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Collège royal micro 2024 > Bactériologie > Flashcards

Bactériologie Flashcards

1
Q

Nommez 4 types d’infections impliquant du biofilm excluant les KT/corps étranger

A
  • Sinusite chronique
  • Infections chroniques à Staph coag neg
  • Pneumonies à S. maltophilia ou B. cepacia complexe
  • Infection urinaire à Proteus sp (calculs de struvite)
  • Infection pulmonaire à M. pneumoniae
  • Infection périodontiques
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2
Q

Quels sont les mécanismes d’action du biofilm qui affectent les antibiotiques?

A
  • Altère l’efficacité des cellules immunitaires à combattre l’infection (notamment les phagocytes)
  • Métabolisme plus bas dans les bactéries dans le biofilm donc les ATB ciblant la réplication sont moins efficaces
  • Diminue l’efficacité antibiotique et sa pénétration au sein du biofilm en :
    1. pH plus bas au sein du biofilm
    2. Expression aussi des facteurs de résistance au sein du biofilm
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3
Q

What are the 2 toxins released by S.aureus causing scalded skin syndrome?

A
  • Exfoliative toxin A
  • Exfoliative toxin B
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4
Q

Nommer 3 espèces du B. cepacia complex pouvant entraîner des surinfections/exacerbations de FKP et nommer 2 milieux sélectifs permettant de les isoler.

A

Espèces:
- Cenocepacia
- Multivorans
- Vietnamiensis

  • Gélose PC (Pseudomonas cepacia)
  • Gélose BCSA (Burkholderia cepacia selective agar)
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5
Q

5 indication de faire une prophylaxie à morsure de tique

A

Tique ixodes
Dans une région où Lyme hyper-endémique
Tique attachée plus de 36h
Patient se présentant <72h
Pas de CI à la doxy

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6
Q

Quel est l’agent étiologique et le vecteur du typhus des brousailles/scrub typhus?

A

Orientia tsutsugamushi, mite borne

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7
Q

Quel est l’agent étiologique et le vecteur du typhus endémique/murine typhus?

A

Rickettsia typhi, flea borne

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8
Q

Nommer les causes les plus fréquentes d’adénite granulomateuse (chronique) chez l’enfant.

A

NTM, surtout MAC
Bartonella henselae
Toxoplasma?
Actino?

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9
Q

Quelles sont les manifestations cliniques extrapulmonaires du M. pneumoniae?

A

Hémolyse
Atteinte SNC:
- Encéphalite
- Méningite
- ADEM
- Neuropathie périphérique
Mucosite à mycoplasme (SJS-like)
Atteinte cardiaque :
- Myocardite
- Péricardite
Hépatite

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10
Q

Nommer 4 voies de pathogenèse d’abcès hépatique.

A
  • Biliaire (obstruction biliaire)
  • Contiguité (pneumonie base D/abcès pulm)
  • Trauma pénétrant
  • Portal
  • Systémique (via artère splénique)
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11
Q

Quel sinus est le plus susceptible d’être infecté et d’être la cause de la cellulite orbitaire?

A

Sinus ethmoïde

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12
Q

Quels 5 signes à l’examen physique sont indicatifs d’une cellulite orbitaire plutôt que d’une cellulite pré-septale?

A
  1. Proptose
  2. Douleur aux MEO
  3. Ophtalmoplégie (ou limitation aux MEO)
  4. Déficit pupillaire afférent
  5. Diminution de l’acuité visuelle
  6. Diplopie
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13
Q

Nommer 5 Staphylococcus à l’espèce qui peuvent causer des maladies chez l’humain mais qui proviennent d’animaux (et nommer les animaux d’où ils proviennent)

A
  • S. schleiferi: chien
  • S. intermedius: chien
  • S. sciuri: boeuf
  • S. pseudintermedius: chien
  • S. hyicus: cochon
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14
Q

Nommer les avantages de la sérologies à 2 volets modifiée (EIA suivi d’un autre EIA) plutôt que la sérologie à deux volets standards (EIA puis immuno-empreinte IgM et IgG) pour la maladie de Lyme (en place depuis 2014).

