Chapitre 1 Flashcards
(144 cards)
1
Q
Qu’est-ce qu’un nucléotide?
A
Un phosphate attaché à un sucre, le 2’- désoxyribose et un nucléotide
2
Q
Pourquoi le sucre s’appelle-t-il le 2’-désoxyribose?
A
Parce qu’il ne contient pas de groupement hydroxyle sur son carbone 2’
3
Q
Comment la base est-elle reliée au sucre?
A
Par une liaison glycosyle
4
Q
Comment est appelé le complexe du pentose et de la base?
A
nucléoside
5
Q
Quelle est la liaison entre le phosphate et le sucre?
A
liaison 5’-phosphomonoester
6
Q
Quelle est la liaison entre les nucléotides?
A
liaison phosphodiester
7
Q
Que forment les liaisons phosphodiester?
A
le squelette sucre-phosphate
8
Q
Quelles sont les deux classes des bases de l’ADN?
A
Purines et pyrimidines
9
Q
Quelles sont les purines?
A
l’Adénine et la guanine
10
Q
Quelles sont les pyrimidines?
A
la cytosine et la thymine
11
Q
Qu’est-ce qu’une purine?
A
une molécule bicyclique
12
Q
Qu’est-ce qu’une pyrimidine?
A
une molécule monocyclique
13
Q
Quelle est la liaison entre une base et un sucre?
A
Liaison glycosyle
14
Q
Quel sommet des pyrimidine est impliqué dans la liaison glycosyle avec le sucre?
A
le sommet N1
15
Q
Quel sommet des purines est impliqué dans la liaison glycosyle avec le sucre?
A
le sommet N9
16
Q
Comment est l’orientation des deux brins d’ADN?
A
Antiparallèle
17
Q
Qu’est-ce qui impose l’orientation opposée des deux brins?
A
l’appariement des bases
18
Q
Quel est le nucléoside de la cytosine?
A
2’-Désoxycytidine
19
Q
Quel est le nucléotide de la cytosine?
A
2’-Désoxycytidine 5’-phosphate
20
Q
Quel est le nucléoside de la thymine?
A
2’- Désoxythymidine
21
Q
Quel est le nucléotide de la thymine?
A
2’- Désoxythymidine 5’- phosphate
22
Q
Quel est le nucléoside de l’adénine?
A
2’-Désoxyadénosine
23
Q
Quel est le nucléotide de l’adénine?
A
2’-Désoxyadénosine 5’-phosphate
24
Q
Quel est le nucléoside de la guanine?
A
2’- Désoxyguanosine
25
Quel est le nucléotide de la guanine?
2'- Désoxyguanosine 5'-phosphate
26
Quelles sont les liaisons entre les bases complémentaires?
liaisons hydrogène
27
Que permet les liaisons hydrogènes entre les bases complémentaires?
Elles assurent la stabilité thermodynamique de l'hélice et la spécificité de l'appariement des paires de bases.
28
Quelles interactions contribuent fortement à la stabilité de la double hélice?
les interactions pi-pi
29
En général, dans quel sens est le pas de la double hélice de l'ADN?
à droite
30
Quelle est la périodicité hélicoïdale de l'ADN?
10 paires de bases par tour
31
Quel est le grand angle qui sépare les deux bases de chaque paires de bases?
240 degrés
32
Quel est le petit angle qui sépare les deux bases de chaque paires de bases?
120 degrés
33
Quelle est la lettre qui symbolise un accepteur d'hydrogène?
A
34
Quelle est la lettre qui symbolise un donneur d'hydrogène?
D
35
Quelle est la lettre qui représente un groupement méthyle?
M
36
Quelle est la lettre qui représente un hydrogène non polaire?
H
37
Quel est le code de la paire A:T dans le grand sillon?
ADAM
38
Quel est le code de la paire T:A dans le grand sillon?
MADA
39
Quel est le code de la paire G:C dans le grand sillon?
AADH
40
Quel est le code de la paire C:G dans le grand sillon?
HDAA
41
Que permettent les codes dans le grand sillon?
Ils permettent aux protéines agissant sur l'ADN de reconnaître une paire de base sans ambiguïté et sans ouvrir la double hélice.
42
Quel est le code de la paire A:T dans le petit sillon?
AHA
43
Quel est le code de la paire T:A dans le petit sillon?
AHA
44
Quel est le code de la paire G:C dans le petit sillon?
