uma rede em muito maior quantidade do que em redes randomizadas. Certos tipos simples de arranjo (denominados motivos de rede) são encontrados repetidamente em células de espécies amplamente diferentes. Padrão é aquilo que acontece em uma porcentagem alta. Eles perceberam que os motivos de rede aparecem numa frequência muito mais alta do que em situações randomicas. Isso pode significar que eles possuem funções específicas no processamento de informações da rede.
Do que é composto um grafo?
O grafo é composto por nós e arestas. Os nós representam os componentes do motivo de rede e as arestas as interações entre eles, incluindo as influências que um tem em outro.
O que é um loop feedforward?
Um FT X que regula um FT Y e ambos regulam um operon (operador) Z. X = FT geral, Y= FT especifico e Z = operador efetor. Deve ser completamente positivo ou negativo (ex: se X regula positivamente Y que regulam positivamente Z, então é coerente). Esse tipo de sistema rejeita sinais de ativação transientes (responde apenas a sinais persistentes) e garante um sistema de desligamento rápido. Tem um limiar para ativação do circuito. Pode ser utilizado em situações que há flutuação de sinais.
O que é o single input module?
Um conjunto de operadores que são regulados apenas por um FT. Estão todos sob o mesmo sinal (seja positivo ou negativo) e não tem nenhuma regulação transcricional adicional. Normalmente acontece em processos com várias etapas. O comportamento dos operados regulados depende dos limiares de cada um. O programa de expressão desse motivo resulta dos diferentes limiares de ativação dos operadores. Gene com menor limiar é o primeiro a ser ativado e o último a ser desativado.
O que é o DOR (Dense Overlapping Regulons)?
Uma camada de interações entre FT’s e operadores que se sobrepõem. Diferentes critérios podem levar a pequenas mudanças nos agrupamentos.
O que é autorregulação negativa? Qual seu efeito?
A autorregulação negativa acontece quando uma proteína sobrepassa um limiar de expressão e se encontra em excesso na célula, levando a repressão da sua expressão. Neste caso, a própria proteína produzida atua como repressora da sua expressão. É possível notar que esse tipo de feedback leva a uma maior estabilidade do que em sistemas não regulados, diminuindo a variabilidade. A transcrição caia para um nível muito baixo quando a concentração da proteína repressora estiver acima de um nível crítico
