Bases de Datos Flashcards
(14 cards)
Formato estandarizado que facilita comunicación entre bases de datos
FASTA
¿Cómo se busca en FASTA?
Signo mayor que con definición sin espacio entre la primera palabra y el signo
Bases de datos primarias características:
TODOS los datos secuencia hasta el momento
* Descripción
* Nombre científico
* Organismo de procedencia
* Tabla de regiones codificantes
* Refencias
Tres bases de datos primarias y su país:
- GenBank (EU)
- ENA (Europa)
- DBJ (Japón)
Bases de datos secundarias, características:
Derivan de primarias, ofrecen:
* Caracterización
* Mutaciones y polimorfismos
Swiss-Prot pertenece a
UniProKb
¿De dónde obtiene información UniProKb?
- Protein Data Bank (DTB)
- Protein Information Resource (RIR)
- Directamente
Secundaria
Fenotipos asociados a enfermedades:
OMIM
ADN-ARN
Expresión génica de microrrays:
ARRAYEXPRESS
ADN-ARN
Archiva y distribuye datos de microrrays:
GEO
ADN-ARN
Motivos de conservación de características de familias de proteínas
PRINTS
Base de datos de familias de proteínas:
PFAM
Colección de proteínas clasificadas por predicción de función
INTERPRO
Interacciones entre proteínas:
BIOGRID