Quelques rappels, et WGS - CC1

Question 1

Quelle est l’organisation type d’un génome prokaryote ?

Answer 1

1 seul chromosome circulaire, et éventuellement 1 ou plusieurs plasmides. (exceptions)

Question 2

Quelle est l’organisationtype d’un génome eucaryote ?

Answer 2

Chromosomes souvent linéaires. Les chromosomes sont variables en taille et nombre.

Question 3

Est-ce que le nombre et la taille des chromosomes est lié à la complexité d’un organisme ?

Answer 3

Non, du tout

Question 4

Quels génomes peut on trouver dans un organisme eucaryote ?

Answer 4

Génome nucléaire et génome de la mitochondrie.

Question 5

Ou trouve-t-on le génome de la mitochondrie, et comment se caractérise-t-il ?

Answer 5

On le retrouve dans le cytosplasme. Se caractérise par un génome généralement circulaire d’une taille peu variable.

Question 6

En parlant strictement en termine de codage d’ADN caractériser le génome procaryote.

Answer 6

Il possède une forte fraction codante, sans introns ni séquences intergéniques. Les gènes sont chevauchants.

Question 7

Qu’est-ce que un génome compact ?

Answer 7

C’est un génome comme celui trouvé dans les procaryote, composé essentiellement de fractions codantes.

Question 8

Dans le cas des gènes compacts, y a-t-il une relation entre le nombrede gènes et la taille du génome ?

Answer 8

Oui; c’est proportionel à environ1 gène par kb.

Question 9

En parlant strictement en termine de codage d’ADN caractériser le génome eucaryote.

Answer 9

Génome de fraction codante faible. Les gènes sont dit disloqués, avec d’énormes régions intergéniques.

Question 10

Que contiennent les régions intergéniques des eucaryotes ?

Answer 10

Des séquences répétées, et d’autres “uniques” dont on ne connait pas clairement la fonction.

Question 11

Pour les eucaryotes, y a-t-il un lien entre le nombre de gènes et la taille du génome ?

Answer 11

Eeeeh non.

Question 12

Qu’est-ce que la valeur C ?

Answer 12

Il s’agit du contenu en ADN d’une cellule haploide.

Question 13

Qu’est-ce que la valeur G ?

Answer 13

Le nombre de gènes codés par un génome haploide.

Question 14

Pourquoi parle-t-on des paradoxes de la valeur C et de la valeur G ?

Answer 14

Parce que la complexité de l’organisme de correspond pas ni au nombre de gènes ni a la taille du génome.

Question 15

Rappel : principales caracs de sanger (capacité de lecture, ou se trouvent les erreurs, principe)

Answer 15

Lit de 500 à 1000 nt.
Peut avoir des erreurs en début et fin, et peut y avoir formation de structure secondaires en cours.
Principe : séquencer plusieurs fois une même région pour avoir une séquence fiable.

Question 16

Quels limites principales à la méthode de sanger ?

Answer 16

La capacité de lecture est limitée, et il faut séquencer plusieurs fois une même région pour obtenir une séquence fiable.

Question 17

Donner les 4 étapes cruciales au séquencage d’un génome.

Answer 17

Extraction et fragmentation de l’ADN génomique et cloner les fragments pour les amplifier.
Construction de banques géniques.
Séquençage des fragments obtenus.
Reconstitution de la séquence.

Question 18

Rappel : quelles sont les deux méthodes principales pour séquencer un génome complet ?

Answer 18

WGS shotgun et méthode clone par clone.

Question 19

Rappel : Différence entre séquencage WGS et clone par clone.

Answer 19

WGS se repose sur séquencage d’abord puis cartographie. Clone par clone cartographie d’abord, puis enchaine sur séquencage.

Question 20

Donner les 4 étapes du WGS.

Answer 20

Extration d’ADN
Fragmentation aléatoire
Sélection par taille et création des banques de clonage aléatoires.
Séquencage des clones obtenus.

Question 21

Qu’est-ce qu’un contig ?

Answer 21

C’est une séquence consensus de l’assemblage.

Question 22

C’est quoi une séquence consensus ?

Answer 22

Ma bite

Question 23

Quel est l’avantage du chevauchement ou recouvrement lors d’un séquencage?

Answer 23

Une même base est lue plusieurs fois, on a donc une meilleure précision dans la séquence obtenue.

Question 24

Ou peut il y avoir un problème lors de l’assemblage des clones ?

Answer 24

Les séquences répétées sont très longues dans les génomes eucaryotes, parfois plus longues que la longueur maximale d’une lecture. On a alors des brèches entre les séquences uniques adjacentes, qu’on ne peut pas combler.
La présence d’éléments répétés peut aussi provoquer des alignements erronés.

Question 25

En quoi consiste exactement l’assemblage ?

Answer 25

Positionnement relatif des contigs : pour cela, lecture bidirectionelle des clones, positionnement des lectures les unes par rapport aux autres, ce qui permet la création d’un squelette du génome

Question 26

Le recouvrement est très pratique, mais est-ce que le répéter augmentera toujours la précision de la lecture ?

Answer 26

Non, il arrive un seuil ou ce n’est plus interessant de boucher les trous. (après 5-6 lectures)

Question 27

Comment se fait la finition de l’assemblage ?

Answer 27

On fait encore des lectures dans le but de combler les derniers trous (utilisation de la marche surle chromosome)

Question 28

Quel est le principe de la marche sur le chromosome ?

Answer 28

ON utilise la fin d’une séquence clonée comme amorce pour séquencer des fragments adjacents.

Question 29

Cette technique de séquencage du génome complet par WGS : pour quoi est-elle utilisée ?

Answer 29

Pour le séquencage de petits génomes bactériens et la determination de séquences non finies. Pb : Dès que la complexité du génome augmente il y a des couilles.