Cours 2 - Structure tertiaire acides nucléiques Flashcards
(150 cards)
1
Q
Qu’est-ce que la structure primaire d’une molécule d’ARN ?
A
→ La structure primaire correspond à la liste des nucléotides liés de façon covalente de l’extrémité 5’ à l’extrémité 3’.
2
Q
Quelle est la définition de la structure secondaire de l’ARN ?
A
→ La structure secondaire correspond à l’organisation structurale de l’ARN par la formation de paires de bases canoniques.
3
Q
Comment est définie la structure tertiaire de l’ARN ?
A
→ C’est la liste d’interactions entre les éléments de structure secondaire.
4
Q
Quelles sont les différentes façons de représenter la structure secondaire d’une molécule d’ARN ?
A
- Graphe planaire
- Diagramme en forme d’arc
- Chaînes de caractères
5
Q
Comment est définie la structure tertiaire de l’ARN ?
A
→ La structure tertiaire est définie comme l’arrangement tridimensionnel de motifs d’ARN, incluant la double hélice et d’autres motifs.
6
Q
Qu’est-ce qui se forme lorsque les motifs d’ARN s’assemblent ?
A
→ Ils forment des interactions tertiaires.
7
Q
Quand est-ce que les interactions tertiaires apparaissent dans un diagramme en forme d’arc ?
A
→ Elles apparaissent lorsque deux lignes se croisent.
8
Q
Quelle est la forme générale de l’ARN selon la diapositive ?
A
→ La forme globale de l’ARN ressemble à une galette.
→ Son épaisseur correspond à une ou plusieurs doubles hélices.
9
Q
Quelles sont les deux forces principales qui jouent un rôle dans la stabilisation des structures secondaires de l’ARN ?
A
→ Les liaisons hydrogènes et l’empilement des bases.
10
Q
Pourquoi les structures secondaires de l’ARN sont-elles généralement stables ?
A
→ Parce qu’elles sont stabilisées par la formation des doubles hélices.
11
Q
Quels éléments stabilisent les structures tertiaires de l’ARN ? (3)
A
→ La structure des régions non appariées,
→ L’empilement coaxial (empilement de bases bout-à-bout de doubles hélices),
→ D’autres interactions tertiaires pour empaqueter les hélices.
12
Q
Comment se compare la stabilité des interactions tertiaires par rapport aux structures secondaires ?
A
→ Les interactions tertiaires sont généralement moins stables que les structures secondaires.
13
Q
Où se retrouvent généralement les charges négatives des phosphates dans une double hélice d’ARN ?
A
→ Elles se retrouvent à l’extérieur, en contact avec le milieu aqueux.
14
Q
Pourquoi le rapprochement de domaines hélicaux chargés négativement est-il un défi pour la structure tertiaire de l’ARN ?
A
→ Parce que les charges négatives ont tendance à se repousser, ce qui peut déstabiliser la structure.
15
Q
Quel rôle jouent les ions métalliques dans la stabilisation des structures tertiaires de l’ARN ?
A
→ Ils neutralisent les interactions de répulsion entre charges négatives, facilitant ainsi le repliement de l’ARN.
16
Q
Quel ion métallique est généralement impliqué dans la stabilisation des structures tertiaires de l’ARN ?
A
→ Le magnésium (Mg²⁺).
17
Q
Quelles sont les deux interactions essentielles au repliement de l’ARN mentionnées en note ?
A
→ L’empilement des bases et les interactions électrostatiques.
18
Q
Qu’est-ce qu’une double hélice d’ARN ?
A
→ C’est une hélice à deux brins, avec des paires de bases Watson-Crick et G-U (Type A).
19
Q
Le type B d’hélice est-il observé chez l’ARN ?
A
→ Non, le type B n’a jamais été observé chez les ARN (il est spécifique à l’ADN).
20
Q
Dans quelles conditions observe-t-on une hélice d’ARN de type Z ?
A
→ Lorsqu’il y a des séquences rCrG sous de très hautes concentrations en sel (ex : 6 M NaClO₄).
21
Q
Où retrouve-t-on les motifs structuraux d’ARN ?
A
→ Dans les régions non-appariées de l’ARN.
