Biochimie Flashcards
(113 cards)
1
Q
Kendrew et Perutz;
1. Découverte
A
- Structure des protéines
2
Q
Qu’est-ce que la formule moléculaire nous indique? (3)
A
Le composition chimique des molécules;
1. Le nombre d’atomes
2. Le type d’atome
3. La charge électrique
3
Q
Dans quels organismes retrouve-t-on des noyaux?
A
Chez les eucaryotes.
4
Q
Dans quels organismes retrouve-t-on des parois cellulaires?
A
Chez certains eucaryotes et les procaryotes.
5
Q
Qu’est-ce qu’une molécule chirale? Quelles sont ses caractéristiques? (3)
A
C’est une molécule qui possède au moins un carbone asymétrique, autrement dit avec 4 substituants différents.
- Les molécules ne peuvent être superposées à leur image miroir.
- Elles possèdent une activité optique (déviation de la lumière)
- Elles existent sous forme de paires d’énantiomères
6
Q
Qu’est-ce que la théorie de l’endosymbiose?
A
Que la mitochondrie provient initialement d’une bactérie, et que du côté des plantes, la clorophylle provient intialement d’une cyanobactérie. À noter que ces deux organelles sont autonomes et ont leur propre génome.
7
Q
Quelles sont les trois types d’isomérie?
A
- de structure
- de configuration
- de conformation
8
Q
Dans quels organismes retrouve-t-on des membranes cellulaire?
A
Chez les eucaryotes et les procaryotes.
9
Q
Qu’est-ce que la thermodynamique nous indique?
A
Si les réactions peuvent se produire sans apport d’énergie externe et dans quel sens elles se font.
10
Q
En quoi la formule moléculaire est utile?
A
Elle permet de calculer la masse molaire.
11
Q
Quel point en commun ont les isomères de structure? Quels sont les trois types?
A
Les isomères de structure ont seulement la même formule moléculaire en commun.
- de chaîne (squelette)
- de position
- de fonction
12
Q
Sous quelles formules les isomères de configuration sont-ils identiques? Sont-ils distinguables?
A
Identiques sous les formules:
1. Développée
2. Semi-développée
3. Condensée
4. Topologique
Distinguables sous:
1. La projection de Fisher
2. La projection de Haworth
3. La représentaion de Cram
13
Q
Dans quels organismes retrouve-t-on des chloroplastes?
A
Chez certains eucaryotes. Puisque c’est un organelle qui est constituée de lipides, elle est donc dépendante de la membrane.
14
Q
Quels sont les deux groupes d’isomères de configuration?
A
- Énantiomères
- Diastéréoisomères
15
Q
Que sont les isomères de chaîne?
A
C’est sont des isomères de structure qui se distinguent par leur chaîne carbonée. Autrement dit, un des carbones centrale change de place.
16
Q
Comment faut-il lire la projection de Fisher? (4)
A
- La chaîne carbonée principale est verticale.
- Le carbone le plus oxydé dans la moitié supérieure.
- Les liaisons horizontales s’approche du lecteur.
- Les liaisons verticales s’éloignent du lecteur.
17
Q
Friedrich Wöhler;
1. Découverte
2. Expérience
A
- Fin du vitalisme
- Synthèse de l’urée
18
Q
Qu’est-ce que la formule semi-développée nous indique?
A
C’est la formule développée plane, mais les hydrogènes ainsi que leur nombre sont marqués à côté des atomes avec qui ils sont liés.
19
Q
Qu’est-ce qu’une réaction réversible?
A
Une réaction qui peut se produire dans les deux sens, c’est à dire que les produits peuvent se retransformer en réactifs et vice versa.
20
Q
Quelles sont les conditions pour être des diastéréoisomères? (3)
A
- Doivent être des isomères de configuration
ET - Possèder au moins deux carbones chiraux
OU - Possèder une double liaison entre deux carbones
21
Q
Quels sont les trois domaines de la vie?
