Cours 1 Flashcards
(80 cards)
1
Q
Sous unités de l’ADN
A
nucléotides
2
Q
composition nucléotide
A
sucre, grp phosphate, une des quatre bases azotées (A,T,G,C)
3
Q
Pyrimidines
A
C, T
4
Q
Purines
A
A, G
5
Q
La double hélice est dite anti parallèle car
A
un brin va dans la direction 5’ -> 3’ et l’autre dans la direction 3’ -> 5’
6
Q
5’ et 3’ désignent quoi
A
- le nombre de molécules de carbone dans le squelette de sucre
- 5’ prossède grp P et 3’ grp hydroxyle
7
Q
Lien phosphodiester
A
Relie nucléotide entre eux
8
Q
la torsion de la double hélice d’ADN et la géométrie des bases créent un écart plus large appelé ______ et un plus étroit appelé _____
A
- sillon majeur
- sillon mineur
9
Q
Sillons
A
importants sites de liaisons des protéines qui maintiennent l’ADN et régulent activités des gènes
10
Q
Pourquoi le diamètre de l’hélice est uniforme?
A
Pcq grande base purine toujours associée à petite pyrimidine
11
Q
quelques chiffres (ADN)
A
- 10,5 paires de base par tour d’hélice
- 3,5 nm par tour d’hélice
- Rotation de 34,3
- 2 nm de diamètre
12
Q
3 formes adn
A
- ADN-B
- ADN-Z
- ADN-A
13
Q
ADN-B
A
Forme classique originale, dite hélice droite
14
Q
ADN-Z
A
- conformation gauchère de l’ADN en forme de zigzag
- tourne vers la gauche
- Plus haute
15
Q
ADN-A
A
- Forme rare qui n’existe que dans l’état déshydraté
- diffère de la forme B par une rotation de 20 degrés de l’axe perpendiculaire de l’hélice
- Rotation moindre, plus compacte
- plus large
16
Q
Particularité ADN-Z
A
Incompatible avec l’assemblage nucléosomal et peut être présent pour dégager certains promoteurs
17
Q
De l’ADN-B à Z
A
- Un segment d’ADN B constitué de paires de GC peut être converti en ADN-Z lorsque les bases sont tournées de 180 degrés
- La distance entre les paires de bases est plus grande que dans l’ADN B et ADN a forme zig zag
18
Q
Jonction de Holliday
A
- formée lors de la recombinaison homologue d’ADN portant la même info génétique
- configuration cruciforme
- 2 bras s’apparient avec deux autres bras
19
Q
ADN H ou ADN Triplex
A
- ADN tricaténaire
- joue rôle dans régulation de l’expression des gènes en modulant leur transcription en ARN
20
Q
Comment se forme le 3e brin sur ADN H
A
Molécule d’ARN qui agit avec molécule ADN
21
Q
ADN G
A
- séquences riches en G forment des “G-quartets” résultant de l’appariement Hoogsteen entre quatre résidus G
- réguler expression + protéines
22
Q
Longueur de persistance
A
la longueur maximale de l’ADN pour laquelle la flexibilité est réduite de façon importante et l’ADN est considéré comme rigide (Angle = L/R)
23
Q
Par quoi est induite la courbe de l’ADN?
A
- séquence primaire (intrinsèque)
- protéines (extrinsèque)
24
Q
Permutation Shift assays
A
- identifier séquences qui produisent la courbure
- clonage de deux fragments de 241 pb en tandem
- digestion du dimère avec enzyme de restriction qui coupent une fois dans chaque fragment
- produit série de fragments d’ADN de 241 pb circulaire
25
Position de l'élément de courbure sur un gel
- Plus central, fragment retardé sur le gel (migre moins loin)
- Moins central, fragment migre plus
26
Quelle est la séquence de courbure dans un fragment d'ADN du kinétoplaste
5 A, précédé et suivi d'un C et T
27
Qu'a permis de mettre en évidence le permutation shift essay
- les séquences riches en AT permettent une courbure intrinsèque de l'ADN
- Pour induire courbure, séries de A phasées à toutes les 10 pb
28
Modèle jonctionnel
Courbure produite par jonction d'une hélice de type B par une hélice de produit non B produite par la série de A
29
Modèle cunéiforme
- sommation du rapport géométrique entre les bases
- orientation des bases A-T (tilt et roll)
30
exemple courbures induites par les protéines
- accès au promoteur de gènes et régulation de la transcription
- réplication/réparation ADN
- compaction de l'ADN
31
courbures induites par les protéines
- certaines protéines ont des séquences ou sites spécifiques dans l'ADN pour interagir
- éléments de la séquence primaire peuvent conférer de la courbure dans l'ADN
- ex: AT riche interagisse avec histones
32
Types de liaisons impliquées dans l'interaction ADN-protéine
- hydrogènes
- hydrophobes
- électrostatiques
33
Liaison hydrogène
- mode d'interaction principal
- non covalente (facile à briser)
34
Interactions hydrophobes
- portions non chargé de molécule à l'abri de l'eau
- stabilise structure protéines
35
Interactions électrostatiques
- Salt bridge
- Van der waals
36
Principe de la liaison spécifique
- ponts hydro et intera. électro des pb fournissent patron spécifique pour liaisons avec protéines
37
4 groupes a.a
- a.a à chaîne latérale non polaire
- a.a sans chaîne latérale
- a.a à chaine latéral polaire
- a.a à chaine latérale chargée
38
Spécificité interactions a.a
- certains a.a adaptés pour faire liaisons H avec pb
- implique sillon majeur de l'ADN type B
- implique hélice alpha des protéines
39
Comment peut être observé et quantifié le superenroulement de l'ADN?