22
Q
Quels sont les cinq types de structures trouvées dans les régions non-appariées de l’ARN ?
A
1) Simples brins
2) Extrémités des hélices (régulières, 5’ ou 3’ libre)
3) Boucles terminales (dans les épingles à cheveux)
4) Boucles internes (incluant renflements, boucles symétriques et asymétriques)
5) Jonctions (à 2, 3, 4 tiges, etc.)
23
Q
Dans quelles conditions les bases de l’ARN s’empilent-elles plus efficacement ?
A
→ À basse température et à de hautes concentrations en sels.
24
Q
Quelle conformation adoptent les riboses lorsque les bases s’empilent ?
A
→ Conformation C3’-endo.
25
Comment la forme hélicoïdale de l’ARN est-elle orientée lorsque les bases s’empilent ?
→ Elle est orientée vers la droite.
26
Que se passe-t-il lorsque la température augmente et que la concentration en sels diminue ?
→ L’empilement des bases devient moins important.
27
Pourquoi l’augmentation de température et la baisse de sel ne provoquent-elles pas de transitions abruptes ?
→ Parce qu’il y a peu de coopérativité dans ce processus.
28
Quel est l’ordre de tendance à l’empilement des bases nucléiques ?
→ A, G > C > U.
29
Quel est l’effet des prolongements simple brin sur les duplexes d’ARN ?
→ Ils stabilisent les duplexes.
30
Quelle extrémité des hélices est thermodynamiquement plus stable ?
→ L’extrémité 3’ est plus stable que l’extrémité 5’.
31
Entre purines et pyrimidines, lesquelles stabilisent davantage les hélices ?
→ Les purines stabilisent généralement plus que les pyrimidines.
32
Quel est le premier motif de boucle terminale identifié ?
→ Le motif U-Turn.
33
Où trouve-t-on principalement le motif U-Turn ?
→ Il est commun dans les boucles anticodon et TΨC des ARNt, ainsi que chez l’ARNr et plusieurs autres ARN.
34
Quelle est la séquence consensus du motif U-Turn ?
→ UNR, où N est n’importe quel nucléotide et R est une purine.
35
Quelles sont les trois caractéristiques structurales du motif U-Turn ?
1) Pont hydrogène entre U1 H3 et R3 3’PO₄
2) Pont hydrogène entre U1 2’OH et R3 N7
3) Angles particuliers du squelette entre U1 et N2.
36
Que sont les tétra-boucles ?
→ Ce sont des boucles terminales à 4 nucléotides.
37
Quelles sont les trois classes importantes de tétra-boucles identifiées dans les ARN ribosomaux ?
→ GNRA, UNCG, CUYG.
38
Que signifient les lettres dans les séquences de tétra-boucles ?
→ N = n’importe quel nucléotide (A, G, C ou U)
→ Y = une pyrimidine
→ R = une purine
39
Où retrouve-t-on souvent les boucles terminales UNCG et GNRA ?
→ Chez plusieurs autres ARN en plus des ARN ribosomaux.
40
Comment peut-on décrire la structure des tétra-boucles ?
→ Elles forment des structures compactes, relativement rigides et stabilisantes.
41
Quel est le nucléotide le plus variable dans une tétra-boucle ?
→ N dans GNRA,
→ N dans UNCG,
→ Y dans CUYG,
- ce qui les rend plus flexibles.
42
Comment la structure des boucles GNRA a-t-elle été caractérisée ?
→ Par RMN (résonance magnétique nucléaire) et cristallographie.
43
Quelle paire de bases est caractéristique des boucles GNRA ?
→ G-A (trans G sillon mineur / A Hoogsteen ou sheared G-A).
44
Quel est le rôle de l’empilement dans les boucles GNRA ?
→ L’empilement des bases NRA améliore la stabilité, surtout si N est une purine (R).
45
Quel autre motif ARN est similaire à la boucle GNRA ?
→ Le motif U-turn.
46
Quels sont les deux rôles principaux des boucles GNRA ?
→ Elles jouent un rôle important dans la reconnaissance de l’ARN et la reconnaissance des protéines.
47
Dans quel type d’ARN trouve-t-on les boucles GNRA interagissant avec la face Watson-Crick du sillon majeur ?
