citoplasma bacteriano Flashcards
como saber cómo de lleno está el citoplasma
mediante el método SPT (single protein tracking)
- marcamos la proteina con un fluoróforo pequeño y miramos como difunde:
- en agua va 10 veces más rápido (ningún impedimento)
- en las eucariotas van 5 veces más rápido (menos llenas)
molecular crowding
como de lleno está el citoplasma
se calcula dividiendo el volumen ocupado por las moléculas entre el total y suele ser del 20%.
- a más concentracion de susutrato más rápido ocurren las reacciones bioquímicas pero más le cuesta difundir
- Km: concentracion de sustrato a la cual la velocidad de reaccion es la mitad
- si la concentracion de sustrato supera la Km la reacción no presentará limitación por difusión, esto ocurre en el 66% de las reacciones
- existe un crowding homeostasis en las que las concentraciones de los sustratos no cambian aunque cambian las ocndiciones
compoartimentalización bacteriana
- no tiene compartimentos pero sí compartimentalización
- ej: ADN en el centro y ribosomas separados de este en poros
- puede haber cosas unida a la membrana o podríamos encontrar inclusiones.
tipos de inclusiones
- polímeros de almacenamiento: como reserva para periodos de ayuno
- iclusiones minerales: carbonatos, azufre o polifosfatos
- vesículas de gas: para sufergirse o flotar
- magnetosomas: con partículas de hierro que les permiten orientarse en el campo terrestre
orgánulos sin membrana = compartimentalizacion
- Condensados moleculares
Condensados moleculares
- se deben a una propiedad fñisica de cambio de fase líquido-líquido
- agrupa a bacterias que tienen la misma función
- sirve para las reacciones en cadena
- hacen una compartimentalización duncional
microcompartimentos bacterianos
- encampsulaciones proteicas que se dan en el interior del citoplasma similar a las cápsides virales
- dentro de estas estan los carrboxisomas y los metabolosomas
- los genes forman un cluster continuo
carboxisomas
- ej: enzima rubisco/ ribulosa trifosfato carboxilasa: se encarga de fijar CO2 y para ello necesita mucha cantidad de este
- lo cosigue gracias a la anhidrasa carbónica que también está dentro
- tanto la ribulosa como el CO2 son muy sensibles y de esta forma lo estamos protegiendo
metabolosomas
- generalmente se usan para degradar sustancias que en altas cantidades son tóxicas
- ej: eliminacion del aldehido que además se aprovecha para obtener energía
- la microbiota intestinal suele empelarlas para digerir alimentos de dificil digestión
ribosomas bacrerianos
- son 70S, cuando estan en estado inactivo/ ibhernacion = 100S fotmando dímeros inactivos
- subunidas grande: 23 y 5S y 31 proteinas
- subunidad pequeña: 16S y 21 proteinas y contiene el factor de inicio de la transcripción junto a 1 GTP. se emplea para estudios taxonómicos
iniciación de la traducción
- en el ARNm los codones de iniciación están separados por secuencias Shine-Delgarno que permitirá la alineación de la sub perqueña y el ARNm
- las secuencias de union al ribosomas son GGAGG
- necesitamos factores de iniciacion: IF-1 y 3 se unen a la sub pequeña
- tras esto se une IF-2- GTP, ARNm y ARNt
- se liberan IF 1 y 3
- para el acople de la subunidad grande se hidroliza y se libera IF-2
- el ARNt lleva una N- formilmetionina y se posiciona en el sitio P
elongacion de la traduccion
- necesitamos factores de elontacion: EF-tu-GTP, EF-ts y EF-G-GTP
- los dos primeros guiarán al siguiente ARNt al sitio A
- una vez aqui se usa EF-tu.GTP para generar el enlace peptidico y el aa del ARNt que esta en P se une al del A
- la translocacion se porduce por la hidrolisis de EF-G-GTPp
- para la elongacion vamos a necesita eEF- 1a que necesitamos que tenga GTP, este se le proporcion eEF1. una vez que le tiene ya permite que llegue el próximo ARNt. si le inhibimos estaremos inhibiendo la traducción
terminacion de la traduccion
- cuando llega un codos de finalizacion se unen factores de terminacion (RF) que permiten la liberacion del polipeptido y del resto del complejo por hidrólisis
- RF1, 2 y 3: liberacion del polipeptido
- RRF: desemsamblaje ribosomal
antibióticos aminoglucósidos
- atacan el ARNr 16S o la subunidad pequeña
- impiden la síntesis proteica
entrada - union a LPS o a ácidos teicosicos y desplazamiento de cationes
- entrada por transposporte acivo por gradiente de concentración
- derivados de los glucósidos, del anillo 2-desoxi estreptamina
- son un tipo de estreptomicina
resistencia de los antibióticos aminoglucósidos
- modificaciones en la diana: ej: metilaciones que le impidan unirse y actuar en el 16S
- bonbas de flujo que lo expulsen al exterior de la bacteria
- enzimas modificantees que se localizan en plásmidos: Acetiltransferasas. nucleotidiltransferasas y fosfotransferasas