A
  • Meilleure sensibilité surtout pour infections à stade précoce
  • Moins coûteux
  • Moins laborieux
  • Moins subjectif
  • Réduction des délais d’exécution (fait localement plutôt que dans des labo spécialisés)
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15
Q

Nommer les inconvénients de la sérologies à 2 volets modifiée (EIA suivi d’un autre EIA) plutôt que la sérologie à deux volets standards (EIA puis immuno-empreinte IgM et IgG) pour la maladie de Lyme (en place depuis 2014).

A
  • Si maladie précoce (EM), on devra quand même traiter les patients empiriquement puisque la sensibilité de cet algorithme est tout de même < 90%
  • Impossible de différencier une infection ancienne d’une réinfection (comme pour l’ancien algorithme)
  • Spécificité incertaine dans les régions où la prévalence est moindre
  • Perte potentielle de spécificité associée à certains EIA polyvalents chez certains patients (entre autre ceux ayant une arthrite)
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16
Q

Une bouteille d’hémoculture sonne, mais on ne voit rien au Gram (la coloration fonctionne bien sur d’autres spécimens). Donner 5 explications et 1 coloration supplémentaire à faire.

A
  • Faux positif
  • Bactéries sans parois
  • Bactéries intracellulaires
  • Charge bactérienne trop faible
  • Bactérie prenant mal la safranine

Coloration supplémentaire: Acridine orange

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17
Q

M47: quels facteurs influencent la détection de pathogènes dans des hémocultures?

A
  • Volume de sang (facteur le plus important)
  • Ratio sang:bouillon (idéal 1:5 à 1:10)
  • Type de milieu
  • Additifs (EDTA, SPS, antico)
  • Conditions d’incubation
  • Agitation (dans le premier 24h, améliore le recouvrement dans la bouteille aérobie car meilleure oxygénation)
  • Fréquence du monitoring
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18
Q

What is the treatment of mild Leptospira infection?

A

Doxycycline 5-7 days
Amoxicillin 7 days
Azithromycin 3 days

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19
Q

What is the treatment of severe Leptospira infection?

A

IV PNC 7 days
Ceftriaxone 7 days

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20
Q

Quelles bactéries peuvent causer la diphtérie?

A

C. diphteriae
C. ulcerans
C. pseudotuberculosis

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21
Q

What is the preferred treatment approach for infections caused by Enterobacterales isolates without carbapenemase production that remain susceptible to meropenem and imipenem but are not susceptible to ertapenem?

A

For infections caused by Enterobacterales isolates that exhibit susceptibility to meropenem and imipenem (i.e., MICs ≤1 µg/mL), but are not susceptible to ertapenem (i.e., MICs ≥1 µg/mL), the use of extended-infusion meropenem (or imipenem-cilastatin) is suggested

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22
Q

Tigecycline or eravacycline are alternative options for the treatment of CRE infections not involving the __________ or ____________

A

Bloodstream or urinary tract

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23
Q

What are the preferred antibiotics for the treatment of infections outside of the urinary tract caused by CRE if KPC production is present?

A

Meropenem-vaborbactam > ceftazidime-avibactam > imipenem-cilastatin-relebactam are preferred treatment options for KPC-producing infections. Cefiderocol is an alternative option.

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24
Q

What are the preferred antibiotics for the treatment of infections outside of the urinary tract caused by CRE, when carbapenemase testing results are either not available or negative

A

Ceftazidime-avibactam, meropenem-vaborbactam, and imipenem-cilastatin-relebactam are the preferred treatment options for infections outside of the urinary tract caused by CRE, when carbapenemase testing results are either not available or negative. For patients with CRE infections who within the previous 12 months have received medical care in countries with a relatively high prevalence of metallo-β-lactamase-producing organisms or who have previously had a clinical or surveillance culture where a metallo-β-lactamase-producing isolate was identified, preferred treatment options include the combination of ceftazidime-avibactam plus aztreonam, or cefiderocol as monotherapy, while awaiting AST results to the novel β-lactam agents and carbapenemase testing results.

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25
Q

What are the preferred antibiotics for the treatment of infections outside of the urinary tract caused by CRE if NDM production is present?

A

Ceftazidime-avibactam in combination with aztreonam, or cefiderocol as monotherapy, are preferred treatment options for NDM and other metallo-β-lactamase-producing infections.

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26
Q

What are the preferred antibiotics for the treatment of infections outside of the urinary tract caused by CRE if OXA-48-like production is present?