→ Dans les introns du Groupe I.
48
Quelle est la particularité des boucles GNRA dans la reconnaissance des protéines ?
→ Elles adoptent une conformation unique du sillon mineur, comme observé dans l’interaction avec la protéine N du phage λ.
49
Quelle est la différence entre la reconnaissance via le sillon majeur et le sillon mineur dans les boucles GNRA ?
- Sillon majeur : Interaction avec les introns du Groupe I, utilisant la face Watson-Crick.
- Sillon mineur : Conformation spécifique permettant la liaison à des protéines, comme la protéine N du phage λ.
50
Par quelle paire de bases la boucle CUYG est-elle généralement fermée ?
→ Une paire de base G-C.
51
Quelle est la séquence consensus des boucles CUYG ?
→ G₁C₂U₃Y₄G₅C₆.
52
Quelle paire de bases Watson-Crick est présente dans des boucles CUYG ?
→ C2-G5.
53
Pourquoi dit-on que la boucle CUYG est une boucle à deux nucléotides ?
→ Parce que la paire de base C2-G5 Watson-Crick définit une boucle avec deux nucléotides non appariés.
54
Quelle est la principale caractéristique des boucles UNCG ?
→ Elles sont exceptionnellement stables.
55
Quel facteur renforce la stabilité des boucles UNCG ?
→ Une paire de base C-G qui ferme la boucle.
56
Quelle boucle peut être remplacée par une boucle UNCG sans affecter la fonction de l’ARN ?
→ La boucle GNRA.
57
En quoi la structure des boucles UNCG est-elle différente de celle des boucles GNRA ?
→ Elles présentent une organisation totalement différente, notamment avec G4 en conformation syn et un empilement distinct.
58
Qu’est-ce qu’une protubérance (bulge) dans une structure d’ARN ?
→ C’est une boucle interne contenant un ou plusieurs nucléotides non appariés sur un des deux brins.
59
Que peut faire une base non appariée dans une protubérance à un nucléotide ?
→ Elle peut s’intercaler dans l’hélice ou se retourner vers l’extérieur, selon le type de base, le contexte séquentiel et les facteurs externes.
60
Quelle différence observe-t-on entre l’ARN TAR libre et l’ARN TAR en complexe avec l’argininamide ?
→ Dans l’ARN TAR libre, la protubérance est non liée,
→ Dans l’ARN TAR en complexe, elle interagit avec l’argininamide.
61
Vrai ou faux : Les boucles internes à 2 nucléotides forment souvent des paires de bases canoniques.
Faux. Les boucles internes à 2 nucléotides forment des paires de bases non-canoniques.
62
Quel effet les paires de bases non-canoniques ont-elles sur les hélices d'ARN ?
→ Ces paires de bases déstabilisent les hélices d’ARN.
→ Elles créent des distorsions dans l’hélice de type A qui deviennent des sites potentiels pour des ligands (métaux divalents, protéines, etc.).
63
Quel type de boucles internes forme des paires de bases non-canoniques et peut stabiliser ou déstabiliser les hélices d'ARN ?
→ Les boucles internes symétriques à 4 nucléotides forment des paires de bases non-canoniques
→ Peuvent stabiliser ou déstabiliser les hélices d'ARN.
64
Parmi les paires de bases non-canoniques, lesquelles sont considérées comme les plus stables ?
→ Les empilements de purine inter-brins sont parmi les plus stables.
65
Vrai ou faux : L’empilement de purine inter-brins se fait à l’intérieur du même brin.
→ Faux. L’empilement se fait entre les brins opposés, et non à l’intérieur du même brin.
66
Quel est l'ordre d'empilement des bases dans un empilement A/A inter-brin ?
→ Dans un empilement A/A inter-brin, A s’empile sur A, et non pas sur G.
67
Quelles sont les paires de bases formées dans un empilement G/G inter-brin ?
→ Dans un empilement G/G inter-brin, il y a deux paires G-U (wobble) et deux paires G-A (sheared) dans une hélice de type A.
68
Vrai ou faux : Dans un empilement G/G inter-brin, A s’empile avec G.
→ Faux. Dans un empilement G/G inter-brin, G s’empile avec G, pas A avec G.