ADA
45
Quel est le code de la paire C:G dans le petit sillon?
ADA
46
Quels sont les 3 configurations de la double hélice?
A
B
Z
47
Quelle est la périodicité de la double hélice A?
11 pb/tours
48
Quelle est la périodicité de la double hélice Z?
12 pb/tours
49
Quel est le pas de l'hélice et comment sont le petit et le grand sillon de la double hélice A?
Pas: droit
Petit sillon: superficiel
Grand sillon: Étroit et profond
50
Quel est le pas de l'hélice et comment sont le petit et le grand sillon de la double hélice z?
Pas: Gauche
Petit sillon: Étroit et profond
Grand sillon: Absent
51
Dans quel milieu retrouves-t-on la double hélice A?
Privé d'eau
52
Dans quel milieu retrouves-t-on la double hélice Z?
Milieu hypertonique
53
Quelles sont les 3 différences entre l'ADN et l'ARN?
- ARN contient du ribose au lieu du 2'-désoxyribose
- ARN contient de l'Uracile au lieu de la thymine
- ARN généralement à l'état monocaténaire
54
Quelle est la formule pour connaître le nombre d'entrelacements? Et que représente chaque variable?
E= T+S
E: entrelacements
T: Torsions
S: Supertours
55
Quelle est la définition d'un entrelacement?
Nombre de fois qu'il faut faire passer un brin d'ADN à travers l'autre pour séparer complètement les deux brins
56
Quelle est la définition d'une torsion?
Nombre de fois que les deux brins se croisent
57
Quelle est la définition d'un supertour?
L'ADN s'enroule sur lui-même de sorte que l'axe longitudinal de la double hélice s'entrecroise sur lui-même un certain nombre de fois zzzzzz....
58
L'ADN cellulaire présente-elle un superenroulement positif ou négatif?
négatif
59
Quelles enzymes peuvent relâcher l'ADN superenroulé?
Topoisomérase
60
Combien de brins coupe une topoisomérase de type 1?
1
61
Combien de brins coupe une topoisomérase de type 2?
2
62
La réaction de coupure de la topoisomérase de type 1 est-elle réversible?
oui
63
La réaction de coupure de la topoisomérase de type 1 utilise-t-elle de l'ATP?
Non
64
La réaction de coupure de la topoisomérase de type 2 utilise-t-elle de l'ATP?
Oui
65
Quelle partie du 2'-Désoxyribonucléotide est hydrophobe?
La base
66
Quelle partie du 2'-Désoxyribonucléotide est hydrophile?
Le ribose
67
Qu'est-ce qu'un nucléoside?
La base + désoxyribose
68
Quelle liaison relie la base au désoxyribose?
Pont glycosidique
69
Comment les nucléotides sont-ils reliés entre eux? (quelle liaison entre quoi et quoi?)
- Liaison phosphodiester
- Entre le phosphate du groupement hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate et le groupement hydroxyle en C3 du désoxyribose
70
Comment l'énergie est-elle fournie lors de la liaison phosphodiester entre le phosphate du groupement hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate et le groupement hydroxyle en C3 du désoxyribose?
Par la libération du Pyrophosphate
71
Que permet l'attaque nucléophile?
L'élongation de la chaîne d'ADN
72
Quel type de liaison est une liaison phosphodiester?
Covalente
73
Grâce à quoi se forme la liaison phosphodiester?
Grâce à une attaque nucléophile
74
Que se passe-t-il dans une attaque nucléophile?
Le doublet libre du Réactif nucléophile (O-) cherche à engager une liaison covalente avec l'atome électrophile attaqué (P)
75
Quel type d’interactions y a-t-il entre les anneaux aromatiques des bases qui sont superposés en parallèle?
Interactions hydrophobes
76
À quoi servent les interactions hydrophobes entre les anneaux aromatiques des bases qui sont superposés en parallèle?
stabiliser la molécule
77
Le squelette sucre-phosphate est-il hydrophobe ou hydrophile?
Hydrophile
78
Avec quelles molécules les sucres du squelette sucre-phosphate forment-ils des liaisons hydrogènes?
Molécules d'eau
79
Que font les liaisons Watson-Crick dans l'ADN?
Maintiennent les deux hélices ensemble
80
Les liaisons hydrogènes sont elles des liaisons faibles ou fortes? (Nécessitent-elles beaucoup d'énergie pour être rompues?)
