CRISPR Flashcards
(31 cards)
Hvad står CRISPR for?
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats
Beskriv strukturen af CRISPR/Cas9
Cas9 proteinet er sammensat med sgRNA hvorpå der er påsat en 20 nukleotid lang spacer.
Hvad leder DNA reperatinos mekanismen non-homologe samling af ender ofte med?
Insertion eller deletion mutation der ofte leder til et frameshift mutation og et for tidlig stop codon.
Hvordan kan CRISPR/Cas9 bruges til at knockout et gen?
Ved at inducerer et dobbeltstrenget break, som i de fleste tilfælde vil blive reperaret af den non-homologe samling af ender mekanismen, der ofte laver en insertion eller deletion, som leder til frameshift og for tidlig stop codon, hvorved genet er fjernet.
Hvad kaldes knockout også?
Loss-of-function
Før CRISPR brugte man andre typer teknologier såsom Meganucleaser, ZFN og TALENS. Hvordan fungerer meganucleaser?
Programmeret DNA-bindende endonuclease der kan genkende 14-40 basepar på DNA og kløve det.
Før CRISPR brugte man andre typer teknologier såsom Meganucleaser, ZFN og TALENS. Hvordan fungerer ZFN (zinc finger nuclease)?
Et par designet Zinc finger proteiner, som er fusioneret til en endonuclease der kan genkende tripletter af 18-36 basepar og kløve dem.
Før CRISPR brugte man andre typer teknologier såsom Meganucleaser, ZFN og TALENS. Hvordan fungerer TALENS (transcription activator-like effector nucleases)?
Et par af 12-31 TALE proteiner fusioneres til en nuclease (Fokl) der kan genekende nukleotider og kløve dem.
Hvilke fordele er der ved CRISPR sammenlignet med de tidligere teknologier?
Hurtig, nem og effektiv
Billigere, da man ikke behøver at designe nye DNA bindende proteiner.
Den er modificerbar og nem at påsætte nye sekvenser.
Der kan påsættes flere guides i en konstruktion
Hvilke ulemper er der ved CRISPR sammenlignet med de tidligere teknologier?
Større off-target effekt
Cas9 proteinet er stort og kan ikke pakkes i en enkelt AAV
PAM er nødvendig (eller andre lignende)
For knockout kræves der et frameshift.
Der findes 3 strategier for at afleverer CRISPR/Cas9. Nævn de tre strategier
Som plasmid
Hvor mRNA for Cas9 proteinet sgRNA leveres hver for sig for senere at fusionerer.
Afleverer hele konstruktionen
Hvilken fordel er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem et plasmid?
Simpelt
God stabilitet
Billig og kan gøres i en stor skala.
Hvilken ulemper er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem et plasmid?
Skal translokeres ind i nukleus
Der er flere off-target effekter
Der er risiko for at det integreres ind i genomet
Hvilken fordel er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem mRNA og sgRNA?
De skal kun transporteres ind til cytoplasmaet
Lavere off-target effekt
Lov toksicitet
Hvilken ulemper er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem mRNA og sgRNA?
Ringe mRNA stabilitet
Hvilken fordel er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem Cas9/sgRNA komplekset?
Hurtig virkning
Høj redigerings effektivitet
Lav immunogenitet
Laveste off-target effekter
Hvilken ulemper er der ved at indsætte CRISPR/Cas9 gennem Cas9/sgRNA komplekset?
Det er med højere omkostning
Hvilke virale vektorer bruges ofte til levering af CRISPR?
Lentivirale eller AAV vektorer.
Hvilke andre områder ud over gene editing kan CRISPR bruges?
Gen regulering Epigenom editing Kromatin visualisering Base editing RNA targeting Kromatin topologi Kromatin visualisering
Hvor kan CRISPR bruges til gene regulering?
Ved aktivering af gener eller ved inhibering af gen transkription, gennem katalytisk døde Cas9.
Hvad går prime editing ud på?
Er indsættelse af et gen uden at lave dobbeltstrenget break.
Et katalytisk hæmmet Cas9 nickase har et påsat pegRNA med det gen man ønsker at indsætte, som vil blive reverse transkriberet.
Hvordan fungerer base editing?
Er udskiftning af en basepar til et andet uden dobbeltstrenget break.
Et katalytisk hæmmet Cas9 protein har påsat en cytidin deaminase, som kløver cytidin væk. Mismatch reperation vil korrigerer ændringen.
Ud over gen redigering og gen terapi, hvad kan CRISPR så ellers bruges til?
Dyremodeller Materialer Mad Brændstof Lægemiddel udvikling
Hvilke vigtige overvejelser skal man gøre sig ved design af sin guideRNA?
Udvælge gen og genetiske elementer der skal manipuleres.
Skal det aktiveres, hæmmes, knockout eller ændres