69
Quelles paires de bases forment un empilement G/G inter-brin ?
→ Dans un empilement G/G inter-brin, il y a deux G-U (wobble) et deux G-A (sheared) dans une hélice de type A.
70
Vrai ou faux : Toutes les boucles internes asymétriques forment des structures stables.
→ Faux. Certaines boucles internes asymétriques forment des structures stables,
→ tandis que d'autres sont flexibles et peuvent se replier en présence de ligands.
71
Quelles structures sont souvent retrouvées dans les boucles internes asymétriques ?
→ Les boucles internes asymétriques contiennent souvent des paires de bases non-canoniques.
72
Vrai ou faux : Le motif boucle E est une boucle interne symétrique de 9 nucléotides.
→ Faux. Le motif boucle E est une boucle interne asymétrique de 9 nucléotides.
73
Quel est le motif à bulge associé à la boucle E ?
→ Le motif à bulge associé à la boucle E est le motif bulged-G (N=G).
74
Où retrouve-t-on généralement le motif boucle E dans les ARN des eucaryotes ?
→ Le motif boucle E est très conservé chez l’ARN 5S des eucaryotes et dans l'ARNr 23S/28S (boucle sarcin/ricin).
75
Quels sont les empilements caractéristiques dans la structure du motif boucle E ?
→ L'empilement inter-brin dans le motif boucle E se fait entre deux A.
76
Quel est le rôle du G non conservé dans le motif boucle E ?
→ Le G non conservé est libre dans la structure du motif boucle E.
77
Quel type de déformation est observé dans le squelette ribose-phosphate de l'ARNr 5S ?
→ Le squelette ribose-phosphate est sévèrement déformé et dirigé dans la direction opposée pour un résidu formant un tour S.
78
Où se trouve la paire de base A-A dans le motif boucle E ?
→ La paire de base A-A se trouve entre des brins parallèles dans le motif boucle E.
79
Vrai ou faux : Les jonctions sont des régions où les tiges des doubles hélices interconnectées ne se retrouvent jamais.
→ Faux. Les jonctions sont des régions où les tiges des doubles hélices interconnectées se retrouvent.
80
Quelles sont les caractéristiques des jonctions dans les molécules d'ARN ?
→ Les jonctions peuvent être parfaitement appariées ou contenir des paires de bases non canoniques, des bases non appariées, ou d'autres motifs d'ARN.
81
Quel rôle jouent les jonctions dans les molécules d'ARN ?
→ Rôle important dans le positionnement des domaines hélicaux à des angles spécifiques
→ Déterminent la conformation globale des molécules d'ARN.
82
Comment l'empilement coaxial stabilise-t-il les jonctions ?
→ L'empilement coaxial entre deux hélices stabilise les jonctions.
83
Pourquoi retrouve-t-on souvent des sites de liaison des métaux divalents dans les jonctions ?
→ En raison de la densité des groupes phosphates, on retrouve souvent des sites de liaison des métaux divalents dans les jonctions.
84
Vrai ou faux : La prédiction de la structure secondaire d'un ARN repose uniquement sur des calculs thermodynamiques.
→ Faux. Il existe trois méthodes principales :
- Les calculs thermodynamiques,
- L'analyse comparative de séquences
- Les méthodes basées sur la connaissance.
85
Quel est l'objectif des calculs thermodynamiques pour prédire la structure secondaire ?
→ Déterminent la structure des régions complémentaires qui sont énergétiquement stables.
86
Que prend en compte l'analyse comparative de séquences pour prédire la structure secondaire ?
→ L'analyse comparative de séquences prend en compte les patrons de paires de base conservées durant l’évolution.
87
Comment fonctionne la méthode basée sur la connaissance pour prédire la structure secondaire ?
→ La méthode basée sur la connaissance repose sur des informations provenant de structures déjà connues et observées pour prédire la structure secondaire.
88
Vrai ou faux : Les études de dénaturation à la chaleur avec des oligoribonucléotides n'aident pas à comprendre les énergies impliquées dans la formation des structures d'ARN.
→ Faux. Ces études permettent de mieux comprendre les énergies impliquées dans la formation des structures d'ARN.
89
Quelles sont les deux principales utilités des études de dénaturation à la chaleur avec des oligoribonucléotides ?