Faibles (nécessitent peu d'énergie pour être rompues)
81
Les liaisons covalentes sont elles des liaisons faibles ou fortes? (Nécessitent-elles beaucoup d'énergie pour être rompues?)
fortes
82
Entre Covalente et hydrogène, quelle liaison est polarisée?
covalente
83
Quelles sont les deux choix d'association de nucléotides pour les liaisons Watson-Crick et Combien de ces liaisons chacune d'elles possèdent?
Adénine-Thymine : 2 liaisons WC
Cytosine-Guanine: 3 liaisons WC
84
Nommez les différentes liaisons Watson-Crick
- 1 entre le radicaux Carbonyle de la Thymine et le groupement amine de l'Adénine
- 1 entre un azote d'Adénine et un radicale amine de Thymine
- 1 entre un azote de Cytosine et un radical amine de Guanine
- 2 entre radicaux carbonyle et amine (Cytosine-Guanine)
85
Quelle sont les trois règles de Chargaff?
1. n adénines = n thymines
et
n Cytosines = n Guanines
2. Liaisons Cytosine-Guanine est plus robuste que liaison Thymine-Adénine
3. C'est la complémentarité des bases qui permet la complémentarité des chaines nucléotiditiques
86
Quelles informations sur la molécule d'ADN l'expérience de diffraction des rayons X de Rosalind Franklin a-t-elle révélé?
- La molécule d'ADN est Hélicoïdale
- La périodicité de l'hélice est de 3,4 nm
- Structure en double hélice
- Il y a un décalage entre les 2 hélices
- molécule complexe formée d'atomes de sucre et de phosphate
87
À plus haute résolution, quelles informations supplémentaires sur la molécule d'ADN peut-on voir?
il y a 10 unités de pb par tour.
| Il y a donc un espacement de 0,34 nm entre deux pb.
88
Qu'est-ce qui est responsable de la structure spécifique en double hélice de l'ADN?
- L'appariement complémentaire des bases
| - L'angle fixe de liaison glycosidique
89
Quelles interactions électrostatiques internes agissent dans la structure en double hélice?
- Liaisons Watson-Crick
| - Liaisons pi-pi
90
Entre quels groupes se forment les liaisons pi-pi?
NH2 (Amine) et C=0 (Carbonyle)
91
Que permet les interactions électrostatiques internes?
Empilement des bases
92
Quels sont les deux sillons présent sur l'ADN de configuration B?
Sillon majeur
| Sillon mineur
93
Quels sont les deux angles des liaisons glycosidiques des sillons?
120 (mineur))
| 240 (majeur)
94
Pourquoi y a-t-il deux sillons différents?
À cause de la géométrie des paires de bases
95
Dans la liaison G:C du sillon majeur, combien d'accepteurs, de donneurs et d'hydrogènes non polaires sont présent?
2 accepteurs
1 donneur
1 hydrogène
96
Dans la liaison A:T du sillon majeur, combien d'accepteurs, de donneurs et de grandes surfaces hydrophobes (groupe Méthyle) sont présents?
2 accepteurs
1 Donneur
1 grande surface hydrophobe (groupe Méthyle)
97
Que permet les codes ADHM du sillon majeur?
Pas besoin de séparer les 2 brins pour reconnaître une zone de l'ADN
98
Quel est le code du sillon majeur de C:G?
HDAA
99
Quel est le code du sillon majeur de G:C?
AADH
100
Quel est le code du sillon majeur de A:T?
ADAM
101
Quel est le code du sillon majeur de T:A?
MADA
102
Quel est le code du sillon mineur de C:G?
ADA
103
Quel est le code du sillon mineur de G:C?
ADA
104
Quel est le code du sillon mineur de A:T?
AHA
105
Que lest le code du sillon mineur de T:A?
AHA
106
Comment l'enzyme peut reconnaître une séquence dans le sillon majeur?
Par la liaison d'un facteur de transcription (une protéine en doigt de zinc) dans le sillon majeur
(Atome de zinc chanrgé + donc attiré par les groupes chargés - )
107
Quel est l'avantage de ne pas avoir à ouvrir la double hélice lors de la reconnaissance des séquences d'ADN par les protéines? (utilisation des codes du sillon majeur)
Les liaisons hydrogènes restent intactes donc économie d'énergie
108
Combien de topologies de la double hélice existe-t-il? Quels sont leur nom?
3
A
B
Z
109
Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice A?