A
- Eukarya
- Bacteria
- Archaea
22
Q
Watson et Crick;
1. Découverte
A
- Structure de L’ADN
23
Q
Qu’est-ce que la projection de Fisher nous indique? Pour quelles molécules l’utilisons-nous?
A
- Représentation plane d’une molécule 3D
- La stéréochimie
Pour les sucres et les acides aminés.
24
Q
Quels sont les deux types de diastéréoisomères?
A
Les cis (Z) ou les trans (E)
25
Quelle est la limitation principale de la formule molécule?
Plusieurs composés peuvent avoir la même formule moléculaire.
26
Qu'est-ce que la constante d'équilibre nous indique? Positive vs Négative?
Elle nous indique le sens de la réaction qui est le plus favorable, donc une Keq positive implique que la formation des produits est favorisée.
27
Qu'est-ce que la projection de Haworth nous indique?
Une représentation cyclique des oses.
28
Quels sont les particularités de la projection de Haworth? (2)
1. Les traits gras sont les liaisons les plus proches du lecteur.
2. Seulement les carbones et les hydrogènes ne faisant pas partie du cycle sont représentés.
29
Qu'est-ce que l'isomérie?
C'est le phémomène où deux molécules partagent la même formule moléculaire, mais des structures distinctes.
30
Qu'est-ce que la formule développée plane indique? (2) Et quels sont ses inconvénients? (2)
1. Toutes les liaisons
2. Les groupements fonctionnels
1. Schémas lourds
2. Peu d'information tri-dimensionnelle.
31
Comme se définissent les isomères de configuration? Quel autre nom peuvent-ils avoir?
Ils ont le même enchaînement d'atome, mais des configurations spatiale différent sur un ou des atomes données.
Stéréoisomères.
32
Qu'est-ce que la formule condensée indique? (3)
1. Aucune liaison
2. Tous les atomes sur la même ligne
3. Paranthèses pour les ramifications
33
Avery, MacLeod et McCarty;
1. Découverte
2. Expérience
1. ADN = Matériel génétique
2. Conjugaison bactérienne
34
Que sont les isomères de fonction?
Ce sont des isomères de structure qui se distinguent par des groupements fonctionnels différents.
35
36
Donner l'organisation hiérarchique du vivant en partant du plus petit.
1. Atome
2. Molécule inorganique
3. Biomolécule simple
4. Macromolécule
5. Complexe supramoléculaire
6. Organelle/ organite
7. Cellule
37
Qu'est-ce que la représentation de Cram nous indique? Quels sont ses trois constituants?
La structure 3D (orientation des liaisons)
1. Le trait simple - plane de la feuille
2. Triangle hachuré - s'éloigne du lecteur
3. Triangle plein - s'approche du lecteur
38
Eduard Buchner;
1. Découverte
2. Expérience
1. Enzymes = catalyseurs
2. Fermentation du glucose
39
Quelle est la différence entre le changement d'énergie libre de Gibbs ΔG et celui standard ΔG°’?
Le changement standard ΔG°’ est une constante mesurée dans des conditions de laboratoire contrôlées, tandis que le ΔG se mesure in vivo où il y a déjà un concentration de produits et de réactifs.
40
Dans quels organismes retrouve-t-on des nucléoïdes?
Chez les procaryotes.
41
Quel est le dogme de la biologie moléculaire?
ADN -> ARN -> Protéines
42
Qu'est-ce que le métabolisme? Quels sont les deux types?
Le métabolisme est l'ensemble des réactions chimiques qui se passent dans organisme. Il peut être anabolique (synthèse) ou catabolique (dégradation).
43
Qu'est-ce qu'une réaction spontanée?
Une réaction spontanée (ou exergonique) est une réaction qui se produit naturellement sans apport d'énergie externe.
44
Quelles sont les caractéristiques des énantiomères? (5)
1. Présence de chiralité
2. Non-superposables
3. Sont des images miroir
4. Un biologiquement actif, l'autre inactif (généralement)
5. Capacité à dévier la lumière polarisée
45
Qu'est-ce que la formule topologique (skeletal) nous indique? Quel est sont inconvénient?
