Cours 4

Question 1

Qui sont ceux qui ont conduit à la découverte du modèle de l’ADN en double hélice?

Answer 1

• Rosalind Franklin
• Maurice Wilkins
• James Watson
• Francis Crick

Question 2

Quels sont les 4 paramètres hélicoïdaux?

Answer 2

• Pas de l’hélice: distance parcourue le long de l’axe hélicoïdal pour un tour de l’hélice
• h: translation unitaire le long de l’axe hélicoïdal
• t: rotation entre deux résidus successifs
• n: Nombre de résidus par tour d’hélice

Question 3

Règle permettant de déterminer l’orientation parallèle ou antiparallèle locale des deux brins?

Answer 3

Dans un appariement, si les deux bases sont soit en anti (loins du sucre) soit en syn (au-dessus des sucres) et qu’elles interagissent avec les mêmes types de site (WC/WC ou H/H), alors une orientation cis des liaisons glycosidiques donne une orientation antiparallèle des deux brins. Une orientation trans des liaisons glycosidiques donne une orientation parallèle des deux brins.

Question 4

Quelles sont les différentes formes de double hélice d’acides nucléiques?

Answer 4

• A
• B
• Z

Question 5

Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme B?

Answer 5

• hélice dextrogyre (on tourne vers la droite)
• brins antiparallèles
• adoptée à haut degré d’humidité
• bases perpendiculaires à l’axe hélicoïdal
• présence d’un grand et d’un petit sillon = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases

Question 6

De quoi provient l’apparition de sillons de largeurs différents?

Answer 6

De l’asymétrie des plateaux de base résultant des appariements WC/WC cis (brins antiparallèles).
Sillons symétriques lors des appariement WC/WC trans (brins parallèles).

Question 7

Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme A?

Answer 7

• hélice dextrogyre (on tourne vers la droite)
• brins antiparallèles
• adoptée à faible degré d’humidité
• bases inclinées par rapport à l’axe hélicoïdal
• hélice plus courte et plus ramassée que la forme B
• forme adoptée par des segments d’ARN db.
• présence d’un sillon profond et d’un sillon large = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases

Question 8

Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme Z?

Answer 8

• hélice lévogyre (on tourne vers la gauche)
• brins antiparallèles
• bases perpendiculaires à l’axe hélicoïdal
• séquences répétitives pyrimidine-purine
• induite par de nombreuses drogues / par méthylation en C5 (pour la cytosine) ou en N7 (pour la guanine)
• a été observée plus fréquemment pour des séquences d’ADN que d’ARN mais les paramètres structuraux sont très proches dans les deux cas.
• alternance des conformations anti et syn, des plissements C2’ endo et C3’ endo
• présence d’un sillon large et d’un sillon profond = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases

Question 9

Diamètres des hélices?

Answer 9

A = 2,3nm
B = 2 nm
Z = 1,8nm

Question 10

Pas des hélices?

Answer 10

A = 2,8nm
B = 3,4nm
Z = 4,5nm

Question 11

Nombre de résidus par tour n?

Answer 11

A = 11
B = 10 
Z = 12 (6u de répétion = 6 dinucléotides)

Question 12

Translation unitaire h?

Answer 12

A = 0,26nm
B = 0,34nm
Z = 0,76nm pour le dinucléotide / 0,35 pour GpC / 0,41 pour CpG

Question 13

Rotation unitaire t?

Answer 13

A = 33°
B = 36°
Z = 60° pour le dinucléotide / 51° pour GpC / 9° pour CpG

Question 14

Comment peut-on passer d’une hélice de forme A à une hélice de forme B?

Answer 14

• En augmentant l’humidité de 75% à 92%

- En ayant une concentration de 3% de NaCl

Question 15

Comment peut-on passer d’une hélice de forme B à une hélice de forme Z?

Answer 15

• En augmentant la concentration en sels
• En méthylène C5 de C et N7 de G
• Sous l’effet de drogues

Question 16

Citer 3 banques de données structurales

Answer 16

• Nucleic Acid Database
• Protein Databank in Europe
• Worldwide Protein Databank

Question 17

Citer 3 logiciels de visualisation

Answer 17

• Chimera
• Swiss PDB Viewer
• Pymol