A

Ceftazidime-avibactam is the preferred treatment option for OXA-48-like-producing infections. Cefiderocol is an alternative treatment option.

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27
Q

What is the role of polymyxins for the treatment of infections caused by CRE?

A

Polymyxin B and colistin are not suggested for the treatment of infections caused by CRE. Colistin can be considered as an alternative agent for uncomplicated CRE cystitis.

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28
Q

What is the role of combination antibiotic therapy for the treatment of infections caused by CRE?

A

Combination antibiotic therapy (i.e., the use of a β-lactam agent in combination with an aminoglycoside, fluoroquinolone, tetracycline, or polymyxin) is not suggested for the treatment of infections caused by CRE.

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29
Q

What are preferred antibiotics for the treatment of infections caused by MDR P. aeruginosa? (3 elements)

A
  1. When P. aeruginosa isolates test susceptible to both traditional non-carbapenem β-lactam agents (i.e., piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefepime, aztreonam) and carbapenems, the former are preferred over carbapenem therapy.
  2. For infections caused by P. aeruginosa isolates not susceptible to any carbapenem agent but susceptible to traditional β-lactams, the administration of a traditional agent as high-dose extended-infusion therapy is suggested, and repeat AST is encouraged.
  3. For critically ill patients or those with poor source control with P. aeruginosa isolates resistant to carbapenems but susceptible to traditional β-lactams, use of a novel β-lactam agent that tests susceptible (e.g., ceftolozane-tazobactam, ceftazidime-avibactam, imipenem-cilastatin-relebactam) is also a reasonable treatment approach.
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30
Q

What are preferred antibiotics for the treatment of uncomplicated cystitis caused by DTR-P. aeruginosa?

A

Ceftolozane-tazobactam, ceftazidime-avibactam, imipenem-cilastatin-relebactam, and cefiderocol are the preferred treatment options for uncomplicated cystitis caused by DTR-P. aeruginosa. A single-dose of tobramycin or amikacin is an alternative treatment for uncomplicated cystitis caused by DTR-P. aeruginosa.

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31
Q

What are preferred antibiotics for the treatment of DTR-P. aeruginosa that produce metallo-β-lactamase enzymes?

A

For patients infected with DTR-P. aeruginosa isolates that are metallo-β-lactamase producing, the preferred treatment is cefiderocol.

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32
Q

What is the general approach for the treatment of infections caused by CRAB?

A

The use of high-dose ampicillin-sulbactam (total daily dose of 6-9 grams of the sulbactam component) in combination with at least one other agent is suggested for the treatment of CRAB infections.
- Additional agents that can be considered as components of combination regimens for the treatment of CRAB infections include polymyxin B, minocycline, tigecycline, or cefiderocol

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33
Q

What is the role of extended-infusion meropenem or imipenem-cilastatin for the treatment of infections caused by CRAB?

A

High-dose, extended-infusion meropenem or imipenem-cilastatin are not suggested for the treatment of CRAB infections.

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34
Q

What is a general approach for the treatment of infections caused by S. maltophilia?

A

(1) the use of two of the following agents: TMP-SMX, minocycline/tigecycline, cefiderocol, or levofloxacin (can step down to 1 agent once clinical improvement is observed)

or

(2) the combination of ceftazidime-avibactam and aztreonam, when significant clinical instability is evident or intolerance to or inactivity of other agents is identified.

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35
Q

What is the role of ceftazidime for the treatment of infections caused by S. maltophilia?

A

Ceftazidime is not a suggested treatment option for S. maltophilia infections due to the presence of β-lactamase genes intrinsic to S. maltophilia that are expected to render ceftazidime inactive.

***Tier 4 au CLSI

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36
Q

Name 3 branching GPB causing actinomycetoma.

A
  • Actinomadura
  • Nocardia
  • Streptomyces
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37
Q

Name 1st line treatment for actinomycetoma.

A

Aminoglycoside + TMP-SMX

38
Q

2 molécules de 1ère ligne pour traitement du Nocardia.

A
  • TMP-SMX + Imipenem
39
Q

5 agents efficaces pour le traitement de Rhodococcus.

