DNA-rekombination, mutation och polymorfismer Flashcards
Varför är det viktigt att rättningsprocesser vid replikation inte är helt perfekta?
Om vi inte skulle kunna få några förändringar i vår arvsmassa skulle det göra att evolution inte kan ta plats och vi skulle därmed inte längre kunna anpassa oss till nya miljöer.
Vad är en baksida med att rättningssystem vid replikation inte är helt perfekt?
Genetiska sjukdomar kan uppkomma
Vad är en mutation och vad kan det få för konsekvenser?
En förändring som påverkar en eller flera nukleotider i en DNA-sekvens. Mutationer är ursprunget till genetisk variation. De kan vara:
•Neutrala (de flesta, kan inte koplas till en speciell fenotyp)
•Sjukdomsorsakande
•Positiva, vilket leder till positiv selektion för den mutationen.
Hur brukar man skilja på genetiska variationer?
Somatisk eller nedärvd variation
När uppstår de flesta mutationerna?
Vid replikationen vilket gör att celler som delar sig ofta löper större risk för exempelvis cancer.
Hur skiljer sig ägg och spermier mellan varandra ur mutationssynpunkt och varför?
Spermier har fler nymutationer än äggceller. Detta är på grund av att spermier genomgår fler celldelningar än äggceller vilket i sig ökar risken för mutationer. Man har också sätt en koppling mellan mutationer i spermier och manens ålder.
Äggceller däremot bildas tidigt i embryogenesen och delas sedan bara en gång till vid ovulation för att bli ett färdigt ägg. Därför löper äggceller lägre rik för punktmutationer. Det finns dock andra riskfaktorer som kan ses vid den senare delningen. Detta är ofta kopplat till syndrom som orsakas av en felfördelning av kromosomer.
Vad är risken med en för låg respektive för hög mutationsfrekvens hos en organism?
- Fr få mutationer begränsar en organisms möjlighet att anpassas till nya miljöer
- För många mutationer gör att viktig information kan gå förlorad och risken för sjukdom blir för stor
Ungefär hur hög är mutationsfrekvensen hos människan?
1,5 • 10^-8 per baspar per generation
Vad är de novo-mutationer och hur många sådana bär vi på?
Det är mutationer vi har som ingen av våra föräldrar bär på. Vi har ungefär 50-100 stycken.
Vad är en allel?
En specifik variant av en specifik DNA-sekvens
Vad innebär att vara heterozygot för en allel?
Man har den allelen på en av de två homologa kromosomerna
Vad innebär det att vara homozygot för en allel?
Man har den allelen på de båda homologa kromosomerna
Hur kan man avgöra om en person har en genetisk variation?
Man jämför personens genom med ett referensgenom som består av en konsensussekvens vilken kan användas för att se vilka förändringar en person bär.
Genetisk variation kan beskrivas på olika sätt beroende på…
- Frekvens (polymorfism)
- Typ av förändring
- Storlek
- Vilken effekt den har på gener
Vad är polymorfismer?
Vanliga genetiska varianter som bärs av mer än en procent av populationen.
Vad är SNP?
Single nucloetide polymorphism.
• Den vanligaste formen av variation i vårt genom som bara finns i ett baspar
•Cirka 1/300 baspar i populationen
•Cirka 1/1000 baspar mellan två individer
•Tittar man bara på SNP så är vi 99.9% genetiskt lika varandra.
Vilka olika typer av SNPs finns det inom gener?
- Introniska
- Exoniska
- Promotor
- 5’-UTR
- 3’-UTR
- Splice site mutation
Vilka olika typer av SNPs finns det inom exoner?
- Synonymous (silent)
- Nonsynonymous (missense)
- Nonsense
Vad innebär en silent mutation?
Ett baspar i ett kodon - vanligtvis det sista - byts ut mot en annan som kommer att koda för samma aminosyra.
Vad innebär en missense mutation?
En bas byts ut mot en annan så att kodonet kommer att koda för en ny aminosyra.
Vad innebär en nonsense mutation?
Mutationen leder till bildning av ett stopkodon
Vilka typer av splice site mutations finns det och hur påverkar de splicingen?
- Intron retention - ett intron kommer inte att spliceas bort
- Exon skipping - ett exon kommer att spliceas bort
- Activation of cryptic splice acceptor site - en del av intronet kommer att tas med som exon genom att mutationen gör att en sekvens i introner attraherar spliceosomen bättre än exon-introngränsen
- Activation of cryptic splice donor site - en del av exonet kommer att spliceas bort på grund av motsvarande processer som i acceptor site.
Vad är nonsense mediated decay?
En process som känner igen när splice site mutations sker och bryter ner mRNA:t innan det går ut i cytosolen så att inget felaktigt protein bildas.
Vad är en risk med att en splice site mutation finns i en gen vilket leder till aktivering av nonsense mediated decay?
Om allt mRNA från en gen bryts ner kan det bli så att den ena genkopian inte är tillräcklig för att bilda den mängd protein som behövs i cellen. Detta är dock bara i vissa fall.
Vad är indels?
Insertioner och deletioner vilket är, efter SNPs, den vanligaste formen av genetisk variation. Insertioner innebär att baspar tillkommer och deletioner innebär att baspar tas bort.
Vad kan indels leda till?
Frameshifts