- o: microscopie électronique
- q: migration sur gel (super enroulé migre plus que relâché)
40
la torsion de l'ADN introduit une supertorsion. Il existe donc une relation directe entre...
le niveau de torsion et le superenoulement
41
3 paramètres du superenroulement
- Lk (linking number)
- Tw (Twist)
- Wr (Writhe)
42
Lk
nombre de fois qu'un brin passe par dessus l'autre (si gauche négatif)
43
Tw
nombre de tour d'hélice avant ou après la torsion
44
Wr
décrit superenroulement de l'hélice dans l'espace
45
Théorème de White Fuller
Lk = Tw + Wr
46
Lk adn relaxé
Lko = N/10.5 (N = pb)
47
Si la valeur Lk est < Lko
superenroulement négatig
48
Si la valeur Lk est > Lko
superenroulement pos
49
ADN topoisomérases
- contrôle superenroulement
- contrôle structure topologique de l'ADN
- permet introduire supertours négatifs et enlever supertours dans adn
- rôle essentielle étapes vie cell
50
2 types adn topoisomérases
- type 1: adn topo-isomérases
- type 2: adn gyrases
51
adn gyrase (type 2)
permet de faire tourner adn
52
Comment les topoisomérases contrôlent la structure topologique de l'ADN?
- génère des coupures transitoires
- catalyse passage des segments d'ADN à travers ces coupures avant de les refermer
53
Différence Topo type 1 vs type 2
- 1: brisures simple brin, changement lk un par un
- 2: brisures double brins, changement lk deux à la fois
54
Importance topologie de l'ADN
influe sur fonctionnement dans la cellule
55
Pourquoi équilibre topoiso et gyrase important?
- pour que cellule maintienne fonctions normales
- si une des deux non fonctionnelles, léthal pour la cellule
56
histones
- protéines structurelles spécialisées, capable d'interagir avec ADN
- chargée pos
- domaine c terminal globulaire très structuré
- n terminal non structurées, dépassent ext ADN, cible modifications chimiques
57
Nucléosome
- composé de 8 molécules d'histones (deux exemplaires de chaque) autour duquel s'enroule environ 147 pb d'ADN
58
Différentes histones
- H2A
- H2B
- H3
- H4
59
structure histones
- domaine c terminal a trois hélices alphas séparées par deux courtes boucles
- permet dimérisation des histones
60
"couple" d'histone
- H2A et H2B
- H3 et H4
- deux histones de chaque classe s'associe en un octamère autour duquel s'enroule le double brin d'ADN
61
Assemblage nucléosome
1) synthèse histones dans cytoplasme et modification post traductionnelles
2) Chaperons se lient aux histones, facilitent pliage et transportent vers noyau
3) Deux histones H3 et deux H4 se réunissent et forment tétramères
4) Tétramère se lie à ADN avec l'aide des chaperons
5) deux dimères H2A-H2B se lie au tétramère H3-H4. Fait octamère d'histone et adn s'enroule entièrement
6) 147 pb d'ADN s'enroule autour de l'octamère, chaperons aident, courbure de l'ADN
7) H1 se lie à adn, stabilise structure et bloque adn autour des histones
62
Fonction variants d'histones
- accroissent complexité dans assemblage chromatine (compaction)
- réparation adn, inactivation chromosome sexuel, etc
63
Linker ADN
- H2AX, 50 pb
- H1 se lie sur linker
- réparer adn
- gagne en espace
- 2nm -> 11 nm
64
Qu'entraîne les interactions ente les nucléosomes?
formation d'une structure secondaire
65
Modèles de structures secondaires
- solénoïde
- zigzag
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structure solénoïde
- nucléo reliés par adn de liaison courbé
- nucléo positionnés avec protéines histones H1 tournées vers le centre
- vide au milieu
67
structure en zigzag
- nucléo empilés à la périphérie et adn de liaison traverse axe d'enroulement entre chaque nucléo successif
- linker plus au centre
68
Réplisome
Complexe de réplication
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Dynamique de la chromatine au cours de la réplication
- Nouvelles histones synthétisées afin de conditionner nouvel ADN
- nouvelles et anciennes histones se réassemblent
- histones maternelles réparties aléatoirement entre les deux brins répliqués
- tétramère H3/H4 restent intacts
70
Histones lors de la réparation de l'ADN
- coordonnée ave réparation de l'ADN
- jouent rôle essentiel dans réparation
71
dynamique des histones à la chromatine endommagée
- Enlève vieilles histones
- zone accessible pour réparer
- incorpore nouvelles histones
72
Remodelage de la chromatine
- permet à cellule de moduler expression gènes sans changer génétique
- protéines utilisent atp pour faire chgt conformationnels
- acteur majeur: complexe swi/snf
73
Comment les facteurs de remodelage peuvent se rapprocher de la chromatine?
affinité avec facteurs de transcription
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Facteurs de remodelage capable de:
- faire glisser octamères d'histones
- éjecter octamères d'histones
- échanger des dimères d'histones dans nucléosome
75
Activité complexe SWI/SNF
1) Liaison complexe à chromatine
2) Avec ATP, chgt conformation nucléosome, remodelage de la chaîne
3) remodelage entraîne transfert octamère vers différents segments adn ou glissement octamère pour réparer adn
76
Hétérochromatine
- gènes réprimés, plus condensés
- gènes non actif (+ foncé)
77
euchromatine
- moins condensé
- gènes actifs
78
Certaines régions de chromatine en domaine
- LADs (Lamina associated domain)
- TADs (Topologically associated domain)
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LADs
régions d'hétérochromatine qui interagissent avec lamine nucléaire pour stabiliser architecture nucléaire
80
TADs
fournissent environnement favorable pour régulation de l'expression génique
