Chapitre 4 Flashcards by Eleanore Aubin

Combien il y a de fourches de réplication chez les bactéries ? Combien il y a de fourches de réplication ?

1
2

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Combien il y a d’origine de réplication chez les eucaryotes ?

Des milliers

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Vrai ou faux: les ORs sont aux deux extrémités des chromosomes ?

Faux, elles sont toutes les 30-50 kilosbases

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Quels sont les 3 facteurs influençant la dormance/activation des Ors ?

L’ÉTAT DE COMPACTION DE LA CHROMATINE,
DE LA DISTANCE DES AUTRES ORs EN ACTION,
DU STADE DE DÉVELOPPEMENT DE L’EMBRYON

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Pourquoi les Ors sont riches en AT ?

Parce qu’elles sont ^lis facile à ouvrir

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Par quel carbone du désoxyribose vient s’attacher le dGTP, dATP, dCTP ET dTTP

VIA LE GROUPE HYDROXYLE EN 5’ DU DÉSOXYRIBOSE

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Dans quel sens se forme le brin complémentaire ?

LA SYNTHÈSE DU BRIN COMPLÉMENTAIRE SE DÉROULE DE 5’ vers 3’

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Vrai ou Faux: CONTRAIREMENT À L’ARN POLYMÉRASE, L’ADN POLYMÉRASE NE PEUT AJOUTER
SEULE DES NUCLÉOTIDES

Vrai

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De quoi l’ADN polymérase a besoin pour fonctionner ?

Une amorce ARN ou ADN

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Que nécessite L’ADDITION D’UN NUCLÉOTIDE (dNTP) À LA CHAINE EN VOIE DE SYNTHÈSE DE LONGUEUR n ?

1) RUPTURE DE LA LIAISON PYROPHOSPHATE α-
2) L’HYDROLYSE DU PYROPHOSPHATE (= rupture de la liaison PYROPHOSPHATE PAR UNE ENZYME, LA PYROPHOSPHATASE,

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Vrai ou faux la synthèse de l’ADN est une réaction couplée et réversible

vrai

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Quelle est une des spécificités de l’ADN polymérase ?

Le même site actif est présent pour 4 réactions différentes [adénine, guanine,cytosine,thymine]

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Quelle est la majeur différence entre les rNTP et les dNTP ?

LES rNTPs (ARN) SONT 10X PLUS NOMBREUX QUE LES dNTPs (ADN). POURTANT, ILS SONT INCORPORÉS 1000X MOINS SOUVENT

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Comment l’ARN polym”rase reconnait les rNTP/dNTP ?

Grâce au phénomène d’exclusion stérique au nveau de son site actif

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Quels sont les trois modes d’action du site actif de l’ADN polymérase ?

1) LA CAVITÉ DE LIAISON AUX NUCLÉOTIDES EST TROP PETITE POUR ABRITER LES 2 GROUPEMENTS HYDROXYLES (-OH) DES RIBONUCLÉOTIDES.
(2) CETTE CAVITÉ EST DÉLIMITÉE PAR 2 ACIDES AMINÉS QUI FONT DES CONTACTS ÉLECTROSTATIQUES VAN DER VAALS AVEC L’ANNEAU DU SUCRE.
(3) SI CES 2 ACIDES AMINÉS (GLUTAMATES) SONT CHANGÉS
= PLUS AUCUNE DISTINCTION POSSIBLE ENTRE rNTPs ET dNTPs

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A quoi on compare le site de liaison de l’ADN polymérase ?

A une main à trois domaine
Paume, doigts et pouce

Quels sont les deux fonctions de l’ADN polymérase ?

(1) POLYMÉRASE
(2) EXONUCLÉASE
À 2 SITES DISTINCTS
DE LA PAUME

Vrai ou faux: les 2 fonctions polymérase et exonucléase sont au même site dans la paume

Faux

Dans quel domaine est situé l’activité polymérase ?

Dans la paume

Dans quelle parie exact se passe l’activité catalytique ?

Dans le feuillet B

Comment fonctionne le feuillet B de la paume ?

BASE (-) + 3’-OH + Mg2+ -> 3’-O-
L’HYDROXYLE DÉPROTONNÉ 3’-O- ATTAQUE ALORS LE PHOSPHATE a DU dNTP.
LES IONS Mg2+ COORDONNENT LES CHARGES NÉGATIVES DES 2 AUTRES PHOSPHATES b ET g POUR :
(1) S’ASSURER QUE LE 3 ’-O- ATTAQUE BIEN LE PHOSPHATE
a DU dNTP.
(2) STABLISER LE PYROPHOSPHATE.

Que se passe t-il QUAND IL Y A MÉSAPPARIEMENT,soit des INTERFÉRENCEs AVEC LES CONTACTS
DU SILLON MINEUR

(1) CATALYSE RALENTIE,
(2) AFFINITÉ RÉDUITE,
(3) REJET DE L’AMORCE DU SITE CATALYTIQUE DE LA POLYMÉRASE

Quel site agit pour pallier à ce mésappariement ? où se trouve t-il ?

Le site exonucléase
dans la paume

Quelle est le rôle des doigts dans la catalyse ?