1. La structure de la molécule
2. Absence des hydrogènes et carbones
3. Les traits sont des liens C-C
1. Peu d'information sur le 3D
46
Emil Fisher;
1. Découverte (2)
2. Expérience (2)
1. Enzymes = catalyseurs
2. Hydrolyse du sucrose
1. Mécanisme clé-serrure
2. Spécificité enzymatique
47
Quelles sont les désavantages de la formule moléculaire? (2)
1. Elle renseigne en rien sur les relations et agencement spatial entre les atomes,
2. ni sur le type de liaisons.
48
Qu'est-ce que la formule structurale nous indique? (2)
1. La composition chimique
2. L'agencement des atomes
49
Quelles sont les caractéristiques des diastéréoisomères? (3)
1. Ne sont pas des images miroir
2. Propriétés physico-chimiques distinctes
3. Généralement facilement séparables par méthodes physiques
50
Qu'est-ce que la cinétique nous indique?
À quelle rapidité les réactions se font.
51
Dans quels organismes retrouve-t-on des membranes externes?
Chez certains procaryotes (gram négatif)
52
Qu'est-ce que la variation d'énergie libre de Gibbs nous indique?
Si la réaction est spontanée ou non, une réaction spontanée possède un Delta G négatif. À l'équilibre il est nul.
53
Que sont les isomères de position?
Ce sont des isomères de structure qui se distinguent par l'emplacement d'un de leur groupement fonctionnel ou d'une de leur liaison double entre carbones. Autrement dit, c'est seulement la fonction qui se déplace sur la chaîne carbonée.
54
Quelle caractéristique de l'eau en fait d'elle un excellent solvant? Pourquoi?
Sa constante diélectrique élevée, fait en sorte que les intéractions entre les ions sont plus faibles dû à la distance que les molécules d'eau créent en s'entourant autour des ions.
55
De quoi dépend la solubilité des composés? Parlez de la relation entre les masse molaire et la solubilité.
De la proportion relative des groupements ioniques ou polaires par rapport aux groupements non-polaires.
Plus les moléculaires sont grosses, plus elles sont difficilement solubles et inversement, plus elles sont petites, plus elles sont facilement solubles.
56
Quel phénomen est impliqué dans la solubilisation?
L'enveloppe (ou sphère) d'hydratation, donc les molécules d'eau entourent les composés.
57
Autres que les force covalentes, quelles forces sont impliquées dans et entre les molécules d'eau? (4)
1. Liaisons ioniques
2. Ponts hydrogènes
3. Forces Van der Waals
4. Intéractions hydrophobes
58
Les liaisons ioniques, les ponts hydrogènes et les forces Van der Waals sont des intéractions _____.
Électrostatiques
59
Qu'est-ce que la structure dipolaire?
C'est la présence d'une charge partielle positive et d'une négative.
60
Qu'on en communs les composés qui peuvent se lier à l'eau? Quelles sont les deux forces qui interviennent dans cette liaisons?
Ils sont polaires et il intéragissent avec l'eau par les liaisons hydrogènes et les intéractions dipôle-dipôle.
61
Que peut-on dire par rapport à la température de fusion et celle d'ébullition de l'eau?
Les deux sont particulièrement élevées.
62
Qu'est-ce que la chaleur spécifique?
Aussi appelé capacité thermique, c'est la résistance au changement de température, plus spécifiquement la variation d'énergie nécessaire pour augmenter de 1°C un gramme d'eau.
63
Qu'est-ce que chaleur de vaporisation?
C'est la chaleur requise pour faire passer l'eau liquide en gazeux (vapeur).
64
Quelle est la différence entre la diffusion et l'osmose?
La diffusion concerne le mouvement aléatoire du soluté, tandis que l'osmose concerne le déplacement du solvant (de l'eau, dans le context vivant).
65
Qu'à pour conséquence une concentration de soluté élevée? (2)
1. Augmentation de la viscosité
2. Augmentation de l'encombrement moléculaire
Ensemble ça aura pour effet de diminuer le mouvement des molécules, mais aussi augmenter la fréquence de rencontre/ contact entre les molécules.