→ Elles permettent de mieux comprendre les énergies impliquées dans la formation des structures d'ARN
→ Aident à la prédiction de la structure.
90
Vrai ou faux : Le modèle à deux états permet de déduire la température de fusion (Tf) mais pas les paramètres thermodynamiques comme ΔG, ΔH et ΔS.
→ Faux. Le modèle à deux états permet de déduire la température de fusion (Tf) ainsi que les paramètres thermodynamiques ΔG, ΔH et ΔS.
91
Que permet de déduire le modèle à deux états dans le cadre de la thermodynamique de l'ARN ?
Le modèle à deux états permet de déduire la température de fusion (Tf), ainsi que les paramètres thermodynamiques ΔG, ΔH et ΔS.
92
Vrai ou faux : La comparaison de valeurs thermodynamiques (ΔG) de plusieurs séquences d'ARN n'a pas permis de dériver différents types d'énergie.
→ Faux. La comparaison des valeurs thermodynamiques (ΔG) a permis de dériver quatre types d'énergie.
93
Quels sont les quatre types d'énergie considérés dans les calculs thermodynamiques des ARN ?
1) Énergie d’empilement des paires de bases
2) Énergie des boucles terminales
3) Énergie des boucles internes et des bulges
4) Énergie des jonctions et des bases libres
94
À quelle température et avec quelle concentration de NaCl les paramètres d'énergie libre sont rapportés dans les tableaux de données ?
→ Les paramètres d'énergie libre sont rapportés à 37°C et en présence de 1 M NaCl.
95
Vrai ou faux : Les règles d’énergie ont été dérivées uniquement pour les régions à simple brin dans les hélices ARN.
→ Faux. Les règles d'énergie ont été dérivées pour les régions double brin (ou tiges) contenant des paires de base canoniques comme Watson-Crick (WC) ou G-U wobble.
96
Qu'est-ce qui détermine l'énergie totale dans les régions double brin d'ARN ?
→ L'énergie totale est donnée par la somme des énergies d’empilement (ou enthalpies d’empilement), une pour chaque paire de base adjacente.
→ C’est le modèle du plus proche voisin de Tinoco.
97
Quels types de contributions énergétiques sont prises en compte dans les énergies d’empilement ?
→ Les énergies d'empilement comprennent les contributions énergétiques de l'empilement des bases et des liaisons hydrogène entre les bases.
98
Quelle énergie est ajoutée pour les hélices intermoléculaires ?
→ Pour les hélices intermoléculaires, une énergie libre d’initiation intermoléculaire de +4.10 kcal/mol est ajoutée.
99
Vrai ou faux : Le modèle du plus proche voisin de Tinoco est efficace pour toutes les paires de bases, y compris les paires non-canoniques et les G-U consécutives.
→ Faux. Le modèle du plus proche voisin de Tinoco fonctionne bien pour les paires de bases Watson-Crick et les paires G-U isolées,
→ mais il est moins efficace pour les paires de bases non-canoniques et les G-U consécutives.
100
Quel est l'impact de la présence de boucles internes, boucles terminales ou bulges sur le repliement des ARN ?
→ La présence de boucles internes, boucles terminales ou bulges n’est généralement pas favorable au repliement et augmente le ΔG de repliement.
101
Quelles boucles terminales sont moins déstabilisantes que d'autres ?
→ Certaines boucles terminales, comme GNRA et UNCG, sont moins déstabilisantes que d'autres.
102
Vrai ou faux : Le logiciel Mfold peut prédire la structure d'ARN mais pas celle de l'ADN.
→ Faux. Le logiciel Mfold utilise ces tableaux pour prédire des structures d’ARN et d’ADN pour une séquence donnée.
103
Pourquoi les calculs effectués par Mfold ne permettent-ils pas de prédire la structure en toute confiance ?
→ Les calculs ne permettent pas de prédire la structure en toute confiance
→ car toutes les contributions énergétiques ne sont pas incluses, comme l’effet du sel ou la stabilisation dans certaines séquences de boucles.
104
Que sont nécessaires pour vérifier la structure prédite par Mfold ?
→ Des données expérimentales sont nécessaires pour vérifier la structure prédite.
