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CC2 Flashcards

(56 cards)

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1
Q

microorganisme

A

organisme vivant trop petit pour être vu à l’oeil nu, archées, micro-eucaryote, entre 1 micromètre et 0,1mm

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2
Q

candidatus

A

pas en culture seule en laboratoire

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3
Q

procaryote

A

archées + bactéries, nom de groupement faux : défini l’absence d’un noyau, alors qu’un groupement doit rassembler les caractéristiques communes

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4
Q

eucaryotes

A

organelles avec une membrane interne

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5
Q

colonie avec un hallo

A

cellules motiles

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6
Q

pilus

A

filament protéique à l’extérieur de la cellule, peut permettre aux cellules de s’attacher à un environnement, peut servir d’organe de sécrétion, ou pour chercher des nutriments dans le milieu extracellulaire

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7
Q

thylakoides

A

support de la photosynthèse

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8
Q

magnétosomes

A

enrichie en métaux, permet de sentir le champs magnétique terrestre pour s’orienter

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9
Q

ensospore

A

paroi (tunique) très épaisse, structure intracellulaire formées chez certaines bactéries à gram +, puis libéré dans le milieu extérieur, très résistant, pour résister à des conditions environnementales difficiles

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10
Q

sporulation

A

formation de la spore, cellules sporulantes

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11
Q

coloration de gram

A

différencie les bactéries suivant leur paroi : violet de crital, iode, alcool et safranine
violet : positif à la coloration de gram : gram +
rose : gram - (OMP : outermembrane protein)

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12
Q

observations microscopiques

A

-taille
-formes principales
-structures cellulaires (noyau, flagelle…)
-coloration de gram

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13
Q

observations macroscopiques

A

-cultures sur gélose
-antibiotiques

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14
Q

analyses biochimiques et moléculaires

A

-lipides membranaire : archées -> liaisons éther, bactéries -> liaison ester
-activités enzymatiques
-sérotypage, basé sur les antigènes
-MALDI-TOF : analyse du profil protéique par spectrophotométrie de masse (rapide et précis)

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15
Q

classification génétique et moléculaire

A

-taux de GC, influence sur la physiologie, haut taux de GC souvent plus stable (souvent thermophiles)
-génome réduits pour certains

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16
Q

identification

A

-approche classique :
-coloration de Gram puis test enzymatique
-> API -galerie biochimique
-galerie API 20-E : culture pure, inoculation, incubation, lecture des 20 tests, comparaison à une base de données

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17
Q

séquençage et phylogénie

A

-séquençage ribosomique (ARNr 16S/18S), utilisée pour classer tous les organismes vivants
-ribosomes : 70S chez les archées et bactéries (2 sous-unités) et 80S chez les eucaryotes
-découverte des Archées (Woese) : phylogénie basée sur les séquences d’ARNr, remise en question du concept de “procaryotes”, eucaryotes semblent issus des archées (phylogénie moderne)

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18
Q

techniques avancées

A

MLST (Multi Locus Sequence Typing), -séquençage de 7 gènes “ménagers”
-> identification de souches
-utilisé pour la traçabilité épidémiologique

métabarcoding / métagénomique (ex : expédition tara océans)
-analyse des génomes environnementaux
-influence de la température sur la diversité microbienne

hybridation ADN-ARN
-similitude génétique exprimée en % d’ADN hybridé

ANI (Average Nucleotide Identity)
-comparaison algorithmique des séquences

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19
Q

taxonomie microbienne moderne

A

-fiches d’identité microbiennes, basées sur le phénotype, génome, protéome…
-archées, reconnues comme groupe distinct seulement depuis 2020
-groupes bactériens : terrabacteria et gracillutes

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20
Q

pourquoi une classification évolutive?

A

permet : de comprendre l’histoire du vivant, regrouper les organismes similaires et extrapoler les propriétés d’une espèce inconnus

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21
Q

un bon modèle microbien doit

A

-facilité de culture : adapté au laboratoire (e coli, division toutes les 20 min ou levure, division toutes les 1h30
-variabilité génétique : possède plusieurs souches différentes -> facilite l’étude comparative et l’analyse des mutants
-spécificités intéressantes selon le phénomène étudié

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22
Q

expérience de Griffith (1928)

A

streptococcus pneumoniae
résultats : transformation des souches R en souches S après mélange avec des souches S tuées à la chaleur
conclusion : existence de la transformation bactérienne

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23
Q

expérience de Joachim Hammerling (1940)

Study These Flashcards
A

algues
greffage + coupe de différentes parties
seule la partie contenant le noyau détermine les caractéristiques morphologiques
=> le noyau contient l’information responsable de la forme

24
Q

expérience de Oswald Avery (1944)

Study These Flashcards
A

reprise de Griffith avec purification des biomolécules, découverte : seule la fraction contenant l’ADN permet la transformation
=> l’ADN est le support de l’information génétique