(1) LIAISON AVEC LE dNTP ENTRANT,
(2) BLOCAGE DE SON APPARIEMENT PRÈS DES IONS MÉTALLIQUES QUI FAVORISENT LA CATALYSE

Vrai ou faux: La paume et les doigts ne fonctionnent pas ensemble

FAUX: → La catalyse de l'ajout d'un nucléotide nécessite la présence de magnésium (Mg²⁺). → Deux résidus aspartate (Asp), qui sont très conservés dans le site actif de l’enzyme [PAUME], interagissent avec ces ions. → Ces interactions stabilisent le Mg²⁺, ce qui est essentiel pour activer le groupement phosphate du nucléotide entrant et faciliter l’attaque nucléophile sur l’extrémité 3’-OH du brin en croissance

SI on résume en deux phrases l'utilité de la paume et des doigts

->Les "doigts" stabilisent le substrat pour favoriser l’incorporation correcte des nucléotides. ->Le domaine de la "paume" contient des résidus Asp qui interagissent avec Mg²⁺ pour activer la réaction de polymérisation

Vrai ou faux: Lorsque les doigts S’ASSOCIENT AU BRIN MATRICE ET LE COUDENT À 90°, ENTRE LA 1ÈRE ET LA 2IÈME BASE, EXPOSENT LES DEUX BASES DE LA MATRICE AU SITE CATALYTIQUE.

FAUX, elle expose que la première base

Que se passe-t-ilÀ CHAQUE FOIS QUE L’ADN POLYMÉRASE AJOUTE UN NUCLÉOTIDE AU BRIN NÉOFORMÉ ?

(1) LE dNTP S’APPARIE AVEC LA PREMIÈRE BASE LIBRE DU BRIN MATRICE. (2) LES DOIGTS EMPRISONNENT CET APPARIEMENT

Que permet CETTE CONFORMATION DE L’ENZYME ?

LES IONS MÉTALLIQUES Mg2+ OU Zn2+ DANS UNE POSITION IDÉALE POUR FAVORISER LA CATALYSE DE L’ATTAQUE NUCLEOPHILE PERMETTANT LA SYNTHÈSE DE LA LIAISON PHOSPHODIESTER

Que permet LA FIXATION DU NOUVEAU NUCLÉOTIDE APPARIÉ ?

1) liaison phosphodiester avec l'amorce 2) réouverture des doigts

Vrai ou faux: CONTRAIREMENT À LA PAUME ET AUX DOIGTS, LE POUCE N’EST PAS INTIMEMENT LIÉ À LA CATALYSE

Vrai

Quel est le rôle du pouce ?

(1) MAINTIENT L’AMORCE POUR GARANTIR UNE POSITION VACANTE EN FACE DE LA PREMIÈRE BASE LIBRE DE LA MATRICE ET DU SITE CATALYTIQUE. (2) MAINTIENT LA POLYMÉRASE À SON SUBSTRAT il augmente la processivité de lenzyme

Pourquoi on dit que L’ADN POLYMÉRASE EST UNE ENZYME DITE PROCESSIVE.

= CAPACITÉ DE CATALYSER DE NOMBREUSES RÉACTIONS CONSÉCUTIVES

Quelle chose marrante est à savoir sur la différence entre la processivité et le temps d'appariement chez les différentes polymérases ?

LA PROCESSIVITÉ VARIE ENTRE DIFFÉRENTES POLYMÉRASES = 1 À 10 000 nucléotides / seconde. EN REVANCHE, LE TEMPS DE FIXATION EST TOUJOURS LENT = 1 SECONDE

Vrai ou faux :L’AFFINITÉ DE LA POLYMÉRASE POUR SON SUBSTRAT N’EST PAS SPÉCIFIQUE À LA NATURE DE LA SÉQUENCE

Vrai

Pourquoi cette non spécificité est cool ?

CE QUI FACILITE SON MOUVEMENT LE LONG DE L’ADN

Entres quels parties de l'ADN/ADN polymérase se passent des interactions électrostatiques permettant une glisse ?

->L’EXOSQUELETTE (PHOSPHATES) ET LE POUCE ->SILLON MINEUR ET LA PAUME

Vrai ou faux: APRÈS CHAQUE AJOUT D’UNE BASE, LES LIAISONS HYDROGÈNES SONT ROMPUES ENTRE LA POLYMÉRASE ET LE SILLON MINEUR

vrai

Que permet la PCNA ?

LORS DU GLISSEMENT DE LA POLYMÉRASE, LES INTÉRACTIONS AVEC LE POUCE SONT MAINTENUES : L’ADN SE LIE À NOUVEAU À LA POLYMÉRASE, À LA POSITION n+1, GRÂCE À SA PROPRIÉTÉ DE LIAISON NON SPÉCIFIQUE À LA SÉQUENCE. LA PROCESSIVITÉ DE LA POLYMÉRASE EST MÊME ACCRUE PAR L’ACTION D’UNE PROTÉINE EN FORME DE PINCE COULISSANTE (= PCNA chez Eucaryotes). LE POUCE EMPÊCHE LA POLYMÉRASE DE SE DÉCROCHER