Banques de données - CC2

Question 1

Quand ets ce que sont nées les principales banques de données actuelles ?

Answer 1

Dans les années 1980

Question 2

Définir une banque de données

Answer 2

C’est une collection de données structurées, interconnectées et mises à jour régulièrement.

Question 3

Pourquoi est-ce nécessaire de construire de telles banques M

Answer 3

Beaucoup de données

Doivent etre publiquement accessibles a tout moment

Question 4

Est-ce que on peut toujours se fier aux données des banques ?

Answer 4

Non . risques d’erreurs humaines ou informatiques. De plus les données ne sont pas toujours a jour.

Question 5

Quelles sont les trois banques majeures de séquences nucléiques ?

Answer 5

EMBL
GEnbank
et DDBJ

Question 6

Qu’est-ce que l’INSDC ?

Answer 6

Il s’agit d’unebanque unifiant les trois grandes avec des échanges continuels d’infos.

Question 7

D’ou proviennent les données des banques ?

Answer 7

Elles sont soumises directement par les chercheurs, gros risque d’erreurs du coup.

Question 8

Quelles sont les banques majeures de séquences protéiques ?

Answer 8

Uniprot

Refseq

Question 9

Quelles caracs de Swissprot ?

Answer 9

Très bien annotés, vérifiée
Non redondante ou exhaustive
Références croisées

Question 10

Qu’est-ce que TrEMBL ?

Answer 10

C’est une banque de séquences protéines directement obtenue par traduction des séquences codantes contenues dans EMBL. C’est de la que sont tirées les séquences de Swissprot après vérification

Question 11

Qu’est ce que refseq

Answer 11

C’est une banque de données qui a pour but d’éviter la redondance (avec le choix d’une seq représentative) et qui cherche a devenir la banque de référence. Les erreurs z sont corrigées.

Question 12

Quel est le format général de banques de séquences nucléiques

Answer 12

Un format plat : un série d’infos sur la séquence puis la séquence.

Question 13

Dans le format plat quels infos générales sont affichées concernant la molécule des séquences nucléiques

Answer 13

Longueur
Type de molécule
Division
Date 
Définition
Identification

Question 14

Dans le format plat quels infos spécifiques sont affichées concernant la molécule des séquences nucléique

Answer 14

Organisme
Tissu
Gene et chromosome
CDS
Proteine codée

Question 15

Est-ce que le nombre d’infossur la molécule est constant ?

Answer 15

Non il varie car ces infos proviennent du chercheur qui les a rentrées.

Question 16

Comment peut on interroger les banques ?

Answer 16

Par mots clés (ENA,entrez)

Par similarité de séquences

Question 17

Que permet GQuery ?

Answer 17

Permet l’interrogation de l’esnemble des banques de données stockées au NCBI.

Question 18

Qu’est-ce que OMIM ?

Answer 18

C’est une banque contenant les gènes et les troubles génétiqueshumains.

Question 19

Quelles possibilités ont GQuery en utilisatn la synthaxe ?

Answer 19

Booléens : and, or ou not
Association de termes avec parenthèses
Restriction de la requête sur certains champs.

Question 20

Donner trois exemples de sujet traités par les banques spécialisées.

Answer 20

Domaines protéiques
Motifs protéiques(séquences consensus, alignements)
Familles protéiques(liens évolutifs etc)

Question 21

Sur quel principe est basé le stockage de données dans une banque de domaines protéiques ?

Answer 21

La conservation desdonnées est associée àune signification biologique . site actif d’une enzyme, site de fixations, cystéines de ponts disulfures…

Question 22

Quelles sont les trois étapes utilisées par prosite pour construire un motif ?

Answer 22

Alignement d’une famille de protéines
Identifications des résidus conservés
Définition du motif.

Question 23

Quand est-ce qu’on considère un motifcomme un “bon” motif ?

Answer 23

Si il permet de retrouver toutes les protéines apparenant a la famille et uniquement ces protéines.

Question 24

Pour prosite, qu’est-ce que un faux positif ? Un faux négatif ?

Answer 24

« Faux positif » :
protéine prédite comme ayant le motif mais qui n’appartient pas à la
famille
« Faux négatif » :
protéine prédite comme n’ayant pas le motif mais qui appartient à la
famille

Question 25

Pourquoi est-ce que gene ontology a été crée ?

Answer 25

Permet la standardisation des annotations utilisées dans les banques pour homogéniser les termes et définitions utilisés par les biologistes.

Question 26

Par quels deux relations sont reliés chaque terme de gene oncology `?

Answer 26

Par “Is a” et “part of” permettant de tout lier.