11
110
Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice B?
10
111
Combien de paires de bases par tour y a-t-il pour la double hélice Z?
12
112
Quel est le pas de l'hélice A?
Droit
113
Quel est le pas de l'hélice B?
Droit
114
Quel est le pas de l'hélice Z?
Gauche
115
Comment est le grand sillon de l'hélice A?
Étroit et profond
116
Comment est le grand sillon de l'hélice B?
Large
117
Comment est le grand sillon de l'hélice Z?
Absent
118
Comment est le petit sillon de l'hélice A?
Superficiel
119
Comment est le petit sillon de l'hélice B?
Étroit
120
Comment est le petit sillon de l'hélice Z?
Étroit et profond
121
Comment distinguer la forme A et B de la double hélice?
Par la conformation de leurs désoxyriboses
122
À quoi sert la topoisomérase?
À rompre le squelette externe de la double hélice pour faire des isomères topologiques
123
Que sont les isomères topologiques?
Différentes conformations d'un même brin d'ADN dont le nombre d'entrelacements (E de la formule E=T+S) est différent
124
Pourquoi la topoisomérase est-elle importante pendant la réplication?
Parce qu'elle va supprimer les supertours en amont de l'enzyme qui sépare les brins (sinon cette dernière va être bloquée par trop de supertours)
125
Combien de type de topoisomérase y a-t-il?
2
126
Quelles sont les étapes de coupure de la topoisomérase de type 1?
1) coupure d'un simple brin
2) passage du brin non coupé
3) Collage du brin coupé
127
Est-ce que la réaction de la topoisomérase de type 1 est réversible?
oui
128
La topoisomérase de type 1 utilise-t-elle de l'ATP?
non
129
Comment se déroulent les 2 attaquent nucléophiles de la topoisomérase de type 1?
1) le groupe phosphoryle exposé de l'ADN se lie par covalence à un résidu tyrosyle de l'enzyme
2) La liaison phosphotyrosine conserve l'énergie libre du pont phosphodiester coupé. Le Brin d'ADN peut donc être recollé en inversant la réaction de coupure du pont phosphodiester
130
Combien de brins sont coupé par la topoisomérase de type II ?
2 brins
131
Comment se déroule la coupure par la topoisomérase de type II?
1) L'enzyme s'ouvre pour accueillir un premier segment d'une molécule d'ADN double brin
2) un second fragment de la même molécule d'ADN s'y ajoute
3) L'enzyme accroche 2 molécules d'ATP et coupe le premier segment qui laisse alors passer le 2e segment au travers de cette brèche
4) la topoisomérase recolle le premier segment avant de relâcher les 2 segments
132
Quel est le bilan global de la réaction enzymatique de la topoisomérase de type II?
Cela inverse le sens du croisement des segments
133
À quoi sert l'hydrolyse de l'ATP dans la réaction de la topoisomérase de type II?
Opérer le changement de conformation de l'enzyme et non pas pour couper le double brin
134
Quel type de topoisomérase peut décaténer?
Type II
135
Quels type de topoisomérases peuvent relâcher?
type I et II
136
Quel type de topoisomérase peut démêler?
Type II
137
Dans quels domaines du vivant les topoisomérases de type I et II existent?
Les 3 domaines
138
Quel est la différence entre le ribose de l'ARN et le désoxyribose de l'ADN?
```
ARN= 2 groupes hydroxyles
ADN = 1 groupe hydroxyle
```
139
Quelle est la conséquence pour l'ARN d'avoir un 2e groupe hydroxyle?
Rend l'ARN sensible à l'hydrolyse alcaline, ce qui entraîne la cyclisation du nucléotide donc à la coupure de la chaîne Ribose-Phosphate
140
L'ARN peut-elle adopter les mêmes conformations que l'ADN?
oui
141
Quelles sont les conformations de l'ARN les plus importantes?
- Replis en trois dimensions
- ARN de transfert
- Molécules d'ARN ribosomiques
142
L'Appariement des bases de l'ARN obéit-il aux mêmes règles que les liaisons Watson-Crick de l'ADN?
oui
143
Pourquoi certains ARN ont des activités catalytiques?
À cause de leur structure tertiaire aussi complexe que celle des protéines (Ce sont des ribozymes)
144
Quels sites possèdent les Ribozymes?
1 site actif
1 site de liaison avec le substrat
1 site de liaison avec un cofacteur