66
L'osmose se déplace sur quel gradient de concentration?
Du moins concentré au plus concentré
67
La diffusion se déplace sur quel gradient de concentration?
Du plus concentré au moins concentré
68
Comment se définie la pression osmotique?
C'est la pression nécessaire pour empêcher le passage du solvant du moins au plus concentré.
69
La pression osmotique dépend de quoi? Donner un exemple qui concrétise ce fait.
De la concentration molaire du soluté et non de la taille des molécules.
Pensez au glucose emmagasiné en glycogène dans la cellule. Une mole de glycogène = une mole de glucose, même si un glycogène contient environ 50 000 glucoses.
70
Qu'est-ce qui caractérise l'hydrophobie?
L'intéraction minimale ou inéxistante d'une molécule avec l'eau.
71
Qu'arrive-t-il aux molécules d'eau lorsqu'elle viennent en contact avec une molécule hydrophobe? Comment appelle-t-on cet effet?
Les molécules d'eau se restructurent et forment un clathrate, une sorte de cage moléculaire. C'est l'effet hydrophobe.
72
Qu'est-ce qu'un composé chaotropique?
C'est un composé qui augmente la solubilité des molécules non-polaires.
73
Qu'est-ce qu'un composé amphiphatique?
S'appelle aussi composés amphiphiles, ce sont des molécules qui possèdent un segment hydrophobe et un autre hydrophile.
74
Quelles sont les deux formations possible des amphiphiles? De quoi dépendent-elles?
En petite quantité, il y aura formation de monocouche et en grande quantité il y aura formation de micelles.
75
Donner un exemple d'amphiphile dans le vivant et un autre pour une utilité quotidienne.
1. La bicouche phospholipidique
2. Le savon
76
Qu'est-ce qu'une molécule électrophile?
C'est une molécule qui manque un électron, donc chargée positivement
77
Qu'est-ce qu'une molécule nucléophile? Quel comportement peuvent-elles avoir? Comment s'appelle ce comportement?
C'est une molécule qui a un surplus d'électron, donc chargé négativement. Elles peuvent aller voler les électrons des molécules électrophiles. C'est la réaction de substitution (ou attaque) nucléophile.
78
Est-ce que l'eau est nucléophile? Beaucoup ou peu?
L'eau est peu nucléophile. Par contre c'est à noté que par son nombre important de molécules, elle a tout de même un pouvoir nucléophile.
79
Qu'est-ce que l'hydrolyse?
C'est une réaction de coupure de liaison covalente par le remplacement d'une molécule d'eau.
80
Quel est la variation d'énergie libre de Gibbs pour l'hydrolyse?
Toujours négative, donc toujours spontannée. Simplement généralement les réactions sont hyper lentes, donc les enzymes sont nécessaires pour accélérer.
81
Qu'est-ce que la condensation?
C'est la formation d'une liaison, ou la polymérisation, avec la libération d'une molécule d'eau.
82
Est-ce que la condensation est favorable?
Non, même fortement défavorable, elle nécessite le couplage avec un hydrolyse.
83
Que pouvons-nous dire sur l'ionisation de l'eau?
Elle est faible, mais présente et dû aux attaques nucléophiles de molécules d'eau avec d'autres molécules d'eau.
84
Quels ions composent l'eau pure? En quelles concentrations?
L'hydronium et l'hydroxyle, chacun ayant une concentration de 1x10^7.
85
Quel est le pH physiologique?
7.4
86
Quelle est la différence entre un électrolyte fort et un faible?
Celui fort se dissocie complètement en ions dans l'eau, tandis que le faible se dissocie selon une constante de dissociation (Ka ou Kbc)
87
Quelles sont les deux caractéristiques d'un tampon?
1. Forte résistance aux changement de pH
2. Contient toujours un acide et une base conjugée ( ou une base avec un acide conjugé)
88
Quelle est la différence entre un acide alpha-aminé et un acide bêta-aminé?
L'acide alpha-aminé contient un groupement amine sur son premier carbone, tandis qu'un acide bêta-aminé possède une fonction amine sur son deuxième carbone.