105
Vrai ou faux : L'analyse comparative de séquences consiste à collecter et comparer des séquences similaires pour trouver des structures communes.
→ Vrai.
106
Quel est le principe de base de l'analyse comparative de séquences ?
→ L'architecture structurale évolue moins rapidement que les séquences non essentielles à la fonction.
107
Pourquoi cette méthode est-elle utile dans la prédiction de structures secondaires d'ARN ?
→ Elle est utile car la relation entre séquence et structure secondaire est plus explicite pour l'ARN que pour les protéines.
108
Quels sont les étapes lors d'une analyse comparative de séquences? (3)
1) Collection et alignement des séquences
2) Analyse
des covariations
3) Modèle de Structure Secondaire
109
Quelle est la première étape dans la collection des séquences apparentées ?
→ Aligner les blocs de séquences conservées.
110
Quels types de paires de base sont pris en compte dans l'analyse des covariations ?
Les paires de base Watson-Crick et G-U.
111
Que permet de prédire un modèle de structure secondaire établi à partir de l'analyse comparative ?
→ Un modèle de structure secondaire, pouvant inclure des informations sur la structure tertiaire.
112
D'où proviennent les séquences dans l'analyse comparative ? (2)
→ Elles proviennent des produits de la sélection naturelle
→Des mutants fonctionnels produits in vitro.
113
Pourquoi la quantité et la diversité des séquences sont-elles importantes ?
→ Elles sont cruciales pour le succès de l'approche.
114
Quelle est l'hypothèse principale dans la collecte de séquences ?
→ L'hypothèse est que toutes les séquences collectées sont fonctionnelles.
115
Quel est le rôle principal de l’ACS (Analyse Comparative de Séquence) dans l’étude des ARN ?
→ Elle fournit un bon modèle de la structure secondaire des ARN.
116
Pour quel type d’ARN l’ACS est-elle particulièrement utile ?
→ Les gros ARN.
117
En dehors de la structure secondaire des ARN, à quoi l’ACS peut-elle aussi servir ?
→ À la classification des espèces.
118
Sur quoi est basé l’arbre phylogénétique dans cette analyse ?
→ Sur l’analyse quantitative des différences de séquences d’ARN de diverses espèces (ARNr 16S).
119
Quels sont les deux apports majeurs de l’analyse phylogénétique ?
1) Elle soutient une charpente évolutionnaire.
2) Elle définit un nouveau domaine du vivant : les archées, en plus des bactéries et des eucaryotes.
120
Sur quoi sont basées les méthodes biochimiques pour sonder la structure de l’ARN ?
→ Sur la réaction spécifique de certains composés chimiques et enzymes avec l’ARN.
121
À quel type d’ARN ces méthodes sont-elles applicables ?
→ Elles sont applicables à l’ARN libre ou lié (associé à des protéines, ions métalliques et autres ligands).
122
Quel est l’objectif des conditions de réaction dans ces méthodes biochimiques pour Sonder la Structure de l’ARN ?
→ Elles sont optimisées pour permettre une seule coupure ou une modification par molécule d’ARN.
123
Quel est le rôle principal des nucléases ?
→ Elles coupent le squelette ribose phosphate de l’ARN.
124
Où les nucléases coupent-elles généralement l’ARN ?
→ À des positions spécifiques des régions simple brin.
125
Quelle ribonucléase est spécifique aux structures en double brin hélicoïdales ?
→ RNase VI du venin de Cobra.
126
Quels sont les produits typiques générés par les ribonucléases après coupure ?
→ 3'-phosphate et 5'-OH.
→ Via un intermédiaire 2',3'-cyclique phosphate.
127
Pourquoi certaines nucléases comme T1, U2 et PhyM sont-elles utiles pour le séquençage de l’ARN ? (2)
→ Parce qu’elles sont actives dans des conditions dénaturantes (5 M urée)
→ Permettent ainsi de couper l’ARN de manière contrôlée.
128
Quelle est l’utilité des enzymes spécifiques aux régions simple ou double brin ?
→ Elles permettent de déterminer la structure secondaire de l’ARN.
129
Pourquoi les conditions semi-dénaturantes posent-elles un problème pour l’étude de la structure tertiaire ?