A
  • Rifampin
  • Macrolide
  • FQ
  • Vancomycine
  • Imipenem
40
Q

Nommer le pathogène en cause: bactériémie à BGN chez un patient sous chélateurs de fer avec diarrhées

A

Yersinia enterocolitica

41
Q

Quels pathogènes les patients splénectomisés sont plus susceptibles d’attraper ou de développer une infection sévère ?

A
  • S. pneumoniae
  • H. influenzae
  • N. meningitidis
  • Capnocytophaga canimorsus
  • Salmonella enterica (surtout pour les enfants aspléniques, drivé probablement par anémie falciforme)
  • Malaria
  • Babésiose
  • Anaplasmose
42
Q

Quelle bactérie peut causer une cellulite bulleuse spontanée chez un immunosupprimé?

A

Clostridium septicum > Clostridium perfringens

43
Q

Quel germe peut-on retrouver dans une infection chez un porteur d’implant cochléaire?

A
  • S. pneumoniae
  • H. influenzae
  • S. aureus
44
Q

Dans des cas de lacérations dans un lac ou un plan d’eau, quelles sont les bactéries auxquelles on doit penser si une infection survient?

A
  • Aeromonas hydrophila
  • Edwardsiella tarda
  • Pseudomonas aeruginosa (surtout eau tiède/chaude)
  • Mycobacterium marinum (eau salée ou aquarium)
  • Erysipelothrix rhusiopathiae (eau salée)
45
Q

Nommer les 2 bactéries les plus isolées dans des cas de rat bat fever.

A

Streptobacillus moniliformis (Amérique)
Spirillum minus (Asie)

46
Q

Un patient connu pour CVID se présente avec des diarrhées et des ballonnements.
À quel germe doit-on penser?

A

Giardia lamblia

47
Q

Quel est le germe responsable de la fièvre des tranchées?

A

Bartonella quintana

Transmission par les poux de corps
Clinique: Malaise, céphalées, douleurs osseuses, fièvre, splénomégalie et parfois un rash
(A causé environ 1M de cas de fièvre des tranchées pendant la WWI)

48
Q

Quel est le germe responsable de la péliose bacillaire?

A

Bartonella henselae

Vu chez les immunosupprimés (VIH, transplantés et néoplasies)
Clinique: Lésions vasculaires kystiques dans le foie ou la rate (lésions qui contiennent des bactéries)

49
Q

Quel germe cause le typhus murin/endémique/tropical?

A

Rickettsia typhi
(flea-borne rickettsial infection)

Vu chez les patients exposés à des puces qui se nourrissent sur des rats, souris ou chats infectés.
Clinique: Fièvre, myalgies, rash maculopapulaire, thrombocytopénie

50
Q

Quel germe cause le typhus des broussailles (Scrub typhus)?

A

Orienta tsutsugamushi

Patients exposés à des mites (mite-borne)
Clinique: fièvre, céphalées, myalgies et rash maculaire dans 50% des cas

51
Q

Quel germe cause la maladie de Carrion ?

A

Aussi appelée: Oroya Fever, Verruga peruana, South American Bartonellosis (selon la présentation clinique au Dx)

Bartonella baciliformis

Transmission par les sand flies nocturnes
Endémique au Pérou, en Colombie et en Équateur
Clinique:
- Phase aigue (oroya fever): maladie fébrile + bactériémie (infection des GR ou GB). Peut avoir une hémolyse importante et des infections opportunistes (diminution des CD4)
- Phase plus tardive (Verruga peruana): papules/nodules vasculaires cutanés

52
Q

Quel est le germe causant les glanders (morve?) ?

A

Burkholderia mallei

53
Q

What is a super antigen and how does it cause disease?

A

Superantigens interact directly with MHC class II molecules and T-cell receptors without prior antigen processing and presentation. This direct interaction leads to the activation of an unwarranted number of T-cells and a massive release of inflammatory cytokines ultimately resulting in damage to host tissues.

54
Q

What is the only aminoglycoside that will have synergy for Enterococcus treatment?

A

Gentamicin

55
Q

Nommez les 4 germes les plus fréquents en épanchement pleural

A

S. pneumoniae
S. aureus
SGA
S. anginosus

56
Q

Nommez des germes connus pour causer des médiastinites chroniques (fibrosantes, sclérosantes ou granulomateuses)

A
  • Histoplasma ++
  • TB
    Plus rarement:
  • Actinomyces
  • Nocardia
  • Coccidioidomyces
  • Aspergillus
57
Q

Nommer 3 syndromes causés par des toxines de S. aureus et nommer les toxines.