89
Nommez 6 fonctions possibles des acides aminés, des peptides et des protéines.
1. Transport
2. Décodage de l'information génétique
3. Motilité/ mouvement
4. Stockage
5. Messages (hormone)
6. Enzyme
7. Structure
8. Défense ou agression
9. Régulation
90
Nommez 3 caractéristiques communes aux acides aminés protéogéniques. Identifiez les 2 exceptions.
1. Sont tous des acides alpha-aminés.
2. Possèdent tous un groupement carboxyle et un groupement amine primaire.
3. Ils sont tous optiquement actif (activité optique); avec la forme L prédominante.
Exc. 1: La proline ne possède pas une fonction amine primaire, mais plutôt secondaire.
Exc. 2: La glycine n'est pas activement optique, car elle ne possède pas de carbone chiral.
91
Quels acides aminés protéogéniques ont la capacité d’absorber les rayons ultraviolets?
Ceux possèdant un cycle aromatique.
Tyrosine
Phenylalanine
Tryptophane
92
Quels sont les acides aminés contenant un groupement hydroxyle?
Les deux alcools (Serine et Threonine) et la tyrosine.
93
Quels sont les acides aminés β-hydroxylés?
La alcools (Serine et Threonine)
94
Quels acides aminés possèdent plus d’un carbone asymétrique?
L'isoleucine et la threonine
95
Quel est l’acide aminé le plus basique?
L'Arginine
96
Quel acide aminé contient un lien thioéther?
Méthionine
97
Dans la nature, quelles molécules contiennent des acides aminés de la série D?
Les parois bactériennes et certains antibiotiques
98
Quel est le rôle principal de ces composés ?
1. GABA
2. Histamine
3. Thyroxine
1. Neurotransmetteur
2. Neurotransmetteur
3. Hormone (prohormone)
99
Quels sont les AA non-polaires? (9) Quelle caractéristique ont-ils en commun? Quel truc pour s'en rappeller?
Les aliphatiques (Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine), ainsi que les proline, Méthionine, Phenylalanine et tryptophane.
Ils sont tous hydrophobes.
Galvin POWF! GALVI PWF + M
100
Quels sont les AA polaires, non-chargées? (6) Quelle caractéristique ont-ils en commun? Quel truc pour s'en rappeller?
Glutamine, Tyrosine, Serine, Cystéine, Threonine et Asparagine.
Ils n'intéragissent pas beaucoup avec l'eau; peu hydrophobes.
paKISTAN ; QYSCTN
101
Quels sont les AA polaires, acides? (2)
Acide aspartique et acide glutamique.
102
Quels sont les AA polaires, basiques? (3) Quel truc pour s'en rappeller?
Histamine, Lysine et Arginine.
His lost kid always returns.
103
Qu'on en commun les AA basiques et ceux acides?
Ils sont hydrophiles
104
Qu'est-ce que le pI? Quelle est sa formule?
Le point isoélectrique, c'est la phase où la molécule contient une charge neutre; autrement dit lorsque qu'elle est un zwitterion.
pI = (pKa1 + pKa2) / 2
105
Comment appelle-t-on les acides aminés formant des protéines? Combien en a-t-il?
Les AA standards ou protéogéniques. Il y en a 20, les autres sont non-standards (plus de 500).
106
Quelles sont les règles des AA standards? (6)
1. Ils sont tous des acides alpha-aminés
2. Ils possèdent tous un groupement carboxyle et une fonction amine.
3. Ils ont tous une activité optique.
4. Ils sont généralement tous sous leur forme L
5. Sont tous des acides polyprotiques, dont 7/20 sont triprotiques
6. Sont tous des amphothères
107
Quels sont les AA aliphatiques?
GALVI
108
Quels sont les AA aromatiques?
FYW
109
Quels sont les AA soufrés?
CM
110
Quels sont les AA alcool (hydroxylés)
ST
111
Quels sont les AA basiques?
HKR
112
Quels sont les AA acides? Quels sont leur dérivés amine?
DE -> NQ
113
