Cours 12 Flashcards
Quelles sont les bases de la traduction ?
En commençant, il faut savoir que la vaste majorité des organismes utilise le même code pour passer du langage des nucléotides au langage des acides aminés, soit le même code génétique. Il existe quelques rares exceptions. L’ADN et l’ARN utilisent 4 bases, tandis que le langage des protéines utilise 20 acides aminés différents. C’est donc évident que chaque base de l’ADN ne peut pas encoder directement un acide aminé. Si on réfléchit à combien de possibilités des doublets de bases peuvent encoder, on va dire 4^2, nous donne seulement 16 possibilités. Mais il y a 20 acides aminés, donc logiquement, il faudrait au minimum des triplets de bases pour avoir suffisamment de possibilités, 4^3 = 64 dans ce cas-ci.
Effectivement, c’est une idée qui a été validée expérimentalement. Donc en somme, le code génétique se compose de ce qu’on appelle des codons, soit des mots de 3 lettres. On va utiliser le mot codon pour désigner les ensembles de 3 bases dans l’ARN, par exemple ici UAC qui encode l’acide aminé tyrosine, mais on peut aussi nommer codon, l’ensemble de 3 bases correspondantes dans l’ADN, donc TAC = tyrosine.
Les codons sont toujours traduits à la suite de l’un de l’autre dans le sens 5’ –> 3’.
Quelles sont les caractéristiques principales du code génétique ?
1- Le code génétique est dépourvu d’ambiguïté: tout codon ne prescrit qu’une seule espèce d’acide aminé.
2- Pour la plupart des acides aminés, il existe plusieurs codons (ex: 6 pour la Ser; 4 pour la Gly; 2 pour Lys). (Le code génétique est dégénéré). Les divers codons spécifiant un acide aminé donné sont des codons synonymes. La dégénérescence du code génétique atténue l’effet des mutations parce que le changement d’une seule base forme souvent un codon qui spécifie encore le même acide aminé. La méthionine (AUG) et le tryptophane (UGG) sont les seuls acides aminés spécifiés par un seul codon.
3- Parmi l’ensemble des 64 codons, seuls 61 spécifient des acides aminés. Les 3 autres codons (UAA, UGA et UAG) sont des codons de terminaison ou codons-stops.
Qu’est-ce qu’un cadre de lecture?
Définition: Le point de départ potentiel d’une suite de codons (mots de 3 lettres). La traduction fidèle du code génétique repose donc sur la fixation du cadre de lecture approprié à la traduction d’une région donnée de la séquence nucléotidique.
Il y a seulement trois cadres de lecture possibles
Qu’est-ce que le cadre de lecture ouvert?
Définition: la partie d’un cadre de lecture avec le potentiel d’encoder une protéine. C’est une série de codons sans codon de terminaison.
AUG: le codon d’initiation
Chez les humains en moyen une protéine a 375 acide aminés = 1,125 ntds
Quelles sont les mutations possibles dans le domaine codant de l’ADN ?
D’abord, les mutations silencieuses, comme le nom indique, on change un nucléotide du codon sans changer l’identité de l’acide aminé. Les mutations faux sens, changent l’acide aminé et souvent ont un effet, surtout quand l’acide aminé est très différent. Ensuite nous avons les mutations non sens où un codon de terminaison substitue un codon qui encodait un acide aminé. Dans ce cas la plupart du temps, nous avons un effet. Par contre, la mutation inverse, où on perd un codon de terminaison (continuation ou RT) donne une protéine avec une extension C-terminale mais fonctionnelle. A noter que si nous avons une perte de 1 ou 2 nucléotides, on décale le cadre de lecture, cette sorte des mutation inactive toujours la protéine sur tout si le changement est au début du cadre de lecture.
100 mutations faux sens ou non sens/par personne
Quelle molécule sert d’interprète entre les nucléotides et les acides aminés ?
Rôle: Les molécules d’ARN de transfert servent d’interprètes à la lecture du code génétique, elles sont les médiatrices-clés entre la séquence nucléotidique de l’ARNm et la séquence d’acides aminés polypeptidique.
Ce rôle exige que la cellule dispose d’au moins 20 espèces différentes d’ARNt (un pour chaque acide aminé) et que chacun de ces ARNt puisse reconnaître au moins un codon de l’ARNm.