A

Toxic choc syndrome : TSST-1
SSSS (staphylococcal scalded skin syndrome) : exfoliatine A et B
Entérite foodborne : enterotoxine (exotoxine A, B, C, D, E)

  • Attention, TSST-1 et les entérotoxines sont des agents biologiques à cote de sécurité élevée
58
Q

Name virulence factors associated with Streptococcus pyogenes

A
  • Most important : M protein (over 100 types) is antiphagocytic
  • Toxins SpeA and SpeC (Streptococcal pyogenic exotoxins) : associated with rash in scarlatine
  • Streptococcal Super Antigen (SSA) : potent immunostimulators capable of inducing cytokine storm
  • Enzymes : DNAse, hyaluronidase, streptokinase
  • Streptolysin
59
Q

Nommer 3 bactéries, à l’espèce, pouvant causer la diphtérie.
Expliquer le mécanisme d’action de la toxine.

A
  • C. diphteriae
  • C. ulcerans
  • C. pseudotuberculosis

La toxine est composée de deux fragments : le fragment A et le fragment B
Le fragment A : Inhibe la synthèse des protéines via les ribosomes (inhibe élongation du facteur 2)
Le fragment B : permet l’adhérence avec l’extérieur de la cellule et l’entrée dans le cytosol
Au final, la toxine entraîne la mort cellulaire

60
Q

Nommez 3 bactéries qui peuvent causer des infections cutanées après contact avec poissons.

A

Erysipelothrix rhusiopathiae
Streptococcus iniae
Vibrio vulnificus

61
Q

4 traitements différents pour Lyme avec EM (agent et durée)

A
  • Doxycycline 10 jours
  • Amoxicilline 14 jours
  • Cefuroxime 14 jours
  • Azithromycine 5-7 jours
62
Q

Traitement de acrodermatitis chronic atrophicans.

A
  • Doxycycline, amoxicilline or cefuroxime for 21-28 days.
63
Q

Traitement de Borrelial lymphocytoma.

A
  • Doxycycline, amoxicilline or cefuroxime for 14 days.
64
Q

3 facteurs de virulence pour Listeria.

A

ActA
Listeriolysine
Internaline A
Phospholipase A/B

65
Q

5 Facteurs de virulence pour Pseudomonas aeruginosa.

A
  1. Quorum-sensing molecules
  2. Pili
  3. Flagelle
  4. Pyoverdine (sidérophore)
  5. Endotoxin (LPS)
66
Q

Triade classique pour maladie de Whipple.

A

Perte de poids, arthralgie, diarrhée.

67
Q

What is the disease associated with Borrelia recurrentis and what is its vector?

A

Louse-borne relapsing fever
Pediculum humanus

68
Q

Name 2 species of organisms causing tick borne relapsing fever.

A
  • Borrelia hermsii (North America, West)
  • Borrelia miyamotoii (Northeastern and northern Midwest US)
  • Borrelia parkeri
  • Borrelia turicatae
69
Q

Qu’est-ce que le syndrome de Parinaud et quelles sont les causes?

A
  • Réfère à l’association d’une conjonctivite folliculaire et d’une lymphadénopathie préauriculaire unilatérale.
  • Causes :
    Bartonella henselae (#1)
    Francisella tularensis
    Tuberculosis
    Syphilis
70
Q

Quelles sont les deux toxines du C. difficile?

A

gène tcdB: Toxine B (cytotoxine)
gène tcdA: Toxine A (entérotoxine)

71
Q

Quelle gélose permet de faire pousser le C. difficile?

A

Le milieu CCFA (cycloserine-cefoxitine-fructose agar)

72
Q

Diagnostic de C. diff:
Nommer 4 causes de faux négatifs des tests
Nommer 3 raisons expliquant des discordances aux tests GDH et toxines

A

Faux négatifs:
- Peu de toxines produites
- Mégacolon/iléus
- Sensibilité du test un peu moindre
- Souche non toxigénique

Résultats discordants:
- Infection réelle à C. difficile avec un faux négatif
- Patient colonisé avec une souche non toxigénique
- Patient porteur Asx d’une souche toxigénique

73
Q

Quelle est l’échelle de gravité de la colite à C. difficile selon l’IDSA?