25
études sur Escherichia coli
facile à manipuler non pathogène expériences de conjugaison bactérienne : transfert de matériel génétique entre souches mise en évidence d'un brassage génétique (proche de la sexualité)
26
hypothèse de Jacob et Monod (1960-61)
étude de la transcription et des opérons expériences d'inhibition des RNAses -> preuve de l'existence de l'ARN messager
27
enzymes de restriction
découverte par Hamilton O.smith exemple : Hind II utilisées pour couper l'ADN à des séquences spécifiques -> bases du génie génétique
28
CRISPR-Cas9
système de défense bactérien détourné pour faire de l'édition génomique ciblée permet de modifier l'ADN de n'importe quel organisme avec précision
29
Taq polymérase
isolée de Thermus aquaticus (source chaude Yellowstone) résistante à haute température -> utilisée pour la PCR bien que moins performante que d'autres enzymes actuelles, elle a été la première à rendre la PCR possible
30
génome synthétique
génome complétement artificiel inséré dans une levure -> levure reste viable preuve qu'un génome artificiel peut être fonctionnel
31
génome minimal
création de bactéries avec un génome réduit contenant uniquement les gènes essentiels intérêt : mieux comprendre les fonctions de bases de la vie
32
IA générative
utilisation de modèles d'apprentissage profond pour prédire la structure/fonction de protéines exemple : ESM3 (Evolutionary Scale Modeling), IA capable de créer de nouvelles protéines
33
outils génétiques issus de micro-organismes
-enzymes de restriction -CRISPR-Cas9 -taq polymérase -génome synthétique -génome minimal -IA générative
34
bioprospection
étude des micro-organismes dans leur environnement naturel
35
corynebacterium glutamicum
bactérie utilisée pour produire l'acide glutamique (glutamate) -> exhausteur de goût et complément alimentaire initialement isolée au Japon dans les années 1950 1) perturbation métabolique volontaire : -bactérie rendue auxotrophe à la biotine (vitamine H) -perturbe la composition des membranes (acides gras, phospholipides) -> augmente la perméabilité au glutamate 2) stress induit -> affaiblit la paroi -W fuite du glutamate dans le milieu 3)étapes de bioproduction : mettre en place l'homéostasie, la rompre contrairement, réorienter les flux métaboliques, construire une souche optimisée pour la production (par génie génétique ou sélection adaptative) 4) cette souche est aussi utilisée pour produire d'autres acides aminés industriels
36
pycnoporus cinnabarinus et la vanilline (arôme majeur de la vanille)
problèmes de fraude alimentaire verte, "arôme naturel" n'est pas toujours "issu du végétal" -> peut venir de micro-organismes
37
enzymes et ingénierie protéique
objectif : améliorer les enzymes pour qu'elles soient efficaces à différentes températures, pH, conditions industrielles... applications : industrie des détergents cosmétique, agroalimentaire....
38
biopolymères microbiens
1) dextrane : polymères de glucose, produit par leuconostoc mesenteroides, utilisation : agents texturants, support pour la chromatographie 2) xanthane (E415) : produit par xanthomonas campestris, applications : alimentaire, cosmétique, pharmaceutique, agriculture, atout : grande stabilité
39
vitamines produites par biotechnologie
-vitamine B2 - riboflavine -vitamine B12 - cyanocobalamine -vitamine D
40
biofilm
assemblage de micro-organismes et de leurs produits extracellulaires, attachés à une surface biotique ou abiotique composition : exopolysaccharides, protéines, enzymes, lipides, ADN extracellulaire avantage : protection, concentration de nutriments, tranfert horizontaux de gènes, interactions métaboliques inconvénients : maladies humaines, contaminations
41
population
MO d'une même espèce, même lieu et moment
42
communauté
ensemble de populations de différentes espèces
43
microbiote
ensemble des micro-organismes d'une communauté
44
croissance microbienne
phase de latence, phase exponentielle, phase stationnaire, phase de déclin temps de génération (g) : temps pour doubler la population vitesse spécifique : μ = ln(2)/g
45
facteurs abiotiques influençant la croissance
O2 sel pH température
46
identification et dénombrement des micro-organismes
isolement méthodes de quantification analyse génétique
47
micro-organismes non cultivables
-> séquençage massif ou identification via bases de données (PCR, métagénomique)
48
microbiome
microbiote + tous les produits générés par les micro-organismes
49
holobionte
unité biologique formée de l'hôte et de l'ensemble de ses microorganismes associés
50
pathogène
organisme causant une maladie primaire : infecte un hôte sain directement opportuniste : infecte un hôte immunodéprimé
51
maladie
altération de la santé avec une cause identifié
52
postulats de Koch (classiques)
-MO présent chez les malades, absent chez les sains -MO isolé en culture pure -culture pure provoque la même maladie chez l'animal sain -MO retrouvé chez l'animal infecté
53
postulats de Koch (version moléculaire moderne)
séquence génétique spécifique détectée chez la plupart des malades séquence absente ou faible chez les individus sains disparition de la séquence après guérison -> lien avec la sévérité reproductibilité des observations
54
zones d'interactions avec les végétaux
rhizosphère (autour des racines) et phyllosphère (feuilles
55
zones d'interactions avec les animaux et l'homme
peau et muqueuses
56
rôle du microbiote
compétition avec les pathogènes stimulation de système immunitaire digestion, reproduction de vitamines

L2 (6 decks)

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