Quelle est la structure 2D des ARNt ?
Composé de 73-95 nucléotides
En forme de feuille de trèfle
Les bases de l’extrémité 5’ s’apparie ent à celle de la région bordant l’extrémité 3’ pourru former une tige appelée tige acceptrice ou tige de l’acide aminé.
La boucle située à l’opposée de la tige acceptrice porte l’anticodon, séquence de 3 bases qui se fixe de façon complémentaire à un codon de l’ARNm. Le lobe qui porte l’anticodon est désigné lobe anticodon.t
Deux des lobes de l’ARNt se distinguent par le fait qu’ils comportent des nucléotides modifiés par covalence. Parmi ces lobes, celui qui porte une thymidine (t) suivie d’une pseudo-uridine (ψ) et d’une cytidine (c) est désigné lobe tψc tandis que le lobe contenant des résidus dihydro-uridine est appelé lobe D.
Quelle est la structure tertiaire d’un ARNt?
La structure tertiaire de l’ARNt assume une forme en L, où une partie contient la tige acceptrice (et la tige T) et l’autre contient la boucle de l’anticodon (et la tige D). À remarquer que le site qui attache l’acide aminé et l’anticodon qui reconnait le codon sont dans des extrémités opposées de la molécule.
Quel est le rôle du lobe anticodon?
Sa fonction est de reconnaitre le codon
Les molécules d’ARNt reconnaissent les molécules d’ARNm grâce à l’appariement des anticodons avec les codons.
Les appariements entre codons et anticodons appartiennent pour la plupart au type Watson-Crick classique: A s’apparie à U, G s’apparie à C et les brins sont de sens antiparallèles dans les zones bicaténaires.
On y a cependant observé des variants tolérants d’autres types d’appariements en position 5’ de l’anticodon (G-U).
À remarquer que l’appariement codon-anticodon est antiparallèle
Qu’est-ce que Wobble ?
Cet appariement à choix multiple suggère que la position 5’ de l’anticodon possède une flexibilité de conformation que Crick a surnommée wobble. C’est pourquoi la position 5’ de l’anticodon est souvent appelée position de flottement.
Ainsi dans plusieurs molécules d’ARNt, l’adénine en position 5’ de l’anticodon a été désaminée pour donner une inosine, laquelle peut partager des liaisons hydrogènes aussi bien avec l’adénine qu’avec la cytosine ou l’uridine.
Exemple: La présence d’inosine en position 5’ de l’anticodon rend compte du fait que l’ARNtAla portant l’anticodon IGC peut choisir de se lier à l’un des trois codons spécifiant l’alanine: GCA, GCC et GCU.
Donc si on a 61 codons possibles, pour seulement 20 acides aminés, il devient donc possible d’imaginer que certains ARNt peuvent reconnaître plus d’un codon.
Définissez un ARNt isoaccepteur
Le flottement confère à certaines molécules d’ARNt la liberté de reconnaître plus d’un codon, mais il faut souvent plusieurs molécules d’ARNt pour reconnaître tous les codons synonymes. Les diverses molécules d’ARNt qui portent toutes le même acide aminé sont appelées ARNt isoaccepteurs.
Ce terme s’applique aussi bien aux molécules d’ARNt de même anticodon, mais de séquence nucléotidique primaire différente.
1- Complétez avec le bon énoncé. Pendant la traduction…
a) L’ADN est copié en ARNm complémentaire à l’ADN
b) L’ADN est copié en ARNt
c) L’ARNr est copié en séquence polypeptidique complémentaire à l’ARNr
d) L’ARNt est copié à partir de l’ARNr
e) Une séquence polypeptidique est faite selon la séquence nucléotidique de l’ARNm
e) Une séquence polypeptidique est faite selon la séquence nucléotidique de l’ARNm
2- Quel énoncé décrit le mieux un cadre de lecture ouvert
a) Une séquence qui contient un codon d’initiation et un codon de terminaison dans n’importe quel ordre
b) Une séquence qui contient un codon d’initiation, plusieurs codons et après un codon de terminaison
c) Une séquence qui contient plusieurs codons d’initiation
d) Une séquence sans codon de terminaison
d) Une séquence sans codon de terminaison