A

Légère: aucun critère de sévérité

Grave:
- GB >/= 15
- Créatinine augmentée de > 50% de la valeur de base du patient
- Température > 38,5
- Albumine < 30 g/L

Compliquée ou fulminante:
- Hypotension / septicémie / défaillance d’organes
- Mégacolon toxique / iléus / perfo GI
- AEC
- Lactates > 2,2 mmol/L ou GB >/= 35

74
Q

Nommez des germes pouvant causer des orchi-épidydymite

A
  • N. gonorrheae
  • C. trachomatis
  • M. genitalium
  • Entérobacterie
  • P. aeruginosa
  • TB
  • Blastomycose
  • Nocardia
  • Brucella
  • Oreillons
75
Q

Quel test effectué sur le LCR permet de rull in une neurosyphilis?

A

VDRL
Test qui est très spécifique, mais peu sensible

76
Q

Quel test effectué sur le LCR permet de rull out une neurosyphilis?

A

FTA-ABS
Test qui est très sensible, mais peu spécifique

77
Q

Quelles sont les souches les plus communes de N.meningitidis en circulation au Canada? Et dans la meningitis belt?

A
  • Canada : B et C > > > Y
  • Meningitis belt : A
78
Q

3 facteurs de virulence de N.meningitidis.

A
  • Capsule
  • Endotoxin
  • Porins (PorA et PorB) : évasion immune
79
Q

What is the toxin produced by C.tetani?

A

Tetanospasmin (TeNT)

80
Q

What are the toxins produced by C.difficile?

A

Produces toxin A (TcdA), an enterotoxin, and toxin B (TcdB), a cytotoxin.

81
Q

What is the toxin produced by C.botulinum?

A

Produces an extremely potent neurotoxin (BoNT).

82
Q

Score de Nugent:
1. Quelles sont les morphologies de bactéries recherchées sur les lames?
2. Quelles sont les range de scores de Nugent et que signifie chaque range?

A

1.
- BGP (lactobacillus)
- Petit bâtonnets gram variable (Gardnerella)
- BGN gram variable courbés (Mobiluncus)

    • 0 - 3 = flore normale
    • 4 - 6 = flore anormale
    • 7 - 10 = Compatible avec vaginose bactérienne
83
Q

Quelles sont les organismes qui causent l’actinomycétome?

A
84
Q

3 espèces de Nocardia qui causent infections chez l’humain.

A
  • N.asteroides
  • N. brasiliensis
  • N.nova
85
Q

Nommez 5 genres bactériens parmi lesquels on retrouve des souches ayant une certaine aérotolérance

A

Clostridium
Cutibacterium
Actinomyces
Bifidobacterium
Lactobacillus

86
Q

Quelle est la différence entre une coloration de Kinyoun et une coloration de Kinyoun modifiée?

A

Kinyoun modifié : Durant étape de décoloration, utilisation d’acide sulfurique (H2SO4), qui un décolorant plus faible, plutôt qu’HCL-éthanol.

87
Q

Quelle est la méthode de référence/ de confirmation pour sérologie de Brucella?

A
  • Brucella microagglutination test (BMAT)
88
Q

Name 2 agars that can be useful in throat cultures for detection of GAS?

A
  • Sheep blood agar with trypticase soy base
  • CHROMagar
89
Q

Sérodiagnostic:
comment peut-on diminuer les faux positif avec les méthodes d’agglutination?
Et pour les méthode de capture assay?

A

Agglutination:
- Traiter l’échantillon avec un agent réducteur pour inhiber le FR
- Traiter l’échantillon avec des aggrégats d’IgG pour enlever les FR (mais risque de faire des faux neg)

Capture assay:
- Changer la méthode pour une technique directe en utilisant un antigène enzymatique fixé dans la 2e étape (pas d’Ig qui peut se lier au FR)

90
Q

Sérodiagnostic:
Que peut-on faire pour contrer l’effet prozone / l’effet Hook ?

A
  • Faire 2 dilutions différentes pour chaque spécimen
  • S’assurer qu’il y a un lavage complet entre chaque étape pour l’EIA
  • Tester les nouveaux kit d’évaluation avec des excès d’Ac pour évaluer la fréquence de survenue de l’effet

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