→ Parce qu’elles empêchent la formation de la structure tertiaire, notamment en absence d’ions magnésium.
130
Quel est l’inconvénient majeur lié à la taille des nucléases ?
→ Leur grosse taille entraîne un encombrement stérique, ce qui ne permet pas la détermination des structures tertiaires des ARN repliés.
131
Quels types de composés chimiques ciblent l’ARN ?
→ Des composés réactifs de petites tailles.
132
Quel est l’effet de certains de ces composés chimiques sur l’ARN ?
→ Certains provoquent une coupure, d’autres entraînent une modification de l’ARN.
133
Comment détecte-t-on l’effet de ces composés sur l’ARN ?
→ Par la détection spécifique des coupures ou des modifications.
134
Quel est le rôle des réactifs des bases dans l’analyse de l’ARN ?
→ Ils permettent de distinguer les nucléotides appariés de ceux qui ne le sont pas (via les faces Watson-Crick ou Hoogsteen).
135
Pourquoi les réactifs du squelette ribose phosphate ne sont-ils pas sensibles à la structure primaire ou secondaire de l’ARN ?
→ Parce qu’ils dépendent plutôt de l’accessibilité du squelette, et non de l’appariement des bases.
136
Quelles informations permettent de cartographier les réactifs du squelette ribose phosphate ?
→ Les sites accessibles et enfouis chez les gros ARN repliés
→ Les surfaces d’interaction dans les complexes ARN-métaux, ARN-ligands, ARN-protéines
137
Que sont les agents de pontage et à quoi servent-ils ?
→ Ce sont des composés chimiques réagissant avec deux cibles rapprochées, permettant l’identification des interactions tertiaires.
138
Quelles sont les deux méthodes de détection utilisées pour analyser l’attaque de l’ARN par des composés chimiques ?
→ Détection du clivage du squelette ribose-phosphate d’un ARN marqué au P32 en 5’ ou 3’.
→ Détection d’une modification chimique qui ne cause pas le clivage du squelette.
139
Quelle enzyme est utilisée pour produire l’ADN complémentaire (cDNA) ?
→ La transcriptase inverse.
140
Comment les produits de cDNA sont-ils analysés après l’extension d’amorce ?
→ Ils sont analysés par électrophorèse sur gel dénaturant.
141
Sur quelles expériences est basée l’étude de la structure secondaire du lncRNA SRA ?
→ Sur des expériences utilisant le DMS et la RNase V1.
142
Quelle est l’une des principales utilités des méthodes biochimiques pour sonder la structure de l’ARN ?
→ Elles sont utiles pour le séquençage de l’ARN.
143
Comment ces méthodes permettent-elles d’obtenir un bon modèle de structure secondaire ?
→ En affinant le modèle avec des données complémentaires obtenues par d’autres approches,
→ comme les calculs thermodynamiques et les analyses comparatives de séquence.
144
Quelles structures spécifiques peuvent être identifiées grâce à ces méthodes ?
→ Certains éléments de structures tertiaires (ex : interactions boucle-boucle) et des motifs structuraux.
145
En quoi ces méthodes sont-elles utiles pour l’étude de la conformation de l’ARN ? (3)
→ Étudier le repliement de l'ARN
→ Suivre les changements de conformations
→ Mutations
146
Quel est le principe de la méthode SHAPE ?
→ Elle repose sur l’acyclation des groupes 2’-OH des riboses.
147
Que permet d’identifier la méthode SHAPE ?
→ Elle permet de dériver la structure secondaire de l’ARN.
148
Pourquoi cette méthode SHAPE est-elle particulièrement utile ?
→ Parce qu’elle cible les riboses qui présentent une plus grande flexibilité, ce qui permet d’obtenir des informations structurales précises.
149
Quel est l’avantage des composés chimiques comme le DMS dans l’étude des ARN ?
→ Ils peuvent traverser la membrane cellulaire et permettre l’étude de la structure des ARN in vivo.
150
Quelle est la différence entre une étude in vitro et in vivo des ARN ?
→ In vitro se fait en dehors de la cellule dans des conditions contrôlées,
→ In vivo se réalise directement à l’intérieur des cellules vivantes.
